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臺中高等行政法院判決
101年度訴字第450號
102年4月11日辯論終結
原 告 財團法人佛教慈濟綜合醫院
代 表 人 釋證嚴
訴訟代理人 聶齊桓 律師
林進富 律師
被 告 雲林縣稅務局
代 表 人 林瑞堂
訴訟代理人 蔡孟桂
林瓊品
林建言
上列當事人間因房屋稅事件，原告不服雲林縣政府中華民國101年9月14日府行訴字第1016000547號訴願決定，提起行政訴訟，本院判決如下：
主 文
原告之訴駁回。
訴訟費用由原告負擔。
事實及理由
一、事實概要：緣原告所有坐落雲林縣斗六市鎮○里○○路○段○○○號房屋，領有雲林縣政府民國（下同）92年7月30日（92）雲營使字第639號使用執照，經被告核定99年度房屋現值新臺幣（下同）18,494,800元、100年度房屋現值18,298,100元，課稅總面積6,391平方公尺，其中21平方公尺，設有「尚陽中西藥局」供營業使用，按營業用稅率課徵，至其餘面積6,370平方公尺，以原告係依醫療法規定，向行政院衛生署（下稱衛生署）立案登記之醫療財團法人，並非經內政部立案之私立慈善救濟事業，且其設立目的及主要業務為醫療事業，非屬私立慈善救濟事業，核與房屋稅條例第15條第1項第2款規定免徵房屋稅要件不符，遂按非住家非營業用稅率課徵，核定99年度營業用房屋稅1,929元、非住家非營業用房屋稅368,610元，合計370,539元，100年度營業用房屋稅1,908元、非住家非營業用房屋稅364,690元，合計366,598元。
原告對99年度非住家非營業用房屋稅368,610元、100年度非住家非營業用房屋稅364,690元部分不服，申請復查，未獲變更，提起訴願，遭決定駁回，遂提起本件行政訴訟。
二、本件原告主張：㈠最高行政法院101年8月9日101年度判字第713號判決作出有利於原告之見解略以：1.「惟此所稱立案，並不以向內政部立案者為限；
換言之，事業若有經立案之事實，雖非向內政部為之，如實質上得認係以從事慈善救濟為主要目的者，亦得認合於房屋稅條例第15條第1項第2款規定所稱『經立案之慈善救濟事業』之要件。
」、「應就上訴人實質上是否以從事慈善救濟為主要目的一節判定之，尚不得逕以上訴人未向內政部申請設立許可，即認其與房屋稅條例第15條第1項第2款所稱『經立案慈善救濟事業』之要件不合。」
等語，是其認定原告向衛生署立案，係符合「業經立案之要件」。
其見解與行政院秘書長101年6月14日院臺財字第1010134152號函檢送101年6月8日「研商醫療財團法人佛教慈濟綜合醫院房屋稅陳情案會議紀錄」之「會議結論」稱：「（一）有關醫療財團法人適用房屋稅條例第15條第1項第2款規定所稱『業經立案之私立慈善救濟事業』免徵房屋稅規定，宜有一致性適用標準，爰訂定『醫療財團法人符合房屋稅條例第15條第1項第2款業經立案之私立慈善救濟事業之認定標準』為：『由宗教團體或具宗教性質之社會福利事業捐助成立，經內政部許可設立之財團法人，或向衛生署立案為醫療財團法人之醫院，經內政部或衛生署認定確有持續提供醫療慈善救濟服務者，即符合房屋稅條例第15條第1項第2款業經立案之私立慈善救濟事業』。
（二）前揭有關『確有持續提供醫療慈善救濟服務』之標準，請內政部及衛生署擬訂，並與財政部會商。」
行政院已確認宗教性質之社會福利事業捐助成立之醫院，若經內政部或衛生署認定確有持續提供醫療慈善救濟服務者，即符合「業經立案之私立慈善救濟事業」之要件。
2.「上訴人之捐助章程，列明有『辦理義診暨弱勢族群及低收入戶之照護』及『辦理老人及身心障礙者等社會福利服務事項』等與慈善救濟有關之事項。
……上訴人就其有為慈善救濟之事實，曾於原審提出其醫院『97年度慈善救濟財會系統分類帳』及『91年至99年慈善救濟執行報告』等證據以為證明，亦有上述證據在卷可按，並其中之『91年至99年慈善救濟執行報告』，曾經內政部100年11月24日函謂：『……屬社會福利服務範疇。
……核屬社會救助範疇，……計11億2904萬464元。
……尚符合『身心障礙者權益保障法』第21條、第22條及第23條規定之服務提供……尚符合『老人福利法』第17條及第18條規定之服務提供。」
其認為原告「慈善救濟財會系統分類帳」、「慈善救濟執行報告」及內政部100年11月24日函等證據均關係原告實際上是否以從事慈善救濟為主要目的之認定，而應予實體認定。
㈡鈞院認定原告係以從事慈善救濟為主要目的，經判決確定且業經稅務局退還稅款在案：1.鈞院101年5月16日100年度訴更一字第8號判決略以：「本件原告是否係慈善救濟事業，本院認應參考內政部前揭96年12月17日函之意旨，就原告是否實際從事醫療救濟、社區醫療服務及與社會福利事業有關之相關慈善救濟業務；
並就其為從事上開可認屬『慈善救濟業務』所支出之經費，及其規模，予以觀察，作為認定原告是否已具慈善救濟事業之本質，作為其是否可主張有房屋稅條例第15條第1項第2款適用之依據。」
、「查原告提出其91年至99年慈善救濟執行報告，經社會福利事業主管機關內政部以100年11月24日內授中社字第10007010432號函認……又原告提出於內政部之『慈善救濟執行報告』，其內容所載事實，被告並不爭執，且有91-99年慈善救濟執行報告及財團法人佛教慈濟綜合醫院慈善救濟財會系統分類帳在卷可證。
依上事實，足認原告於設立後，已大量從事與內政部96年12月17日內授中社字第0960018943號函所指，屬慈善救濟事業之相關業務。
再者，原告91至98年歷年累計之『慈善救濟支出』為1,076,605,771元，已超過原告歷年累計之『盈餘』698,761,387元，如以原告章程第16條『結餘款之百分之五十撥充社會慈善救濟事業』之規定觀之，其91至98年結餘款之百分之五十，應為349,380,694元，顯見以91至98年言，原告實際上用於慈善救濟工作之金額，已遠大於其章程之規定；
更非醫療法第46條對於醫療財團法人應以收入結餘百分之十辦理醫療救濟、社區醫療服務及其他社會服務事項之最低法定義務，所能比擬。
是以原告長達8年之整體觀察，原告從事慈善救濟工作，顯非係在履行醫療法第46條所規定之義務。
且依上開事實，亦足認原告雖為醫療財團法人，醫療服務及醫學教育固為其重要業務，但慈善救濟工作，亦屬其重要業務，同為原告之主要業務，自得認原告具有『慈善救濟事業』之本質。」
其見解如同前開最高行政法院發回之意旨，就原告「慈善救濟財會系統分類帳」、「慈善救濟執行報告」及內政部100年11月24日函等證據，認定「慈善救濟工作，亦屬其重要業務，同為原告之主要業務，自得認原告具有『慈善救濟事業』之本質」。
2.該判決進一步參酌「91-98年慈善救濟支出明細表」而認定：「以原告證85（91-98年慈善救濟支出明細表）所顯示，原告有關慈善救濟之支出，分別為91年48,030,089元，92年58,403,555元，93年79,004,372元，94年113,834,666元，95年161,368,507元，96年192,700,396元，97年198,129,165元，98年225,135,021元，而原告91年至96年均屬虧損狀態，僅97年課稅所得632,222,218元，98年66,539,169元，合計91-98年原告經營醫療機構之結果仍虧損2,969,463,366元，但該等年度仍合計支出1,076,605,771元用於有關慈善救濟之工作。
此一事實，除合於前述原告並非僅以其結餘從事慈善救濟有關之支出之說明外，益足證原告本身所具有之慈善救濟事業本質。」
3.另案鈞院100年度訴字第29號就慈濟醫院99年度房屋稅亦以同一理由判決慈濟醫院勝訴確定，亦經稅務局退還稅款在案。
㈢內政部已函釋認定原告是「業經立案之慈善救濟事業」，財政部亦函釋尊重內政部之認定：1.內政部審查原告之慈善救濟執行報告後，以100年11月24日內授中社字第10007010431號函釋認定：「二、本案依行政院衛生署認定，貴院91-99年慈善救濟執行報告內容辦理『經濟個案補助項目』，符合醫療法施行細則第30條之1規定所列醫療救濟事項之範圍，且前開各年度醫療救濟支出佔醫療收入結餘比例，皆已超過醫療法第46條規定之比例。
三、本部就是否屬『社會福利服務』或『社會救助』範疇，說明如下：（一）統計表二、『兒童少年照顧及福利類』頁18─頁22及頁115─頁148中，禪光育幼院醫療補助、新北市政府兒童醫療補助等，屬社會救助範疇，至兒童發展聯合評估中心（早期療育部分）、兒童復健中心團體（花蓮）、兒少保護個案（花蓮、大林、台中）等，屬社會福利服務範疇。
（二）推動骨髓移植、安寧療護、器官捐贈及主動提供弱勢民眾貧病生活補助、健保費補助、低收入戶醫療補助及遊民免費義診等服務，係該醫院基於公益目的而自行辦理社會救助性質之優免措施；
另該院慈善救濟執行報告內容（如55、56等頁內容），對於生活陷困民眾其醫療費用或喪葬費用無力負擔者，給予急難救助，核屬社會救助範疇，即執行報告內容第1頁91年至99年11月醫院慈善救濟統計表內『經濟個案補助費用』（醫療、看護、交通、生活、喪葬等費用）合計11億2,904萬464元。
（三）辦理『病友團體』『社區居家關懷』『社區公共衛生教育』3項目尚符合『身心障礙者權益保障法』第21條、第22條及第23條規定之服務提供，係屬提供身心障礙者健康維護及生育保健，與醫院應為住院身心障礙者提供出院準備計畫等相關服務。
（四）辦理『老人照顧及福利類』項目計有18項，其中『社區長者關懷服務』、『貧困老人輔具轉贈』、『老人保護個案』、『社區老人獨居探訪』、『高齡老人情緒疏導』、『高齡長者就醫及保險資訊提供說明』、『主動關心高齡老人』、『銀髮族社區健康講座』等項目尚符合『老人福利法』第17條及第18條規定之服務提供。」
已從實質認定原告是慈善救濟事業，且已認為原告所從事之慈善救濟，確有參考並符合內政部96年12月17日內授中社字第0960018943號函釋所稱「本部上開相關規定。」
2.內政部再度以101年1月4日內授中社字第1000701331號函釋「陳情案紀要：『……關於慈善救濟事業之認定，應由內政部主政，如涉及目的事業主管機關專業領域，可請各該機關表示意見供參。
又該條款所稱『立案之慈善救濟事業』，並未明定應向何機關立案，目前實務執行上並不以向內政部立案者為限。』
有關財團法人佛教慈濟綜合醫院慈善救濟認定案，業經本部函請衛生署表示意見並於100年11月24日以內授中社字第1000701043號函認符合原兒童及少年福利法、社會救助法、身心障礙者權益保障法及老人福利法相關規定，關於其所辦理之慈善救濟事業，業經本部認定。
至於其立案並不以向本部立案為限，屬經衛生署許可立案。」
3.財政部100年12月12日台財稅字第10000478210號亦函釋「有關貴院是否屬『業經立案之慈善救濟事業』等疑義一案……二、有關醫療財團法人得否認屬慈善救濟事業，經行政院邀集相關部會（署）研商，決議應由內政部主政。
此決議與本部100年7月6日台財稅字第10004717670號函、同年8月3日台財稅字第10000273810號函復臺中高等行政法院、高雄高等行政法院意見尚屬一致。
三、另查內政部就貴院91年至99年慈善救濟執行項目是否屬『社會福利服務』或『社會救助』範疇，業於100年11月24日分別函復臺北高等行政法院、高雄高等行政法院。
有關如何認屬慈善救濟事業乙節本部當予以尊重，併此敘明。」
財政部亦已表明尊重內政部所為原告是慈善救濟事業之認定。
㈣「法安定性原則」指的是廣義法秩序之安定，許玉秀大法官於司法院釋字第574號解釋之部分協同意見書中即指出：「國家權力的運作必須具有可預測性，所以法律必須安定。
法律明確，則有助於落實法律的安定。
法安定涉及法的時間效力，法明確涉及法的空間效力，時間移動代表空間更換，空間的變化累積成時間的進行，因此法明確可以累積法安定，為求法安定而衍生法明確。
……國家權力的運作之所以必須具有可預測性，為的自然是保障人民的權益，此所以法安定性原則旨在保護人民的權益，法秩序的安定不是目的，落實人民權益的保護才是目的，如果不能落實人民權益的保護，法的安定性並沒有意義。」
基此，行政機關藉由其行政行為（包括行政處分與行政命令）形成特定之法秩序，有「法安定性原則」之適用。
前開「法安定性原則旨在保護人民的權益，法秩序的安定不是目的，落實人民權益的保護才是目的，如果不能落實人民權益的保護，法的安定性並沒有意義。
」等語，即法安定性以保護人民權益為目的，若以法的安定性原則損害原告免徵房屋稅之權益，則與法的安定性原則完全背道而馳。
原告自73年設立時起至93年止，長達20年間，各地方稅務單位均係依房屋稅條例第15條第1項第2款將原告與教會醫院同免房屋稅，花蓮縣稅捐稽徵處進而以76年10月15日花稅法字第616037號復查決定書載稱：「主文：准予免徵房屋稅」、花蓮縣稅捐稽徵處玉里分處88花稅玉分㈡字第3073號函載稱：「經本分處調查結果屬實，符合房屋稅條例第15條第1項第2款規定，准自88年7月起免徵房屋稅」及花蓮縣稅捐稽徵處玉里分處以92年8月29日花稅玉分財字第9200042710號現值核定通知書所載稅目稅項均為零，而先後核予原告免徵房屋稅之授益行政處分可證，是故原告應與教會附設醫院或財團法人教會醫院同有「法安定性原則」適用。
㈤除上揭3則函釋外，謹摘錄有利於原告之函釋等如下：1.行政院秘書長101年6月14日院臺財字第1010134152號函檢送101年6月8日「研商醫療財團法人佛教慈濟綜合醫院房屋稅陳情案會議紀錄」之「會議結論」稱：「（一）有關醫療財團法人適用房屋稅條例第15條第1項第2款規定所稱『業經立案之私立慈善救濟事業』免徵房屋稅規定，宜有一致性適用標準，爰訂定『醫療財團法人符合房屋稅條例第15條第1項第2款業經立案之私立慈善救濟事業之認定標準』為：由宗教團體或具宗教性質之社會福利事業捐助成立，經內政部許可設立之財團法人或向衛生署立案為醫療財團法人之醫院，經內政部或衛生署認定確有持續提供醫療慈善救濟服務者，即符合房屋稅條例第15條第1項第2款『業經立案之私立慈善救濟事業』。
（二）前揭有關『確有持續提供醫療慈善救濟服務』之標準，請內政部及衛生署擬訂，並與財政部會商。
」行政院已確認具宗教性質之社會福利事業捐助成立之醫院，若經內政部或衛生署認定確有持續提供醫療慈善救濟服務者，即符合房屋稅條例第15條第1項第2款「業經立案之私立慈善救濟事業」。
2.財政部101年4月26日台財稅字第10100087860號函說明二稱：「房屋稅條例第15條第1項第2款規定之慈善救濟事業，將由行政院林政務委員政則協調內政部訂定相關認定標準，俾供稽徵機關作為日後就該類案件核處之依據。」
財政部同意就醫院是否慈善救濟事業訂定標準，而行政院已訂定如上。
3.行政院100年9月6日跨部會之協調會議陳情案紀要：「房屋稅條例第15條第1項第2款所定免徵房屋稅要件之一，須為業經立案之慈善救濟事業。
關於慈善救濟事業之認定，應由內政部主政，如涉及目的事業主管機關專業領域，可請各該機關表示意見供參。
又該條款所稱『立案之慈善救濟事業』，並未明定應向何機關立案，目前實務執行上並不以向內政部立案者為限。」
行政院明示房屋稅條例第15條第1項第2款所稱「立案之慈善救濟事業」，並未明定應向何機關立案，及目前實務執行上並不以向內政部立案者為限。
4.財政部100年8月3日台財稅字第1000273810號函覆高雄高等行政法院稱：「又原內政部主管立案之宗教團體附設醫院，對貧民等施予醫療救濟，或訂定較一般醫院收費為低之收費標準，符合上述房屋稅條例第15條慈善救濟性質，爰本部64年11月4日台財稅第37824號函及同年12月19日台財稅字第38987號函釋……免徵房屋稅。」
是財政部係以：⒈「對貧民等施予醫療救濟」，或⒉「訂定較一般醫院收費為低之收費標準」，而認定「教會附設醫院」係「符合上述房屋稅條例第15條慈善救濟性質」。
經查原告非但對貧民、災區民眾等施以義診，有「慈善救濟執行報告」在卷可證，符合財政部前函「對貧民等施予醫療救濟」之要件，抑且對低收入戶、老人、身心障礙者等予以醫療補助，有「佛教慈濟綜合醫院社會服務室醫療補助辦法」在卷可稽，故收費標準與一般財團法人醫院不完全相同，符合財政部前函「訂定較一般醫院收費為低之收費標準」之要件，自應同免房屋稅。
被告應以同一認定標準適用於原告，始符合課稅公平。
不應再為原告量身定作「主要目的事業是不是慈善救濟事業」之其他標準，而違反行政程序法第6條行政行為不得為差別待遇之規定。
5.財政部98年4月9日台財稅字第09804526600號函釋：「主旨：原屬宗教團體法人附設醫院，經依醫療法規定改設為醫療財團法人後，仍從事慈善救濟工作，且其慈善救濟本質於改設後並未變更者，准依房屋稅條例第15條第1項第2款免徵房屋稅……本案經函准內政部前揭函示，旨揭醫院是否屬慈善救濟事業，宜向其主管機關行政院衛生署洽詢，並參考該部相關規定。
