高雄高等行政法院行政-KSBA,104,訴,262,20151208,1

高雄高等行政法院判決
104年度訴字第262號
民國104年11月24日辯論終結
原 告 台灣植體科技股份有限公司
代 表 人 侯彩鳳
訴訟代理人 李育昇 律師
被 告 財政部高雄國稅局
代 表 人 吳英世
訴訟代理人 劉妙瑱
高寶勝
上列當事人間生技新藥產業發展條例事件，原告不服財政部中華民國104年4月30日台財訴字第10413914550號訴願決定，提起行政訴訟，本院判決如下：

主 文

原告之訴駁回。

訴訟費用由原告負擔。

事實及理由

一、事實概要︰緣原告依營利事業適用生技新藥公司股東投資抵減辦法（下稱投資抵減辦法）第8條規定，於民國102年11月4日（收文日期）向被告具文申請核發生技新藥公司營利事業股東投資抵減稅額證明書（下稱投資抵減證明書），案經被告審查其申請營利事業股東之可抵減稅額新臺幣（下同）34,090,000元，係以實收資本額2億元計算，與經濟部核准之總投資金額8千萬元未符，又原告股東財團法人金屬工業研究發展中心（下稱金屬中心）屬公益性質之財團法人，非屬所得稅法所稱之營利事業，被告乃按經濟部核准生技新藥投資計畫之總投資金額8千萬元，減除非營利事業股東投資額，依20%抵減率，核算可抵減稅額計12,672,000元，以103年12月10日財高國稅審一字第1030118677號函核發投資抵減稅額證明書。

原告不服，提起訴願，遭決定駁回，遂提起本件行政訴訟。

二、本件原告主張︰

（一）生技新藥產業發展條例之租稅獎勵制度制定背景及政策目的： 1、自1950年代以來，臺灣經濟係以發展製造業為主，在半導體及數位影像產業已領先世界。

而生技製藥產業為政府積極推動之新一波知識經濟產業，但在世界生技製藥產業產值中，臺灣卻只佔0.5%。

為使國內經濟順利轉型，步入知識密集經濟型態，政府乃訂定生技新藥產業發展條例，發展新藥及高風險醫療器材等知識密集型產業，據以推動臺灣經濟之順利轉型。

過去業者所適用之促進產業升級條例，係從製造業角度考量來對於企業進行租稅獎勵。

然因生技新藥產業直接攸關人體之生命及健康，為慎重起見研發需先經過臨床測試，所需耗費之時間及成本甚高，且即便進入人體試驗階段，亦未能保證產品未來能順利量產創造收益，故無法如同一般製造業一經購置新設備即可預期3、5年後所創造之收益成果；

且生技業產品研發過程較一般科技產業漫長且專利取得相對困難，如同樣以製造業看待，業者往往因為無法在3、5年內研發出新藥成品，在成本壓力下被迫放棄繼續研發時程而告失敗。

考量生技新藥產業具有研發期程長、資本高、風險高；

但若一旦有具體產品或創新突破時，則有產品週期長、回收快、高附加價值等特性，鑑於生技新藥產業發展之高風險及不確定性，故有生技新藥產業發展條例之立法，期以租稅優惠獎勵措施，鼓勵營利事業投入資金，以創造生技產業良好的發展環境、吸引更多投資及人才技術投入。

2、生技新藥產業發展條例第1條之「立法目的」即揭櫫：「為發展我國生技新藥產業，成為帶動經濟轉型的主力產業，特制定本條例。」

蓋生技新藥產業發展條例係我國首次就個別產業提出之投資獎勵法案，後續並制定生技新藥公司研究發展及人才培訓支出適用投資抵減辦法、投資抵減辦法等相關細則，主要係針對生技新藥產業之特性，提供公司、現金及技術入股股東及高階專業人才等相關之租稅優惠措施，期以為生技產業塑造良好的發展環境、吸引更多投資及人才技術，發展新藥及高風險醫療器材等知識密集型產業，藉此推動臺灣經濟之順利轉型，以提昇國際競爭力。

（二）生技新藥公司股東適用投資抵減金額之認定，應以股東之出資額實際用於投資事業者為其準據，不能僅以投資計畫估列金額來認定： 1、為促使前開政策目的之達成，對於生技新藥產業之股東投資適用生技新藥產業發展條例第6條第1項此一租稅獎勵制度，自應不宜過於嚴苛，以免成為生技產業發展之阻礙。

再參投資抵減辦法第14條各項規定可知，生技新藥公司於申請核發生技新藥公司投資計畫核准函之時點，欲準確預估該計畫之投資金額，確有事實上之困難，且法律亦無規定營利事業於申請核准投資計畫時，不得以投資金額之估列數來進行申請；

然而就適用營利事業股東投資抵減之金額認定，仍應依投資抵減辦法第14條第2項所定「於投資計畫期間支應投資計畫所需之支出」金額為準。

換言之，只要是支應在經濟部核准之生技新藥計畫之投資款，均應有投資抵減之適用，始為正確之法律解讀。

參諸本件原告因營利事業股東參與投資所募集之投資總額為170,450,000元，原告自得視研發期程所需，於此項投資金額限度內隨時加以支應運用，至於「F3640骨內植體」生技新藥投資計畫申請核准時之估列金額8千萬元僅為申請時參考之用，亦無作為實際投入研發資金支用上限限制之效果。

故於認定營利事業股東適用投資抵減之投資金額，自應以該股東實際投資金額作為認定之依據，與投資計畫估列之參考數值實無關涉。

2、至於被告將原告依法向相關主管機關進行投資計畫核准申請及稅額抵減申請之行為，僅因執行投資計畫過程中，實際投入計畫之金額與當初計畫申請核准之估列投資數額間必然發生之差異，被告既未具體敘明原告當初所提出之系爭產品投資計畫核准申請之行為究竟有何適用法律錯誤情事，亦未能指明原告主張適用投資抵減相關法令有何被曲解適用之處，卻空泛指訴原告有計畫申請錯誤及為彌補錯誤而扭曲法令規定云云，無足採取。

3、況按，生技新藥產業發展條例第6條對於營利事業股東參與投資生技新藥公司所制定之租稅獎勵措施，既係以獎勵股東參與投資之行為作為政策上之獎勵標的，自更應以股東實際參與投資之金額作為租稅獎勵核給之依據，始能達成此一租稅獎勵措施制定之政策目的。

被告雖辯稱應以經濟部核准之投資計劃中所記載之金額為准予投資抵減之上限，然卻無法提出任何證據以實其說，可見被告之上開抗辯，洵屬無據，無可採信。

4、另被告主張若隨時可變更生技新藥研發費用，租稅將無安定性，抵減年度之起算將難以認定云云，僅被告自身行政便宜之考量，藉辭租稅安定性原則為由，否認原告依投資抵減辦法第14條規定得將其於投資計畫期間支應投資計畫所需支出之金額按實提請被告查核之權利，亦使得該條賦予稅捐稽徵機關對於投資抵減金額審查之權責規定形同具文，於法顯然不符。

（三）原告已檢具相關證明文件向被告說明實際投入研發成本增加之事實，被告自應依投資抵減辦法第14條規定核實准予認定股東適用投資抵減金額： 1、本件投資計畫成本預估之準確性，除無法避免受計畫執行之不確定性及物價波動等因素影響外，尚需考慮⑴研發各階段之試製及修正成本有難以明確估列之事實上困難；

⑵研發成本難以估列；

⑶研製及管理後勤人員成本難精確估列。

再參原告所投入「牙科骨內植體技術」在國內尚屬較新之技術領域，目前主要產品來源仍由歐美國家壟斷，故存在設備、原物料來源取得並不固定等問題需要克服，復考量物價波動，要準確評估研究發展期間投入之成本十分困難，然礙於投資計畫申請時限之急迫性，故於向經濟部提出申請時只得暫以估列數8千萬元提出。

然而事實上，原告截至103年12月31日止所投入本投資計畫相關之資金總計已達147,333,969元，可證原告與生技新藥產業同業所面臨投資計畫成本無法準確預估之難點。

