最高行政法院行政-TPAA,107,判,167,20180329,1

最 高 行 政 法 院 判 決
107年度判字第167號
上 訴 人 松龍國際股份有限公司
代 表 人 林瑞田
訴訟代理人 周念暉 律師
任俞仲 律師
被 上訴 人 財政部北區國稅局
代 表 人 王綉忠
送達代收人 黃寶萱
和區安邦街18號

上列當事人間營業稅事件，上訴人對於中華民國106年10月25日
臺北高等行政法院105年度訴字第1724號判決，提起上訴，本院判決如下：

主 文
上訴駁回。
上訴審訴訟費用由上訴人負擔。

理 由
一、事實概要：
㈠上訴人自民國93年3月至94年5月期間，申報93年1-2月至94年3-4月（計8期）營業人銷售額與稅額申報書，載有零稅率銷售額之退稅額共計新臺幣（下同）56,821,800元，未經被上訴人所屬中和稽徵所核退，上訴人遂於96年10月19日復具文申請退還上開溢付稅額，經該所以98年1月19日北區國稅中和三字第0981001284號函（下稱中和稽徵所98年1月19日函）准退還其中10,008,062元部分，至其餘46,813,738元（56,821,800-10,008,062）部分，則另以98年5月14日北區國稅中和三字第0980028487號函（下稱中和稽徵所98年5月14日函）復略以：該所前於97年12月19日以北區國稅中和三字第0970030350號函（下稱中和稽徵所97年12月19日函）請上訴人提示相關帳簿憑證供核，經上訴人申請展延，屆期未據提示，致無法依營業稅法第39條規定查明辦理等語。
㈡上訴人再於105年2月5日具文向中和稽徵所申請退還上開未獲核退之溢付營業稅額46,813,738元，經被上訴人以105年3月10日北區國稅中和銷稽字第1050471648號函（下稱原否准處分）復略以：「……說明……二、查旨揭溢付稅額前經……中和稽徵所於97年12月19日以北區國稅中和三字第0970030350號函請貴公司提示帳簿憑證供核，惟屆期未據提示，爰以98年5月14日北區國稅中和三字第0980028487號函否准核退在案。」
等語，否准其申請。
上訴人不服，提起訴願、行政訴訟，均遭駁回，遂提起本件上訴。
二、上訴人起訴主張：
㈠本件係因臺灣板橋地方法院（102年1月1日改名為臺灣新北地方法院，下稱新北地院）以100年度重訴字第38號刑事判決，認上訴人於93年至94年間並未涉及虛開發票、助逃漏稅額情事，上訴人乃以該判決認定之新事證，向被上訴人申請重行核算退還系爭營業稅累積留抵稅額，並非僅就中和稽徵所98年5月14日函申請撤銷、廢止、變更等程序再開之救濟，且該函亦稱「無從查核93、94年度進銷交易情形」，未就該等相關事實為實體審認，被上訴人復自承新北地院上開判決非為98年5月14日函作成當時已存在之事實；
是上訴人本件係依據新事實（即上開新北地院判決見解）而另行申請之案件，請求被上訴人作成新的行政處分；
依該判決，上訴人於93年至94年間，並未有被上訴人所稱疑似開立不實發票等得暫緩退稅進而拒為退還之情事，復參以上訴人申報進項資料未有任何異常情事，益徵上訴人於前依法列報93年1-2月至94年3-4月之溢付營業稅額計56,821,800元屬實，被上訴人自應重新調查核算上訴人應納營業稅額及應退還之累積留抵稅額，並退還如上訴人訴之聲明所示之累積留抵稅額予上訴人。
而與行政程序法第128條所謂申請程序再開之情形有別，無被上訴人所稱已逾5年期間之情形。
㈡上訴人係依據加值型及非加值型營業稅法（下稱營業稅法）第7條第1項第4款、第39條第1項第1款及第2項等關於銷售與保稅區營業人銷售貨物營業稅稅率為零之規定，就與設於保稅區之菘凱科技股份有限公司（下稱菘凱公司）高雄加工出口區分公司（下稱菘凱高雄分公司）間進、銷交易行為，向被上訴人申請本件營業稅累積留抵稅額之退還；
而由被上訴人所提上訴人93年1月至94年4月申報零稅率之發票扣抵聯、401申報書及零稅率清單等資料文件，可見上訴人於93年1月至94年4月申報零稅率之所有發票扣抵聯，均經財政部關務署高雄關（下稱高雄關）蓋上監管戳章（監管編號BK-141)，並載明「本發票所列貨物確係本事業購買供作R原料使用無誤」，足徵上訴人與菘凱高雄分公司間之進、銷項交易，業經高雄關認證皆有實體交易行為及實際交付貨款屬實，且均經菘凱高雄分公司在旁蓋上發票章確認無誤；
復觀臺灣臺北地方法院（下稱臺北地院）95年度重訴字第114號卷宗所附關於訴外人黃水茂、李志哲、謝華文、鄭為謙、林碧英之調查筆錄、鄭為謙偵查筆錄、上訴人進銷明細表及法務部調查局扣押編號D-29付款憑單等相關資料，益足證明上訴人與菘凱高雄分公司等公司間進、銷貨交易行為確實皆有實際資金往來，足資說明本件並無被上訴人所稱存在不實循環交易、對開發票等情事，且經臺灣臺北地方法院檢察署（下稱北檢）以94年度偵字第10211號認定前揭進、銷貨交易行為確實皆有實際資金往來，而就該部分另為不起訴處分。
被上訴人竟憑與本案無關亦非設立於保稅區之美商溫仕柏科技股份有限公司、震暄科技股份有限公司（現電王堂數位科技股份有限公司，下稱電王堂公司）、佑倢科技股份有限公司（下稱佑倢公司）、樂群國際有限公司與上訴人間存在循環開立發票等不實情事為由，否准退還系爭營業稅留抵稅，逾越上訴人申請退稅之範圍，違背不當聯結禁止原則。
㈢本件退稅乃因被上訴人溢課營業稅，導致上訴人溢付營業稅額，且上訴人早已依法列報溢付營業稅額，則被上訴人依營業稅法第39條規定，就溢付稅捐部分本應依職權調查，倘認有一部或全部擬不予退還，更負有查證義務及舉證責任。
上訴人93年至94年之帳簿憑證遭司法機關查扣，迄今未發還予上訴人，洵非上訴人持有或所得支配，就此上訴人已盡所能聲請發還或影印，應已盡協力義務；
而被上訴人雖曾向金融機構函調上訴人相關金流資料，惟被上訴人所稱有異常情形所援引之資料，皆為其承辦人員自行製作之計算表所為勾稽之結果，而未進一步調查其他得作為系爭金流資料確可構成被上訴人所指虛開發票情事之基礎事實，顯未盡舉證責任，更與有利不利應予注意原則相悖，而構成恣意裁量之違法。
被上訴人未盡查證及舉證義務，且無視上訴人已盡協力義務之事實，自屬可歸責於政府之錯誤致溢繳稅款之情形，係有稅捐稽徵法第28條第2項規定之適用，自不受5年期間之限制。
㈣至被上訴人所稱93至94年間請上訴人提示帳冊供核之函文，其上僅有發文章，未見上訴人當時收文或收受送達之相關紀錄，且上訴人時任名義負責人趙紫羚並未收受前開詢問函文之送達，更非實際負責人，上訴人自無從取得所詢相關文件憑辦；