又案經行政院衛生署前揭函略以……本署所管醫療財團法人所收取之費用及其收益之運用有關規範，並未與前開內政部規定有不一致情形……本部（即財政部）同意上開內政部及行政院衛生署意見。
……旨揭醫院嗣後其慈善救濟本質有變更者，請該署函知該醫院所在地地方稅稽徵機關，俾依法課徵房屋稅。」
財政部就財團法人教會醫院已明示以「具備慈善救濟本質」及「從事慈善救濟工作」，作為是否慈善救濟事業之認定標準。
被告應以同一認定標準適用於原告，始符合課稅公平。
6.內政部100年7月19日內授中社字第1000015998號函釋「本部（社會司）僅係慈善救濟事業範疇內『社會福利事業之主管機關』……查醫療財團法人係依據醫療法相關規定向衛生署申請設立，非屬本部（社會司）主管……爰醫療財團法人毋須向本部（社會司）申請立案。」
明示慈善救濟事業範疇內之醫療財團法人毋須向內政部社會司申請立案。
7.內政部100年5月23日內授中社字第1000700490號函釋「查財團法人基金會，計有文教、醫療、環保、農業、宗教、社會福利……等類型，分別由各目的事業所屬之相關部會或地方政府主管；
上開團體均可辦理慈善救濟事業……本部僅係慈善救濟事業範疇內『社會福利事業』之主管機關。
……財團法人醫院是否慈善救濟事業，應由其醫療事業主管機關行政院衛生署認定」內政部明示該部僅係慈善救濟事業範疇內「社會福利事業」之主管機關。
8.內政部96年12月17日內授中社字第0960018943號函釋「主旨：貴部函詢慈善救濟事業之型態、範圍及其設立之法令依據與認定標準，以及財團法人醫院是否屬慈善救濟事業等疑義，復如說明，請查照。
說明：……二、有關慈善救濟事業之型態、範圍及其設立之法令依據與認定標準乙節，經查本部相關法規並未加以範定，惟查配合民國69年社會救助法公布而廢止之社會救濟法將救濟設施分為……施醫所及其他以救濟為目的之設施；
另查社會救助法第2條規定，社會救助分為生活扶助、醫療補助、急難救助及災害救助等項……四、至財團法人醫院是否屬於慈善救濟事業乙節，查醫療法第5條規定，醫療財團法人係指以從事醫療事業辦理醫療機構為目的，由捐助人捐助一定財產，經中央主管機關許可並向法院登記之財團法人。
是以，財團法人醫院是否屬慈善救濟事業，宜向其主管機關行政院衛生署洽詢，並參考本部上開相關規定。」
9.衛生署96年12月5日衛署醫字第0960053851號函釋「財團法人慈濟醫院及其各分院應可認屬慈善救濟事業。」
⒑財政部75年6月4日台財稅第7548661號函釋「宗祠、宗教團體附設供民眾免費閱覽之圖書館，准照貴廳建議比照房屋稅條例第15條第1項第3款規定免徵房屋稅。」
故財政部之函釋從未認為宗教團體法人是慈善救濟事業，蓋教會即宗教團體係依房屋稅條例第15條第1項第3款：「私有房屋有下列情形之一者，免徵房屋稅：……三、專供祭祀用之宗祠、宗教團體供傳教佈道之教堂及寺廟。
但以完成財團法人或寺廟登記，且房屋為其所有者為限。」
之規定免徵房屋稅，而並非依同條第1項第2款業經立案之私立慈善救濟事業之規定免徵房屋稅。
反而其所附設之醫院才是依同條第1項第2款業經立案之慈善救濟事業之規定免徵房屋稅，足證醫院可以是慈善救濟事業之平台，慈善救濟可以是醫院之主要目的事業。
⒒財政部64年12月19日台財稅第38987號函釋：「臺灣基督教會附設紀念醫院之診療室、病房、值夜醫護人員宿舍等，應屬直接供醫院使用之房屋，准照本部64年11月4日台財稅第37824號函示免徵房屋稅。」
是財政部函釋認為「直接供醫院使用之房屋」即得免徵房屋稅。
本案營業或非住非營房屋之部分業已扣除，起訴部分均屬「直接供醫院使用之房屋」即得免徵房屋稅。
⒓財政部64年11月4日台財稅第37824號函釋：「要旨：教會附設醫院辦公房屋免稅(私立慈善救濟事業房屋)……全文內容：臺灣基督教會附設紀念醫院，如查明完成財團法人登記，辦理具有成績並持有主管機關證明者，准依照房屋稅條例第15條第1項第2款之規定，免徵其供辦公使用房屋之房屋稅。」
財政部認為「醫院辦公房屋」即得免徵房屋稅。
㈥財政部98年4月9日函釋建立兩項標準，即「具備慈善救濟本質」，且「從事慈善救濟工作」者，就符合房屋稅條例第15條第1項第2款「慈善救濟事業」。
衛生署96年12月5日函釋亦建立兩項標準，即「持續」（持續性，而不是一時或偶然的行善），且「提供醫療救濟服務」者，就符合房屋稅條例第15條第1項第2款「慈善救濟事業」。
參以最高行政法院判決發回意旨認為要參酌內政部96年函所稱「本部上開相關規定」，則綜合上開財政部、衛生署及內政部之函釋，即得歸納「財團法人醫院」要成為「慈善救濟事業」之要件為：⒈「提供或從事符合社會救助法、身心障礙者權益保障法、兒童及少年福利法及老人福利法所規定社會福利項目之醫療救濟服務或慈善救濟工作」，⒉「持續性」，及⒊「具備慈善救濟本質」三項要件。
無論是上開財政部、衛生署或內政部之標準，原告均屬符合，有「慈善救濟執行報告」詳列慈濟醫院實際執行了那些合於「本部上開相關規定」之慈善救濟項目，並例示其證據，在卷可證，故原告應屬「慈善救濟事業」：1.符合「提供或從事符合社會救助法所規定社會福利項目之醫療救濟服務或慈善救濟工作」之證據：詳執行報告內附之「民91-100年慈濟醫院社會救助統計表」。
「生活扶助」詳第2頁，及其例示證據，參見第39頁。
「醫療補助」詳第2-7頁，及其例示證據，參見第40-61頁。
「急難救助」詳第8頁，及其例示證據，參見第62-64頁。
「災害救助」詳第9-15頁，及其例示證據，參見第65-94頁。
2.符合「提供或從事符合身心障礙者權益保障法所規定社會福利項目之醫療救濟服務或慈善救濟工作」之證據：詳執行報告內附之「民91-100年慈濟醫院社會福利統計表」第29-38頁，及其例示證據，參見第166-206頁。
3.符合「提供或從事符合兒童及少年福利與權益保障法所規定社會福利項目之醫療救濟服務或慈善救濟工作」之證據：詳執行報告內附之「民91-100年慈濟醫院社會福利統計表」第21-28頁，及其例示證據，參見第130-165頁。
4.符合「提供或從事符合老人福利法所規定社會福利項目之醫療救濟服務或慈善救濟工作」之證據：詳執行報告內附之「民91-100年慈濟醫院社會福利統計表」第16-21頁，及其例示證據，參見第95-129頁。
5.被認定是慈善救濟事業之老人扶療養院與老人間係訂立照護、醫療及住宿之有償的混合契約，老人扶療養院按月收費約在16,000-31,000元不等，有各該財團法人老人扶療養院之收費標準影本6件在卷可證。
老人扶療養院收費提供照護、醫療及住宿外，並無其他「慈善救濟工作」；
且其所提供之「照護」係較醫院護理師之照護工作為低階，不需護理師證照，其又因並非醫院，並無醫師，故所提供之「醫療」必須與醫院簽約合作，由醫院提供。
原告同樣提供照護、醫療及住宿，與老人扶療養院簽約提供相關醫療服務。
社會救助法所規定之「生活扶助」、「醫療補助」、「急難救助」及「災害救助」，原告均有提供服務，反觀老人扶療養院僅提供其中有償之「生活扶助」而已，而原告提供的是無償的「生活扶助」。
老人扶療養院是慈善救濟事業，而原告不是，寧有是理？6.財政部98年函於98年間認定了13家「財團法人教會醫院」為「慈善救濟事業」，該13家醫院合計投入「社會醫療救濟支出」4億2千8百92萬6千元，而原告98年投入「社會醫療救濟支出」即高達2億2千3百67萬1千9百41元，有各該「醫療財團法人」98年財報附卷可證，在98年排名第一，約占前開13家總額的百分之五十二，益證原告是慈善救濟事業。
7.原告參與社會救助法所規定之「災害救助」，例如八八水災，全台有幾家醫院動員參與「災害救助」？原告及各分院均迅速投入八八水災慈善救濟行列，有後附各分院支援「醫療義診」暨「重建家園」之報告書為證。
又原告近年參與社會救助法所規定之「災害救助」，如97年5月12日發生之四川汶川大地震賑災行動，有該賑災之證據資料，僅統計自97年5月20日起至7月31日止（實際出團次數已遠逾前開資料），原告參與其中第2至13團，提供之大量賑災藥品即如附件藥品清單所示，動員88人，亦有照片可證。
義診服務總人數超過4萬人次，熱食提供超過70萬份。
進而帶動當地人民加入志工行列，協助從事慈善救濟工作。
慈濟基金會則替災區興建簡易教室，並將蓋抗震學校。
以上賑災情形為公知事實。
8.慈濟醫院之成立係沿襲慈濟慈善救濟之宗旨而設，因此緣由，原告兼具「醫療財團法人」及「慈善救濟事業」之本質，章程所載主要目的事業歸納起來也祇有兩大部分，一為與「醫療財團法人」有關之目的事業，另一為與「慈善救濟事業」有關之目的事業。
原告是提供及從事醫療救濟服務與慈善救濟工作之平台，並藉此訓練醫療志工，成為「醫療慈善法人」。
9.原告91至99年歷年來累計之「慈善救濟支出」為1,363,846,716元，其項目之涵蓋範圍包括「社會救助法」、「身心障礙者權益保障法」、「兒童及少年福利法」、「老人福利法」等所規定社會福利項目之醫療救濟服務或慈善救濟工作。
而反觀原告歷年來累計之「盈餘」為828,585,144元（僅以有盈餘之年度為計，亦即97年度632,222,218元、98年度66,539,169元及99年度129,823,757元，合計為828,585,144元），可知原告91至99年歷年來累計之「慈善救濟支出」顯較「盈餘」為多，較原告91至99年歷年來累積課稅所得額負2,859,639,609元高出甚多；
且原告於91至96年間之課稅所得額雖均為負數，卻依然持續從事眾多慈善救濟工作而不間斷，慈善救濟支出金額龐大並逐年遞增。
試問有那一家經核定為「慈善救濟事業」之醫療財團法人有像原告這樣的不計盈虧、持續不間斷地投入「慈善救濟工作」，且金額龐大並逐年遞增？㈦按稅捐稽徵法第34條第3項規定：「第一項所稱確定，係指左列各種情形：一、經稅捐稽徵機關核定之案件，納稅義務人未依法申請復查者。」
次按「所謂『行政自我拘束原則』則指處分機關作成行政處分後，自己亦與相對人一樣，同受該行政處分之拘束。」
、「行政處分於法定救濟期間經過後，而發生形式確定力者，基於法之安定性原則，相對人或利害關係人應尊重其效力，原不得再對之爭訟。」
最高行政法院88年度判字第3724號、98年度判字第706號判決可參。
可知納稅義務人就經稅捐稽徵機關核定之案件，未依法申請復查者，原核定稅捐之行政處分即告確定，納稅義務人不得再提起行政救濟，行政處分機關於作成行政處分後，亦同受該行政處分之拘束，而利害關係人亦應尊重其效力而不得再對之爭訟。
經查原告醫院經營多年，一直處於虧損狀態，直至97年方始轉虧為盈，91至99年歷年來累積「課稅所得額」為負2,859,639,609元，此有財政部北區國稅局之核定通知書可證（91年度為負382,086,483元。
92年度為負458,298,684元。
93年度為負598,882,666元。
94年度為負1,123,720,562元。
95年度為負874,029,231元。
96年度為負251,207,127元。
97年度為632,222,218元，惟扣除前5年核定虧損後，課稅所得額為0元。
98年度為66,539,169元，惟扣除前10年核定虧損後，課稅所得額為0元。
99年度為129,823,757元，惟扣除前10年核定虧損後，課稅所得額為0元）。
準此，財政部北區國稅局既已核定原告91至99年歷年來累積之課稅所得額為負數，且原告就該核定稅捐之行政處分並未提起行政救濟，故相關案件業已確定，已發生形式確定力，則基於法之安定性原則，相對人或利害關係人自應尊重其效力而不得再對之爭訟。
被告與財政部北區國稅局同屬稅捐稽徵機關，自應尊重上揭核定處分，不得再為其他不同之認定或主張。
㈧原告歷年來「慈善救濟支出」之金額，皆較經財政部核定為慈善救濟事業之教會醫院高出甚多，更足證原告確為「慈善救濟事業」：1.按行政程序法第6條規定：「行政行為，非有正當理由，不得為差別待遇。」
及財政部100年1月14日台財稅字第10004501830號函「稅捐稽徵機關行使課稅權應嚴守憲法租稅法定原則、平等原則及國際公約人權保障精神；
對於稅法解釋與適用應符合量能課稅原則，以免造成不公平之稅捐負擔及違反稅捐正義。」
次按前開最高行政法院88年度判字第3724號判決「所謂『平等原則』係指行政機關非有正當理由，作成行政行為時，對行為所規制之對象，不得為差別待遇而言。
」依此，稅捐稽徵機關行使課稅權自應嚴守平等原則，非有正當理由，不得為差別待遇，以免造成不公平之稅捐負擔及違反稅捐正義。
被認定為「慈善救濟事業」之標準為何？原告不是主張教會醫院免徵所以原告亦得免徵，而是主張財政部或稅務局係以什麼標準，依房屋稅條例第15條第1項第2款免徵教會附設醫院或財團法人教會醫院，就應該以同一標準免徵慈濟醫院。
同樣是醫院，這是課稅標準應符合課稅公平的問題。
稅務機關係以不同的免徵標準適用於原告及教會醫院間，因此，本件課稅處分所依據之免徵標準違反課稅公平原則，被告如否認之，應主張並舉證其免徵標準同一，惟被告迄未盡其主張及舉證責任。
2.財政部於98年4月9日以台財稅字第09804526600號函核定為屬慈善救濟事業之醫療財團法人，包括若瑟醫院、高雄基督教信義醫院、天主教耕莘醫院、基督長老教會新樓醫院、聖保祿修女會醫院、天主教聖功醫院、聖馬爾定醫院、屏東基督教醫院、嘉義基督教醫院、彰化基督教醫院、台東基督教醫院、恆春基督教醫院及埔里基督教醫院等（下合稱「教會醫院」）。
由其等之財務報告彙整各該年度「慈善救濟支出」之金額明細可知，原告歷年來「慈善救濟支出」之金額皆較該等教會醫院高出甚多。
原告與其他經核定為「慈善救濟事業」之教會醫院同屬醫療財團法人，投入鉅額心力及金錢於慈善救濟工作，基於差別待遇禁止原則與租稅公平原則，「慈善救濟支出」之金額較低者已經財政部核定為「慈善救濟事業」，「慈善救濟支出」之金額較高之原告，更應該是「慈善救濟事業」。
又原告歷年來之「慈善救濟支出」皆遠較該等教會醫院為高，故基於「舉輕以明重」之法理，「慈善救濟支出」之金額較低者已屬「慈善救濟事業」，「慈善救濟支出」之金額較高之原告，更應該是「慈善救濟事業」；
否則，豈有「租稅公平」之可言。
3.原告95至99年度之「醫療社會服務費用」占醫療收入之比例亦遠高於上述大多數教會醫院。
謹以行政院衛生署網站上所提供之原告及該等教會醫院之收支餘絀表為比較基準，分別計算原告及該等教會醫院之「醫療社會服務費用」占其「醫務收入」之比例，可知原告99年之「醫療社會服務費用」占醫務收入之比例為2.02％，惟該等教會醫院之比例則多半不到1％，甚至低至0.26％。
而該等教會醫院皆已經財政部核定屬慈善救濟事業，反之，原告之「醫療社會服務費用」占醫療收入之比例遠高於該等教會醫院，竟遭被告認定為非屬慈善救濟事業，被告認事用法顯有違「租稅公平原則」。
況且，原告實際從事之慈善救濟活動，包括社會福利及社會救助等類型，惟該等慈善救濟活動或因已於財務報告上列入人事費用、藥品費用等其他醫務支出（如義診費等）、或因已直接自醫務收入中扣除補助或減免之金額（如醫療費用補助或減免等）等原因，而無法全數列入原告財務報告上之「醫療社會服務費用」；
換言之，原告收支餘絀表上之「醫療社會服務費用」僅呈現原告從事慈善救濟活動之部分金額，至於原告從事慈善救濟活動所生之實際支出，實多於各該年度收支餘絀表上之醫療社會服務費用科目。
4.上揭部分教會醫院中，其醫務活動有結餘者，其「慈善救濟支出」占其「全部醫務活動可供用作慈善救濟支出金額」之比例遠低於原告；
其醫務活動無結餘者，卻與原告同樣堅持從事慈善救濟工作者，其「慈善救濟支出」占「醫務成本」之比例亦遠較原告為低（請參「95至99年度慈濟醫院與教會醫院之醫務損益與慈善救濟支出比較表」）；
如天主教聖保祿修女會醫院及屏東基督教醫院於95至99年度之醫務損益均為正數，而其慈善救濟支出占全部醫務活動可供用作慈善救濟支出金額之比例僅11％到16％左右，至多不超過21％，惟原告於相同年度之慈善救濟支出占全部醫務活動可供用作慈善救濟支出金額之比例卻高達無限大、224％、23％、86％以及73％。
再以台灣基督長老教會新樓醫院及高雄基督教信義醫院為例，該醫院於96至99年之醫務損益為負數，惟如以慈善救濟支出占醫務成本之比例來看，該二家醫院之比例分別為0.25％至1.36％之間，但原告於相同年度之慈善救濟支出占醫務成本之比例卻高達1.86至2.34％之間。
5.由原告章程第3條亦可知原告係以「佛教慈濟精神辦理醫療服務不以營利為宗旨」、「照顧低收入民眾，以服務社會為目的」而具「慈善救濟本質」，顯見慈善救濟確為原告之成立目的及核心業務，且原告歷年來皆依章程第16條辦理，不但於醫療收入有結餘時，投入結餘金額超過85％從事慈善救濟工作，於醫療收入無結餘時，亦秉持原告章程第3條之宗旨，「不計盈虧」地投入慈善救濟工作。