縱被告不同意原告營利事業股東核認投資金額170,450,000元全數，至少亦應以前開已實際發生與投資計畫相關支出核認股東投資抵減金額，始符投資抵減辦法第14條之規定。

2、鑑於前開實際已投入與投資計畫相關資金已超過原投資計畫所載之投資金額8千萬元之事實，原告亦曾致函經濟部工業局請求就此情形「需否向該局提出變更投資計畫金額之申請」乙點釋疑，經該局以103年11月12日工化字第10301011160號函覆說明三指出：「本案貴公司生產『F3640骨內植體』生技新藥之投資計畫，業經本部101年2月9日經授工字第10120402150號函同意核發生技新藥投資計畫核准函在案，因原列計之投資計畫成本僅包含研發成本之概估，並未列計所有投資計畫成本，其生技新藥投資計畫之研發費用由原核准之8,000萬元增加至127,735,502元（註：此為當時原告自行結算截至102年底之彙總金額）一節，經查係屬貴公司所在地之稅捐稽徵機關之執掌，請逕向高雄國稅局備齊所具資料，俾利該局辦理後續核發投資抵減稅額證明書等相關事宜。」

等語，是由工業局上開函覆可知，原報經工業局核准之投資計畫書所載投資計畫金額係可因應實際投入成本之增加而加以變更，然主因該項實際支用在投資計畫之金額係影響生技新藥公司依相關法令所得享有之投資抵減權利，故經濟部工業局核釋可逕備齊資料向被告申請辦理後續核發投資抵減稅額證明書事宜。

原告既已提出截至103年12月31日已實際發生與投資計畫相關支出增加至147,333,969元之資料，被告自應按投資抵減辦法第14條規定，以實際發生與投資計畫有關之金額核認股東投資抵減金額，始為正辦。

（四）金屬中心性質上是否為「營利事業」而具備適用生技新藥產業發展條例第6條第1項所定得適用該條規定之「營利事業股東」資格，應回歸所得稅法及相關實務見解就所得稅法上「營利事業」之定義及其適用範圍來觀察。

由所得稅法第3條第1項及最高行政法院56年判字第376號判例意旨觀之，依所得稅法規定申報繳納營利事業所得稅之主體，即屬所得稅法定義上所稱之「營利事業」。

則原告股東之一即金屬中心，既屬定期就銷售勞務收入，按所得稅法規定申報繳納營利事業所得稅之主體，實無否認其為所得稅法定義上之「營利事業」之理。

金屬中心在性質上既屬所得稅法上定義之營利事業，其以現金入股原告之投資額12,050,000元，自應列入原告營利事業股東投資可抵減金額範圍內，始屬合法。

（五）按投資抵減辦法第2條規定可知，經濟部作為生技新藥公司投資計畫審定主管機關，而申請審定為生技新藥公司之申請人所提交之投資計畫書必要記載事項-投資計畫目的、投資項目、經營團隊、研究發展團隊與其職掌、產品製程或研究發展流程、建廠或擴廠時間表、研究發展開始作業及產品開始銷售或開始提供服務之時間表，其中並無「投資計畫金額」此一項目，由此足證經濟部對於投資計畫審核權責範圍，本即不包括「投資計畫金額」項目。

又關於生技新藥公司股東投資金額實際支用於所申請之投資計畫，如超過投資計畫申請時所估列之費用金額，該生技新藥公司究應向經濟部申請變更投資計畫金額，抑或逕由被告依原告列報之研發費用項目是否實際支用於投資計畫加以核實審認投資抵減稅額乙節，前已敘明投資計畫申請審定時所列之研發費用支出估列金額，本即非投資計畫審定主管機關經濟部工業局受理投資計畫審定所須審核之權責範圍，則經審定為生技新藥公司之股東投資金額實際支用於所申請之投資計畫，如超過投資計畫申請時所估列之費用金額，其審核權責自亦不可能由經濟部主管。

此參經濟部工業局李家豪技正之證述：「一、．．．依據投資抵減辦法第14條規定『以於投資計畫期間支應該投資計畫所需者為限』，故超出核准函所示金額部分，仍須依稅捐機關現行法令處理。

二、且經濟部依據投資抵減辦法第7、10條規定，僅就最初申請新投資創立、增資擴充、投資計畫申請延長或投資計畫產品項目變更等事由受理申請，至於同一計畫案之計畫金額增加，則非本部（指經濟部）得受理申請之事項。」

等語，足證生技新藥公司股東投資金額實際支用於所申請之投資計畫，如超過投資計畫申請時所估列之費用金額，應由被告逕依原告列報之研發費用項目是否實際支用於投資計畫加以核實審認投資抵減稅額，已無須由該生技新藥公司另向經濟部申請變更投資計畫金額，自不待言。

被告一再辯稱其僅能於經濟部工業局核定之投資計畫金額範圍內審認生技新藥公司所列報之研發支出，及投資計畫金額變更應向經濟部工業局辦理云云，顯係卸責託辭，於法不符。

（六）被告未就原告所列報各項研發費用，依法查核作成認定處分，亦未舉證證明何時發生之何項費用列報有所不實或重複列報，僅僅空泛指訴原告之費用列報有不實及重複列報情事，此當非稅捐稽徵專業主管機關本於行政專業應有之作為，亦違反行政訴訟準用民事訴訟之舉證責任分配原則。

又原告公司104年並無辦理增資情形，被告指稱原告於104年間增資2億元，根本未經查證，而係任意指謫。

其次，被告表示原告委託之會計師表示無法證明超過80,000千元部分之研發費用係由99年11月增資之資金所支應云云，此等陳述未有原告所委任之簽證會計師出具查核意見為其佐證，被告亦未舉證證明其所引述意見之真實性及其來源，顯見被告上開陳述亦屬空泛，毫無實據。

再者，投資金額是否用於投資計畫，本應以「額度」之概念予以審查，斷無可能以「金錢錢幣」之概念來要求投資匯入之金錢與投資計畫支用之金錢須具備同一性，是被告要求原告「證明超過8,000萬元部分之研發費用係由99年11月增資之資金所支應」一節，如係以後者之「金錢錢幣」概念觀之，自然難以證明，倘以「額度」之概念加以審查，自然得以費用發生時點及其用途來認定。

然被告一再以增資應募金額匯入帳戶後資金相互流用為由，認為原告無法證明「超過8,000萬元部分之研發費用支出」與「99年11月增資募得之資金」二者間之同一性，顯然係將應以「額度」概念加以審查之標的誤為以「金錢錢幣」概念審查其同一性，在論理上係屬謬誤。

（七）原告經經濟部審定之研發項目為「F3640骨內植體」，只要所研發之產品係在「F3640骨內植體」之範圍內，即屬於經濟部審定之投資計畫內之項目，無須再申請變更。

反之，設若所欲研發之項目已經不屬於「F3640骨內植體」，即有超出原投資計畫之情形，而需另行向經濟部提出審定，合先敘明。

原告於101年間，發現原所設計之maxFIT人工牙根植體恐無法順應時代潮流，從而於同年延續maxFIT產品之構想概念，進行升級並研發maxFIT II人工牙根植體系統（下稱maxFIT II），而maxFIT及maxFIT II二項產品，僅在「植體外型設計、膺復件系統設計及手術器械系統」上有些許差異。

依據原告104年3月23日函文，顯然maxFIT II仍為「F3640骨內植體」，僅係在植體外型以及配套系統上有所調整。

換言之，maxFIT II人工牙根植體系統產品係延續maxFIT產品構想概念所研發，並非新產品研發，更非投資計畫產品項目變更，自無須再提出新投資計畫產品審定之申請。

惟被告以原告上開函文辯稱原告已於101年間已終止「F3640骨內植體」之研發云云，實已扭曲原告上開函文之原意。

另即使被告就原告是否已變更產品有所爭執，此爭議亦非被告之職權範圍，而係應另交由相關權責主管機關作認定，於相關權責機關作出決定認為maxFIT II非屬「F3640骨內植體」前，被告無權限逕自認定maxFIT II並非在原審定投資計畫範圍內而否准投資抵減。