又稱前開帳證資料經偵審機關發還予趙紫羚，然觀北檢100年12月20日北檢治離99執從1815字第87889號函（下稱北檢100年12月20日函）文所載，對照扣押物清單，即可知趙紫羚取回之資料皆非上訴人之帳證，而縱如北檢101年3月26日北檢治離99執從1815字第20410號函文所稱，趙紫羚於99年9月30日已領取上訴人92年及93年營所稅相關帳簿憑證及文據，惟依該函所載，趙紫羚並未領取上訴人94年度之帳證，況趙紫羚於94年間僅為上訴人之名義負責人，並非實際負責人，於96年間上訴人更換法定代理人後，更未於上訴人公司擔任任何職務，是趙紫羚早無受領上訴人遭扣帳證資料之權限，故應不生發還予上訴人之效力；
且經綜覽扣押物清單（95重訴字114號）可明，上訴人諸多94年度帳證資料確實遭扣押。
㈤縱認被上訴人所稱上訴人涉及循環開立不實發票一事為真，惟被上訴人卻又認定系爭發票之開立為真實，而列入上訴人之營業所得，逕自核算上訴人93、94年度高達14,509,538元之營利事業所得稅（下稱營所稅），被上訴人顯係就同一事實，作出互相矛盾且皆不利於上訴人之認定，違背誠實信用原則及禁止權利濫用原則等語，求為判決：①訴願決定及原處分均撤銷。
②被上訴人應將營業稅累積留抵稅額46,813,738元退還上訴人。
三、被上訴人則以：
㈠上訴人於105年2月5日提出本件申請，主張涉及虛開發票金額123,882,250元（稅額6,194,123元）部分，經新北地院101年4月30日100年度重訴字第38號判決在案，請准依判決結果重行核算，核與本件上訴人申請退還93年1月至94年4月間營業稅溢付稅額之客觀事實無涉，非屬行政程序法第128條第1項第2款所謂「發生新事實或發現新證據」，縱經斟酌亦難謂可受較有利之處分；
而北檢94年度偵字第10211號不起訴處分書並未對上訴人之進銷交易詳實查核，被上訴人依職權調查認定，不受其約束。
況行政程序法第128條第2項規定，上訴人亦逾申請之法定期間。
㈡上訴人申報93年1至4月零稅率銷售額，雖有檢附統一發票扣抵聯，惟未依行為時營業稅法施行細則第11條第4款之規定，由買受人簽證：「本發票所列貨物確係本事業（工廠、倉庫）購買供作機器設備、原料、物料、燃料、半製品（請依實際購買用途填寫）使用無訛」字樣，迄今尚未補正；
至93年5月至94年4月雖有檢附簽署之統一發票扣抵聯，惟其不符有實際貨物銷售至保稅區及取得銷貨收入之要件，尚無法作為退還溢付稅額之依據。
㈢且經被上訴人函請高雄銀行中和分行等8家金融單位及財政部所屬關稅總局等，提示資金存提明細及進口報關單等相關資料，就有載明交易對象之資金明細查對，經查核結果有諸多異常情形，前經函請上訴人說明並分析差異原因，並於97年12月25日送達，惟上訴人迄未說明，故上訴人未能就其銷貨與進貨之關聯性詳加舉證，尚難認定系爭銷貨至保稅區適用零稅率之事實為真。
㈣而上訴人於本件訴訟請求更正原核課處分所持理由乃其帳冊遭到扣押，係就已確定事實所為之爭執；
其因涉嫌違反證券交易法等案件，致部分帳證遭法務部調查局臺北市調查處（下稱臺北市調處）扣押，並移由臺北地院審理，該扣押帳證行為係為保全犯罪事實證物，並非有主觀與客觀認定不一致之情事，即非屬政府機關有所誤認。
況臺北市調處係於94年4月20日搜索上訴人當時之營業處所並扣押帳證，而中和稽徵所前自93年4月2日起至94年4月5日間即迭次函請上訴人提示帳冊供核，而斯時其所有帳冊尚未遭到扣押，上訴人自可提供。
再經檢視臺北市調處扣押物品目錄表可知，上訴人遭扣押之帳證僅有少部分發票及進銷相關報表等，並無上訴人依稅捐稽徵機關管理營利事業會計帳簿憑證辦法第2條規定應設置之日記帳、總分類帳、進貨帳、銷貨帳等帳證，顯見上訴人93年1月至94年4月帳冊並非全數遭扣押，該表亦未載明遭扣押帳證年度究係何年度之資料。
本件申請不符合稅捐稽徵法第28條第2項所稱適用法令錯誤之情形，亦不符合計算錯誤或其他可歸責於政府機關之錯誤之情形。
㈤上訴人另稱被上訴人以同一事實認定上訴人申請退還溢付稅額所提相同年度期間之開立發票為真，核算93、94年度營所稅，拒未追減全年所得云云。
惟上訴人93年度營所稅，係因無進貨事實取具虛設行號開立之發票，經剔除成本所致；
至94年度營所稅，係屬查帳案件，因未能提示帳簿憑證，成本無法勾稽，依所得稅法第83條規定核定稅款，爰其補稅及裁罰上訴人與被上訴人主張事由不符；
且事涉營所稅部分，係屬另案，尚非本案審酌範圍等語，資為抗辯，求為判決駁回上訴人之訴。
四、原審斟酌全辯論意旨及調查證據之結果，以本件爭點乃在被上訴人未准上訴人退還其93年1-2月至94年3-4月溢付營業稅額46,813,738元之申請，是否適法？
㈠查上訴人自93年3月至94年5月期間，申報93年1-2月至94年3-4月（計8期）營業人銷售額與稅額申報書，載有零稅率銷售額之退稅額共計56,821,800元，向被上訴人申請退還該溢付稅額。
經中和稽徵所就上訴人前開各期申報事項，自93年4月2日至94年5月30日期間，逐期函請上訴人提示相關帳證以供查明退稅事宜，惟未獲上訴人提示帳證供核，上訴人並於96年10月19日具文再度申請退還上開溢付稅額，經該所於96年10月29日復函請上訴人提供系爭退稅申請之相關帳證供核，續以該所97年12月19日函請上訴人提示帳證以供查明退稅事宜，並敘明自93年4月2日起業已迭次函請上訴人提供帳證，其93及94年度之進銷貨交易存有諸多收款異常、付款異常、進貨數量不足供銷貨等有待上訴人說明釐清並提示帳證之事項，逾期未提示帳證無以核退等情。
上訴人雖於98年1月8日向中和稽徵所表示延後3個月提供帳證，惟屆期仍未提供。
嗣該所以98年1月19日函准退還其中10,008,062元部分（即貨物進口時，經海關代徵營業稅為被上訴人向關稅總局查證無誤部分）；
至其餘46,813,738元部分，則經被上訴人另以98年5月14日函向上訴人表示，其前經函請提出相關帳簿憑證均未獲提示，依該所函請高雄銀行中和分行等8家金融單位及財政部所屬關稅總局等，提示上訴人資金存提明細及進口報關單等相關資料，就載明交易對象之資金明細查對結果，有諸多異常情形，前經函請上訴人說明並分析差異原因，亦未獲說明等由，而未准退還，函中並教示訴願法第14條第1項規定之救濟方式。
該函於98年5月19日送達上訴人，未據上訴人提起訴願而於98年6月18日確定在案，乃上訴人所不爭，則上訴人上述申請退還93年3月至94年5月溢付營業稅事件之行政程序業終結，被上訴人否准退還上訴人其中