被告似乎認為因原告未將其醫療收入百分之百全部投入慈善救濟，故非屬慈善救濟事業，此一認定標準無異於認為醫療財團法人必須「傾家蕩產」來做慈善救濟，才算是慈善救濟事業，事實上根本不可行，且在法律上亦毫無所據。
此外，被告似乎認為因原告未將醫療收入百分之百全部投入慈善救濟，故非屬慈善救濟事業。
殊不知，醫療財團法人收取醫療收入時，必然會有成本及費用的支出，如將其醫療收入百分之百全部投入慈善救濟，那醫生護士薪資、醫療設備、藥品、行政管理人員的費用，從何而來？6.由原告所提99年度及100年度之「財團法人佛教慈濟綜合醫院慈善救濟財會系統分類帳」可知，原告99年度及100年度慈善救濟支出之會計科目細分為「經濟個案補助費用」、「器官捐贈補助費用」、「辦理病友團體費用」、「社區居家關懷費用」、「社區公共衛生教育」、「志願服務教育訓練費用」、「諮詢及資源轉介事務費用」及「義診費」等8個會計科目暨「社服室費用」一個成本中心（亦即僅對成本及費用承擔控制、考核責任的中心），每一個會計科目的「明細分類帳」都是依據傳票所編製，而每一張傳票都會列明「傳票號」、「摘要」、「借/貸方金額」（借方為費用支出增加，貸方為費用支出減少）及「製表人」，並檢附單據、憑證或其他支出證明文件；
以99年度會計科目「經濟個案補助費用」之「明細分類帳」為例，其所列第一張傳票之「傳票號」為0000000000、「摘要」為「沖0000000000-000000補助黃阿生急難救助費用退回（00000-00000）」、「貸方金額」為8,639、「製表人」為張珮蓉。
綜上說明可知，原告每一筆慈善救濟支出都是有憑有據，並依相關單據、憑證或其他支出證明文件製作傳票後，彙整為「明細分類帳」。
7.再由上揭系統分類帳亦可知，原告99年度慈善救濟支出，經濟個案補助費用199,347,373元，器官捐贈補助費用2,420,000元，辦理病友團體費用992,612元，社區居家關懷費用109,011元，社區公共衛生教育206,854元，志願服務教育訓練費用18,301,030元，諮詢及資源轉介事務費用1,666,700元，義診費199,539元，社服室費用29,478,328元，合計高達252,721,447元；
而100年度經濟個案補助費用142,161,824元，器官捐贈補助費用2,779,657元，辦理病友團體費用1,027,917元，社區居家關懷費用111,364元，社區公共衛生教育1,709,610元，志願服務教育訓練費用18,780,301元，諮詢及資源轉介事務費用1,564,748元，義診費310,848元，社服室費用31,721,227元，合計高達200,167,496元，與原告所提之慈善救濟執行報告第1頁統計表所列之金額完全符合。
8.原告對於貧困病患就診及住院期間之「生活扶助」，如看護、出院之交通補助、病患應繳而付不起之健保費、住院期間尿布、伙食費等生活費用、喪葬費用等費用扶助，均屬「生活扶助」性質。
甚至對於在其他醫院就診的病患提供「醫療補助」，以幹細胞採集費用補助為例，原告之「骨髓幹細胞中心關懷小組」就申請骨髓配對案例，無論該病患是否在原告就診，「關懷小組」都會前往各醫院關懷病患，一旦發現病患是貧困家庭，經向原告申請准予就幹細胞採集費用作「醫療補助」，最高每例補助30萬元，最低每例補助9,000元，大多每例補助10萬元，此有台北馬偕醫院等15家醫院，共計139件貧困病患個案，受到原告就幹細胞採集費用之「醫療補助」，此有「財團法人佛教慈濟綜合醫院捐贈者幹細胞採集費用補助明細表（94-99年度）」6件及簽呈149件附卷可證。
9.勸募器官不是醫療行為，不是醫院或醫護人員的責任，而是慈善救濟行為，要耗費人力成本與機會成本。
募得器官之醫院就器官之利用依法沒有決定權，必須陳報衛生署成立之「財團法人器官捐贈移植登錄中心」統籌決定究竟給那一家醫院需要器官的病患使用。
故進行勸募，非但對勸募醫院沒有好處，抑且未必對自己的病患有任何好處。
然慈濟醫院非但動員醫護人員、醫療志工來勸募器官，且補助捐贈者醫療費用與喪葬費用，增加他人捐贈器官之誘因，以醫療為營利手段的醫院不會這麼做。
慈濟醫院不但不會因器官捐贈而盈收增加，反而為此支出醫療費用及喪葬費用。
此有執行報告第1頁第2欄91-100年器官捐贈補助費用已高達22,083,507元。
⒑慈濟醫院無償進行醫療志工的「職前訓練」與「在職訓練」，包括感染控制、醫學常識、護理照護病患的技巧、衛教宣導、生命教育、身心靈照顧等課程。
原告於志工職前訓練人數及在職訓練人數，91年為3,020人、54,241人；
92年為10,790人、54,777人；
93年為11,336人、58,610人；
94年為13,970人、71,881人；
95年為13,754人、67,889人；
96年為41,206人、154,040人；
97年為34,013人、167,908人；
98年為23,203人、130,471人；
99年為28,256人、161,700人。
從91年職前訓練3千人、在職訓練5萬人到99年職前訓練2萬多人、在職訓練16萬人，這些都是可貴的社會資本，一旦遇到災變，就能發揮慈善救濟功用。
原告之志工從事志工服務，91年至99年，分別有40,216人次、37,879人次、38,777人次、37,153人次、38,811人次、49,396人次、50,304人次、51,470人次、50,568人次，此有「六院彙總醫院志工服務總人次、服務人日及用人費用估算表」在卷可稽，足證原告具備慈善救濟本質。
原告用醫院的人力與資源去推動成立「人醫會」，以醫院的醫事人員作為「人醫會」的當然成員，以「人醫會」名義帶動慈濟醫院以外的國內外醫生、護士，來擴大慈善救濟的力量與成效，共同投入慈善救濟之義診工作，此有「慈善救濟執行報告」內附之「臺灣地區慈濟人醫會義診服務統計」暨「國際慈濟人醫會義診服務統計」，及其例示證據可證。
⒒再依各縣市府醫療補助辦法之規定，對於低收入戶醫療補助之資格、補助金額均有限制，例如對於低收入戶之門診就醫費用、義肢、義眼、義齒、病人運輸、特別護士、掛號費、疾病預防、結育結紮、住院之部分看護費均不予補助，慈濟醫院是從事慈善救濟之醫院，故予以補助，不會劃地自限，顯然已補救政府社會福利之不足。
㈨按醫療法第46條規定略以：「醫療財團法人應提撥年度醫療收入結餘之……百分之十以上辦理醫療救濟、社區醫療服務及其他社會服務事項。」
醫療法於計算醫療財團法人各年度應提撥用作醫療救濟、社區醫療服務及其他社會服務事項之金額時，係以醫療財團法人於各該年度有無「醫療收入結餘」作為標準。
醫療財團法人之年度醫療收入有結餘時，亦即醫院經營有盈餘，才需提撥結餘之百分之十以上辦理醫療救濟、社區醫療服務等社會服務事項；
反之，醫療財團法人年度醫療收入無結餘時，亦即醫院經營有虧損，依醫療法之規定本即無需提撥金額辦理醫療救濟、社區醫療服務等社會服務事項，而如醫療財團法人年度醫療收入無結餘時，卻依然提撥相當金額辦理醫療救濟、社區醫療服務等社會服務事項者，則屬「難能可貴」，更顯其慈善救濟之本質。
至於何謂「醫療收入結餘」？依醫療法人財務報告編製準則第20條規定：「一、醫務收入：指因提供醫療服務所獲得之收入……。
二、醫務成本：指因提供醫療服務所產生之費用，包括人事費用、藥品費用、藥品存貨盤盈（虧）、醫材費用、醫材存貨盤盈（虧）、折舊費用、租金費用、事務費用、社會服務費用、教育研究發展費用、其他設備費用及其他醫務費用等。
……三、管理費用：指因行政管理部門所發生之薪資、租金……」準此，醫療財團法人之「醫療收入結餘」，係指「醫務收入」扣除「醫務成本」及「管理費用」後之餘額，亦即醫療財團法人財務報表所列之「醫務損益」，殆無疑義。
準此，依醫療法第46條之規定，於計算醫療財團法人應提撥用作醫療救濟、社區醫療服務等社會服務事項之金額時，係以該醫療財團法人有無「醫療收入結餘」（即「醫務損益」）為基準，蓋因「醫務損益」才是醫療財團法人依其捐助章程經營醫院所生之損益，也才是認定醫療財團法人有無經營虧損之標準。
而原告91至99年歷年來之「慈善救濟支出」皆遠遠超過醫療法第46條所定之提撥標準，因原告以偏遠醫療為主，就是以醫療慈善救濟為主要目的，故91至96年均係虧損，結餘為零。
但是每年仍有高額之醫療慈善救濟支出，且逐年增加，已如前述，因係虧損，故以結餘為零作為分母，除以前開各年度金額得到的「比例」數值是「無限大」或超過100％，豈止百分之十？慈濟醫院97年至99年雖有結餘，但97年提撥「比例」為23.41％，98年提撥「比例」更高達86.76％，99年提撥「比例」亦高達73.41％。
故依前開91至99年度之計算結果均遠逾醫療法第46條之提撥標準，更足證原告係以醫療慈善救濟為主要目的。
㈩退步言，縱使鈞院認為原告除應將醫務活動所生之「醫務損益」列為可供用作慈善救濟支出之金額外，亦應將「非醫務損益」納入計算者，則經計算結果，原告91年至99年歷年來累計之「全部可供用作慈善救濟支出之金額」（即醫務損益加計非醫務損益，再扣除受限制指定用途捐贈收入後之金額）雖為負數，惟原告依然堅持從事慈善救濟工作：1.縱使鈞院認為原告除應將醫務活動所生之「醫務損益」列為可供用作慈善救濟支出之金額外，亦應將「非醫務損益」納入計算者，依「慈善救濟支出占全部可供用作慈善救濟支出金額比例表」所示，原告91年至99年各年度之醫務損益加計非醫務損益，扣除非醫務損益中受限制指定用途之捐贈收入（即專供原告用作購置土地、建物、醫療儀器設備等建院及擴建之用，而無法移為慈善救濟支出之用之慈濟基金會補助之捐贈收入）後，原告於91至95年度之慈善救濟支出占全部可供用作慈善救濟支出金額之比例為無限大。
91至95年間，並無任何可供用作慈善救濟支出之用之結餘，然而原告仍堅持從事慈善救濟工作，以致各該年度慈善救濟支出占全部可供用作慈善救濟支出金額之比例均超過百分之百。
2.原告於96至99年度之慈善救濟支出占各該年度全部可供用作慈善救濟支出之金額（即醫務損益加計非醫務損益，再扣除指定用途捐贈收入後之金額）之比例亦遠高於其他教會醫院提撥結餘作為慈善救濟之用之比例（請參「95至99年度慈濟醫院與教會醫院之醫務損益與慈善救濟支出比較表」）。
即原告91至99年之「全部可供用作慈善救濟支出之金額」（即醫務損益加計非醫務損益，再扣除受限制指定用途捐贈收入後之金額）雖為負數，惟原告依然堅持從事慈善救濟工作。
3.被告以原告之「醫療社會服務費用」占醫療收入之比例為由，質疑原告非屬慈善救濟事業，毫無法律依據，顯係「增加法律所無之限制」，已明確違反「租稅法定主義」；
更何況，以「醫療社會服務費用」占醫療收入之比例作為認定是否屬慈善救濟事業之標準，係誤用「分母」所致，實則，成本及費用不應作為「分母」之一部，應予扣除。
以99年度為例，原告係支出約123億的醫務成本以及約18.5億的管理費用，才取得約142.5億的醫務收入淨額；
以醫療收入作為「分母」來計算「醫療社會服務費用」占醫療收入之比例，顯然是誤認醫療收入的取得是無需支出任何成本及費用，故而可以全部用於慈善救濟，此一假設基礎完全置為取得醫療收入而必須支出的成本及費用於不顧，顯然與事實及經驗法則不符。
正確的「分母」應該是每一年度「所有可以自由運用於慈善救濟的資金」，亦即每一年度的醫療收入扣除相關成本及費用後在未投入慈善救濟工作前之餘額，此一金額方為可以自由運用於慈善救濟的資金。
準此，應該要看其將多少「可以自由運用於慈善救濟的資金」投入慈善救濟工作。
原告於99年度投入慈善救濟工作的金額約2.9億元，而該年度原告的醫療收入扣除相關成本及費用後之餘額在未投入慈善救濟工作前約為3.9億元（計算式為142.5億－141.5億＋2.9億＝3.9億元）。
即原告於「所有可以自由運用於慈善救濟的資金」僅約為3.9億元的情況下，實際投入救濟工作的金額竟高達約2.9億元，比例為74％，足證原告係以從事慈善救濟為主要目的事業，至為明確。
4.原告歷年來確係經營虧損，建院及擴建資金皆係由慈濟基金會「專款專用」補助，歷年來「非醫務利益」之所以會有結餘，即係因慈濟基金會之補助而來，91至99年其對原告補助之捐贈款項即有136億元。
被告錯認原告決算後之餘絀係全部可供投入慈善救濟工作，其係將慈濟基金會「專款專用」（亦即無法移作他用）於原告建院及擴建之用之補助款項「誤認」係原告歷年來之「收入結餘」，而可任意動支以充作慈善救濟事業之用，顯係被告誤解原告歷年來之報表所致。
就被告答辯理由，再補充說明如下：1.被告辯稱「房屋稅條例第15條第1項第2款之修正理由為：『……如養老院、救濟院等不能單以辦公房屋為限，故予以修正』立法者以例示養老院、救濟院等係以慈善救濟為主要目的事業」云云。
惟查：慈濟基金會是社會福利事業，且無養老院或救濟院，仍是慈善救濟事業。
蓋前開修正理由是例示養老院、救濟院，並非列舉，故未排除醫療財團法人得為慈善救濟事業。
2.被告以土地稅減免規則第8條第1項第5款之規定為由，辯稱「益見所謂『經事業主管機關核准設立且辦妥財團法人登記之私立醫院』，於稅法上，並非即當然為『經立案之慈善救濟事業』」云云。
惟查：⑴土地稅減免規則第8條第1項第5款規定：「私有土地減免地價稅或田賦之標準如下：……經事業主管機關核准設立之私立醫院、捐血機構、社會救濟慈善及其他為促進公眾利益，不以營利為目的，且不以同業、同鄉、同學、宗親成員或其他特定之人等為主要受益對象之事業，其本身事業用地，全免。
但為促進公眾利益之事業，經由當地主管稽徵機關報經直轄市、縣(市)主管機關核准免徵者外，其餘應以辦妥財團法人登記，或係辦妥登記之財團法人所興辦，且其用地為該財團法人所有者為限。」
完全沒有私立醫院不得為慈善救濟事業之法規意涵，否則「教會附設醫院」或「財團法人教會醫院」也無法符合慈善救濟事業之標準。
⑵土地稅減免規則並非房屋稅條例之授權命令，不得作為房屋稅條例法律用語之解釋依據。
土地稅減免規則第8條第1項第5款所稱「社會救濟慈善事業」，與房屋稅條例第15條第1項第2款「私立慈善救濟事業」之用語不同，且土地稅減免規則並無房屋稅條例第15條第1項第2款「私立慈善救濟事業」之用語，且並未定義何謂「私立慈善救濟事業」。
⑶依土地稅減免規則第8條第1項第5款，無論其為「私立醫院」或是「社會救濟慈善事業」均被列為該規則，免徵地價稅之對象。
而慈濟醫院既是私立醫院，也是慈善救濟事業，也應免徵。
⑷土地稅減免規則第8條第1項第5款在最後要加上「及其他為促進公眾利益，不以營利為目的，且不以同業、同鄉、同學、宗親成員或其他特定之人等為主要受益對象之事業」之概括用語，來擴大地價稅免徵對象之範圍。
從而土地稅減免規則將「私立醫院」與「社會救濟慈善事業」分別例示，尚無法據此作出「醫療財團法人」不得被認定為「慈善救濟事業」之結論。
3.被告辯稱「慈濟基金會為內政部核准立案之私立慈善救濟事業，惟原告並非該基金會之附設醫院，兩者為各自單獨成立之財團法人。
原告就系爭房屋並未提出業已向內政部或縣市政府辦理慈善救濟事業財團法人登記」云云。
惟查：⑴房屋稅條例第15條第1項第2款「業經立案之慈善救濟事業」並未規定應向內政部立案，被告以「應向內政部立案」作為該款之限制條件，即屬增加法律所無之限制，違反司法院釋字第530及478號解釋。
且遍查法律有關慈善救濟事業之定義，均查無慈善救濟事業僅指教會或宗教團體附設醫院，亦查無慈善救濟事業必須是社會福利事業附設之醫院。
慈濟醫院不是教會或宗教團體附設醫院，亦非社會福利事業附設之醫院，所以不是慈善救濟事業的邏輯本身，違背論理法則，且無法律依據。
內政部或縣市政府並無所謂「慈善救濟事業財團法人登記」，亦無法規規定所謂「慈善救濟事業財團法人登記」主管機關為何、登記程序與要件如何；
教會附設醫院（向內政部民政司為宗教團體立案）、財團法人教會醫院（向衛生署為醫療財團法人立案）、財團法人老人扶療養院（向內政部社會司為社會福利事業立案）均非所謂「慈善救濟事業財團法人登記」。
沒有任何慈善救濟事業是向內政部為所謂「慈善救濟事業財團法人登記」。
⑵房屋稅條例第15條第1項第2款係規定慈善救濟事業免徵房屋稅，而非規定社會福利事業免徵房屋稅。
故並非社會福利事業即得依該款規定免徵房屋稅，仍應視其是否符合慈善救濟事業之標準。
被告以社會福利事業之附設醫院才是慈善救濟事業云云，於法無據；
教會是宗教團體，不是社會福利事業，也不是慈善救濟事業，何以其附設醫院是慈善救濟事業？被告係誤將宗教團體原屬慈善救濟事業，從而認其附設醫院係慈善救濟事業，與原告不同。
實則教會係依房屋稅條例第15條第1項第3款以宗教團體免稅，而非依第2款慈善救濟事業規定免稅。
故被告稱原告非慈濟基金會之附設醫院，非屬慈善救濟事業云云，違背論理法則。