（八）被告未依原告所請，按股東出資且繼續持有股份達3年以上者合計170,450,000元金額範圍內核發投資抵減稅額證明書，而率斷按原告「F3640骨內移植」生技新藥投資計劃之估列投資總額8千萬元作為核發投資抵減稅額證明書之出資額依據，及扣除原告營利事業股東之一即金屬中心以現金入股原告之投資額12,050,000元等而為之原處分否准所請部分，有前開違法不當情事等情。

並聲明求為判決⑴訴願決定及原處分（被告103年12月10日財高國稅審一字第1030118677號函）關於不利原告部分均撤銷；

⑵被告應依原告102年11月4日之申請，依據生技新藥產業發展條例第6條、投資抵減辦法第7、8、10、14條等規定，作成准予再核發21,418,000元股東投資抵減稅額證明書之行政處分。

三、被告則以︰

（一）原告依投資抵減辦法第8條規定，檢具經濟部100年12月7日經授工字第10020424690號生技新藥公司審定函及投資計畫核准函等資料，於102年10月向被告申請核發投資抵減稅額證明書；

案經被告審查其投資計畫核准函略以：「貴公司前述生技新藥之投資計畫：增加實收資本額200,000仟元．．．，總投資金額80,000仟元」，而原告申請適用之可抵減稅額係以增加實收資本額2億元計算，究核發投資抵減稅額證明書應按增加實收資本額2億元或總投資金額8,000萬元計算可抵減稅額，又金屬中心是否為「營利事業」股東；

因事涉可抵減稅額證明之核發，為期適法，被告遂於103年4月24日以財高國稅審一字第1030106801號函請經濟部釋疑。

嗣經濟部於103年5月13日以經授工字第10320410550號函復略以：「旨揭公司生產『F3640骨內植體』生技新藥之投資計畫，業經本部101年2月9日經授工字第10120402150號函核發符合生技新藥投資計畫核准函在案，其總投資金額為80,000仟元。」

顯見經濟部「核准」原告投資生技新藥之總投資金額為8,000萬元。

又原告分別於103年7月2日及103年9月10日以補充說明函及申請解釋函向被告及經濟部說明，其向經濟部申請之投資計畫金額8,000萬元為概估數，係成立初期研發所需之資金，並稱若公司知悉日後申請股東投資抵減之投資金額僅以向經濟部申請投資計畫時之估列投資金額為限，則當初申請投資計畫時，會以募集之資金2億元作為申請投資計畫之投資金額等，顯知原告向經濟部「申請」核發投資計畫核准函之投資計畫總金額為8,000萬元，且原告投資計畫書所列之「目前資本額」為2億元、「投資金額」為8,000萬元。

準此，被告以經濟部投資計畫核准函之總投資金額8,000萬元，按抵減率20%計算，核發投資抵減稅額證明書，並無違誤。

（二）經濟部另於前述103年5月13日函復，略以：「三、另有關旨揭公司股東『財團法人金屬工業研究發展中心』（以下簡稱金屬中心）是否屬『生技新藥產業發展條例』第6條之適用對象一節，業經本部工業局102年12月24日工化字第10201017000號函函復金屬中心在案，．．．另金屬中心屬公益性質之財團法人，且依金屬中心捐助章程第2條可知係『從事研究發展、厚植工業服務與技術推廣之能力，以訓練專門人員及生產與管理、技術服務方式輔導協助國內金屬及其相關工業改善設備，提高管理及生產技術，研究改良製造方法及成本控制，以有效利用金屬資源、發展新產品、拓展銷售市場，使其具備國際市場良好之競爭能力為目標』．．．金屬中心似非屬所得稅法所指之營利事業。」

且金屬中心捐助章程之創設目的非以營利為目的，又金屬中心歷年來均以符合「教育、文化、公益、慈善機關或團體免納所得稅適用標準」第2、4條規定，有銷售貨物或勞務之所得，依該標準第3條規定課徵所得稅之型態，填寫適用於「所得稅法第11條第4項規定所稱教育、文化、公益、慈善機關或團體」之結算申報書辦理結算申報並核定在案，爰認定金屬中心非為原告之營利事業股東，不得適用該項租稅優惠，尚無違誤。

至原告主張應採最高行政法院56年判字第376號判例見解顯屬錯誤，因合夥組織係屬所得稅法第11條第2項所稱之營利事業，與金屬中心為所得稅法第11條第4項所稱之教育、文化、公益、慈善機關或團體不同，爰認定金屬中心不得適用該項租稅優惠，於法並無不合。

（三）經濟部係申請核發投資計畫核准函之主管機關，依投資抵減辦法第2條規定，原告經經濟部審定為生技新藥公司，於申請適用投資抵減，分別依據同辦法第7條及第8條規定，向經濟部申請核發投資計畫核准函，復由原告檢具前揭投資計畫核准函及相關文件資料，向被告申請核發投資抵減稅額證明書，以憑營利事業股東申辦稅捐抵減之依據，且原告於103年9月10日向經濟部申請變更投資計畫金額，並未獲得經濟部工業局同意更正投資計畫金額；

被告以原告係經濟部審定之生技新藥公司，於申請適用投資抵減，經經濟部101年2月9日經授工字第10120402150號函，核准原告生技新藥投資計畫總投資金額為8,000萬元，自應依該核准投資計畫總投資金額核算，於法有據，且被告於103年12月11日所為之行政處分已載明，嗣後倘原告取得經濟部核發變更投資計畫總金額核准函，仍得依生技新藥產業發展條例及投資抵減辦法，檢具相關證明文件向被告申請核發投資抵減稅額證明書，並無違誤。

（四）生技新藥營利事業股東投資抵減係為獎勵營利事業長期投資生技新藥公司，促進生技新藥產業發展，爰依投資抵減辦法第8條及第14條第1項規定，對營利事業股東繼續持有股票達3年以上，募集資金之用途為核准之投資計畫所募集之資金8,000萬元，以於投資計畫期間（核發核准函次日起5年內完成投資計畫）支應該投資計畫所需為限；

因此營利事業股東投資抵減係以營利事業股東投資計畫之出資額為基準計算營利事業股東投資抵減，核發生技新藥公司營利事業股東投資抵減稅額證明書，俟投資計畫5年期滿後再檢視是否取得投資計畫完成證明及投入計畫之資金是否已達經濟部核准之金額8,000萬元，若未取得完成證明或未全數支應投資計畫所需，則按投資抵減辦法第13條第2項及第14條第3項規定，分別以全數或按比率計算，由管轄稅捐稽徵機關追繳其已抵減之稅額；

復按同辦法第13條第3項規定，生技新藥公司於取得完成證明後，屬新投資創立者於設立登記之日起7年內；

屬增資擴充者於增資變更登記之日起7年內，如有彌補虧損以外之減資行為，該減資部分不得適用投資抵減，並應追繳因該生技新藥投資計畫而適用投資抵減之營利事業已抵減之稅額。

（五）原告係以增加實收資本額2億元為基準，扣除個人股東後（惟未依規定扣除金屬中心之投資額），以應募金額170,450,000元申請營利事業股東投資可抵減稅額，俟被告審查發現，原告所取得經濟部核准之生技新藥投資計畫總投資金額為8,000萬元，與申請營利事業股東投資抵減金額2億元不符，原告發現申請錯誤時，始函請經濟部更正生技新藥投資計畫總投資金額，未獲經濟部核准，復又要求被告依原告至102年底之生技新藥投資計畫投入研發費用127,735,502元核認，顯示原告明知應以生技新藥投資計畫總投資金額8,000萬元申請，且原告係於102年10月申請營利事業股東投資抵減，申請時之生技新藥研發費用亦非127,735,502元（且經查該金額列報不實，原告將管理部、生產部、品管部等所發生之全數費用均列報為研發費用，並有重複列報情形，亦將其他未經審定之研發項目之支出列報為投資計畫支出，經減除前述事項後之金額已未達8,000萬元），若依原告主張，是否在3個月後可再主張生技新藥研發費用已增至1.5億元，經半年後又再主張生技新藥研發費用已增1.7億元，於核發核准函次日起5年內完成投資計畫期間，隨時可主張變更生技新藥研發費用，若如此，租稅將無安定性，抵減年度之起算將難以認定，租稅優惠之適用亦不宜受納稅人操控，歷年來亦無納稅人主張原告要求之認定方式，可見原告誤解法令。