46,813,738元部分處分已具存續力，洵堪認定。
嗣上訴人於105年2月5日再請求被上訴人退還上述申請未獲核退之溢付營業稅46,813,738元；
依上訴人所述，其係依營業稅法第7條第1項第4款、第39條第1項第1款等關於銷售與保稅區營業人銷售貨物營業稅稅率為零之規定，以新北地院100年度重訴字第38號刑事判決為新事實，而為申請。
核屬就法定救濟期間經過後之行政處分（否准退還該部分營業稅之處分），申請撤銷，並請求退還該部分稅款；
依行政程序法第128條第2項前段規定，其申請重開行政程序之期限係至98年9月18日止。
縱認其事由發生在後，然依同條第2項但書申請期限不得逾5年規定，亦不得逾103年6月18日。
而上訴人遲至105年2月5日始具文向中和稽徵所申請，已逾法定期限，即無行政程序法第128條規定之適用。
至原上訴人迭稱其非依行政程序法第128條規定申請程序重開，而係依上述營業稅法規定為重新申請云云，惟行為時行政程序法第131條第1項、第2項明定：「（第1項）公法上之請求權，除法律有特別規定外，因5年間不行使而消滅。
（第2項）公法上請求權，因時效完成而當然消滅。」
查上訴人於94年5月即得為系爭退稅之申請，前已述及，則該退稅請求權於99年5月後亦因罹於時效，當然消減，而無得為有利上訴人之認定，合先敘明。
㈡另上訴人主張依稅捐稽徵法第28條第2項規定，為本件申請部分：
⒈納稅義務人因稅捐稽徵機關適用法令錯誤、計算錯誤或其他可歸責於政府機關之錯誤，致溢繳稅款者，固得據稅捐
稽徵法第28條第2項規定，請求稅捐稽徵機關退還。
惟基於法秩序安定性及上述修法沿革之考量，納稅義務人行使
此公法上請求權，乃應類推適用同條第1項規定，自其可
行使此請求權起，因5年間不行使而消減。
查上訴人93年1-2月至94年3-4月（計8期）於其營業人銷售額與稅額申報書載有退稅額，申請包含系爭稅額在內之溢付稅額之退還
，已如上述，足見上訴人有關系爭稅額之退還，至遲係至
94年5月間即得行使；
縱因稅捐稽徵法第28條第2項規定係於98年1月21日增訂，而自該增修條文公布生效日起算5年，其請求權時效亦至103年1月間即行屆滿。
茲上訴人迄於105年2月5日始依稅捐稽徵法第28條第2項規定，請求稅捐稽徵機關退還系爭稅款，則上訴人此公法上請求權，顯亦
因時效完成，當然消減。上訴人執該規定提起本件訴訟，
仍屬無據。
⒉雖上訴人主張其93年至94年之帳簿憑證遭司法機關查扣，迄今未發還予上訴人，被上訴人未盡查證及舉證義務，且
無視上訴人已盡協力義務之事實，自屬可歸責於政府之錯
誤致溢繳稅款之情形，係有稅捐稽徵法第28條第2項規定之適用，不受5年期間之限制云云。惟查：
⑴本件所涉退稅額係以零稅率銷售額按5%徵收率計算之金額（營業稅法施行細則第42條參照），而其所涉零稅率
銷售額，主要係以菘凱高雄分公司為銷貨對象。而上訴
人係經營記憶卡買賣等業務，依稅捐稽徵機關管理營利
事業會計帳簿憑證辦法第2條所定，上訴人「應」依法
設置普通日記簿、總分類帳、存貨明細帳及其他必要之
帳簿等。
觀之卷附臺北市調處於94年4月20日出具之扣押物品收據固載扣押上訴人「進銷貨表」、「銷貨成本
分析表」、「受益憑證資料」、「公司發票」、「應付
帳款表」、「成交明細」、「付款憑單」、「結帳資料
」、「現金分類帳」、「進口明細」、「進貨發票」、
「進貨明細」、「銷貨發票」、「銷貨明細」、「進貨
文件」、「進銷貨表」、「分類帳」（10頁）、「轉帳
傳票」、「進貨憑證影本」、「會計憑單」等部分帳證
，並無上訴人依法應設置之日記帳、總分類帳、存貨明
細帳等帳證，且經上訴人表明其已保存及製作上述眾多
憑證表冊，無另行製作日記帳、總分類帳、進貨帳、銷
貨帳必要等情在卷。又上述上訴人遭扣押之表冊業於99
年9月30日經時任上訴人董事之趙紫羚領回，其中且無
94年度之帳證（另訴外人趙紫羚經上訴人股東推選為董
事，任期為96年9月25日至99年9月24日，惟99年9月24日任期屆滿時，因上訴人不及改選董事，依法延長趙紫
羚執行職務至100年3月7日未依主管機關之通知於限期內改選，始解任其董事職務），而上訴人迄今仍未提出
系爭退稅相關帳證供核，則上訴人主張其已善盡協力義
務，其93年至94年之帳簿憑證遭司法機關查扣，係屬可歸責於政府之錯誤致溢繳稅款，趙紫羚無受領帳證權限
云云，已難遽採。
⑵次查，上訴人（更名前為「松凱企業有限公司」）、菘
凱公司、菘凱高雄分公司等公司行號，其等實際負責人
為訴外人郭正炫，且郭正炫對於菘凱公司、菘凱高雄分
公司、上訴人，具有掌控能力足以指示其等相互循環對
開不實發票等情，已據訴外人郭正炫於臺灣高雄地方法
院102年度訴字第173號刑事案件偵審時坦承不諱，有該刑事判決在卷可稽。而郭正炫如何利用上訴人從事不實
進銷貨，且經上訴人員工鄭為謙於上開刑案偵查時證述
屬實，顯示上訴人與菘凱公司有相互循環對開不實發票
之情形。而依佑捷公司負責人黃水茂、拓怡股份有限公
司（下稱拓怡公司）負責人李志哲、永瑞軒有限公司（
下稱永瑞軒公司）負責人謝華文依序於臺北市調處所稱
：「……業務當即由業務執行人員來負責，詳細內容我
不一定清楚……」、「我於90年起會從事記憶體買賣，
係郭正炫之緣故……我僅係提供所有之拓怡、泰通公司
，與菘凱……松龍公司……進行買賣……」、「……我
認為本公司與菘凱公司等公司之間收付款，是依據買賣
交易而發生之正常行為……」等語，在無其他佐證之情
形下，並無足推翻上開認定。
⑶按營業人主張適用上開零稅率規定，依法申請核退溢付
稅額，則其銷售貨物行為是否得以適用零稅率規定，應
依營業稅法及營業稅法施行細則相關規定辦理，倘其所
申報之零稅率銷售額及退稅額與事實不符，自不能僅因
其已出具申報書表等文件資料，即違反核實課稅制度，
而認當然應予退稅。核上訴人系爭退稅請求權是否真實
存在，既有疑如上述，自有查明之必要；在無其他證據
足以佐證之情形，尚不得以上訴人提出銷售貨物與海關
管理之保稅工廠即菘凱高雄分公司簽署之統一發票扣抵
聯，即謂系爭申請符合上開零稅率銷售額退稅之規定，
而應予退稅。又上訴人申報適用零稅率銷售額應檢附之
文件為保稅區營業人簽署之統一發票扣抵聯，該扣抵聯
係賣方將所開立之統一發票扣抵聯交由買方，由買方依
購買用途之事實予以簽證，故統一發票扣抵聯之簽署係
由買方依實際交易對象及購買用途所自行簽證，並非由
海關核發及簽署。