⑶財團法人老人扶療養院是作「社會福利事業」之立案，教會（附設醫院是其內部事業單位）是作「宗教團體」之立案，財團法人教會醫院是作「醫療財團法人」之立案，以上均未向內政部為「慈善救濟事業」之立案，且財政部或各稅務局依房屋稅條例第15條第1項第2款「業經立案之慈善救濟事業」認定應免徵房屋稅者，沒有一個法人是向內政部為所謂「慈善救濟事業」立案。
實務上係祇要有向目的事業主管機關立案，又屬慈善救濟事業者，即屬「業經立案之慈善救濟事業」。
此有財政部64年12月19日台財稅第38987號函釋、64年11月4日台財稅第37824號函釋可參。
「教會附設醫院」同樣是醫院，同樣未在內政部社會司立案為社會福利事業，且因附設醫院為教會之內部事業單位並無法人格而無從以內部事業單位立案，立案者為教會，且係向內政部民政司立案為宗教團體，「教會附設醫院」仍被財政部認定為「業經立案」之「私立慈善救濟事業」。
「財團法人教會醫院」同樣是醫院，同樣未在內政部社會司立案為社會福利事業，同樣是在衛生署立案為醫療財團法人，且同樣是「各自單獨成立之財團法人」，亦被財政部認定為「業經立案」之「私立慈善救濟事業」。
是慈濟醫院雖未向內政部社會司立案，因同係具宗教慈善性質之醫院，本於行政程序法第6條行政行為不得為差別待遇之規定，就醫院之診療室、病房、值夜醫護人員宿舍等，自應比照援用上開函釋，以其係「直接供醫院使用之房屋」而免徵房屋稅，以符課稅公平。
⑷財政部64年11月4日台財稅第37824號、64年12月19日台財稅第38987號及98年4月9日台財稅字第09804526600號函釋認定教會附設醫院及特定財團法人教會醫院是慈善救濟事業，准免房屋稅。
依行政程序法第6條不得為差別待遇原則及宗教平等原則，應認前開函釋並未排除慈濟醫院得為慈善救濟事業而免徵房屋稅。
繼衛生署96年函釋認定慈濟醫院是慈善救濟事業後，內政部亦以100年11月24日內授中社字第10007010432號函釋及101年1月4日內授中社字第1000701331號函釋認定慈濟醫院是慈善救濟事業，且財政部100年12月12日台財稅字第10000478210號已函釋尊重內政部所為慈濟醫院是慈善救濟事業之認定。
易言之，無論內政部、衛生署及財政部，均未認為慈善救濟不是慈濟醫院之主要目的事業。
⑸被告雖援引最高行政法院101年度判字第739號、第896號判決及101年度裁字第205號、第2708號裁定所持見解，財團法人醫院中只有教會附設醫院及財團法人教會醫院是慈善救濟事業，此見解係宗教歧視之違憲判決。
而教會附設醫院是向內政部民政司為宗教團體立案，財團法人教會醫院是向衛生署為醫療財團法人之立案，均非向內政部社會司為社會福利事業或慈善救濟事業之立案，卻是慈善救濟事業，是其裁判本身基礎理由矛盾。
而近日臺北高等行政法院實質審查慈濟醫院認為是慈善救濟事業，於101年12月20日以100年度訴更一字第6號、100年度訴字第990號、第640號判決原告勝訴在案。
4.被告辯稱參照財政部85年7月5日台財稅第851116753號函釋意旨，房屋稅條例第15條第1項第2款所稱之「慈善救濟事業」，自係以從事慈善救濟為主要目的之事業，即應將其全部收益直接用於慈善救濟事業，原告捐助章程內容，並非將結算後之結餘款（即獲利）100％從事醫療救濟、社區醫療服務及其他社會服務事項云云。
惟查：⑴考上開財政部以函檢送內政部研商財團法人老人扶、療養機構免徵房屋稅及地價稅之會議紀錄內容係要求「將全部收益直接用於各該目的事業」。
原告否認有將收益用於目的事業外之情形，有衛生署公開網站上原告經會計師簽證之財務報告可證，網站公開已屬公知之事實。
原告「將全部收益直接用於各該目的事業」，依上開財政部檢送內政部會議紀錄函所示，已得認屬慈善救濟事業。
⑵被告以原告經營醫院所必需之成本不算是慈善目的支出，故認原告未將全部收益用於慈善目的之事業。
然查財團法人老人扶療養院同樣有人事成本、設備支出、不動產成本等，亦非用於慈善目的之支出，事實上也沒有任何老人扶療養院能不支出經營成本，而將收益全部投入「慈善目的」之事業。
足證上開會議紀錄函係要求財團法人老人扶療養院「將全部收益直接用於『各該目的事業』」，並非如被告之要求「將全部收益直接用於其『慈善目的』之事業」。
⑶財政部85年7月5日台財稅第851116753號函，並非財政部之函釋，祇是財政部以函檢送內政部研商財團法人老人扶、療養機構免徵房屋稅及地價稅之會議紀錄。
由該會議紀錄文義，係就老人福利機構作出決議，與財團法人醫院無關，無從拘束「教會附設醫院」、「財團法人教會醫院」或慈濟醫院。
內政部自己也從未將此標準適用於向內政部民政司立案之「教會附設醫院」，財政部也從未將此標準適用於向衛生署立案之「財團法人教會醫院」。
⑷行政院衛生署98年1月12日衛署醫字第0970053721號函釋「主旨：有關本署依醫療法規定認定所管醫療財團法人均為慈善救濟事業，相關疑義……四、經查貴部97年11月4日台財稅字第09704553970號函所稱臺灣基督教會附設紀念醫院，應屬於現行醫療法所指本署所管具宗教團體背景之醫療財團法人……本署所管醫療財團法人所收取之費用及其收益之運用有關規範，並未與前開內政部規定有不一致情形。
爰建請貴部（指財政部）依前開函說明二，考量各醫療機構權益不應因政府之行政管理需求而遭平白減損，予以覈實從寬認定。」
財政部為此以98年4月9日台財稅字第09804526600號函釋行文各地方稅務局稱：「本部（即財政部）同意上開內政部及行政院衛生署意見」。
可知，無論衛生署或財政部均未以全部收益用於目的事業之標準適用於具宗教慈善救濟性質之醫療財團法人。
原告業經內政部以100年11月24日內授中社字第10007010432號函及衛生署以96年12月5日衛署醫字第0960053851號函認定為慈善救濟事業，並經財政部以100年12月12日台財稅字第10000478210號函表示尊重內政部該函之認定。
是內政部、財政部、衛生署均未以須將全部收益用於目的事業作為認定原告是否慈善救濟事業之標準。
5.被告辯稱「原告並非無償從事醫療服務，主要運作係根據中央健康保險局之標準向就醫民眾收取掛號費及自費額，並針對藥品、醫事服務之提供，依標準向該局請款，復據以申報醫務收入及醫務成本，從而計算結餘列為課稅所得，其核心業務之營運模式，既與一般醫療院所並無二致，自難認以『慈善救濟事業』為主要目的」云云。
惟查：「教會附設醫院」、「財團法人教會醫院」也是根據健保局標準向就醫民眾收取自費額，並依健保局的標準向健保局請款，而內政部、財政部、衛生署及被告均認「教會附設醫院」、「財團法人教會醫院」符合「慈善救濟事業」之要件，故「未依健保局標準收費」或「免費」均不是認定「慈善救濟事業」之要件。
被告以原告依中央健保局標準向就醫民眾收費即非慈善救濟事業之見解，非但違反法理，亦違反行政程序法第6條規定。
況且，有償仍無礙其為慈善救濟事業，此由被告所認為的慈善救濟事業即財團法人老人扶療養院，也和慈濟醫院一樣有收費可觀。
例如「財團法人臺中市私立長生老人長期照護中心」其收費標準為輕度障礙及中度障礙每人每月25,000元、重度障礙每人每月27,000元；
「財團法人高雄市私立濟眾老人養護中心」之收費標準為A級月費20,000、B級18,000元、C級16,500元；
「財團法人高雄縣私立永安老人養護中心」之收費標準為月費16,000、18,000、20,000元不等；
「財團法人台東縣私立柏林老人養護中心」之收費標準為月費15,000元；
「財團法人彰化縣私立慈恩老人養護中心」之收費標準為月繳19,000-31,000元；
「財團法人茉莉園老人長期照顧中心」之收費標準為月繳21,000-24,000元，有各該老人扶療養院之收費標準可證。
6.被告辯稱「所謂慈善救濟僅係公益類型之一，已完成財團法人登記者，非即當然係從事慈善救濟事業，而醫療法並非為慈善救濟之目的而訂立，醫療財團法人亦非以從事慈善為目的而設立，原告依醫療法第46條規定提撥96年至98年度醫療社會服務費用1億9,230萬,7357元、1億9,755萬,1552元及2億2,367萬,1941元，僅屬社會公益事業，且因慈善救濟僅是『公益』類型之一，尚難據以稱醫療社會服務費用支出即為慈善救濟支出」云云。
惟查：⑴監督寺廟條例第10條規定：「寺廟應按其財產情形，興辦公益或慈善事業。」
司法院院字第817號解釋：「同條例第10條所稱之慈善事業，係指濟貧、救災、養老、卹孤及其他以救助為目的之事業。
不得利用為宗教上之宣傳……若辦理佛教之學校，及祈禱超袚等事。
自不得謂為慈善事業。
尤與公益之事業無關。」
即認為監督寺廟條例第10條所稱慈善事業，係指濟貧、救災、養老、卹孤及「其他以救助為目的之事業」。
社會通念認為醫院是「懸壺濟世」、「救傷治病」、「救人一命勝造七級浮屠」等以救助為目的之事業，醫院的醫師與護理人員必須以救助病患為其天職，符合前開司法院解釋所稱「其他以救助為目的之事業」之定義。
再者，上開司法院解釋係認為監督寺廟條例第10條所指寺廟（包括教會在內）之慈善事業，不包括辦理宗教之學校及祈禱超袚等事，明顯未排除醫院，財政部64年函釋見解與前開司法院見解相同，亦認為教會附設之醫院是「慈善救濟事業」免徵房屋稅，而非認醫院僅係監督寺廟條例第10條規定之「公益事業」。
如果醫院不是慈善救濟事業，醫療社會服務費用支出不是慈善救濟支出，則被告應說明教會附設醫院及財團法人教會醫院之慈善救濟支出是那些項目，依何標準認定各該醫院是慈善救濟事業。
⑵倘以「醫療法並非為慈善救濟之目的而訂立，醫療財團法人亦非以從事慈善為目的而設立」作為前提，可以得出醫療財團法人不能同時是慈善救濟事業之結論，則最高行政法院或被告為何得引用財政部98年4月9日台財稅字第09804526600號函釋而認同財團法人教會醫院是慈善救濟事業？理由顯相矛盾。
⑶衛生署並非僅係醫療業務之主管機關，99年2月3日修正公布新的「行政院組織法」第3條第11款規定：「行政院設下列各部：一、內政部……十一、衛生福利部」，於101年1月1日起生效，足見在國際潮流與立法趨勢上，必須將內政部社會司裁撤，其業務劃歸衛生署，並將衛生署升格為「衛生福利部」全面掌握慈善救濟，擴大慈善救濟之功能與範圍。
被告所辯違背行政院組織法第3條第11款之規定。
⑷依醫療法第46條、醫療法施行細則第30條之1、兒童及少年福利法第23條、老人福利法第3條第3項、身心障礙者權益保障法第21條第1項等規定，均有衛生署主管監督之醫療慈善救濟或社會福利事項，益證醫療慈善救濟亦係衛生署主管監督之業務。
被告所辯「醫療法並非為慈善救濟之目的而訂立，醫療財團法人亦非以從事慈善為目的而設立」等，顯未綜觀與醫療財團法人有關之全部相關法規。
7.被告辯稱「慈善救濟執行報告，僅是文書、統計表及照片資料，尚無實際支出單據供核……而應以經會計師查核簽證之查核報告，較具客觀上之證據」云云。
惟查：經會計師簽證之查核報告業經原告提出，詳見原證47、48、49、50。
8.被告辯稱「況由原告97及98年度收支餘絀表，其歷年醫療社會服務費用，均已列入醫務成本，繼以成為降低其結餘款（即課稅所得），相對取得租稅補償之要項，非屬無償付出」云云。
惟查：原告醫院經營多年，一直處於虧損狀態，直至97年方始轉虧為盈，91至99年歷年來累積「課稅所得額」為負2,859,639,609元，已如前述，因此，原告歷年來依法本無須繳納任何所得稅，被告指摘原告所提供優免及費用已列入相關租稅費用之補償，以及相對取得租稅補償之要項，非屬無償付出云云，顯係誤導之詞。
原告所支出之慈善救濟相關費用，並未取得任何所得稅之優惠。
9.被告辯稱「其貧病生活扶助非由原告直接行使救助，係轉由慈濟基金會提供生活補助自不得將該基金會所從事之慈善救濟事業延稱為其所從事者」、「另低收入戶醫療補助、新北市政府新希望醫療補助等，原告對該經濟個案醫療補助費用支出皆可向政府機關申請相對補助款收入，是原告非係對該等個案直接行使救助行為」云云。
惟查：⑴就診及住院期間貧困病患之生活扶助係由慈濟醫院逕行負擔，此有慈善救濟執行報告可參，及內政部審查該執行報告後以100年11月24日內授中社字第10007010432號函釋肯定之，已如前述。
⑵低收入戶醫療補助、新北市政府新希望等政府醫療補助，都是有資格限制，需要醫院有意願積極主動調查關注病患是否貧困，訪查他需不需要醫療補助，並應依政府「社會福利資源手冊」規定流程，為該病患向政府申請醫療補助的款項，這都不是醫療範疇，慈濟醫院是無償提供時間與人力參與執行政府醫療補助流程，政府因此節省從事醫療補助工作之人事開支與時間。
這是慈濟醫院與政府合作從事醫療補助，原告在第一線做的上開工作，都是原本政府應該自費去做、且屬於「社會救助法」上「醫療補助」的社會福利工作。
公務員從事上開工作，是從事醫療補助的工作，慈濟醫院從事相同工作，怎麼變成不是醫療補助的工作？被告之論點違反論理法則與經驗法則。
⒑被告辯稱「原告98、99年度醫療社會服務費用帳載及申報金額……分別僅占與創設目的有關支出1.63％、1.99％，占與創設目的有關收入1.51％、1.88％，益證原告實質上非以從事慈善救濟為主要目的事業」及「況查原告96年至98年度收支餘絀表其醫療社會服務費用，分別僅占其醫療總收入的1.63％、1.52％、1.65％，而按房屋稅條例第15條第1項第2款乃是基於辦理社會慈善救助事業者，其全部營收及資本孳息全供作辦理慈善救助事項用途，始有房屋稅免稅予以獎勵之必要」、「原告98、99年度教育文化公益慈善機關團體作業組織結算申報書暨查核報告內，並無專屬慈善救濟之支出科目」云云。
惟查：⑴必須「全部營收及資本孳息全供作辦理慈善救助事項用途，始有房屋稅免稅予以獎勵之必要。」
之法律規定何在？財團法人醫院有水電、薪資、設備、醫療耗材等維持醫院存在所必須之花費，財團法人老人扶療養院也有水電、薪資、設備等成本支出，不可能有法律規定要求全部營收及資本孳息全供作辦理慈善救助事項。
被告所辯係恣意擴大財政部85年7月5日台財稅第851116753號函文檢送內政部研商財團法人老人扶、療養機構免徵房屋稅及地價稅之會議紀錄結論，蓋該會議紀錄係載稱：「將全部收益直接用於各該目的事業」，既非「將全部收益直接用於慈善目的之事業」，亦非「必須全部營收及資本孳息全供作辦理慈善救助事項用途，始有房屋稅免稅予以獎勵之必要」。
⑵鈞院100年度訴更一字第8號及100年度訴字第29號判決慈濟醫院勝訴確定，而認定：「另被告主張原告所提供原告96、97年度機關或團體及其作業組織結算申報核定通知書顯示，其中義診費、醫療社會服務費用、捐贈衛生署等費用分別僅占創設目的有關支出1.48％及1.56％、占創設目的有關收入1.19％及1.11％，可知原告實質上非以從事慈善救濟為主要目的事業乙節。
查被告上開論述，係將原告該等年度之醫務收入用於醫療社會服務費用之比例計算而得，惟就原告之醫務收入之性質觀之，該項收入當然有成本及費用問題，計算結餘時應將之扣除，而得用之於慈善救濟工作，是被告以上開基準作為原告從事慈善救濟事業程度之論述依據，尚欠合理。
91-98年原告經營醫療機構之結果仍虧損2,969,463,366元，但該等年度仍合計支出1,076,605,771元用於有關慈善救濟之工作。
此一事實，除合於前述原告並非僅以其結餘從事慈善救濟有關之支出之說明外，益足證原告本身具有之慈善救濟事業本質。
依上，被告此部分主張尚與事實及經驗法則不合，自難採取。」
⑶被告稱原告98、99年度教育文化公益慈善機關團體作業組織結算申報書暨查核報告內，並無專屬慈善救濟之支出科目乙節，經查即使社會福利事業如慈濟基金會、財團法人老人扶養院，及宗教醫院如教會附設醫院等均無被告所稱「專屬慈善救濟之支出科目」，且我國任何財團法人都沒有此一科目，若依被告見解，則無任何財團法人符合房屋稅條例第15條第1項第2款之要件。
⒒被告辯稱「依人體器官移植條例第1條及第1條之1規定，所謂器官捐贈是為保障病人權利，恢復人體器官之功能或挽救生命，醫師所施行器官摘取、移植手術之醫療行為，從事器官捐贈難謂屬社會福利事業」云云。
惟查：如前所述，慈濟醫院勸募器官愈多，支出的醫療費用及喪葬費用愈多，虧的也愈多，足見慈濟醫院勸募器官是慈善救濟行為，內政部100年11月24日內授中社字第10007010432號函也肯定原告推動器官捐贈之服務，係基於公益目的而自行辦理之社會救助性質之優免措施性質。
惟「慈善救濟」與「社會福利」是不同的法律概念。
房屋稅條例第15條第1項第2款是規定慈善救濟事業免徵房屋稅，不是規定社會福利事業免徵房屋稅，被告顯然曲解法律。
⒓被告辯稱「另社區醫療服務中辦理病友團體、社區居家關懷、社會公共衛生教育等皆為社會公益事業」云云。
惟查：慈善救濟本具社會公益性質，豈可倒果為因，謂具社會公益性質就不再是慈善救濟。