（六）應募金額匯入帳戶後，資金相互流用，原告必須支應營運所需資金，又有長期投資31,287,825元及執行其他未經審定之研發項目等資金使用，原告復於102年間增資1.75億元，104年間增資2億元，如何證明超過8,000萬元部分之研發費用係由99年11月增資之資金所支應，被告也曾詢問原告委託之會計師事務所，其表示無法證明，因此，原告要求應以實際發生與投資計畫有關之金額核認股東投資抵減之主張不足採據。

（七）依據經濟部提供資料，原告於104年3月23日向經濟部申請變更投資計畫，略以：「故原申請投資計劃中所提出之投資金額8千萬，僅係針對原投資產品maxFIT人工牙根植體系統研發初期所需資金列示，另外因101年初該植體系統主要設計人張正宜醫師因故退出申請人股東團隊，同時不繼續授權本公司使用此設計，故申請人於當年度已結束maxFIT之研發投資。

三、申請人於101年maxFIT人工牙根植體系統停止開發後，於同年度延續maxFIT產品之構想概念，自行研究開發maxFIT II人工牙根植體系統．．．」；

經濟部於104年4月15日以工化字第10400331180號函復略以：「說明：二、查本案貴公司業經本部100年12月7日經授工字第10020424690號函同意核發生技新藥公司審定函核准在案並載明研發項目『F3640骨內植體』，先予敘明。

三、本案貴公司於101至104年度另行開發『maxFiT II、Aq Navi及maxFiT II S』等4項新投資計畫產品一節，若欲新增研發項目，可檢具申請生技新藥公司審定之資料，向經濟部提出申請．．．，經中央目的事業主管機關及經濟部審定，即會核發含增列項目之新的審定．．．。」

顯見原告經審定之研發項目「F3640骨內植體」之投資計畫已終止，101年初之後所投入研發費用並非審定函核准在案並載明研發項目「F3640骨內植體」之投資計畫有關支出，故不得認定為支應該投資計畫所需之金額。

（八）被告依相關法令規定，按經濟部核准生技新藥投資計畫總投資金額8,000萬元，減除非營利事業股東投資額，依20%抵減率，核算可抵減稅額為12,672,000元，以103年12月10日財高國稅審一字第1030118677號函核發投資抵減稅額證明書，於法有據等語，資為抗辯。

並聲明求為判決駁回原告之訴。

四、本件事實概要欄所載事實，業經兩造分別陳明在卷，並有原告102年10月未具日期申請書、103年1月10日、103年未具日期、103年5月未具日期及103年7月2日補充說明函及被告103年12月10日財高國稅審一字第1030118677號函等附原處分卷可稽，應堪認定。

兩造之爭點為被告按經濟部核准原告生技投資計畫之總投資金額8千萬元，減除非營利事業股東投資額，核算可抵減稅額計12,672,000元，准予核發投資抵減稅額證明書，是否適法？本院查：

（一）按「為發展我國生技新藥產業，成為帶動經濟轉型的主力產業，特制定本條例。」

「生技新藥產業發展，依本條例之規定；

本條例未規定者，適用其他有關法律之規定‧‧‧。」

「本條例主管機關為經濟部。」

「（第1項）為鼓勵生技新藥公司之創立或擴充，『營利事業』原始認股或應募屬該生技新藥公司發行之股票，成為該公司記名股東達3年以上，且該生技新藥公司未以該認股或應募金額，依其他法律規定申請免徵營利事業所得稅或股東投資抵減者，得以其取得該股票之價款百分之20限度內，自其有應納營利事業所得稅之年度起5年內抵減各年度應納營利事業所得稅額。

（第2項）前項營利事業如為創業投資事業，應由其營利事業股東按該創業投資事業依第1項規定原可抵減之金額，依其持有該創業投資事業股權比例計算可享投資抵減金額，自創業投資事業成為該生技新藥公司記名股東第4年度起5年內抵減各年度應納營利事業所得稅額。

（第3項）第1項生技新藥公司適用股東投資抵減之要件、申請期限、申請程序、施行期限、抵減率、第2項計算方式及其他相關事項，由行政院定之。」

生技新藥產業發展條例第1條、第2條前段、第4條、第6條分別定有明文。

且同條例第1條立法理由並謂：「自1950年代以來，臺灣經濟係以發展製造業為主，為使國內經濟順利轉型，步入知識密集經濟型態，訂定生技新藥產業發展條例，發展新藥及高風險醫療器材等知識密集型產業，據以推動臺灣經濟之順利轉型。」

等語，此即說明生技新藥產業發展條例立法目的在於藉由租稅優惠鼓勵營利事業從事生技新藥產業之方式，促進本國經濟型態之轉型，避免產業過度集中於製造業，而使產業分散投資，以達國內經濟體之永續發展。

而為合理達此項立法目的，其所授與租稅優惠之對象必須係同條例第6條第1項所指「營利事業原始認股或應募屬該生技新藥公司發行之股票，成為該公司記名股東達3年以上」之要件，且其租稅優惠最大範圍則為「該生技新藥公司未以該認股或應募金額，依其他法律規定申請免徵營利事業所得稅或股東投資抵減者，得以其取得該股票之價款百分之20限度內，自其有應納營利事業所得稅之年度起5年內抵減各年度應納營利事業所得稅額」。

然因前揭生技新藥產業條例租稅優惠內容仍甚為簡要，為此同條例第6條第3項乃將生技新藥公司股東投資抵減要件、申請期限、申請程序、施行期限、抵減率等其他相關事項，授權行政院另以制定法規命令之方式為之。

依此，屬於生技新藥公司記名股東之營利事業，自應以前揭條例或其授權命令為其申請準據，如未經前揭條例或其授權命令訂定者，依同條例第2條前段規定，即應適用其他有關法律之規定，自不待言。

（二）次按「本辦法依生技新藥產業發展條例（以下簡稱本條例）第6條第3項規定訂定之。」

「（第1項）公司符合下列要件者，得檢具文件、資料，向經濟部申請審定為生技新藥公司：一、從事生技新藥之研究或發展、臨床前試驗、依法規取得國內外目的事業主管機關許可進行生技新藥人體臨床試驗或田間試驗，或取得國內外目的事業主管機關發給之生技新藥上市或製造許可證明者。

但生技新藥之研究或發展工作全程均於國外進行者，不適用之。

二、上一年度生技新藥研究發展費用，占該公司同一年度總營業收入淨額百分之5以上，或其提出申請之當年度或上一年度之生技新藥研究發展費用，占該公司申請當年度實收資本額百分之10以上。

三、聘僱專科以上學歷生技新藥專職研究發展人員至少5人。

（第2項）經濟部依前項規定為審定時，應邀請財政部、行政院衛生署、行政院農業委員會代表及學者專家參與。」

「前條第1項所定文件、資料，規定如下：一、公司登記證明文件及營利事業登記證。

二、投資計畫書7份，包括投資計畫目的、投資項目、經營團隊、研究發展團隊與其職掌、產品製程或研究發展流程、建廠或擴廠時間表、研究發展開始作業及產品開始銷售或開始提供服務之時間表。

三、符合前條第1項各款所定要件之證明文件。」

「生技新藥公司申請適用本條例第6條之投資抵減，新投資創立者應自公司設立登記表核發之次日起6個月內，增資擴充者應自公司變更登記表核發之次日起6個月內，檢具下列文件、資料，向經濟部申請核發生技新藥投資計畫核准函：．．．。」

「生技新藥公司應於其營利事業股東繳納股票價款之次日起滿3年後，檢具下列文件、資料，向公司所在地之稅捐稽徵機關申請核發投資抵減稅額證明書：一、創立或增資前、後之公司登記證明文件。