上訴人稱93年1月至94年4月申報零稅率之所有發票扣抵聯，均經高雄海關蓋上監管戳章，並
載明本發票所列貨物確係本事業購買供作原料使用無誤
，該發票扣抵聯皆經高雄海關認證有實體交易行為云云
，乃對法令及事實有所誤解，洵非可採。
⑷查中和稽徵所為查核上訴人進銷交易情形，分別函請財
政部所屬關稅總局（今為關務署）、高雄關稅局加工出
口區分局、臺北關稅局進口組等機關提示原告93年1月
至年4月進、出口資料以供查核，前按查得資料核退10,008,062元在案；
惟所按金融機構及關稅總局提供之資料，尚查得其餘金流、物流異常情形，乃載明該等異常
事項，函請上訴人說明並提示帳證供核，已窮盡調查之
能事。上訴人對於所主張得適用零稅率之系爭退稅，迄
今仍無法提出形式實質相符之帳證，由銷貨與進貨之關
聯性證明其確有零稅率銷售貨物之事實，既如前述，自
難認有上開零稅率銷售額退稅規定之適用，上訴人主張
被上訴人未盡查證及舉證責任，係有可歸責於被上訴人
之錯誤云云，亦無可憑採。
⑸況上訴人主張依稅捐稽徵法第28條第2項規定申請退還系爭稅額，無非係以新北地院100年度重訴字第38號刑事判決為據。惟觀之該判決內容記載，核與上訴人申請
退還93年1月至94年4月間營業稅溢付稅額之客觀事實無涉，並非上訴人所稱之新事實或新證據。至北檢檢察官
94年度偵字第10211號起訴書，併敘明郭正炫於90年1月至93年8月間，無涉不實循環交易乙節，惟該檢察官所
為之判斷，被上訴人不受拘束，其仍應依職權調查上訴
人是否符合系爭退稅之相關事實。從而，被上訴人前以
上訴人未能提示相關帳簿憑證，俾供查明留抵稅額產生
原因及金額之正確性，否准其退還溢付營業稅之申請，
難謂有何違法情事。上訴人復依稅捐稽徵法第28條第2
項規定，於105年2月5日提起本件申請，要無可取。
至上訴人另主張被上訴人以同一事實認定上訴人申請退還
溢付稅額所提相同年度期間之開立發票為真，核算93、
94年度營所稅，拒未追減全年所得云云，核與上訴人本
件申請因其請求權罹於時效，及上訴人未能提出帳證證
明貨物銷售至保稅區及取得銷貨收入等事實，致未能退
還系爭營業稅係屬二事。是上訴人為此主張，仍無可採
為其有利之認定，併敘明之。
㈢綜上所述，上訴人主張並無可採。
原否准處分駁回上訴人系爭退稅之申請，於法並無不合；
訴願決定遞予維持，亦無違誤。
上訴人仍執前詞，訴請撤銷訴願決定及原否准處分，並求為判決如訴之聲明第2項所述，均無理由，應予駁回。
再本件事證已臻明確，上訴人聲請傳訊趙紫羚及兩造其餘之攻擊及防禦方法，核與本件判決結果不生影響，故無調查及逐一論究說明之必要，附敘明之。
五、上訴人上訴意旨略以：
㈠本件上訴人申請退還旨揭溢付稅額46,813,738元之請求權時效，已因被上訴人否准請求之中和稽徵所98年5月14日函文確定而重行起算，上訴人嗣於105年1月26日就此部分依據新事實另向被上訴人申請退還，自未罹於公法請求權時效；
原判決遽認上訴人本件申請退還旨揭溢付稅額已逾法定期限，顯有判決不適用法規或適用不當之情形，而屬違背法令，應予廢棄：
⒈不論上訴人是否有管領相關帳簿憑證且屆期未據提示之情事(上訴人歷審均否認之)，惟就本件申請退還溢付稅額46,813,738元部分，既於上訴人請求退還時即中斷，並經被上訴人以中和稽徵所98年5月14日函否准上訴人之申請，則就該數額部分退稅之請求權時效，自於該函同年6月14日確定後而重行起算。
是縱行政程序法第131條第1項於102年5月22日修正公布前，不分請求權人為機關或人民皆僅有5年之公法上之請求權時效，然因旨揭退還溢付稅額46,813,738元部分之請求權時效於行政程序法第131條第1項修正公布之日即102年5月22日尚未完成，即有新法10年公法請求權時效之適用。
則上訴人嗣於105年1月26日依據新北地院100年度重訴字第38號刑事判決等客觀發生之新事實，另向被上訴人申請退還旨揭溢付稅額46,813,738元，顯未罹於公法請求權時效，其理甚明。
⒉再者本件係上訴人就「臺灣新北地方法院100年度重訴字第38號刑事判決」等客觀發生之新事實請被上訴人重行核算、新申請核退本件營業稅累積留抵稅額46,813,738元，並非純就中和稽徵所98年5月14日函申請撤銷、廢止、變更等程序再開之救濟，且該函係以「無從查核93、94年度進銷交易情形，無法依加值型及非加值型營業稅法第39條規定查明辦理」為由，不予退還旨揭溢付稅額，未就該等
相關事實為任何實體審認，上訴人於本件未就該函之處分
請求撤銷、廢止或變更，該函復非裁罰處分。是以本件顯
屬上訴人依據新事實而另行申請之案件，本件請求自係就
新的事實狀態請求被上訴人作成新的行政處分，以將尚未
核退之營業稅留抵稅額46,813,738元退還予上訴人，尚無行政程序法第128條第2項規定就申請程序再開期間限制之適用，併此敘明。
⒊詎原判決無視於系爭請求權時效已於98年5、6月間中斷並重行起算，亦未察及本件上訴人係就新的事實狀態向被上
訴人申請退還旨揭溢付稅額，而非就中和稽徵所98年5月14日函請求撤銷、廢止或變更之情事，遽認被上訴人否准
退還旨揭溢付稅額具存續力，該退稅請求權已於99年5月罹於時效當然消滅，上訴人本件申請已逾法定期限云云，
而為上訴人不利之判斷，其判決顯有不適用前揭行政程序
法等法規或適用不當之情形，自屬違背法令，應予廢棄。
㈡依據經原審調查之江明智、黃水茂、李志哲、謝華文、鄭為謙於臺北地院95年度重訴字第114號案件偵查時之供述等卷證資料，上訴人確實有與菘凱高雄分公司及佑倢公司、拓怡公司、永瑞軒公司、菘凱公司等公司實際進、銷貨物及收、付相關款項，並無被上訴人所指對開及循環開立等虛開發票之行為，原判決卻就該等得為上訴人有利認定之諸多證述盡皆視而不見、充耳不聞，且未敘明不予採信之理由，遽稱「在無其他佐證之情形下，並無足推翻上開認定」云云，其所認事實及所憑證據顯與經調查之卷證資料不符，自屬判決違背法令。
㈢有關課稅構成要件事實之認定，稅捐稽徵機關本應負舉證責任，本件退稅乃因被上訴人溢課營業稅，導致上訴人溢付營業稅額，且上訴人早已依法列報溢付營業稅額，則被上訴人依法就溢付稅捐部分自應依職權調查，倘認有一部或全部擬不予退還，更負有查證義務及舉證責任，倘被上訴人未說明如何未能依法退還或僅能核退一部，及係以如何之合理方法依查得之資料為核定之理由，則其拒絕上訴人聲請退還本件營業稅累積留抵稅額所作之原否准處分，即非適法（參本院105年度判字第508號判決意旨）。