且內政部100年11月24日內授中社字第10007010432號函也認定原告辦理病友團體、社區居家關懷、社區公共衛生教育3項目尚符合身心障礙者權益保障法第21條、第22條及第23條規定之服務提供，符合身心障礙者權益保障法之社會福利規定，被告就上開法律規定恝置不問。
⒔被告稱「原告系爭房屋使用執照申請書所載，各層用途分別為門診室、藥局、辦公室及宿舍等『供醫療診所使用』之房屋，即供原告辦理醫療服務業務使用，並非供慈善救濟事業使用」云云，惟財政部前揭64年12月19日台財稅第38987號函釋認為「直接提供醫院使用之房屋」即得免徵房屋稅，並列示診療室、病房、值夜醫護人員宿舍等均屬「直接供醫院使用之房屋」。
原告醫院財務室就醫療補助優免之數據是依據病患就醫時，因其身分透過電腦自動作業優免折扣，有老人、身心障礙、福保（低收入戶）等折扣之電腦畫面各一件可證，提供「醫療補助」及實施醫療行為，均在醫院房屋內進行，且有慈善救濟執行報告第95頁「老人醫療費用折扣優免電腦系統畫面」可稽，足證原告房屋也同時是直接供醫療慈善救濟使用，符合直接供辦理事業所使用之自有房屋之要件等情，並求為判決訴願決定、復查決定及原處分關於99年度房屋稅逾1,929元及100年度房屋稅逾1,908元部分均撤銷。
三、被告則以：㈠按「房屋稅之徵收，依本條例之規定；
本條例未規定者，依其他有關法律之規定。」
、「房屋稅依房屋現值，按左列稅率課徵之：……二、非住家用房屋，其為營業用者，最低不得少於其房屋現值3％，最高不得超過5％。
其為私人醫院、診所、自由職業事務所及人民團體等非營業用者，最低不得少於其房屋現值1.5％，最高不得超過2.5％。」
、「直轄市及縣（市）政府得視地方實際情形，在前條規定稅率範圍內，分別規定房屋稅徵收率，提經當地民意機關通過，報請或層轉財政部備案。」
、「私有房屋有下列情形之一者，免徵房屋稅：……二、業經立案之私立慈善救濟事業，不以營利為目的，完成財團法人登記者，其直接供辦理事業所使用之自有房屋。」
、「房屋稅依房屋現值，按下列稅率課徵之：一、營業用房屋按其現值課徵百分之三。
……三、住家用房屋按其現值課徵百分之一點二。
四、私立醫院、診所、……等非營業用房屋，按其現值課徵百分之二。」
分別為房屋稅條例第1條、第5條第2款、第6條、第15條第1項第2款及雲林縣房屋稅稅率自治條例第2條所明定。
次按「臺灣基督教○○會附設○○紀念醫院，如查明完成財團法人登記者，准依照房屋稅條例第15條第1項第2款之規定，免徵其供辦公使用房屋之房屋稅。」
、「臺灣基督教○○會附設○○紀念醫院之診療室、病房、值夜醫護人員宿舍等，應屬直接供醫院使用之房屋，准照本部64年11月4日台財稅第37824號函示免徵房屋稅。」
、「醫事財團法人所有之房屋，除符合房屋稅條例第15條第1項第2款規定之慈善救濟事業，不以營利為目的，其直接供辦理事業所使用者可免徵房屋稅外，其餘尚無特別減免規定。
所謂免徵醫事財團法人自有供事業用房舍房屋稅乙節，因乏法令依據，歉難照准。」
、「……財團法人老人福利機構依老人福利法因提供設施或服務而酌收之必要費用，經目的事業主管機關出具證明，其收費非以營利為目的且不違反老人福利之目的，將全部收益直接用於各該目的事業者，得認屬慈善救濟事業，其直接供辦理事業所使用之房屋得依房屋稅條例第15條第1項第2款規定免徵房屋稅。」
、「○○紀念醫院既經貴處查明雖係財團法人，但非慈善救濟事業，其所有房屋自未便免徵房屋稅。」
分別為財政部64年11月4日台財稅第37824號、64年12月19日台財稅第38987號、71年12月8日台財稅第38854號、85年7月5日台財稅第851116753號及前臺灣省稅務局68年5月14日稅三字第34478號函所釋示。
又按「內政部設左列各司、室：……三、社會司。
……」、「社會司掌理左列事項：一、關於社會福利之規劃、推行、指導及監督事項。
二、關於社會保險之規劃、推行、指導及監督事項。
三、關於社會救助之規劃、推行、指導及監督事項。
四、關於社區發展之規劃、推行、指導及監督事項。
五、關於社會服務之規劃、推行、指導及監督事項。
六、關於殘障重建之規劃、推行、指導及監督事項。
七、關於農、漁、工、商及自由職業團體之規劃、推行、指導及監督事項。
八、關於社會團體之規劃、推行、指導及監督事項。
九、關於社會運動之規劃、倡導及推行事項。
一○、關於合作事業之規劃、推行、管理、調查、指導及監督事項。
一一、關於社會工作人員之調查、登記、訓練、考核及獎懲事項。
一二、關於社會事業之國際合作及聯繫事項。
一三、關於其他社會行政事項。」
、「為照顧低收入戶、中低收入戶及救助遭受急難或災害者，並協助其自立，特制定本法。」
、「本法所稱社會救助，分生活扶助、醫療補助、急難救助及災害救助。」
、「本法所稱主管機關：在中央為內政部……本法所定事項，涉及各目的事業主管機關職掌者，由各目的事業主管機關辦理。」
、「本法所稱主管機關：在中央為內政部……。」
、「下列事項，由中央主管機關掌理。
但涉及各中央目的事業主管機關職掌，依法應由各中央目的事業主管機關掌理者，從其規定……。」
、「本法所定事項，主管機關及各目的事業主管機關應就其權責範圍，針對兒童及少年之需要，尊重多元文化差異，主動規劃所需福利，對涉及相關機關之兒童及少年福利業務，應全力配合之。
主管機關及各目的事業主管機關權責劃分如下：一、主管機關：主管兒童及少年福利法規、政策、福利工作、福利事業、專業人員訓練、兒童及少年保護、親職教育、福利機構設置等相關事宜。
二、衛生主管機關：主管婦幼衛生、優生保健、發展遲緩兒童早期醫療、兒童及少年心理保健、醫療、復健及健康保險等相關事宜……。」
、「本法所稱主管機關：在中央為內政部……本法所定事項，涉及各目的事業主管機關職掌者，由各目的事業主管機關辦理。
前二項主管機關及各目的事業主管機關權責劃分如下：一、主管機關：身心障礙者人格維護、經濟安全、照顧支持與獨立生活機會等相關權益之規劃、推動及監督等事項。
二、衛生主管機關：身心障礙者之鑑定、保健醫療、醫療復健與輔具研發等相關權益之規劃、推動及監督等事項。」
、「私人或團體設立身心障礙福利機構，應向直轄市、縣（市）主管機關申請設立許可。」
「本法所稱主管機關：在中央為內政部；
在直轄市為直轄市政府；
在縣（市）為縣（市）政府。
本法所定事項，涉及各目的事業主管機關職掌者，由各目的事業主管機關辦理。
前二項主管機關及各目的事業主管機關權責劃分如下：一、主管機關：主管老人權益保障之規劃、推動及監督等事項。
二、衛生主管機關：主管老人預防保健、心理衛生、醫療、復健與連續性照護之規劃、推動及監督等事項。」
、「私人或團體設立老人福利機構，應向直轄市、縣（市）主管機關申請設立許可。」
、「醫療法人經中央主管機關及目的事業主管機關之許可，得附設下列機構：一、護理機構、精神復健機構。
二、關於醫學研究之機構。
三、老人福利法等社會福利法規規定之相關福利機構。
前項附設機構之設立條件、程序及其他相關事項，仍依各該相關法規之規定辦理。」
分別為內政部組織法第4條第3款、第13條、社會救助法第1條、第2條、第3條、行為時兒童及少年福利法第6條第1項前段、第7條、第9條第1款、第2款、身心障礙者權益保障法第2條第1項、第2項、第3項第1款、第2款、第63條第1項、老人福利法第3條第1項、第2項、第3項第1款、第2款、第36條第1項及醫療法第31條第3項、第4項亦分別定有明文。
末按「……二、有關慈善救濟事業之型態、範圍及其設立之法令依據與認定標準乙節，經查本部相關法規並未加以範定，惟查配合民國69年社會救助法公布而廢止之社會救濟法將救濟設施分為安老所、育嬰所、育幼所、殘廢教養所、習藝所、婦女教養所、助產所、施醫所及其他以救濟為目的之設施；
另查社會救助法第2條規定，社會救助分為生活扶助、醫療補助、急難救助及災害救助等項。
三、另依本部91年8月22日台內中社字第0910075289號函針對土地稅捐減免就平均地權條例第35條之1及其施行細則第50條第1項規定所為之函釋略以，社會福利事業指依法經社會福利事業主管機關許可設立，以興辦社會福利服務及社會救助為主要目的之事業，並符合下列情形之一：（一）依民法及內政業務財團法人監督準則……規定，經社會福利事業主管機關許可設立之社會福利慈善事業基金會興辦福利事業者。
（二）依兒童及少年福利法、老人福利法、身心障礙者保護法（已修訂為『身心障礙者權益保障法』）及社會救助法等社會福利相關法規經直轄市、縣（市）社會福利事業主管機關許可設立之社會福利機構興辦社會福利事業者。
（三）財團法人附設前款之社會福利機構興辦社會福利事業者……四、至財團法人醫院是否屬於慈善救濟事業乙節，查醫療法第5條規定，醫療財團法人係指以從事醫療事業辦理醫療機構為目的，由捐助人捐助一定財產，經中央主管機關許可並向法院登記之財團法人。
是以，財團法人醫院是否屬慈善救濟事業，宜向其主管機關行政院衛生署洽詢，並參考本部上開相關規定。」
亦經內政部96年12月17日內授中社字第0960018943號函釋在案。
㈡原告主張：「衛生署96年12月5日衛署醫字第0960053851號函釋：『財團法人慈濟醫院及其各分院應可認屬慈善救濟事業。』
」、「內政部已函釋認定慈濟醫院是『業經立案之慈善救濟事業』，財政部亦函釋尊重內政部之認定」云云。
惟查，衛生署所為認定不可作為符合房屋稅條例第15條第1項第2款規定之依據；
而內政部100年11月24日內授中社字第10007010431號函及財政部並未認定原告屬於業經立案之慈善救濟事業：1.原告所有系爭房屋與房屋稅條例第15條第1項第2款規定「業經立案之慈善救濟事業」之免稅要件不合：⑴查房屋稅條例第15條第1項第2款規定之「慈善救濟事業」，雖未見法律明文定義，惟按最高行政法院101年度判字第739號、第896號、101年度裁字第205號、第2708號等裁判見解：「按內政部組織法第4條第3款、第13條、社會救助法第1條、第2條、第3條、行為時兒童及少年福利法第6條第1項前段、第7條、第9條第1款、第2款、身心障礙者權益保障法第2條第1項、第2項、第3項第1款、第2款、第63條第1項、老人福利法第3條第1項、第2項、第3項第1款、第2款、第36條第1項、醫療法第31條第3項、第4項之規定，及內政部96年12月17日內授中社字第0960018943號函釋意旨，內政部係社會福利事業主管機關甚明。
原告應向內政部申請設立許可，並受其監督，始符合房屋稅條例第15條第1項第2款規定『業經立案之私立慈善救濟事業』之要件。」
經查，原告係依醫療法第5條規定，由行政院衛生署核准設立之醫療財團法人，非屬內政部依「內政部審查內政業務財團法人設立許可及監督要點」核准立案並完成財團法人登記之內政業務財團法人，自與房屋稅條例第15條第1項第2款免徵房屋稅要件不符。
行政院衛生署96年12月5日衛署醫字第0960053851號函雖認定原告屬慈善救濟事業，惟參照上揭說明，衛生署並非私立慈善救濟事業之主管機關，其上述函釋，自無從為原告有利之認定。
參照鈞院100年度訴更一字第11號判決：「至於內政部100年11月24日內授中社字第10007010431號函，雖認定原告91年至99年慈善救濟執行報告內容經內政部及衛生署認符合醫療法及其施行細則、兒童及少年福利法、社會救助法、身心障礙者權益保障法及老人福利法相關規定之慈善救濟事項，惟此僅能證明原告有從事上述執行報告內容之慈善救濟事項，尚難據此認定原告即屬經內政部核准立案之私立慈善救濟事業。
另內政部101年1月4日內授中社字第1000701331號函固謂房屋稅條例第15條第1項第2款所稱經立案之私立慈善救濟事業，目前實務執行上並不以向內政部立案者為限，惟該見解參諸上揭說明，亦與前揭法律之規定不符，並不可採。」
原告既未向內政部申請設立許可，自與房屋稅條例第15條第1項第2款規定「業經立案之私立慈善救濟事業」之要件不合。
原告僅係經衛生署核准設立之醫療財團法人，而非核准有案之私立慈善救濟事業，縱如原告所稱其確提供濟貧、養老等慈善救濟行為，亦難合致房屋稅條例第15條第1項第2款「業經立案之私立慈善救濟事業」之法定要件。
⑵房屋稅條例第15條第1項第2款免徵房屋稅之適用，應具備「須為經立案之私立慈善救濟事業」、「已完成財團法人登記」、「不以營利為目的」及「直接供辦理事業所使用之自有房屋」等4要件。
而財團法人係由捐助財產所組成，從事公益事業之法人，惟因慈善救濟僅是「公益」類型之一，故已完成財團法人登記者，並非即當然係從事慈善救濟事業。
此觀諸59年6月26日修正之房屋稅條例第15條第1項第2款規定：「業經立案之私立慈善救濟事業，不以營利為目的，完成財團法人登記，辦理具有成績，經主管機關證明者，其直接供辦理事業所使用之房屋。」
其修正理由為：「第1項第2款慈善救濟事業房屋之免稅，應包括直接供辦理事業所使用之一切房屋，如養老院、救濟院等，不能單以辦公房屋為限，故予以修正。」
立法者已列示養老院、救濟院等係以慈善救濟為主要目的事業。
及參照最高行政法院101年度裁字第205號裁定：「況依土地稅減免規則第8條第1項第5款之免徵地價稅規定，係將『經事業主管機關核准設立且辦妥財團法人登記之私立醫院』與『經事業主管機關核准設立且辦妥財團法人登記之社會救濟慈善事業』併列，益見所謂『經事業主管機關核准設立且辦妥財團法人登記之私立醫院』，於稅法上，並非即當然為『經立案之私立慈善救濟事業』。」
且財政部亦曾以71年12月8日台財稅第38854號函釋示：「醫事財團法人所有之房屋，除符合房屋稅條例第15條第1項第2款規定之慈善救濟事業，不以營利為目的，其直接供辦理事業所使用者可免徵房屋稅外，其餘尚無特別減免規定。
所謂免徵醫事財團法人自有供事業用房舍房屋稅乙節，因乏法令依據，歉難照准。」
等語在案，即未肯認醫事財團法人即當然屬經立案之慈善救濟事業。
依原告提示之法人登記證明書及「財團法人佛教慈濟綜合醫院捐助章程」第5條所載，原告係由「財團法人臺灣省私立佛教慈濟慈善事業基金會」（下稱慈濟基金會）所捐助創辦。
惟其係依醫療法第5條規定設立，由行政院衛生署於73年12 月27日以衛署醫字第501843號函許可設立之財團法人，屬「醫療財團法人」，並非由內政部依「內政部審查內政業務財團法人設立許可及監督要點」核准立案並完成財團法人登記之內政業務財團法人。
慈濟基金會為內政部核准立案之私立慈善救濟事業，惟原告並非該基金會之附設醫院，兩者為各自單獨成立之財團法人。
原告就系爭房屋並未提出業已向內政部或縣市政府辦理慈善救濟事業財團法人登記，核與前揭內政部96年12月17日內授中社字第0960018943號函釋有關「社會福利事業」必須符合「依法經社會福利事業主管機關許可設立」之要件，已有未合，難認係房屋稅條例第15條第1項第2款規定「業經立案之私立慈善救濟事業」。
又慈濟基金會雖係經內政部核准立案並完成財團法人登記之私立慈善救濟事業，惟原告係經衛生署准予設立且向法院聲請設立完成登記之醫療財團法人，此有法人登記證書及捐助章程可稽，二者分屬單獨成立之財團法人，不容混為一談。
2.按醫療法第46條規定：「醫療財團法人應提撥年度醫療收入結餘之百分之10以上，辦理有關研究發展、人才培訓、健康教育；
百分之10以上辦理醫療救濟、社區醫療服務及其他社會服務事項；
辦理績效卓著者，由中央主管機關獎勵之。」
係法律明定醫療財團法人之法定社會義務。
原告雖有從事醫療救濟、社區醫療服務及其他社會服務事項之支出，惟尚無因善盡法定社會義務，即得據以主張其為業經立案之慈善救濟事業。
況有關研究發展、人才培訓、健康教育、醫療救濟、社區醫療服務及其他社會服務事項辦理績效卓著者，依規定係由中央主管機關衛生署予以獎勵，並未規定得免徵房屋稅。
參照財政部85年7月5日台財稅第851116753號函釋意旨，房屋稅條例第15條第1項第2款所稱之「慈善救濟事業」，自係以從事慈善救濟為主要目的之事業，即應將其全部收益直接用於慈善救濟事業。
另參照最高行政法院101年度判字第739號判決：「醫療法第46條之規定內容（即『醫療財團法人應提撥年度醫療收入結餘之10％以上，辦理有關研究發展、人才培訓、健康教育；
10％以上辦理醫療救濟、社區醫療服務及其他社會服務事項；
辦理績效卓著者，由中央主管機關獎勵之』），不得做為『醫療財團法人即為慈善救濟事業』之依據，因為：A.參照財政部85年7月5日台財稅字第851116753號函釋意旨，房屋稅條例第15條第1項第2款所稱之『慈善救濟事業』，自係以從事慈善救濟為主要目的之事業，即應將其全部收益直接用於慈善救濟事業，而不能如醫療法第46條所定、最低只需提撥『結餘10％』來辦理醫療救濟、社區醫療服務及其他社會服務事項。
B.對照土地稅減免規則第8條第1項第5款『免徵地價稅』之規定，乃將『辦妥財團法人登記之私立醫院』與『辦妥財團法人登記之社會救濟慈善事業』分別例示，由此可見所謂『辦妥財團法人登記之私立醫院』，於稅法上，並非即當然為『辦妥財團法人登記之私立慈善救濟事業。』