二、生技新藥投資計畫核准函。

三、議決該次增資之股東會或董事會會議紀錄影本；

屬新投資創立者，為發起人會議紀錄影本。

四、營利事業股東繳納股票價款證明文件。

五、營利事業股東繼續持有股票達3年以上，可適用投資抵減之金額明細表，包括股東戶號、名稱、統一編號、認股股數、認股金額、繳款日期、股票編號、繼續持有3年以上之股數、可抵減金額及可抵減稅額。」

「經核發生技新藥投資計畫核准函之生技新藥公司，應於該核准函核發之次日起5年內完成投資計畫，並於完成後檢具相關文件、資料，依下列規定申請核發完成證明：‧‧‧。」

「經核發生技新藥投資計畫核准函之生技新藥公司，未能於經濟部核發核准函之次日起5年內完成投資計畫，或投資計畫產品、技術服務項目變更者，應於期限屆滿前，向經濟部申請延長或變更。

但全程計畫完成期限不得超過6年。」

「公司依第9條規定申請核發完成證明時，應檢具下列文件、資料：‧‧‧。

二、生技新藥投資計畫核准函影本。

三、足資證明完成生技新藥之研究發展、臨床前試驗、臨床試驗或田間試驗之證明資料、生技新藥上市或製造許可證明‧‧‧。

六、募集現金資本之相關證明文件。」

「生技新藥公司經核發生技新藥投資計畫核准函，未能取得完成證明者，依該生技新藥投資計畫而適用投資抵減之營利事業，應由管轄稅捐稽徵機關追繳其已抵減之稅額。」

「（第1項）經核發生技新藥投資計畫核准函之生技新藥公司，其依核准之投資計畫所募集之資金，以於投資計畫期間支應該投資計畫所需者為限。

（第2項）前項所稱支應該投資計畫所需者，指與該投資計畫有關之下列支出：一、公司固定營業場所之投資、興建、各項與公司經營本業有關之營業成本及費用支出。

二、購置全新與自行開發之機器、設備及技術之支出。

（第3項）第1項所募集之資金於投資計畫期間，未全數支應該投資計畫所需者，其可適用營利事業股東投資抵減之金額，應按已支應該投資計畫之金額占所募集資金之比率計算之。」

為投資抵減辦法第1條、第2條、第3條第1項、第7條第1項前段、第8條第1項、第9條第1項、第10條第1項、第11條第1項、第13條第2項及第14條所明定。

由是觀之，前揭授權命令給予生技新藥公司記名股東租稅優惠即核發投資抵減稅額證明書之前提，必須該生技新藥公司於創立或擴充時，向經濟部申請取得生技新藥公司審定函及投資計畫核准函，之後方能於繳納股款滿3年後向公司所在地之稅捐稽徵機關申請核發；

且為避免股東濫用租稅優惠，並管制生技新藥公司於投資計畫核准函屆滿5年時，向公司所在地地方主管機關申請核發完成證明，如生技新藥公司未能按核准函（暨其所附之投資計畫書等相關文件）履行投資計畫，或未依同辦法第10條辦理計畫延長或計畫產品、技術服務項目之變更，以致未能取得完成證明者，管轄之稅捐稽徵機關並得向營利事業追繳其已抵減之稅額。

然生技新藥產業發展條例第4條已明定該項產業主管機關為經濟部，則生技新藥公司所在地之稅捐稽徵機關或地方主管機關所以得核發投資抵減稅額證明書或完成證明書，自然必須遵照經濟部前揭審定並核發之生技新藥公司審定函及投資計畫核准函所指示之事項辦理，而不得逸脫經濟部前揭核准函文而自為詮釋。

況經濟部就生技新藥公司所核發之投資計畫核准函既作為稅捐稽徵機關發給投資抵減稅額證明書及地方主管機關評定該公司有無完成投資計畫並核發完成證明書之依據（參見同辦法第8條第1項第2款、第11條第1項第2款），則經濟部前揭核准函之內容必須足以清楚、特定，以供前揭機關有所遵循而不生適用上之疑義，依此，經濟部前揭核准函及其附件必須翔實記載投資計畫產品內容、技術服務項目與投資範圍（均屬投資計畫所指之投資項目，用以說明股東投資金額在何等範圍內可以作為抵減稅額之基礎，藉此區別使用於投資計畫之金額與其他使用於公司營運有關之非投資計畫金額）及其計畫預定完成期限（評定投資計畫有無於期限內完成）等具體事項，而足以讓非生技新藥公司之主管機關得以憑經濟部投資計畫核准函即得認識並特定其依前揭法規命令所須分工之範疇；

佐諸同辦法第11條第1項第6款亦規定申請人應提出募集現金資本之證明文件、第14條第1項並規定投資計畫所募集之資金須經核准，則上開規定所指之「募集之資金」，當非指生技新藥公司記名股東於公司創立或擴充之全部出資，而是指生技新藥公司經經濟部核准並專用於投資計畫所募集之資金。

是此，經濟部核發之投資計畫核准函除應檢附投資計畫書外，經核准得使用於投資計畫所募集之資金（即投資項目及其範圍）及投資計畫預定完成期限，依前揭規定說明，均屬經濟部依同辦法第7條規定核發投資計畫核准函時所應記載之必要事項。

（三）查原告係於100年3月21日以勤高字第10000279號申請書並檢附牙科植體系統（歸類F3640骨內植體）生技新藥產業投資計畫書，向經濟部申請審定生技新藥公司及核准上開投資計畫，經經濟部於100年10月14日召集專家學者召開「生技新藥產業發展條例相關事項審議會100年度第6次會議」，決議建請經濟部審定原告為生技新藥公司及其研發投資項目為牙科植體系統。

經濟部即於100年12月7日以經授工字第10020424690號函核發生技新藥公司審定函及於101年2月9日以經授工字第10120402150號函核發投資計畫核准函（附投資計畫書及附表）予原告，而前揭101年2月9日函並載明：「三、貴公司前述生技新藥之投資計畫：增加實收資本額新臺幣200,000仟元（其中現金資本額200,000仟元）；

購置全新機器設備10,360仟元，總投資金額80,000仟元；

經核符合『營利事業適用生技新藥公司股東投資抵減辦法』第7條之規定‧‧‧。

四、經核發生技新藥投資計畫核准函之生技新藥公司，未能於本部核發核准函之次日起5年內完成投資計畫，或投資計畫產品、技術服務項目變更者，應於期限屆滿前，向本部申請延長或變更‧‧‧。」

等語之事實，有經濟部上開函文、會議紀錄等文件在卷可稽（見本院卷第157至163頁），並為兩造所是認。

依此，原告於102年11月4日依據生技新藥產業發展條例第6條、投資抵減辦法第8條規定，檢具經濟部101年2月9日核准函暨投資計畫書等相關文件，向被告申請核發股東投資抵減稅額證明書，經被告書面審核其於投資計畫期間支應該投資計畫之金額雖逾8,000萬元，但因經濟部101年2月9日核准函，核准原告生產「F3640骨內植體」生技新藥之投資計畫總投資金額為8,000萬元，超逾8,000萬元部分即非屬投資計畫金額，而不得計入審認股東投資抵減之計算基礎；

此外，原告記名股東另有金屬中心，經被告查閱該中心係於52年8月21日先向經濟部申辦設立許可，再於同年12月1日向臺灣高雄地方法院辦理財團法人設立登記（見原處分卷第11頁），經被告向管理機關之經濟部函查後，經濟部以103年5月13日經授工字第10320410550號函謂金屬中心屬公益性質之財團法人，與以營利為目的之工、商、農、林等營利事業，尚有不同等語（見原處分卷第95至96頁），乃依同辦法第8條、第14條等規定，按核准總投資金額8,000萬元，減除非營利事業股東投資額，依20%抵減率，核算可抵減稅額計12,672,000元，並以103年12月10日財高國稅審一字第1030118677號函（即原處分）核發投資抵減稅額證明書，自屬適法之處分。