由原審卷附上訴人於93年1月至94年4月間申報零稅率之發票扣抵聯、401申報書及零稅率清單等資料文件，足徵上訴人與菘凱高雄分公司間之進、銷項交易，業經高雄海關認證皆有實體交易行為及實際交付貨款屬實，並皆經交易相對人蓋章簽證，洵無被上訴人所稱交易不實情事，並與加工出口區設置管理條例暨施行細則相關規範內容無違。
且觀臺北地院95年度重訴字第114號案件，業經北檢詳閱相關卷證資料，認定上訴人等所涉之進、銷貨交易行為確實皆有實際資金往來，並無被上訴人所稱存在不實循環交易、對開發票或同一批貨物重覆進出口等情事，乃於該案起訴書中，就此節另為不起訴之判斷，由此足認本件上訴人於93、94年間確實溢付如數營業稅額，洵無被上訴人所稱存在「假出口真退稅」不實循環交易、虛開發票、交易不實或虛報零稅率銷售額等影響是否得以否准核退申請之情事，至為灼然。
以上顯然皆係對上訴人有利之情形，原判決卻全然挈置不論，竟僅以被上訴人自行製作之計算表認定、勾稽，未加說明係基於何等之證據、以何等合理之方法進行核定之立論基礎，即得否准上訴人本件退稅之申請，復未據任何理由，逕認被上訴人得不受前揭刑事案件卷證內容及檢察官所為判斷之拘束，空以推測之詞不予退還本件留抵稅額，其認定顯與「有利不利應予注意原則」等論理法則及舉證責任法則相悖，更與卷證資料不符，自已構成判決違背法令無疑。
㈣本件稅務爭議之關鍵文件資料即上訴人93、94年之帳簿憑證，先後遭調查局、北檢及臺北地院等司法機關查扣，迄未發還予上訴人，而非上訴人持有或可得支配，惟上訴人業已竭盡一切管道，不斷持續向前揭司法機關聲請將其發還或影印，難謂其未盡「保存帳證」之協力義務。
反觀被上訴人得本諸職權函調取得其原本或複本，卻強人所難，一味責令事實上根本無從提供的上訴人提出，進而稱上訴人未盡協力義務，而執以否准退稅申請，使上訴人因而必須承擔未能提供前開資料文件之不利益結果，顯有未依職權為必要證據調查之違誤，更有違本應遵守之誠信原則及公平正義之一般法律原則。
北檢固函稱上訴人92、93年相關帳簿憑證已由趙紫羚於99年9月30日領取，惟趙紫羚早無受領上訴人遭扣帳證資料之權限，偵審機關並得輕易經由查詢「經濟部─公司及分公司基本資料」而得知上情，是該函文尚且無由發生前開帳證資料已發還予上訴人之效力，遑論該函亦顯示趙紫羚並未領取上訴人遭扣之94年度帳簿憑證，並經原判決審認，且北檢另以函稱趙紫羚領走之文件資料並非上訴人之帳證資料，足徵上訴人93、94年度本件相關帳簿憑證仍遭司法機關扣押而無法歸還乙節屬實。
考以98年5月14日被上訴人否准上訴人前次申請核退旨揭營業稅溢付稅額時，相關帳證資料仍遭偵審機關扣押，並無爭議，且上訴人前已屢次透過管道申請發還未果，是以上訴人自仍無從盡到得以提供上開帳證資料予被上訴人之協力義務，於茲尚不得遽謂上訴人未盡協力義務甚明。
原判決卻就前開情事及臺灣新北地方法院101年度法字第7號裁定等有利於上訴人之證據資料置若罔聞，復將臺灣新北地方法院100年度抗字第106號所列相對人之原審聲請意旨錯置為該案所認事實，且錯誤適用公司法第195條第2項規定，憑為上訴人前開相關帳簿憑證皆經趙紫羚領取、且發生發還予上訴人效力之認定，據以駁回上訴人之訴，是原判決顯然具有適用法規不當之違背法令，更與原判決業認趙紫羚並未領取上訴人遭扣94年度帳簿憑證等事實矛盾，而有行政訴訟法第243條第2項第6款判決理由矛盾之當然違背法令。
㈤原判決無視臺灣新北(板橋)地方法院判決100年度重訴字第38號判決所揭事實，已足認上訴人於93年至94年間，並未有被上訴人所稱「疑似」開立不實發票及參與循環開立發票等得暫緩退稅進而拒為退還之情事，卻未予調查該案卷宗，以釐清二者是否確有「明示其一，排除其他」之法律關係，更就決定上訴人是否確實已盡協力義務之關鍵性證據方法即證人趙紫羚，始終拒絕傳喚並詳加調查，顯係「對有利於當事人之事實或證據，有應調查而未予調查之情形，或認定事實徒憑臆測而不憑證據者」之情形，而構成判決不備理由之當然違背法令。
㈥本件係因被上訴人未盡查證及舉證義務，且無視於上訴人客觀上根本不符合「事實上管領力」之協力義務要件，逕行溢課營業稅額並捍拒退還留抵稅額，自屬「可歸責於政府之錯誤」致溢繳稅款之情形，上訴人以被上訴人前開違法情事，依稅捐稽徵法第28條第2項規定請求退還旨揭營業稅留抵稅額，自屬有據。
㈦本案原審審判長於言詞辯論期日強行誘導上訴人不得依營業稅法第39條第1項第1款及第7條第1項第4款規定申請退還本件營業稅留抵稅額，責令上訴人僅能自行政程序法第128條及稅捐稽徵法第28條第2項擇一主張，且未予當事人就兩造準備程序所為陳述及原審準備程序卷證資料皆未提及之訴訟資料充分辯論，原審法院復未就趙紫羚等時任上訴人董、監事是否於99年9月24日任期屆滿前即行辭去其職務，此等攸關趙紫羚是否得以董事身分有權領取上訴人遭扣系爭帳簿憑證之情事（上訴人歷審始終爭執此節事實）未予調查、釐清及命兩造充分辯論，逕將業經新北地院100年度抗字第106號裁定廢棄不予採認之該案相對人主張，錯置為該等裁定所認事實，執為對上訴人不利之認定，是原審審判長顯然違背闡明義務，原審訴訟程序即有重大瑕疵，基此所為之原判決，既係突襲性裁判，自屬違背法令。
另查訴外人趙紫羚等上訴人公司全體董事、監察人，確實皆於99年9月24日任期屆滿前，即已分別以存證信函等方式辭去其職務，並無所謂任期屆滿之情事，於茲並無公司法第195條第2項規定適用之餘地，自無趙紫羚於該日後仍依法執行上訴人公司董事職務之可能。
易言之，趙紫羚於99年9月30日並不具上訴人公司董事之法律地位，自無領取上訴人公司遭扣帳簿憑證之權限甚明。
是縱(假設語氣，上訴人歷審均否認之)旨揭帳證資料係依北檢101年3月26日北檢治離99執從1815字第20410號函所載已經偵審機關發還予趙紫羚，亦無由發生發還予上訴人公司之效力，則上訴人公司自始未能取得該等帳證資料之占有，並將該等帳證資料提供予被上訴人，尚仍不得執此遽謂上訴人未盡提示帳證之協力義務。
是以原判決顯有行政訴訟法第243條第2項第6款判決不備理由及判決理由矛盾之當然違背法令。
㈧稅捐稽徵機關管理營利事業會計帳簿憑證辦法，僅係被上訴人之主管機關財政部依營業稅法第34條授權自行制定之法規命令，並非法律，更僅屬訓示規定，上訴人當時已經製作如臺北市調查處扣押物品目錄表所示之帳證簿表，考量營運及會計成本，即未另行製作其餘憑證表冊，自無可能「無中生有」提供予被上訴人，惟此對上訴人就管領力所及帳簿憑證之提供，已盡協力義務之情事不生影響；