上訴人之捐助章程內容，並非將決算後之結餘款（即獲利）100％從事醫療救濟、社區醫療服務及其他社會服務事項，參照前述財政部85年7月5日台財稅字第851116753號函釋意旨，仍非將其全部收益直接用於慈善救濟事業，同樣不屬於『以從事慈善救濟為主要目的之事業』。
4.原判決上開法律意見，實為本院對類似案件所採取之一致見解……。」
是以，醫療法第46條之規定，自不得作為醫療財團法人即為慈善救濟事業之依據。
㈢原告援引鈞院100年度訴更一字第8號及100年度訴字第29號判決原告勝訴之理由，主張其係以從事慈善救濟為主要目的云云。
經查：1.參照立法院公報第75卷第81期第167頁及同卷第90期第91頁委員會紀錄，說明醫療法第46條規定醫療財團法人應提撥年度醫療收入結餘之10％以上，辦理研究發展、人才培訓、健康教育，10％以上辦理醫療救濟、社區醫療服務及其他社會服務事項之規範，係因財團法人醫院之收費標準與一般醫院一樣，但享有土地稅、營業稅、綜合所得稅免稅，故應提撥部分收入作社會公益事業及教育訓練之用。
原告為業經立案之醫療財團法人，並非無償從事醫療服務，主要運作係根據中央健康保險局之標準向就醫民眾收取掛號費及自費額，並針對藥品、醫事服務之提供，依標準向該局請款，復據以申報醫務收入及醫務成本，從而計算結餘列為課稅所得，其核心業務之營運模式，既與一般醫療院所並無二致，自難認以「慈善救濟事業」為主要目的。
2.任何財團法人，甚或營利事業，均得自發性或本於法令規定從事慈善救濟「工作」，惟不因此改變其本質成為「慈善救濟事業」。
不可諱言，慈濟基金會係經內政部核准立案之私立慈善救濟事業，辦理慈善救濟工作績效卓著，深獲全民所推崇，惟原告並非該基金會之附設醫院，而係慈濟基金會捐助成立，以從事醫療事業為主要目的，另經行政院衛生署核准單獨成立，收支自主之醫療財團法人，其經營模式無異於其他醫療院所，已如前述。
然大院100年訴更一字第8號及100年訴字第29號判決將房屋稅條例第15條第1項第2款所謂「業經立案」與「慈善救濟事業」區分為二，一方面援引財政部71年12月8日台財稅第38854號函釋，以經衛生署許可設立，並向法院完成登記之醫療財團法人，即符合系爭條款所定「業經立案」之要件；
另一方面，未予重視原告係以醫療為主業，單以其於特定期間內，附隨辦理「慈善救濟工作」類屬流量之概念，作為判定其永久存續本質係「慈善救濟事業」之依據，其見解固非無據。
惟與最高行政法院101年度判字第144號、第316號及第739號判決所為「所謂慈善救濟僅是公益類型之一，已完成財團法人登記者，非即當然係從慈善救濟事業，而醫療法並非為慈善救濟之目的而訂立，醫療財團法人亦非以從事慈善為目的而設立」之意旨大相逕庭。
次查財政部100年7月6日台財稅字第10004717670號函復大院「說明四、……醫療財團法人雖經行政院衛生署許可並向法院登記之財團法人，並非屬經立案之慈善救濟事業。」
等語，顯見財政部自作成71年12月8日台財稅第38854號函釋以來，未曾有以完成醫療財團法人登記者，即符合業經立案要件之解釋。
3.又前揭判決認為原告將慈善救濟支出列為年度之業務支出（即計算結餘之減項），與其章程第16條規定結餘款之50％應撥充慈善救濟事業部分，不相重疊。
惟前揭判決援用之原告慈善救濟執行報告，僅是文書、統計表及照片資料，尚無實際支出單據供核，被告認尚不宜逕為援用，而應以經執業會計師查核簽證之查核報告，較具客觀上之證據力。
此固非指原告提示之慈善救濟執行報告虛偽不實，惟其所列各年期關於費用、補助金額資料之公信力，相較業經執業會計師查核簽證之結算申報書暨查核報告，當有所不足。
查會計師係以專業技能，發揚執業品質之執行業務人員(會計師法第1、2條參照)。
會計師依會計師法，負有公正客觀為查核簽證之法律責任，違法情節重大者，並應付懲戒，此觀該法第1、2、6、40、41、49、61及62條規定自明。
爰相較於原告自行提示之慈善救濟執行報告，經會計師查核簽證之查核報告，客觀上較具備證據力，而被告亦已向財政部北區國稅局花蓮分局查得原告98、99年度教育文化、公益慈善機關團體作業組織結算申報書暨查核報告，以玆審核原告實質上是否以從事慈善救濟為主要目的事業。
況由原告96及97年度、97及98年度收支餘絀表（資料來源：行政院衛生署網站），其歷年醫療社會服務費用，均已列入醫務成本，繼以成為降低其結餘款（即課稅所得），相對取得租稅補償之要項，非屬無償付出，卻將該等費用總額，另與核屬淨額概念之結餘款50％加以比較，以彰其差異，俾憑為原告大量從事慈善救濟工作之論據，蓋支出費用係毛額概念，乃收入之減項，所彰顯者為事業於特定會計期間內財貨或勞務的流出量，是依支出費用科目別，即可觀察出該財貨或勞務係用於何種用途；
惟結餘係淨額概念，乃事業於特定會計期間內收入減除支出之正差額，一般多用以評估該事業之整體（包括經營本業與經營非本業）經營績效。
是前揭判決逕以原告支出項目（毛額）與結餘（淨額）相較，憑為原告大量從事慈善救濟工作之論據，顯不合邏輯，亦與最高行政法院101年度判字第144號、316號判決所肯認之財政部85年7月5日台財稅字第851116753號函釋，不以營利為目的，且將全部收益直接用於各慈善目的之事業者，始足認屬房屋稅條例第15條第1項第2款所規定之「慈善救濟事業」之見解有違。
且徵於原告各地分院之設立及營運模式皆相同，其相關收支均由花蓮總院彙總申報，臺北高等行政法院、高雄高等行政法院及大院100年度訴更一字第11號判決既就原告非屬慈善救濟事業為實體審認，亦獲最高行政法院肯認。
且原告之慈善救濟執行報告內關於社服室及相關費用，引述該報告所自稱之工作內容及費用，並非社會救助法、老人福利法及身心障礙者權益保障法、兒童及少年福利法所規定之內容及支出對象，與內政部96年12月17日內授中社字第0960018943號函釋未盡相符。
其貧病生活扶助非原告直接行使救助，係轉由慈濟基金會提供生活補助，自不得將該基金會所從事之慈善救濟事業延稱為其所從事者，而認定其屬業經立案之私立慈善救濟事業，適用房屋稅條例第15條第1項第2款之免稅規定。
4.就原告所提出之91年至100年之慈善救濟執行報告，該等慈善救濟支出內容經核與原告向衛生署申報之收支餘絀表及「醫療社會服務費用明細表」內容觀之，除義診費及社服室費用外，其餘慈善救濟支出項目皆僅係遵行醫療法第46條及同法施行細則第30條之1規定所提撥之醫療社會服務費用，且經查原告96年至98年慈善救濟支出金額，其所提撥比例約為醫療收入淨額分別為1.63％、1.52％及1.65％。
復按財政部北區國稅局花蓮分局提供之原告98、99年度教育文化、公益、慈善機關或團體及其作業組織結算申報書顯示，原告98、99年度與創設目的有關支出（包含銷售與非銷售貨物或勞務之支出）申報金額分別為137億6,062萬8,739元、144億4,339萬1,706元；
與創設目的有關收入（包含銷售與非銷售貨物或勞務之收入）分別為148億19萬6,000元、153億492萬9,551元；
再依經勤業眾信聯合會計師事務所執業會計師簽證之原告98、99年度教育文化、公益慈善機關團體作業組織結算申報書暨查核報告，核其支出項目中，僅「醫療社會服務費用」項目(主要係原告為辦理有關醫療救助、社區醫療服務或其他社會服務所產生之費用)似與前開內政部100年11月24日內授中社字第10007010432號函所認具慈善救濟性質者較具相關，其他費用項目均核無慈善救濟性質。
而原告98、99年度醫療社會服務費用帳載及申報金額分別為2億2,367萬1,941元、2億8,724萬945元，分別僅占與創設目的有關支出1.63％、1.99％，占與創設目的有關收入1.51％、1.88％，益證原告實質上非以從事慈善救濟為主要目的事業。
5.原告所謂醫療社會服務費用包含醫療救助費用（含經濟個案補助、器官捐贈補助）、社區醫療服務費用（辦理病友團體、社區居家關懷、社會公共衛生教育、社區義診等費用）、其他社會服務費用（志願服務教育訓練費用）等。
依人體器官移植條例第1條規定：「為恢復人體器官之功能或挽救生命，使醫師得摘取屍體或他人之器官施行移植手術，特制定本條例。
本條例未規定者，適用其他法律之規定。」
及第1條之1規定：「本條例所稱衛生主管機關：在中央為行政院衛生署；
在直轄市為直轄市政府；
在縣(市)為縣(市)政府。
」。
所謂器官捐贈是為保障病人權利，恢復人體器官之功能或挽救生命，醫師所施行器官摘取、移植手術之醫療行為，從事器官捐贈難謂屬社會福利事業，且由原告91年至100年慈善救濟執行報告觀之，其貧病生活補助係由原告將需生活扶助的病患轉介由慈濟基金會提供生活扶助（詳見執行報告第2、39頁），另低收入戶醫療補助、新北市政府新希望醫療補助等，原告對該經濟個案醫療補助費用支出皆可向政府機關申請相對補助款收入（詳見執行報告第42、43頁），是原告非係對該等個案直接行使救助行為；
另社區醫療服務中辦理病友團體、社區居家關懷、社會公共衛生教育等皆為社會公益事業；
次按志願服務法第1條、第3條、及第9條相關規定，舉凡提高公共事務效能及增進社會公益所為之各項輔助性服務，皆可成立志願服務隊召募志工從事志願服務工作，且志願服務運用單位應就個別要求對志工辦理特殊訓練為事理之所然，難謂訓練醫療志工即為慈善救濟事業。
是原告依醫療法第46條規定提撥96年至98年度醫療社會服務費用1億9,230萬7,357元、1億9,755萬1,552元及2億2,367萬1,941元僅屬社會公益事業，且因慈善救濟僅是「公益」類型之一，尚難據以稱醫療社會服務費用支出即為慈善救濟支出。
況查原告96年至98年度收支餘絀表其醫療社會服務費用1億9,230萬7,357元、1億9,755萬1,552元及2億2,367萬1,941元，分別僅占其醫療總收入117億8,661萬7,159元、129億7,927萬9,717元及135億2,209萬4,151元的1.63％、1.52％、1.65％。
惟按房屋稅條例第15條第1項第2款乃是基於辦理社會慈善救助事業者，其全部營收及資本孳息全供作辦理慈善救助事項用途，始有房屋稅免稅予以獎勵之必要。
6.參照最高行政法院101年度判字第739號判決：「不過從前開法理說明足知，本院對相類似案件向來所採取之見解是認為：上訴人『實質上』是否具備『私立慈善救濟事業』性質，與其此項實質特徵『形式上』是否經由『主管機關之立案程序』而在外觀上被掌握，乃是二個不同層次之議題。
現行實證法既然要求形式要件，即不能以抽象之『實質課稅原則』去否認此項形式要求。
前已言之，本案中適用房屋稅條例第15條第1項第2款時，其稅捐主體之規範特徵有三，缺乏其中任何之一者，即無法導致免稅法律效果之產生，從而本案中之『私立慈善救濟事業』認定，必須實質要件與程序要件兼俱，故上訴人不能只強調實質面，而置『主管機關立案確認資格』之形式面於不顧，而且此等形式面要求，依前所述，與章程如何規定無關。」
另參照最高行政法院101年度判字第423號、498號及第896號判決、臺北高等行政法院100年度訴更一字第115號、132號判決、鈞院100年度訴更一字第11號判決、高雄高等行政法院100年度訴更一字第4號、7號判決意旨，均認原告係以醫療業務為主要目的事業，雖有從事慈善救濟之工作，惟實質上仍非屬慈善救濟事業而駁回原告之訴在案。
㈣原告援引最高行政法院101年8月9日101年度判字第713號判決主張「是最高行政法院認為慈濟醫院向衛生署立案，係符合『業經立案』之要件」、「慈濟醫院『慈善救濟財會系統分類帳』、『慈善救濟執行報告』及內政部100年11月24日函等證據均關係慈濟醫院實質上是否以從事慈善救濟為主要目的之認定，而應予以實體認定。」
云云。
經查：該案係原告關山分院相同房屋稅爭訟案件，原審高雄高等行政法院以其適用簡易程序，不經言詞辯論判決駁回原告在原審之訴。
最高行政法院認為原判決未就原告提出之相關證據予以實體認定，僅以原告未經內政部許可設立及91年至97年無結餘可資撥充社會服務救濟之用等由，即逕認原告實質上非以從事慈善救濟為主要目的之事業，核有理由不備之違法，並與判決結論有影響，因本件事證猶有未明，有由原審再為調查審認之必要，故將原判決廢棄，發回原審更為適法之裁判。
該案尚待原審再為調查審認，並未確定，原告自不得引據作為有利之認定。
惟退萬步言，按該判決見解：「事業若有經立案之事實，雖非向內政部為之，如實質上得認係以從事慈善救濟為主要目的者，亦得認合於房屋稅條例第15條第1項第2款規定所稱『經立案之慈善救濟事業』之要件」，被告當予以尊重。
故原告雖係經衛生署為立案登記之醫療財團法人，非屬經內政部為立案登記之內政業務財團法人，惟既主張其屬私立慈善救濟事業應免徵房屋稅，被告即有就此主張為實質審認之必要。
㈤原告主張「稅務機關係以不同的免徵標準適用於原告及教會醫院(即教會附設醫院或財團法人教會醫院)間，也就是主張本件課稅處分所依據之免徵標準違反課稅公平原則」「原告應與教會附設醫院或財團法人教會醫院同有『法安定性』原則適用」云云，經查：1.參閱最高行政法院101年判字第739號判決「(1)其實上訴人所最在意者為：『同樣是宗教慈善事業所捐助設立之財團法人，為何教會醫院可以依財政部98年4月9日台財稅字第09804526600號函釋採擇之法律見解，適用房屋稅條例第15條第1項第2款之規定而免徵房屋稅，上訴人卻不准許適用該免徵房屋稅之法規範』。
因此認為原判決之法律見解違反『平等原則』（此點上訴人在原審中已提出，但原判決並未做適度之回應，故上訴意旨再次引用財政部100年8月3日台財稅字第1000273810號函，該函文答覆高雄高等行政法院稱：『宗教團體附設醫院，對貧民施予醫療救濟，並訂定較一般醫院收費為低之收費標準，故屬慈善救濟性質』。
但此二項標準，上訴人均有符合，為何不被承認為慈善救濟事業），可見原處分違反平等原則。
(2)然而被上訴人針對此點已有答辯，強調『該等』（基督教或天主教）教會醫院，原來都是性質上為『私立慈善救濟事業』教會團體下之附設機構，而非獨立於教會團體之外的財團法人，因此過去認其符合房屋稅條例第15條第1項第2款之免徵規定，並無疑義，但後來因為國家法制有變，而輔導該等教會附設醫院，在法律上自教會組織中分離，成為獨立之『財團法人』形式，不過此等教會醫院雖然法律形式有變，但其實證上之營運模式，與成立為財團法人之前並無不同，過去之免徵房屋稅待遇，是在這樣的一個特殊背景下被延續下來，財政部98年4月9日台財稅字第09804526600號函釋意旨，也應在這個觀點下被理解……(3)當然從平等原則之觀點，上開函釋在本案中是否可以引用，並非沒有『仁智互見』的討論空間，但本院向來之法律見解是認為『上訴人設立之始即在法律上與捐助人完全分離，而為相互獨立之法人，教會醫院設立之歷史經過不同，二者實證特徵不同，因此在規範上沒有為相同處理之正當性』，此等見解既為本院眾多先例所採，為求法之安定性，本院亦無從異其處理標準，因此在尊重現行司法實務既定見解基礎下，上訴人此等上訴理由尚無從推翻原判決之合法性。」
2.至於原告引用許玉秀大法官於司法院釋字第574號解釋部分協同意見書，主張原告應與教會附設醫院或財團法人教會醫院同有法安定性之適用乙節，因教會醫院原來都是性質上為「私立慈善救濟事業」教會團體下之附設機構，而非獨立於教會團體之外的財團法人，過去認其符合房屋稅條例第15條第1項第2款之免徵規定，並無疑義，但後來因為國家法制有變，而輔導該等教會附設醫院，在法律上自教會組織中分離，成為獨立之「財團法人」形式，不過此等教會醫院雖然法律形式有變，但其實證上之營運模式，與成立為財團法人之前並無不同，過去之免徵房屋稅待遇，是在這樣的一個特殊背景下被延續下來，因此，方有法安定性之適用。
至於原告自設立登記之始即在法律上與慈善救濟事業捐助人完全分離，而為相互獨立之法人，與教會醫院設立之歷史經過不同，二者實證特徵不同，自無法安定性之適用。
3.進一步言，人民之權益，包括私利與公益，蓋「因租稅優惠係以減免國家得課徵之租稅為手段，當現代國家成為財政仰賴稅收之租稅國家之後，因租稅優惠而少收之稅捐，要非由其他納稅義務人在原本之繳納額度外另行分攤，即是由全體國民忍受稅收不足之結果。」
租稅除具強制性外，尚需兼顧社會公平與分配正義，故審核納稅人是否適用租稅優惠之要件時，必當嚴守租稅法律主義，俾避免不當損及公益，違反實質上的租稅公平。
原告既自設立登記起，即屬獨立之醫療財團法人，欲以之主張享有與「原屬宗教團體法人附設醫院，嗣依醫療法規定改設為醫療財團法人」相同之免徵房屋稅優惠，因欠缺法律依據，當不予准許。
4.依財政部71年12月8日台財稅第38854號函釋：「醫事財團法人所有房屋，除符合房屋稅條例第15條第1項第2款規定之慈善救濟事業，不以營利為目的，其直接供辦理事業所使用者可免徵房屋稅外，其餘尚無特別減免規定。