（四）雖原告主張生技新藥產業發展條例立法目的本在促進產業朝高風險醫療器材之知識密集型產業發展，不應過苛，只要生技新藥公司股東投資額確實有實際用於投資事業，依投資抵減辦法第14條第1項規定，前揭股東投資額即得適用於投資抵減金額之認定，而不能僅以投資計畫估列金額來認定；

況生技新藥公司依投資抵減辦法第3條第1項第2款所應提出之投資計畫書，並未要求申請人需具體表明投資金額，此即表示投資金額並非必要記載事項，更非經濟部核准要件，故被告僅需判斷原告有無將股東投資金額實際用於投資計畫，而不應受經濟部核准函所列投資總金額之限制云云。

惟查： 1、投資抵減辦法第3條第1項第2款已規定投資計畫書應包含投資計畫目的、投資項目、經營團隊等項，則投資計畫書既須明列投資項目，此即說明生技新藥公司容任具有投資項目與非投資項目之事業存在，而投資抵減辦法僅就股東投資額有使用於投資計畫所指之投資項目者為限，而不及於投資計畫書所列投資項目以外之其他公司營運項目。

然則何謂「投資項目」？依投資抵減辦法第10條規定，至少「投資計畫產品」及「技術服務項目」均屬投資計畫書之「投資項目」項下之必要記載事項，且既名為「『投資』項目」，又焉有不記載生技新藥公司對該項目之投資金額？依此，投資計畫中關於產品內容特色之描述、產品所須專利技術或服務，乃至為生產該項產品所須支應之材料設備、專業人才、特殊技術服務等相關預列之投資金額，均屬投資計畫書所列「投資項目」之應記載事項，且彼此環環相扣，亦即只要「投資項目」項下之內容有任一處變更，就會牽動他項內容之擴張或減縮。

以產品內容描述為例，如果投資計畫產品之內容更迭，縱使其仍可歸類為醫療器材管理辦法附件一「醫療器材分類分級品項」中同一種類之產品，只要其所涉及之產品外觀描述不同，就有可能改變其所須應用之專利技術或服務（know-how），進而變動其對各該產品材料設備、專業人員、技術服務所須支應預估之投資金額，則產品內容更迭後之新產品，當然已非申請人最初申請時所提投資計畫所指之投資項目可得涵蓋，不僅稅捐稽徵機關無從認定是否同一產品及投資金額究竟有無使用於投資計畫，公司所在地地方主管機關更無從判斷其投資計畫有無於期限內完成而得核發完成證明書，故投資抵減辦法第10條方規定如於投資期限內有產品、技術服務項目變更者，必須於期限屆滿前，另向經濟部申請延長或變更；

且其因而構成投資金額變動時，更必須依投資抵減辦法第7條第1項規定，於增資擴充後6個月內再向經濟部申請核發新的投資計畫核准函。

由是可知，只要投資計畫內之投資項目，包含產品內容、技術服務、投資金額等項，有任何一項變動，就有可能改變原有之投資計畫，進而影響到終端之投資計畫完成證明，乃至發生必須追繳原已抵扣之個別股東投資額之情事。

2、且查，原告於104年3月23日另以申請函向經濟部表示：「申請人原於100年申請適用生技新藥產業發展條例‧‧‧並取得經濟部101年2月9日核發符合生技新藥投資計畫核准函。

‧‧‧惟總投資金額僅為8千萬元，主係公司募集成立之初，資本金資金需求為依公司成立初期各組織職能所須花費之成本支出預算所估列，包括人事費用、委託費用、技轉費用、設備費用及其他費用等支出，故原申請投資計畫所提出之總投資額8千萬元，僅係針對原投資產品maxFIT人工牙根植體系統研發初期所需之資金列示，另外因101年初該植體系統主要設計人張正宜醫師因故退出申請人股東團隊，同時不繼續授權本公司使用此設計，故申請人於當年度已結束maxFIT之研發投資。

‧‧‧於同年度延續maxFIT產品之構想概念，自行研究開發maxFIT II人工牙根植體系統，兩者差異在植體外型設計、膺復件系統設計及手術器械系統，並於102年中通過查驗登記，取得行政院衛生署醫療器材許可證，申請人預計該投資產品開發包括人事費用、委託費用、設備費用及其他費用等支出成本約4,300萬元；

另外於101年度為降低醫生植牙技術門檻，減少手術差異化及提升植牙成功率，再開發醫生進行植牙手術即時影像傳輸之Aq Navi植牙手術導航系統，並於103年初通過查驗登記，取得行政院衛生署醫療器材許可證，此亦為國內相關醫療器材首類通過案例，申請人預計該投資產品開發包括人事費用、委託費用、設備費用及其他費用等支出成本約4,600萬元。

．．．申請人沿襲maxFIT II之植體設計，另外再開發一件式植體maxFIT II OPI人工牙根植體系統，並於102年初通過查驗登記，取得行政院衛生署醫療器材許可證，此植體系統與三件式植體maxFIT II共用部分手術器械，可降低成本並方便醫師使用，申請人預計該投資產品開發包括人事費用、委託費用、設備費用及其他費用等支出成本約3,200萬元。

‧‧‧申請人於103年度決定開發較強自攻能力之植體系統，並命名為maxFIT II S人工牙根植體系統，預計於104年中提出查驗登記申請，並將於民國105年中可進入市場，申請人預計該投資產品開發包括人事費用、委託費用及其他費用等支出成本約1,900萬元。

‧‧‧重新預估100年至104年度合計投入總成本約222,308,000元，因投資計畫產品及預計總投資金額均有變更，故擬依營利事業適用生技新藥公司股東抵減辦法第10條規定，於投資計畫完成期限屆滿前，謹檢附相關文件，向貴局申請變更投資計畫。」

等語；

然經濟部於104年4月15日以工化字第10400331180號函復略以：「說明：二、查本案貴公司業經本部100年12月7日經授工字第10020424690號函同意核發生技新藥公司審定函核准在案並載明研發項目『F3640骨內植體』，先予敘明。

三、本案貴公司於101至104年度另行開發『maxFiTII、Aq Navi及maxFiT II S』等4項新投資計畫產品一節，若欲新增研發項目，可檢具申請生技新藥公司審定之資料，向經濟部提出申請．．．，經中央目的事業主管機關及經濟部審定，即會核發含增列項目之新的審定．．．。

」等語之事實，為兩造所是認，並有被告提出前揭原告及經濟部工業局函文各一份在卷可證（見本院卷第113至155頁）。

由是觀之，經濟部101年2月9日核准函所核准投資計畫之投資項目，係專就原告原計畫產品maxFIT、技術服務、及針對該項產品所須人事費用、委託費用、技轉費用等其他費用合計總投資額8,000萬元所規劃。

然該項產品於101年初因股東、技術服務變動已結束研發投資，而另行開發新產品（代號maxFIT II）及其衍生產品（代號分別為Aq Navi、maxFIT II OPI、maxFIT II S），且因新開發上開4項新產品，以致衍生新的人事、設備、委託等其他相關技術服務項目，並進而產生新的投資金額，足見原告已因人員更動、技術抽離等因素，而變更原投資計畫內固有之研發產品，並據以牽動各該產品相關之技術服務項目及投資金額。

然原告於產品內容變動之際，從未曾依投資抵減辦法第10條規定向經濟部申請延長或變更上開投資計畫，亦未依投資抵減辦法第7條第1項規定於102年間增資擴充後6個月內另向經濟部申請核發新的投資計畫核准函，致其於102年11月間向被告申請核發投資抵減證明書時，仍係持其經經濟部101年2月9日核發之原投資計畫核准函（含原投資計畫）據以令被告審核辦理。

但因被告非屬生技新藥產業之主管機關，投資計畫所列投資項目（含產品、技術服務項目及投資金額等是）為何，當非其所須審究之事項，是以被告之分工權責僅就經濟部上開核准函所示核准之投資計畫總投資額8,000萬元範圍內，核認原告營利事業股東繳納股款達3年以上者，是否使用於投資計畫期間內所支出之人事、材料設備、技術服務等相關費用即足。