原判決卻全然未察前情，恣意將上訴人當時未製作且無製作必要之帳證無中生有，再謂上訴人未就管理力所及之帳簿憑證全數提供予被上訴人，未善盡協力義務云云，顯與前揭論理法則不符，更與客觀事實及卷證資料不符，自屬證據上理由矛盾之當然違背法令等語。
六、本院按：
㈠本件上訴爭點之確定：
⒈原因事實部分：
⑴上訴人為營業人，為營業稅之納稅義務人，其於93年1、2月至94年3、4月間之8個稅捐週期內，依營業稅法第四章第一節「一般稅額計算」規定，以「當期銷項稅額
減進項稅額」之方式，按期報繳營業稅（依法於稅捐週
期屆至後之翌月報繳）。截止94年4月為止，共計累積
「因銷項稅額適用零稅率」而生之溢付稅款56,821,800元。
⑵上訴人乃於96年10月19日依營業稅法第39條第1項第1款之規定，具文申請退還前開累積之溢付稅額。而被上訴
人所屬中和稽徵所對上訴人前開退稅申請，則作成以下
之准駁處理。
①以中和稽徵所98年1月19日函作成「准予退還溢繳稅款10,008,062元」之退稅處分（規範依據為營業稅法第39條第1項第1款規定）。
②以中和稽徵所98年5月14日函作成「否准退還溢繳稅款46,813,738元」之處分。
否准退還稅款之理由則是：
A.中和稽徵所曾於97年12月19日作成中和稽徵所97年 12月19日函，要求上訴人提示相關帳簿憑證供查核
。
B.但上訴人申請展延查核，事後復未能提示相關帳簿
憑證供查核，使稅捐機關無法依營業稅法第39條規
定查明辦理退稅。
⑶其後上訴人再於105年2月5日具文向被上訴人所屬中和稽徵所申請退還上開未獲核退之溢付營業稅額46,813,738元，被上訴人乃於105年3月10日作成原否准處分，基於與中和稽徵所98年5月14日函相同之理由（函文中之文字則為「……查旨揭溢付稅額前經……中和稽徵所
於97年12月19日以北區國稅中和三字第0970030350號函請貴公司提示帳簿憑證供核，惟屆期未據提示，爰以98
年5月14日北區國稅中和三字第0980028487號函否准核退在案」），否准上訴人之退稅請求（該否准處分之規
制效力是否內含「該等溢繳稅款仍將依營業稅法第39條
第2項規定，繼續供留抵稅款之用，用以扣抵94年5月開始之後期銷項稅額」等情，則不甚清楚，但法理上應該
承認該進項稅款之留抵功能）。
⑷上訴人因此對原否准處分循序提起行政爭訟，並請求被
上訴人作成「准予退還溢繳營業稅款46,813,738元」之處分。但經原審法院駁回其課予義務訴之訴，因此提起
本件上訴。
⒉在前開原因事實基礎下，原判決贊同被上訴人之法律見解，而駁回上訴人所提課予義務訴訟，其具體理由已詳如前
述，故僅摘要其重要法律論點如下：
⑴上訴人於96年10月19日向被上訴人所提出之「作成退稅處分」請求，已經被上訴人所屬中和稽徵所作成98年5
月14日函之否准處分，予以否准。
則其重新於105年2月5日再次向被上訴人提出退稅請求，請求重開退稅行政
程序，顯已違反行政程序法第128條第2項所定「行政程序重開」之5年法定不變期間限制。
⑵有關上訴人主張「其本件退稅請求之法規範基礎，建立
在稅捐稽徵法第28條第2項規定」一節，原判決則認為
「依該條項規定所建立之公法請求權，仍應類推適用同
條第1項之『5年時效』規定，自其可行使該請求權起，
因5年間不行使而歸於消滅。上訴人提出本件請求之時
間，已逾權利得行使之5年時效期間，故其權利歸於消
滅」。
⑶至於上訴人主張「本案因帳證遭司法機關查扣，迄今仍
未發還。而被上訴人在未盡查證及舉證義務之情況下，
無視上訴人已盡協力義務之事實，自屬可歸責於政府之
錯誤致溢繳稅款情形，有稅捐稽徵法第28條第2項規定
之適用，不受5年期間限制」一節。原判決則認為：
①上訴人在本案中實則未盡到協力義務。
②上訴人不能充分證明「其主張退稅之進項稅額46,813,738元，與產生外銷零稅率之（出口）銷售行為間之
因果關連性」（原判決書第15頁至第20頁參照）。
③針對稅捐稽徵法第28條第2項規定在本案中之適用可
能，上訴人所主張之「新事實」或「新證據」，不外
是「臺灣新北地方法院100年度重訴字第38號刑事判
決」。但該刑事判決之記載內容，核與本件退稅事實
無涉。
④至於北檢檢察官94年度偵字第10211號起訴書中，併敘「上訴人原負責人郭正炫於90年1月至93年8月間，無涉不實循環交易」一節，仍然不能證明「請求退稅
之溢付進項稅額與適用零稅率出口銷售行為間之因果
關連性」事實。
⑤又有關上訴人93年及94年營利事業所得稅之核定，與本案待證事實（即請求退稅之溢付進項稅額與適用零
稅率出口銷售行為間具因果對應關係事實）無涉。
⒊而上訴意旨對原判決認事用法之指摘，亦均詳如前述，以下僅摘要論述其核心論點。
⑴在訴訟程序上，原審法院審判長於言詞辯論時強行誘導
上訴人不得依營業稅法第39條第1項第1款及同法第7條第4款規定請求退稅，只能在行政程序法第128條與稅捐稽徵法第28條第2項規定中擇一主張，違反闡明義務，
故原判決違法。
⑵上訴人有在法定時效期間內合法提起退稅請求，因為：
①本件退稅請求權之時效期間，依102年5月22日修正公布之行政程序法第131條及規定，應為10年。
②又依行政程序法第133條之規定（即「因行政處分而
中斷之時效，自行政處分不得訴請撤銷或因其他原因
失其效力後，重行起算」），本件上訴人退稅請求權
之時效期間起始日，應自「以中和稽徵所98年5月14
日函表徵之否准退稅處分，於98年6月14日確定」之
日起算，迄今仍未逾10年時效期間。
⑶本案中上訴人於105年2月5日向被上訴人提出之退稅請求，亦非對中和稽徵所98年5月14日函表徵之否准退稅處分表示不服，而要求撤銷、廢止該處分，因此非屬行
政程序法第128條所定之程序重開請求，無5年時效期間之適用。
⑷依上訴人所提之相關事證顯示，上訴人並無被上訴人所
指「對開或循環開立統一發票」之違法行為存在，應得
請求退還溢繳之稅款。原判決對前開有利於上訴人之事
證置而不論，有「未依職權調查證據」之違法情事。
⑸所有退稅請求事件，均應由稅捐機關就「稅捐核課處分
合法（即符合稅捐實體構成要件）」一事負舉證責任。
故本案有無溢付稅款事實，亦應由被上訴人負積極證明
之責。原判決卻不顧上訴人所提諸多事證（上訴人特別
一再提及原審卷所附原證11中、由高雄海關蓋上之「監
管編號BK-14」戳章，載有「本發票所列貨物確係本事業購買供作原料使用無誤」等文字，用以證明交易為真