所謂免徵醫事財團法人自有供事業用房舍房屋稅乙節，因乏法令依據，歉難照准。」
及100年8月3日台財稅字第10000273810號函：「……宗教團體附設醫院，於醫療法公布實施後改設為醫療財團法人，主管機關改隸為行政院衛生署，原無免徵房屋稅之適用。
惟行政院衛生署認為該等醫院改制後之慈善救濟性質並未改變，且慈善救濟事業主管機關內政部亦無不同意見，本部爰以98年4月9日台財稅字第09804526600號函釋，原屬宗教團體法人附設醫院，經依醫療法規定改設為醫療財團法人後，仍從事慈善救濟工作，且其慈善救濟本質於改設後並未變更者，免因政府管理權責之劃分，致使該等醫院權益受損，准依房屋稅條例第15條第1項第2款免徵房屋稅……。」
。
是以「教會附設醫院」係教會屬經立案之慈善救濟事業所附設醫院，合於房屋稅條例第15條第1項第2款規定。
故醫事財團法人所屬房屋除符合房屋稅條例第15條第1項第2款規定之業經立案之慈善救濟事業外，其餘尚無特別減免。
又原經核准立案屬慈善救濟事業之宗教財團法人所附設醫院，嗣依醫療法規定改設為醫療財團法人者，政府自不應因管理權責劃分，而致使其權益平白受到減損，核與本件原告自始即屬醫療財團法人事實有別，是原告尚無前述財政部函釋免徵房屋稅之適用。
㈥至原告提出財政部101年4月26日台財稅字第10100087860號書及行政院101年6月14日院台財字第1010134152號行政院秘書長書函檢送101年6月8日「研商醫療財團法人佛教慈濟綜合醫院房屋稅陳情案會議紀錄」之「會議結論」乙節，經查，參照大院100年度訴更一字第11號判決：「上開財政部函，僅係就房屋稅條例第15條第1項第2款規定之慈善救濟事業，協調內政部訂定相關認定標準，俾供稽徵機關作為日後就該類案件核處之依據。
而『研商醫療財團法人佛教慈濟綜合醫院房屋稅陳情案會議紀錄』之『會議結論』，係就有關醫療財團法人適用房屋稅條例第15條第1項第2款規定所稱『業經立案之私立慈善救濟事業』免徵房屋稅規定，宜有一致性適用標準，而訂定『醫療財團法人符合房屋稅條例第15條第1項第2款業經立案之私立慈善救濟事業之認定標準』為：由宗教團體或具宗教性質之社會福利事業捐助成立，經內政部許可設立之財團法人或向衛生署立案為醫療財團法人之醫院，經內政部或衛生署認定確有持續提供醫療慈善救濟服務者，即符合房屋稅條例第15條第1項第2款『業經立案之私立慈善救濟事業』。
且前揭有關『確有持續提供醫療慈善救濟服務』之標準，而分別由內政部及衛生署擬訂後，與財政部會商，乃係由行政院秘書長101年6月14日院台財字第1010134152號函送之會議紀錄，並非法律，且就有關『確有持續提供醫療慈善救濟服務』之標準，亦須由內政部及衛生署擬訂後，再與財政部會商，由以上說明，亦難執為原告上開年度房屋稅免徵之有利認定。」
等語，資為抗辯。
並聲明求為判決駁回原告之訴。
四、兩造之爭點：原告所有之系爭房屋，是否有房屋稅條例第15條第1項第2款免徵房屋稅規定之適用？
五、經查：㈠按「房屋稅依房屋現值，按左列稅率課徵之：……二、非住家用房屋，其為營業用者，最低不得少於其房屋現值3％，最高不得超過5％。
其為私人醫院、診所、自由職業事務所及人民團體等非營業用者，最低不得少於其房屋現值1.5％，最高不得超過2.5％。」
、「直轄市及縣（市）政府得視地方實際情形，在前條規定稅率範圍內，分別規定房屋稅徵收率，提經當地民意機關通過，報請或層轉財政部備案。」
、「私有房屋有左列情形之一者，免徵房屋稅：……二、業經立案之私立慈善救濟事業，不以營利為目的，完成財團法人登記者，其直接供辦理事業所使用之自有房屋。」
房屋稅條例第5條第2款、第6條及第15條第1項第2款分別定有明文。
是依房屋稅條例第15條第1項第2款規定免徵房屋稅，應具備：⑴須為經立案之私立慈善救濟事業。
⑵已完成財團法人登記。
⑶不以營利為目的。
⑷直接供辦理事業所使用之自有房屋等4要件。
而財團法人係由捐助財產所組成，從事公益事業之法人，性質上雖屬公益法人，惟因所謂慈善救濟僅是「公益」類型之一，故已完成財團法人登記者，並非即當然即係慈善救濟事業。
且慈善救濟工作並非慈善救濟事業始得為之，以營利為目的之公司企業，亦多有行善之舉，是房屋稅條例第15條第1項第2款所稱之「慈善救濟事業」，自應以從事慈善救濟為其事業設立主要目的者，始足當之。
㈡次按醫療法第1條、第5條第2項及第46條規定：「為促進醫療事業之健全發展，合理分布醫療資源，提高醫療品質，保障病人權益，增進國民健康，特制定本法。
……」、「本法所稱醫療財團法人，係指以從事醫療事業辦理醫療機構為目的，由捐助人捐助一定財產，經中央主管機關許可並向法院登記之財團法人。」
、「醫療財團法人應提撥年度醫療收入結餘之10％以上，辦理有關研究發展、人才培訓、健康教育；
10％以上辦理醫療救濟、社區醫療服務及其他社會服務事項；
辦理績效卓著者，由中央主管機關獎勵之。」
可知，醫療法並非為慈善救濟之目的而訂立，醫療財團法人亦非以從事慈善救濟事業為目的而設立，而係以從事醫療事業辦理醫療機構為目的而設立。
至醫療法第46條規定係因財團法人醫院與一般醫院之收費標準均相同，但依土地稅減免規則第8條第1項第5款規定，經事業主管機關核准設立且辦妥財團法人登記之私立醫院，其本身所有之事業用地可享受免徵地價稅之緣由，以提高財團法人醫療機構公益績效之目的而訂立；
且規範提撥下限為收入「結餘10％」以辦理醫療救濟、社區醫療服務及其他社會服務事項，核與係以從事慈善救濟為主要目的之「慈善救濟事業」，顯然有別，是尚無得援引醫療法第46條規定，作為醫療財團法人即為上開房屋稅條例所稱慈善救濟事業之論據，此由土地稅減免規則第8條第1項第5款之免徵地價稅規定，係將「經事業主管機關核准設立且辦妥財團法人登記之私立醫院」與「經事業主管機關核准設立且辦妥財團法人登記之社會救濟慈善事業」分別例示，益明於稅法上所謂「經事業主管機關核准設立且辦妥財團法人登記之私立醫院」，並非即當然為「經立案之私立慈善救濟事業」。
㈢又房屋稅條例第15條第1項第2款所謂「業經立案之慈善救濟事業」，同條例雖未明定其主管機關，惟參照司法院院字第817號解釋文第18點針對監督寺廟條例所稱「慈善事業」所為定義，係指濟貧、救災、養老、卹孤及其他以救助為目的之事業，對照社會救助法第1條及第3條第1項所定：「為照顧低收入戶……及救助遭受急難或災害者，並協助其自立，特制定本法。」
、「本法所稱主管機關：在中央為內政部；
在直轄市為直轄市政府；
在縣（市）為縣（市）政府。」
；
老人福利法第1條及第3條第1項所定「為維護老人尊嚴與健康，安定老人生活，保障老人權益，增進老人福利，特制定本法。」
、「本法所稱主管機關：在中央為內政部；
在直轄市為直轄市政府；
在縣（市）為縣（市）政府。」
；
兒童及少年福利與權益保障法第1條及第6條所定「為促進兒童及少年身心健全發展，保障其權益，增進其福利，特制定本法。
」、「本法所稱主管機關：在中央為內政部；
在直轄市為直轄市政府；
在縣（市）為縣（市）政府。」
實與各該界定社會福利事業之內政部主管法規範疇相合。
依內政部組織法第4條、第13條之規定，內政部設社會司，掌理社會救助之規劃、推行、指導及監督事項，是關於慈善救濟事業之立案及監督，在中央應屬內政部掌管事項。
故財團法人如經內政部為私立慈善救濟事業之立案，始得認合於房屋稅條例第15條第1項第2款規定「經立案之私立慈善救濟事業」之要件。
㈣本件原告所有坐落雲林縣斗六市鎮○里○○路○段○○○號房屋，領有雲林縣政府92年7月30日（92）雲營使字第639號使用執照，經被告核定99年度房屋現值18,494,800元、100年度房屋現值18,298,100元，課稅總面積6,391平方公尺，其中21平方公尺，設有「尚陽中西藥局」供營業使用，按營業用稅率課徵，至其餘面積6,370平方公尺，以原告係依醫療法規定，向衛生署立案登記之醫療財團法人，並非經內政部立案之私立慈善救濟事業，且其設立目的及主要業務為醫療事業，非屬私立慈善救濟事業，核與房屋稅條例第15條第1項第2款規定免徵房屋稅要件不符，遂按非住家非營業用稅率課徵，核定99年度營業用房屋稅1,929元、非住家非營業用房屋稅368,610元，合計370,539元，100年度營業用房屋稅1,908元、非住家非營業用房屋稅364,690元，合計366,598元。
原告對99年度非住家非營業用房屋稅368,610元、100年度非住家非營業用房屋稅364,690元部分不服，申請復查，未獲變更，提起訴願，遭決定駁回，提起本件行政訴訟。
而查原告係依醫療法第5條及第11條規定獲得衛生署核准設立，並向法院完成財團法人登記，又依臺灣花蓮地方法院核發之法人登記證書目的欄明載：「本院以佛教慈濟精神辦理醫療服務，不以營利為宗旨，提高地區醫療水準，培養優秀醫事人才及照顧低收入民眾就醫，以服務社會為目的。」
；
另原告捐助章程第3條、第16條及第17條分別規定：「本院以佛教慈濟精神辦理醫療服務不以營利為宗旨，提高地區醫療水準，培養優秀醫事人才及照顧低收入民眾，以服務社會為目的。」
、「決算後若有結餘提存充實本院基金50％，餘得撥充社會慈善救濟事業。」
、「本院存立時期為永久性，如因故解散時其剩餘財產應歸屬本院所在地之地方自治團體或政府主管機關指定之慈善公益團體。」
是原告係屬不以營利為目的且完成財團法人登記等情，為兩造所不爭執，並有衛生署73年12月27日衛署醫字第501843號函、臺灣花蓮地方法院登記處法人登記證書、原告捐助章程、被告課稅明細表、原處分書、被告101年5月15日雲稅法字第0990028654號及第1000030748號復查決定書、雲林縣政府101年9月14日府行法字第1016000547號訴願決定書等件附於原處分卷及本院卷可稽。
而原告並未向內政部或縣市政府辦理慈善救濟事業財團法人登記，核與前揭內政部96年12月17日內授中社字第0960018943號函（本院卷第98頁）釋有關「社會福利事業」必須符合「依法經社會福利事業主管機關許可設立」之要件，尚有未合，難認係房屋稅條例第15條第1項第2款規定「業經立案之私立慈善救濟事業」。
原告僅係經衛生署核准設立之醫療財團法人，而非核准有案之私立慈善救濟事業，縱如原告所稱其確提供濟貧、養老等慈善救濟行為，亦難合致房屋稅條例第15條第1項第2款「業經立案之私立慈善救濟事業」之法定要件，故被告依系爭房屋使用情形分別按營業用及非住家非營業用稅率課徵房屋稅，揆諸前揭法令規定及說明，並無不合。
㈤原告雖為上開主張，然查：⒈房屋稅條例第15條第1項第2款規定，業經立案之私立慈善救濟事業，不以營利為目的，完成財團法人登記者，其直接供辦理事業所使用之自有房屋，免徵房屋稅。
故該規定房屋稅之免徵，應具備：⑴須為經立案之私立慈善救濟事業。
⑵已完成財團法人登記。
⑶不以營利為目的。
⑷直接供辦理事業所使用之自有房屋等4要件。
而財團法人係由捐助財產所組成，從事公益事業之法人，性質上雖屬公益法人，惟因所謂慈善救濟僅是「公益」類型之一，故已完成財團法人登記者，並非即當然係從事慈善救濟事業。
原告雖係由私立慈善救濟事業之慈濟基金會所捐助創設，並依醫療法第5條規定，由衛生署核准設立，而取得「醫療財團法人」資格，並非由內政部依「內政部審查內政業務財團法人設立許可及監督要點」核准立案並完成財團法人登記之內政業務財團法人，因此即不符合上開規定。
而醫療法並非為慈善救濟之目的而訂立，醫療財團法人亦非以從事慈善救濟事業為目的而設立，且依上開原告法人登記證書及捐助章程之規定，原告設立之目的係「以佛教慈濟精神辦理醫療服務，不以營利為宗旨，提高地區醫療水準，培養優秀醫事人才及照顧低收入民眾就醫，以服務社會為目的」，與醫療法第5條第2項「本法所稱醫療財團法人，係指以從事醫療事業辦理醫療機構為目的，由捐助人捐助一定財產，經中央主管機關許可並向法院登記之財團法人。」
規定醫療財團法人設立之目的相同。
是原告本質上乃是以從事醫療事業辦理醫療服務為目的而設立，以從事醫療服務為其主要目的，並非以從事慈善救濟為主要目的，縱使原告於辦理主要目的醫療服務之外，依醫療法之規定辦理部分有關社會福利或社會救助等事項，亦核與房屋稅條例第15條第1項第2款規定「須為經立案之私立慈善救濟事業」之要件不符。
又衛生署並非私立慈善救濟事業之主管機關，所以即使衛生署曾於96年12月5日作成衛署醫字第0960053851號函釋，以醫療財團法人依據醫療法規定，具有「救濟」之性質，即其仍持續提供醫療救濟服務，爰應可認屬廣義之「慈善」事業，認定原告屬慈善救濟事業。
惟該函釋僅就原告於辦理主要目的醫療服務之外，依醫療法第46條之規定辦理部分有關社會福利或社會救助等事項，而認定原告屬慈善救濟事業。
該函釋內容與上開規定不符，尚不足為有利原告之認定。
原告主張已依醫療法規定，經衛生署許可設立，並向法院登記，即屬經立案之私立慈善救濟事業云云，尚非可採。
⒉慈濟基金會雖係經內政部核准立案並完成財團法人登記之私立慈善救濟事業，惟原告係經衛生署准予設立並完成登記之醫療財團法人，二者分屬單獨成立之財團法人，在法律上各自享受權利、負擔義務，不容混為一談。
原告雖由慈濟基金會捐助，然非慈濟基金會之附設醫院，自無財政部64年11月4日台財稅第37824號、64年12月19日台財稅第38987號及98年4月9日台財稅字第09804526600號函釋之適用。
觀之原告捐助章程（本院卷第41-43頁）第4條關於原告業務範圍之規定，其業務事項共臚列13款，其中列明與慈善救濟有關者僅第10款、第12款之「辦理義診暨弱勢族群及低收入戶之照護」及「辦理老人及身心障礙者等社會福利服務事項」，則原告是否以慈善救濟事務為其主要目的事業，已非無疑，且依其捐助章程觀之，亦無法證明原告實質上係以慈善救濟事務為主要目的事業。
又醫療法並非為慈善救濟之目的而訂立，醫療財團法人亦非以從事慈善救濟事業為目的而設立；
醫療法第46條雖規定醫療財團法人應提撥年度醫療收入結餘之10％以上辦理醫療救濟、社區醫療服務及其他社會服務事項，是上述所為之服務事項支出，係於該醫療財團法人年度醫療收入結餘後，方提撥10％以上作為醫療救濟服務，其與「慈善救濟事業」係以從事慈善救濟為主要目的事業，自不能相提並論，難謂慈善救濟事業為原告之主要目的事業。
⒊內政部設有社會司，掌理社會救助之規劃、推行、指導及監督事項，為內政部組織法第4條及第13條所規定，足認慈善救濟事業之立案及監督，在中央原則上應屬內政部掌管事項。
且內政部96年12月17日內授中社字第0960018943號函係謂：「……二、有關慈善救濟事業之型態、範圍及其設立之法令依據與認定標準乙節，經查本部相關法規並未加以範定，惟查配合民國69年社會救助法公布而廢止之社會救濟法將救濟設施分為安老所、育嬰所、育幼所、殘廢教養所、習藝所、婦女教養所、助產所、施醫所及其他以救濟為目的之設施；
另查社會救助法第2條規定，社會救助分為生活扶助、醫療補助、急難救助及災害救助等項。
三、另依本部91年8月22日台內中社字第0910075289號函針對土地稅捐減免就平均地權條例第35條之1及其施行細則第50條第1項規定所為之函釋略以，社會福利事業指依法經社會福利事業主管機關許可設立，以興辦社會福利服務及社會救助為主要目的之事業，並符合下列情形之一:㈠依民法，經社會福利事業主管機關許可設立之社會福利慈善事業基金會興辦福利事業者。
㈡依兒童及少年福利法、老人福利法、身心障礙者保護法（已修訂為『身心障礙者權益保障法』）及社會救助法等社會福利相關法規經直轄市、縣（市）社會福利事業主管機關許可設立之社會福利機構興辦社會福利事業者。
㈢財團法人附設前款之社會福利機構興辦社會福利事業者……。
四、至財團法人醫院是否屬於慈善救濟事業乙節，查醫療法第5條規定，醫療財團法人係指以從事醫療事業辦理醫療機構為目的，由捐助人捐助一定財產，經中央主管機關許可並向法院登記之財團法人。
是以，財團法人醫院是否屬慈善救濟事業，宜向其主管機關行政院衛生署洽詢，並參考本部上開相關規定。
」（本院卷第98頁）準此，內政部係有關社會福利事業主管機關甚明。
原告主張內政部96年12月17日內授中社字第0960018943號函認原告是否屬慈善救濟事業，須由醫療財團法人主管機關衛生署參考內政部「上開相關規定」認定，而內政部函所指「本部上開相關規定」無論是社會救助法、身心障礙者權益保障法、兒童及少年福利與權益保障法及老人福利法，就「醫療」部分亦設有規定，並列為社會福利重要工作項目之一，所以「醫療」本身就是符合96年內政部函所指「本部上開相關規定」乙節。
按衛生財團法人設立許可及監督要點第1點：「行政院衛生署為辦理衛生財團法人之設立許可及監督管理事宜，特訂定本要點。
醫療財團法人之設立許可及監督管理，不適用本要點規定。」
及醫療法第1條規定：「為促進醫療事業之健全發展，合理分布醫療資源，提高醫療品質，保障病人權益，增進國民健康，特制定本法。