然而原告既於101年初即已結束原投資計畫所指之投資項目，則被告於103年12月10日以財高國稅審一字第1030118677號函核發投資抵減稅額證明書中有關原告營利事業股東投資額有使用於投資計畫之金額，僅有少部分（101年初以前所生費用）屬於原投資計畫所指之投資項目；

至於其他大部分可抵減之投資額，事實上屬於原告新的研發產品所衍生之技術服務費用，尚非原投資計畫之投資項目可得包含。

縱使被告已核發103年12月10日之投資抵減稅額證明書，只要原告未於投資計畫期限屆至前另向經濟部申請延長、變更或核發新的投資計畫核准函，因原告對於原有投資計畫已屬不能成就（完成），原告公司所在地地方主管機關當無從依據原有之投資計畫核准函核發完成證明，從而，原告營利事業股東將有依投資抵減辦法第13條第2項規定，遭遇追繳其已抵繳之營利事業所得稅額之危險。

雖原告於本院審理時另稱：伊於101年間另行升級研發maxFIT II人工牙根植體系統，與maxFIT產品間，僅在「植體外型設計、膺復件系統設計及手術器械系統」上有些許差異，亦即僅係在植體外型以及配套系統上有所調整，並非新產品研發，更非投資計畫產品項目變更，自無須再提出新投資計畫產品審定之申請云云。

然查，姑不論原告其他3項產品（代號分別為Aq Navi、maxFITII OPI、maxFIT II S）已與原投資計畫產品明顯不同，號稱原產品第二代之maxFIT II，其產品既與原產品之植體外型設計、膺復件系統設計及手術器械系統均有所差異，並個別衍生不同之人事、技轉、設備、委託等相關技術服務項目及其投資金額，揆諸本院前揭說明，已難認新產品maxFIT II得為原投資計畫之投資項目所包含；

況且，原投資計畫核准函所核准投資總額8,000萬元係專就原產品5年內完成所須之投資費用予以預估，今原告前揭原產品僅執行投資計畫一年左右即已中斷，至其新產品maxFITII之研發費用依其前揭申請函所估算費用僅須4,300萬元，縱認新產品maxFIT II得以取代原產品maxFIT而為原投資計畫所涵蓋，則原告是否已支應如投資計畫所示之投資金額8,000萬元，亦誠有疑義，顯見原告實有將其他3項產品研發所生費用一併加入作為本件申請投資抵減稅額之基礎。

則原告持經濟部101年2月9日核發之原投資計畫核准函，卻檢附與原投資計畫無關之他項研發產品及技術服務項目所生費用，要求被告另就其支出超過核准函所列總投資金額8,000萬元以外、且實際支應於上開研發產品之費用，按投資抵減辦法第8條第1項、第14條等規定核給投資抵減稅額證明書云云，實屬無據。

3、至原告於被告作成本件原處分前，固曾向經濟部工業局函詢投資抵減辦法第8條規定之適用及得否變更投資計畫核准函所示投資金額，並經經濟部工業局以103年11月12日工化字第10301011160號函覆說明略謂：「本案貴公司生產『F3640骨內植體』生技新藥之投資計畫，業經本部101年2月9日經授工字第10120402150號函同意核發生技新藥投資計畫核准函在案，因原列計之投資計畫成本僅包含研發成本之概估，並未列計所有投資計畫成本，其生技新藥投資計畫之研發費用由原核准之8,000萬元增加至127,735,502元（註：此為當時原告自行結算截至102年底之彙總金額）一節，經查係屬貴公司所在地之稅捐稽徵機關之執掌，請逕向高雄國稅局備齊所具資料，俾利該局辦理後續核發投資抵減稅額證明書等相關事宜。」

等語（見本院卷第29頁），似謂經濟部核發之投資計畫核准函所載投資金額僅係預估值，該項投資計畫金額仍可因應實際投入成本之增加而加以變更，並得由被告核實審認。

然經本院依被告聲請傳訊製作前揭函文之證人即經濟部工業局技正李家豪則證稱：依據投資抵減辦法第14條第1項規定，經濟部核發投資計畫核准函之核准範圍本來就包含投資項目及金額，本件於100年10月間審議時，原告新增投資共2億元，但向經濟部申請時同時提出之投資計畫內，已說明僅列投資計畫金額為8,000萬元，則其餘12,000萬元就與投資計畫金額無關，經濟部僅就投資計畫內之金額及項目予以審查是否合理，且依據投資抵減辦法第7條、第10條規定，經濟部僅就最初申請新投資創立、增資擴充、投資計畫申請延長或投資計畫產品、技術服務項目變更等事由受理申請，至於同一計畫案之計畫金額增加，則非經濟部可得受理申請之事項，至其上開103年11月12日函文係表示，雖然經濟部已不得受理其於同一投資計畫案中另申請變更投資金額，但原告實際支出之投資金額超出經濟部投資計畫核准函所載投資總額，稅捐稽徵機關仍得憑相關租稅優惠法令辦理，例如產業創新條例等是，且生技新藥產業發展條例僅是目前政府租稅優惠中其中一項租稅優惠法令，因伊對相關租稅優惠法令不甚了解，故如有超出經濟部核准函所示金額部分，自應以稽徵機關相關法令辦理等語（見本院卷第98至103頁）。

由是觀之，經濟部核發之投資計畫核准函確有就投資計畫之總投資額予以核實審認，並用以拘束核發投資抵減稅額證明書之稅捐稽徵機關（亦即非投資計畫所列之投資金額，即與投資計畫無涉，而不得認列為營利事業股東投資抵減稅額之基礎），雖經濟部前揭核准函並不妨礙稅捐稽徵機關依其他租稅優惠法令另行發給他項投資抵減證明書，但如其他租稅優惠法令並未於生技新藥產業發展條例以外，額外容許再發給投資抵減證明書者，稅捐稽徵機關即無從於經濟部前揭核准函外，自行核實審認而發給超過核准函所載投資金額可得抵減之稅額。

乃原告逕持經濟部工業局103年11月12日函文，謂經濟部工業局已核釋可逕備齊資料，就超過投資總額8,000萬元部分，向被告申請辦理後續核發投資抵減稅額證明書事宜云云，亦屬無據。

（五）又原告主張其原始股東金屬中心，既屬定期就銷售勞務收入，按所得稅法規定申報繳納營利事業所得稅之主體，實無否認其為所得稅法定義上之「營利事業」之理。

金屬中心在性質上既屬所得稅法上定義之營利事業，其以現金入股原告之投資額12,050,000元，自應列入原告營利事業股東投資可抵減金額範圍內，始屬合法云云。

惟按生技新藥產業發展條例第2條前段已明定：「生技新藥產業發展，依本條例之規定；

本條例未規定者，適用其他有關法律之規定。」

而上開條例及其授權命令之投資抵減辦法第6條均未就同條例第6條規定之「營利事業」予以定義，然同條例第6條既是給予生技新藥公司營利事業原始股東之租稅優惠，則揆諸前揭同條例第2條前段規定，自應回歸稅法探詢「營利事業」之規範。

而所得稅法第1條規定：「所得稅分為綜合所得稅及營利事業所得稅。」

第3條第1項規定：「凡在中華民國境內經營之營利事業，應依本法規定，課徵營利事業所得稅。」

第11條第2、4項規定：「（第2項）本法稱營利事業，係指公營、私營或公私合營，以營利為目的，具備營業牌號或場所之獨資、合夥、公司及其他組織方式之工、商、農、林、漁、牧、礦冶等營利事業。

‧‧‧（第4項）本法稱教育、文化、公益、慈善機關或團體，係以合於民法總則公益社團及財團之組織，或依其他關係法令，經向主管機關登記或立案成立者為限。」

第71條之1第3項規定：「合於第4條第13款規定之教育、文化、公益、慈善機關或團體及其作業組織，應依第71條規定辦理結算申報；

其不合免稅要件者，仍應依法課稅。」

依此，教育、文化、公益、慈善機關或團體因其均屬公益組織，設立本質即非以營利為目的，當非屬所得稅法第11條第2項所定義之「營利事業」，也無須依同法第3條第1項規定課徵營利事業所得稅，依同法第71條之1第3項，其所申報之所得稅與中華民國境內之個人相同，應屬機關團體申報之綜合所得稅。