實），空以推測之詞，即謂「上訴人不能提出相關帳證
供核」云云，不僅有違「有利不利一律注意原則」，其
判斷更與舉證責任配置法則以及卷證資料有違。已嚴重
侵犯人民憲法上受保障之財產權。
⑹本案是因上訴人公司之帳簿為司法機關所扣押，且無證
據顯示曾發還上訴人，原判決認定帳簿已發還上訴人，
而謂「上訴人有帳簿，卻無法提出『能說明進、銷項間
對應因果關係』之資料，未盡協力義務」云云，其事實
認定顯有違誤。本案應傳訊證人趙紫羚，以查明「上訴
人帳證究竟流落何處」，據以確定「上訴人是否已盡協
力義務」（上訴意旨一再強調趙紫羚已於99年9月24日以前即辭去上訴人董事職務，無領取上訴人公司帳證之
權利）。
⑺依新北地院100年度重訴字第38號刑事判決之事實認定（僅認定上訴人於96年至97年間有虛開統一發票行為），仍可推知「上訴人於93年及94年間，並未開立不實發票與循環開立發票」等情。
⑻本案因被上訴人未盡查證及舉證義務，且無視於上訴人
客觀上不符合「事實上管領力」之協力義務要件，逕行
溢課營業稅額並拒絕退還留抵稅額，自屬「可歸責於政
府之錯誤」，上訴人得依稅捐稽徵法第28條第2項規定
請求退還留抵稅款。
⒋是以本案有待判斷之上訴爭點即是「前開上訴意旨對原判決之各項指摘」，是否於法有據。
㈡本院對前開各項上訴爭點之判斷結論及其理由形成：
⒈有關上訴人本件退稅請求，其請求規範基礎之法理說明：⑴本案上訴人請求退稅之法規範基礎應為營業稅法第39條第1款規定，而非稅捐稽徵法第28條所定、因核課處分
有誤或自動報繳有誤所生之退稅請求權，理由如下：
①按營業稅之稅法規範屬性為「國內消費稅」，故有關
稅捐高權之立法建制原則，係採取「消費者主權」原
則。其稅捐之實質負擔人應為最終為消費行為之國內
消費者。但消費者人數眾多，直接對其課徵，稽徵成
本過高，因此現行營業稅法，除了適用特種稅額之少
數例外情形，一律採加值型之稅捐課徵方式。其課稅
方式為：
A.由生產方之營業人在買入生產所需之原物料及勞務
，先將對應之營業稅額繳納予前手賣方。並由前手
賣方以形式納稅義務人之身分，將後手買方實質支
付之稅款繳納予稅捐機關。
B.等到從事生產行為之後手買方，對所買入之原物料
及勞務從事加工生產行為，作成半成品或成品，再
將之出賣予再後手之買方時，其亦如同前開前手賣
方一般，應向買入成品或半成品之再後手買方收取
成品或半成品買價所對應之營業稅款，以納稅義務
人之身分繳納予稅捐機關，但可以將其已交付予前
手賣方之稅款（實質上已由前手賣方繳納予稅捐機
關），自後方買方收取之稅款中扣除，僅將其餘額
繳納予稅捐機關。
C.再後手之買方若將買入成品或半成品加工並販售予
消費者時，亦應向消費者收取售價所對應之營業稅
額，再將其已交付予前開後手買方之稅款扣除，僅
繳納其餘額予稅捐機關。
D.事實上前開前手賣方、後手買方、再後手買方3營
業人所繳納之稅款全部加總，即等於最終消費者實
質負擔之全部營業稅款。而且該等稅款實際上均非
營業人負擔，而是向其後手收取後轉交予國家，其
已向前手繳納之稅款，則可在向後手收取稅款而轉
繳納予稅捐機關時，從中扣除自己已支付予前手之
稅款。
②又為了完成上開加值型之稅制規劃，因此有銷項稅額
與進項稅額之設計，前手出售貨物、勞務予後手時，
因其一併向後手收取稅款，因此要開立載有銷項稅額
之「銷項憑證」予後手。該銷項憑證對後手而言，即
屬載有進項稅額之「進項憑證」（賣方開立之銷項憑
證即屬買方取得之進項憑證）。其中進項憑證之取得
，代表買方營業人已將「自己應實質負擔、截至買入
時止貨物或勞務全部加值所對應」之營業稅款，交付
予前手賣方。而銷項憑證之開立則代表賣方營業人已
自買方收取「截至賣出時止貨物或勞務全部加值所對
應」之營業稅款。對同一營業人而言，由其「買入貨
物或勞務」，到其從事產銷加值行為，而以較高價轉
手出售予下階段營業人或最終消費者時，又向後手收
取售價所對應之全部營業稅款，因此其應代後手或消
費者繳納予稅捐機關之稅款僅為「銷項稅額減進項稅
額」之餘額。
③不過如果在營業人繳納營業稅之過程中，要求嚴格遵
守上述「銷、進項間」之「對應關係」，於稽徵實務
而言，有窒礙難行之處。因此現行營業稅法制乃將加
值型之營業稅設計為：以2個月為一個稅捐週期，納
稅義務人可將在特定稅捐週期內所取得之全部進、銷
稅額匯總後相減而得出當期應納稅額或留抵稅額。此
時在制度設計上，並不要求進、銷項憑證間之特定對
應關係。至於當銷、進項相減後之餘額如為負數時，
嚴格言之，即表示稅捐機關應將該階段多繳之稅款退
還予營業人。不過基於「常態上負數金額應該甚小，
且退稅作業將增加稽徵成本」等多項實證因素之考量
，將之設計為「留抵稅額」，與後期之進項稅額一併
扣減後期之銷項稅額。
④可是「當期銷、進項金額相減即使為負數，其金額亦
甚有限」之常態事實推定，若因某些特殊實證因素之
存在而可確定該常態事實推定不復成立者，留抵之正
當性即行喪失，有必要將營業人支付予前手賣方之進
項稅額予以退還。此即營業稅法第39條第1項規定之
規範意旨所在。其所例示之許可退還進項稅款之事由
包括該條第1款所定銷項適用零稅率所對應之進項稅
款；第2款所指「進項稅款一次產生金額龐大，但對
應之銷項稅額卻細水長流」之「買入固定資產」所生
之進項稅額；或為第3款所指「營業人結束營業，未
來稅捐週期已無銷項稅額產生可能」情形下之剩餘進
項稅款。以及同條第2項但書所定「（其他）經報財
政部核准」之特殊事由。
⑤依前開說明可知，依營業稅法第39條規定成立之「退
還營業稅進項稅款請求權」，與稅捐稽徵法第28條所
定之「溢退稅款請求權」相較，二者成立要件顯然不
同。前者溢繳稅款之產生，純粹出營業稅法制中「銷
進項相減且自動報繳」之設計，稅捐機關並沒有作成
任何核課處分（是以本案亦無復查決定之作成），也
無核課處分「錯誤」可言。再者營業人依循「銷、進
項相減」之法制設計，以當期銷項稅額減除進項稅額
，合法得出應納稅額或留抵稅額，更與「適用法令錯
誤」或「計算錯誤」情形有別。此與稅捐稽徵法第28
條所定之退稅請求權，原則上要錯誤核課處分之作成
（該條第2項規定參照），再不然，至少也應有納稅
義務人有「適用法令錯誤」或「計算錯誤」情事存在
（該條第1項規定參照，又在此等情形下，是否要有
核課處分之作成，學理上可能尚有爭議，於此暫且不
論此項爭議，但仍需有「計算錯誤」或「適用法令錯
誤」之情形存在，而本案請求退還之進項稅額，是由
上訴人依法交付予前手出賣人者，並無上開事由存在