本法未規定者，適用其他法律規定。」
顯見衛生署職掌範圍僅醫療、衛生等相關業務，尚未及於慈善救濟業務，依原告之章程係向衛生署備查，惟該署僅係醫療院所業務上之主管機關，非為私立慈善救濟事業之主管機關。
至原告之捐助章程第16條規定：「決算後若有結餘提存充實本院基金50％餘得撥充社會慈善救濟事業」及第17條規定：「本院存立時期為永久性，如因故解散時其剩餘財產應歸屬本院所在地之地方自治團體或政府主管機關指定之慈善公益團體。」
其僅係說明其為公益性質之財團法人，核與房屋稅條例所定合於免稅條件之財團法人，需經慈善救濟事業主管機關立案者，二者之目的、要件顯非相同，自不得相互援用。
又醫療法第46條雖規定醫療財團法人應提撥年度醫療收入結餘之10％以上辦理醫療救濟、社區醫療服務及其他社會服務事項，是上述所為之服務事項支出，係於該醫療財團法人年度醫療收入結餘後，方提撥10％作為醫療救濟服務，其與「慈善救濟事業」係以從事慈善救濟為主要目的事業，自不能相提並論。
至於內政部100年11月24日內授中社字第10007010431號函（本院卷第97頁），雖認定原告91年至99年慈善救濟執行報告內容經內政部及衛生署認符合醫療法及其施行細則、兒童及少年福利法、社會救助法、身心障礙者權益保障法及老人福利法相關規定之慈善救濟事項，惟此僅能證明原告有從事上述執行報告內容之慈善救濟事項，尚難據此認定原告即屬經內政部核准立案之私立慈善救濟事業。
另內政部101年1月4日內授中社字第1000701331號函（本院卷第99頁）固謂房屋稅條例第15條第1項第2款所稱經立案之私立慈善救濟事業，目前實務執行上並不以向內政部立案者為限，惟該見解參諸上揭說明，亦與前揭法律之規定不符，並不可採。
本件原告既未向內政部申請設立許可，自與房屋稅條例第15條第1項第2款規定「業經立案之私立慈善救濟事業」之要件不合。
⒋又原告所謂醫療社會服務費用包含醫療救助費用（含經濟個案補助、器官捐贈補助）、社區醫療服務費用（辦理病友團體、社區居家關懷、社會公共衛生教育、社區義診等費用）、其他社會服務費用（志願服務教育訓練費用）等。
然「為恢復人體器官之功能或挽救生命，使醫師得摘取屍體或他人之器官施行移植手術，特制定本條例。
本條例未規定者，適用其他法律之規定。」
、「本條例所稱衛生主管機關：在中央為行政院衛生署；
在直轄市為直轄市政府；
在縣(市)為縣(市)政府。」
為人體器官移植條例第1條及第1條之1所明定。
而所謂器官捐贈是為保障病人權利，恢復人體器官之功能或挽救生命，醫師所施行器官摘取、移植手術之醫療行為，從事器官捐贈難謂屬社會福利事業，且由原告91年至100年慈善救濟執行報告觀之，其貧病生活補助係由原告將需生活扶助的病患轉介由慈濟基金會提供生活扶助（參見原告所提執行報告第2、39頁），另低收入戶醫療補助、新北市政府新希望醫療補助等，原告對該經濟個案醫療補助費用支出皆可向政府機關申請相對補助款收入（參見原告所提執行報告第42、43頁），是原告非係對該等個案直接行使救助行為；
另社區醫療服務中辦理病友團體、社區居家關懷、社會公共衛生教育等皆為社會公益事業，而非慈善事業；
另志願服務法第1條、第3條及第9條相關規定，舉凡提高公共事務效能及增進社會公益所為之各項輔助性服務，皆可成立志願服務隊召募志工從事志願服務工作，且志願服務運用單位應就個別要求對志工辦理特殊訓練為事理之所然，難謂訓練醫療志工即為慈善救濟事業。
是原告依醫療法第46條規定提撥96年至98年度醫療社會服務費用1億9,230萬7,357元、1億9,755萬1,552元及2億2,367萬1,941元僅屬社會公益事業，且因慈善救濟僅是「公益」類型之一，尚難據以稱醫療社會服務費用支出即為慈善救濟支出。
況查原告96年至98年度收支餘絀表其醫療社會服務費用1億9,230萬7,357元、1億9,755萬1,552元及2億2,367萬1,941元，分別僅占其醫療總收入117億8,661萬7,159元、129億7,927萬9,717元及135億2,209萬4,151元的1.63％、1.52％、1.65％（本院卷第249、250、253頁）。
惟按房屋稅條例第15條第1項第2款乃是基於辦理社會慈善救助事業者，其全部營收及資本孳息全供作辦理慈善救助事項用途，始有房屋稅免稅予以獎勵之必要。
⒌另依「教育文化公益慈善機關或團體免納所得稅適用標準」第2條及第3條第1項規定可知，公益團體本身及附屬作業組織之所得中，係以「銷售貨物或勞務之收支」及「銷售貨物或勞務以外之收支」區分為應稅、免稅年度課稅所得，非代表原告各年度整體營運之損益。
原告雖提出其91年至99年機關或團體及其作業組織結算申報核定通知書（本院卷第407-415頁），其各該年度銷售貨物及勞物收支情形核算91年至98年課稅所得額分別為-3億8,208萬6,483元、-4億5,829萬8,684元、-5億9,888萬2,666元、-11億2,372萬562元、-8億7,402萬9,231元、-2億5,120萬7,127元、0元（原課稅所得應為6億3,222萬2,218元，因扣除前五年核定銷售貨物或勞務虧損未扣除額6億3,222萬2,218元，故課稅所得額為0元）、0元（原課稅所得應為6,653萬9,169元，因扣除前10年核定銷售貨物或勞務虧損未扣除額6,653萬9,169元，故課稅所得額為0元）、0元（原課稅所得應為1億2982萬3,757元，因扣除前10年核定銷售貨物或勞務虧損未扣除額1億2,982萬3,757元，故課稅所得額為0元）。
是原告主張91年至99年歷年來累積「課稅所得額」為-28億5,963萬9,609元，經營連年虧乙節，是否可採為另一問題，而非房屋稅所須審酌之要件之一。
另據財政部北區國稅局花蓮分局提供之原告98、99年度教育文化、公益、慈善機關或團體及其作業組織結算申報書顯示，原告98、99年度與創設目的有關支出（包含銷售與非銷售貨物或勞務之支出）申報金額分別為137億6,062萬8,739元、144億4,339萬1,706元；
與創設目的有關收入（包含銷售與非銷售貨物或勞務之收入）分別為148億19萬6,000元、153億492萬9,551元(本院卷第301頁背面、321頁)；
再依經勤業眾信聯合會計師事務所執業會計師簽證之原告98、99年度教育文化、公益慈善機關團體作業組織結算申報書暨查核報告，核其支出項目中，僅「醫療社會服務費用」項目(主要係原告為辦理有關醫療救助、社區醫療服務或其他社會服務所產生之費用)似與前開內政部100年11月24日內授中社字第1000 7010432號函所認具慈善救濟性質者較具相關，其他費用項目均核無慈善救濟性質。
而原告98、99年度醫療社會服務費用帳載及申報金額分別為2億2,367萬1,941元、2億8,724萬945元(本院卷第312背面、332頁背面)，分別僅占與創設目的有關支出1.63％、1.99％，占與創設目的有關收入1.51％、1.88％，益證原告實質上非以從事慈善救濟為主要目的事業。
另從其申報之各年期餘絀處理分析表顯示，其收入結餘均未見全部投入慈善救濟工作，且收費乃根據健保局所訂收費標準向就醫民眾收取自費額，並依健保局的標準向健保局請款，其收費標準及勞務提供模式與一般醫療機構無異。
原告一再主張其歷年之低收人戶優免、醫療社會服務費用為慈濟救濟事業表現，然依餘絀表觀之，原告所提供上開優免及費用，已列入相關租稅之補償，非為無償付出，縱確有挹注部分款項支應辦理社會福利事項，整體究仍以對價關係提供醫療服務為主要交易模式，自難主張系爭供醫院使用之房屋全供原告辦理慈善救濟之用。
況原告自陳經營醫院20餘年，一直處於虧損狀態，猶未能依章程規定撥充基金，更遑論以慈善事業為主要目的事業，縱由慈濟基金會撥充基金亦係作為專款專用，或逕由慈濟基金會支應，亦非原告之支出，且其歷年低收入戶優免、醫療社會服務等費用，均已列入醫務成本，繼以成為降低其結餘款（即課稅所得），相對取得租稅補償之要項，非屬無償付出，其將該等費用總額，另與核屬淨額概念之結餘款50％加以比較，以彰其差異，自難採為原告大量從事慈善救濟工作之論據，亦與非以營利為目的，且將全部收益直接用於各慈善目的之事業者，始足認屬房屋稅條例第15條第1項第2款所規定之「慈善救濟事業」之規定有違，被告未准原告按房屋稅條例第15條第1項第2款規定免徵房屋稅，並無違誤。
⒍再「醫事財團法人所有房屋，除符合房屋稅條例第15條第1項第2款規定之慈善救濟事業，不以營利為目的，其直接供辦理事業所使用者可免徵房屋稅外，其餘尚無特別減免規定。
所謂免徵醫事財團法人自有供事業用房舍房屋稅乙節，因乏法令依據，歉難照准。」
、「……宗教團體附設醫院，於醫療法公布實施後改設為醫療財團法人，主管機關改隸為行政院衛生署，原無本部上開64年2函釋之適用。
惟行政院衛生署認為該等醫院改制後之慈善救濟性質並未改變，且慈善救濟事業主管機關內政部亦無不同意見，本部爰以98年4月9日台財稅字第09804526600號函釋，原屬宗教團體法人附設醫院，經依醫療法規定改設為醫療財團法人後，仍從事慈善救濟工作，且其慈善救濟本質於改設後並未變更者，免因政府管理權責之劃分，致使該等醫院權益受損，准依房屋稅條例第15條第1項第2款免徵房屋稅……。」
財政部71年12月8日台財稅第38854號函及100年8月3日台財稅字第10000273810號函釋（本院卷第248、111頁）有案。
該等（基督教或天主教）教會附設醫院，原來都是性質上為「私立慈善救濟事業」教會團體下之附設機構，而非獨立於教會團體之外的財團法人，因此過去認其符合房屋稅條例第15條第1項第2款之免徵規定，並無疑義，但後來因為國家法制有變，而輔導該等教會附設醫院，在法律上自教會組織中分離，成為獨立之「財團法人」形式，不過此等教會醫院雖然法律形式有變，但其營運模式，與成立為財團法人之前並無不同，基於法之安定性，故財政部98年4月9日台財稅字第09804526600號函釋意旨乃予免徵房屋稅。
因而原經核准立案屬慈善救濟事業之宗教財團法人所附設醫院，嗣依醫療法規定改設為醫療財團法人者，政府自不應因管理權責劃分，而致使其權益受損，核與本件原告自始即屬醫療財團法人事實有別，原告於成立之初即非慈濟基金會所附設之醫院，而係個別成立之財團法人，其在法律上與捐助人慈濟基金會完全分離，而為相互獨立之法人，教會醫院設立之歷史經過不同，二者實證特徵不同，因此在規範上沒有為相同處理之正當性，尚無比附援引前述財政部函釋免徵房屋稅之適用，亦無違反平等原則。
⒎至原告提出財政部101年4月26日台財稅字第10100087860號書函（本院卷第108頁）之「說明二」稱：「房屋稅條例第15條第1項第2款規定之慈善救濟事業，將由行政院林政務委員政則協調內政部訂定相關認定標準，俾供稽徵機關作為日後就該類案件核處之依據。」
及行政院秘書長101年6月14日院臺財字第1010134152號函檢送101年6月8日「研商醫療財團法人佛教慈濟綜合醫院房屋稅陳情案會議紀錄」之「會議結論」（本院卷第55-56頁）稱：「㈠有關醫療財團法人適用房屋稅條例第15條第1項第2款規定所稱『業經立案之私立慈善救濟事業』免徵房屋稅規定，宜有一致性適用標準，爰訂定『醫療財團法人符合房屋稅條例第15條第1項第2款業經立案之私立慈善救濟事業之認定標準』為：『由宗教團體或具宗教性質之社會福利事業捐助成立，經內政部許可設立之財團法人或向衛生署立案為醫療財團法人之醫院，經內政部或衛生署認定確有持續提供醫療慈善救濟服務者，即符合房屋稅條例第15條第1項第2款『業經立案之私立慈善救濟事業』。
㈡前揭有關『確有持續提供醫療慈善救濟服務』之標準，請內政部及衛生署擬訂，並與財政部會商。」
而主張慈濟醫院是業經立案之慈善救濟事業。
然上開財政部函，僅係就房屋稅條例第15條第1項第2款規定之慈善救濟事業，協調內政部訂定相關認定標準，俾供稽徵機關作為日後就該類案件核處之依據。
而「研商醫療財團法人佛教慈濟綜合醫院房屋稅陳情案會議紀錄」之「會議結論」，係就有關醫療財團法人適用房屋稅條例第15條第1項第2款規定所稱「業經立案之私立慈善救濟事業」免徵房屋稅規定，宜有一致性適用標準，而訂定「醫療財團法人符合房屋稅條例第15條第1項第2款業經立案之私立慈善救濟事業之認定標準」為：「由宗教團體或具宗教性質之社會福利事業捐助成立，經內政部許可設立之財團法人或向衛生署立案為醫療財團法人之醫院，經內政部或衛生署認定確有持續提供醫療慈善救濟服務者，即符合房屋稅條例第15條第1項第2款『業經立案之私立慈善救濟事業」。
且前揭有關「確有持續提供醫療慈善救濟服務」之標準，而分別由內政部及衛生署擬訂後，並與財政部會商，乃係由行政院秘書長101年6月14日院臺財字第1010134152號函送之會議紀錄，並非法律，且就有關「確有持續提供醫療慈善救濟服務」之標準，亦須由內政部及衛生署擬訂後，再與財政部會商，由以上說明，亦難執為原告上開年度房屋稅免徵之有利認定。
另財政部、衛生署與內政部固於101年11月28日會銜訂定發布「具宗教性質之醫療財團法人符合房屋稅條例第15條第1項第2款規定之私立慈善救濟事業認定基準」（本院卷第882-883頁）一種，惟該認定基準財政部明定自102年期（課稅所屬期間101年7月1日至102年6月30日）起之房屋稅案件開始適用，對於101年期（含）以前應核課而未核課及未確定之房屋稅案件不適用之（本院卷第881頁），本件既屬99、100年度之房屋稅，自無該認定基準之適用。
又最高行政法院101年度判字第713號及本院100年度訴更一字第8號、100年度訴字第29號判決，均非判例，對本院尚無拘束力，故無從援引為有利原告之判決。
㈥綜上所述，原告上開主張，均非可採。
從而，被告就原告系爭房屋課徵99年度非住家非營業用房屋稅368,610元部分（營業用房屋稅1,929元部分原告不爭執）、100年度非住家非營業用房屋稅364,690元部分（營業用房屋稅1,908元部分原告不爭執），核無違誤，復查決定及訴願決定遞予維持，亦無不合。
原告起訴論旨請求撤銷99年度房屋稅逾1,929元及100年度房屋稅逾1,908元部分之訴願決定、復查決定及原處分，為無理由，應予駁回。
兩造其餘主張及舉證，核與本件判決之結果並無影響，爰不逐一論述，附此敘明。
六、據上論結，本件原告之訴為無理由，依行政訴訟法第195條第1項前段、第98條第1項前段，判決如主文。
中 華 民 國 102 年 4 月 25 日
臺中高等行政法院第二庭
審判長法 官 王 茂 修
法 官 劉 錫 賢
法 官 林 秋 華
以上正本證明與原本無異。
如不服本判決，應於送達後20日內，向本院提出上訴狀，其未表明上訴理由者，應於提出上訴後20日內向本院補提理由書（均須按他造人數附繕本）；
如於本判決宣示或公告後送達前提起上訴者，應於判決送達後20日內補提上訴理由書（須附繕本）。
未表明上訴理由者，逕以裁定駁回。
上訴時應委任律師為訴訟代理人，並提出委任書，但符合下列情形者，得例外不委任律師為訴訟代理人：
┌─────────┬────────────────┐
│得不委任律師為訴訟│ 所 需 要 件 │
│代理人之情形 │ │
├─────────┼────────────────┤
│（一）符合右列情形│1.上訴人或其法定代理人具備律師資│
│ 之一者，得不│ 格或為教育部審定合格之大學或獨│
│ 委任律師為訴│ 立學院公法學教授、副教授者。 │
│ 訟代理人 │2.稅務行政事件，上訴人或其法定代│
│ │ 理人具備會計師資格者。 │
│ │3.專利行政事件，上訴人或其法定代│
│ │ 理人具備專利師資格或依法得為專│
│ │ 利代理人者。 │
├─────────┼────────────────┤
│（二）非律師具有右│1.上訴人之配偶、三親等內之血親、│
│ 列情形之一，│ 二親等內之姻親具備律師資格者。│
│ 經最高行政法│2.稅務行政事件，具備會計師資格者│
│ 院認為適當者│ 。 │
│ ，亦得為上訴│3.專利行政事件，具備專利師資格或│
│ 審訴訟代理人│ 依法得為專利代理人者。 │
│ │4.上訴人為公法人、中央或地方機關│
│ │ 、公法上之非法人團體時，其所屬│
│ │ 專任人員辦理法制、法務、訴願業│
│ │ 務或與訴訟事件相關業務者。 │
├─────────┴────────────────┤
│是否符合（一）、（二）之情形，而得為強制律師代理之例│
│外，上訴人應於提起上訴或委任時釋明之，並提出（二）所│
│示關係之釋明文書影本及委任書。 │
└──────────────────────────┘
中 華 民 國 102 年 5 月 3 日
書記官 李 孟 純
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