次按「教育、文化、公益、慈善機關或團體，有前項規定之股利淨額或盈餘淨額者，不計入所得額課稅，其可扣抵稅額，不得扣抵其應納所得稅額，並不得申請退還。」

所得稅法第42條第2項定有明文；

此外，教育文化公益慈善機關或團體免納所得稅適用標準教育文化公益慈善機關或團體免納所得稅適用標準第2條第1項復規定：「教育、文化、公益、慈善機關或團體符合下列規定者，其本身之所得及其附屬作業組織之所得，除銷售貨物或勞務之所得外，免納所得稅：一、合於民法總則公益社團及財團之組織，或依其他關係法令，經向主管機關登記或立案。

二、除為其創設目的而從事之各種活動所支付之必要費用外，不以任何方式對捐贈人或與捐贈人有關係之人給予變相盈餘分配‧‧‧。

四、其無經營與其創設目的無關之業務‧‧‧。

八、其用於與其創設目的有關活動之支出，不低於基金之每年孳息及其他各項收入百分之60。

但符合下列情形之一者，不在此限：（一）當年度結餘款在新臺幣50萬元以下。

（二）當年度結餘款超過新臺幣50萬元，已就該結餘款編列用於次年度起算四年內與其創設目的有關活動支出之使用計畫，經主管機關查明同意。」

由是觀之，機關團體投資營利事業所獲配之股利淨額或盈餘淨額不計入所得額課稅，但仍屬機關團體之孳息收入，如符合財政部84年9月8日台財稅字第841644931號函等函釋要件（諸如無任何營業或作業組織收入，且財產總額或當年度收入總額未達1億元者），即得免辦理結算申報；

縱使不符合免申報要件，只要符合上開免納所得稅適用標準第2條第1項第8款所計算之支出比例時，該孳息收入亦得免納所得稅。

依此，所得稅法已從應課徵營利事業所得稅之對象上，將機關團體排除於營利事業之外，縱其投資營利事業而得獲配股利淨額或盈餘淨額，亦得在一定條件下免予申報，縱使依法必須申報，仍得在符合特定條件下予以免納所得稅；

反之，營利事業凡有所得，均須申報，並無豁免條件，且其僅於符合所得稅法第5條第5項第1款要件（營利事業全年課稅所得額在12萬元以下者）時，方得免徵營利事業所得稅，故二者無論在體系解釋上或稅捐優惠待遇上，都有明顯的差異，機關團體自無可能一方面享受稅法上之優惠待遇，他方面又藉由投資營利事業企圖獲得其他租稅優惠法令給予營利事業額外之營利事業稅額抵減優惠。

況生技新藥產業發展條例第6條第1項已明定其所授與租稅優惠之對象必須係「『營利事業』原始認股或應募屬該生技新藥公司發行之股票，成為該公司記名股東達3年以上」者，且其租稅優惠最大範圍則為「該生技新藥公司未以該認股或應募金額，依其他法律規定申請免徵營利事業所得稅或股東投資抵減者，得以其取得該股票之價款百分之20限度內，自其有應納營利事業所得稅之年度起5年內抵減各年度應納『營利事業所得稅額』」，則機關團體既非屬營利事業，又無須繳納營利事業所得稅，當非屬生技新藥產業發展條例所欲給予租稅優惠之對象。

今查，原告原始股東金屬中心，係於52年間向地方法院辦理財團法人設立登記，並經經濟部103年5月13日經授工字第10320410550號函認定其屬公益性質之財團法人，與所得稅法定義之營利事業不同乙節，已如前述，且依其捐助章程第2條明定：「從事研究發展、厚植工業服務與技術推廣之能力，以訓練專門人員及生產與管理、技術服務方式輔導協助國內金屬及其相關工業改善設備，提高管理生產技術，研究改良製造方法及成本控制，以有效利用金屬資源、發展新產品、拓展銷售市場，使其具備國際市場良好之競爭力為目的。」

（見本院卷第67頁）而確認其非以營利為目的，非屬所得稅法第11條第2項所稱之營利事業；

復經被告查證，金屬中心歷年均以機關團體及其作業組織辦理結算申報並經核定，從未辦理營利事業所得稅申報（見原處分卷第103至104頁），故於原告申報股東投資抵減稅額證明書時，另行減除金屬中心部分之股東投資額，自屬於法有據。

乃原告主張金屬中心亦屬實質意義之營利事業，且機關團體申報之所得稅被歸類為營利事業所得稅，其亦得申領股東投資抵減稅額證明書云云，要屬無稽，不應准許。

五、綜上所述，原告前揭主張均無足取；被告經審認原告支出之投資計畫研發經費已逾8千萬元，遂按原告102年11月4日申請書所提經濟部101年2月9日生技新藥投資計畫核准函所載明之總投資金額8千萬元，減除金屬中心之非營利事業股東投資額，依20%抵減率，核算可抵減稅額計12,672,000元，而以103年12月10日財高國稅審一字第1030118677號函核發投資抵減稅額證明書，核無違誤；

訴願決定予以維持，亦無不合；

原告起訴求為判決⑴訴願決定及被告前揭原處分關於不利原告部分均撤銷；

⑵被告應依原告102年11月4日之申請，依據生技新藥產業發展條例第6條、投資抵減辦法第7、8、10、14條等規定，作成准予再核發21,418,000元股東投資抵減稅額證明書之行政處分等情，為無理由，應予駁回。

又本件事證已臻明確，兩造其餘攻擊防禦方法，經核與判決結果不生影響，爰不一一論述，附此敘明。

六、據上論結，本件原告之訴為無理由，依行政訴訟法第98條第1項前段，判決如主文。

中 華 民 國 104 年 12 月 8 日
高雄高等行政法院第三庭
審判長法官 蘇 秋 津
法官 張 季 芬
法官 林 彥 君
以上正本係照原本作成。
一、如不服本判決，應於送達後20日內，向本院提出上訴狀，其未表明上訴理由者，應於提出上訴後20日內向本院補提理由書（均須按他造人數附繕本）。
未表明上訴理由者，逕以裁定駁回。
二、上訴時應委任律師為訴訟代理人，並提出委任書。
（行政訴訟法第241條之1第1項前段）
三、但符合下列情形者，得例外不委任律師為訴訟代理人。
（同條第1項但書、第2項）
┌─────────┬────────────────┐
│得不委任律師為訴訟│         所  需  要  件         │
│代理人之情形      │                                │
├─────────┼────────────────┤
│（一）符合右列情形│1.上訴人或其法定代理人具備律師資│
│      之一者，得不│  格或為教育部審定合格之大學或獨│
│      委任律師為訴│  立學院公法學教授、副教授者。  │
│      訟代理人    │2.稅務行政事件，上訴人或其法定代│
│                  │  理人具備會計師資格者。        │
│                  │3.專利行政事件，上訴人或其法定代│
│                  │  理人具備專利師資格或依法得為專│
│                  │  利代理人者。                  │
├─────────┼────────────────┤
│（二）非律師具有右│1.上訴人之配偶、三親等內之血親、│
│      列情形之一，│  二親等內之姻親具備律師資格者。│
│      經最高行政法│2.稅務行政事件，具備會計師資格者│
│      院認為適當者│  。                            │
│      ，亦得為上訴│3.專利行政事件，具備專利師資格或│
│      審訴訟代理人│  依法得為專利代理人者。        │
│                  │4.上訴人為公法人、中央或地方機關│
│                  │  、公法上之非法人團體時，其所屬│
│                  │  專任人員辦理法制、法務、訴願業│
│                  │  務或與訴訟事件相關業務者。    │
├─────────┴────────────────┤
│是否符合（一）、（二）之情形，而得為強制律師代理之例│
│外，上訴人應於提起上訴或委任時釋明之，並提出（二）所│
│示關係之釋明文書影本及委任書。                      │
└──────────────────────────┘
中 華 民 國 104 年 12 月 8 日

書記官 謝 廉 縈