）。因此個案事實中如依營業稅法第39條請求返還進
項稅額，即與稅捐稽徵法第28條規定無涉，此點有必
要先予敘明。
⑵又依營業稅法第39條第1項第1款規定，請求退還溢繳之進項稅額者，應對「形成該進項稅額之進貨行為，所進
貨品或勞務之再銷售，為屬適用零稅率之銷售行為」（
即進、銷間之因果對應性）一事，負積極證明責任。因
為營業稅之溢繳稅款，原則上供作留抵之用（該條第2
項前段規定參照），例外方許可退還。而是否符合營業
稅法第39條第1項各款或第2項但書例外事由之證據方法，又均由營業人掌握，自應由請求退還進項稅額之營業
人，對許可退還事由，負擔舉證責任。此外既然營業人
要對許可退還進項稅款之成立要件負舉證責任，而且進
項稅額之產生也不是由稅捐機關依職權審查及核定者，
基本上也不涉及「以協助稅捐機關作成正確核課處分為
規範目的」之「協力義務」是否履行問題。
⑶此外有關營業稅法第39條第1項第1款所定「退還溢繳進項稅額請求權」，其在實體法層次上之請求權時效部分
，尚有以下數項法律觀點有待進一步說明。
①該請求權之時效期間，依行政程序法第131條第1項規定，應為10年。
②請求權時效之起算點則為「『進項稅額所對應、適用
零稅率』之銷項稅額已發生，並可向稅捐機關申報退
還」之時點（即為銷貨行為所屬稅捐週期結束之翌月
15日）。
③各筆進項稅額之退稅請求權，要按該進貨所對應之適
用零稅率銷售行為發生日，逐筆認定其時效起算日。
④最後應特別指明，即使前開退稅請求權時效已屆至，
而依行政程序法第131條第2項規定，其請求權歸於消
滅，但仍不妨害營業人在往後稅捐週期，以該溢付之
進項稅額，供作留抵，扣抵未來發生之銷項稅額（營
業稅法第39條第2項前段規定參照）。而且亦不排除
營業人另依其他法規範基礎，主張「退還進項稅額請
求權」（例如營業稅法第39條第1項第3款所定之「營
業結束退稅請求權」）。
⑷最後應說明者則是：營業人本於相同之原因事實（所進
之貨物及勞務均已銷售完畢，且該銷售行為之規範屬性
為「適用零稅率之銷貨」），及相同之實體法請求權規
範基礎（營業稅法第39條第1項第1款規定），在實體法明定之請求權時效期間內，請求退還溢繳之進項稅額。
若遭稅捐機關駁回，作成否准處分，事後營業人再本諸
同一原因事實及規範基礎再申請退稅者。此時之法律爭
點，即與「行政程序法第131條第1項有關請求權實體法時效規定」脫離，而進入行政程序法第128條「程序重
開」規定之適用領域。在此應進一步說明之議題為：
①在有否准處分作成之前提下，營業人沒有任何權利得
主張：「在同一請求權基礎下（指原因事實同一及請
求權規範同一），其可事後重複多次請求，而不受原
來否准處分規制效力之拘束」。
②而「否准處分」之辨識，是以稅捐機關對其退稅請求
是否作成「不予許可」之「終局」決定。有「終局」
決定之作成，不論其理由為何，均屬否准處分。僅在
稅捐機關於回覆營業人之文書中清楚表明「暫時不作
決定，等待將來再決定」之意思時，方能認為「無否
准處分之作成」。而且發生此等「稅捐機關不作決定
」之情形時，請求退稅之營業人還有權依訴願法第2
條第1項規定，請求稅捐機關作成終局決定。由此亦
可知，現行行政法制基於行政效率性之考量，也不希
望有「行政機關對人民請求暫時不為決定」之現象存
在。從而「人民行使公法上請求權，而遭行政機關答
覆拒絕者」，該答覆在絕大部分情形（除了極其少數
之例外），均應視為否准處分。
③再者要對否准處分請求重開行政程序者，依行政程序
法第128條第2項規定（即「前項申請，應自法定救濟
期間經過後3個月內為之；其事由發生在後或知悉在
後者，自發生或知悉時起算。但自法定救濟期間經過
後已逾五年者，不得申請」），即應在3個月或5年法
定不變期間內主張。其中5年法定不變期間之起算日
，應自法定救濟期間屆滿日之翌日起算。
⒉依前開法制架構說明，上訴人本件上訴為無理由，其原因如下所述：
⑴首先應指明，本案上訴人之實體法請求權規範基礎，自
始至終均為營業稅法第39條第1項第1款規定（其非稅捐稽徵法第28條第1項或第2項規定之理由，已詳前述。
上訴意旨謂其請求退還進項稅款之規範依據為稅捐稽徵法
第28條第2項規定云云，顯係出於對實體請求權法規範
基礎之誤解，自非可採），且其請求權之實體法時效期
間，依行政程序法第131條第1項規定為10年，並自94年5月16日起算。
而上訴人已在96年10月19日請求退稅，自然未逾該請求權之10年時效期間。
⑵但上訴人於96年10月19日提出之「進項稅額46,813,738元」退稅請求，卻經被上訴人所屬中和稽徵所於98年5
月14日予以否准（以中和稽徵所98年5月14日函表徵）。則在該否准處分作成後，本案後續爭點即與行政程序
法第131條規定之適用脫離，而進入行政程序法第128條所定「重開程序」之適用領域。
①對此上訴意旨雖謂「本案仍有行政程序法第131條第1項10年時效期間之適用」云云，復引用行政程序法第
133條之規定（即「因行政處分而中斷之時效，自行
政處分不得訴請撤銷或因其他原因失其效力後，重行
起算」），進而主張「該10年時效期間自98年6月14日起算，迄今未逾10年」云云。但查行政程序法第13
3條所指之情形乃是「行政機關對人民享有公法上請
求權，該公法上請求權之實現要透過行政處分方能為
請求、執行並滿足」者而言。與本案事實之規範特徵
全然有異，自無適用餘地，上訴人此部分上訴理由尚
非可採。
②上訴意旨復謂「其可對同一退稅請求權（指原因事實
及請求規範依據同一），多次重複行使。因此即使前
次請求遭否准，事後仍可提出相同請求，而不受行政
程序法第128條規定之規範」云云，並在此法律見解
基礎下主張「上訴人本件請求不受行政程序法第128
條第2項所定『5年法定不變期間』之限制」云云。但
此等法律見解明顯與現行行政爭訟法制架構不符，自
難謂為有據。
⑶是以上訴人於105年2月5日再次就前開46,813,738元之溢付進項稅款，本於相同之原因事實與規範，並為相同
之退稅請求，距離98年6月14日之「5年法定不變期間」起算日，早已逾行政程序法第128條第2項所定之「5年法定不變期間」，則其本案請求依法即屬無據，應予駁
回。
⑷另外附帶言之：
①本案即使假設未逾行政程序法第128條第2項所定之法定不變期間，但針對行政程序法第128條所定「重開
程序」之要件而言，上訴人也同樣應對「重開事由」
之存在為充分證明。就本案而言，上訴人主張之重開
事由應屬「發現新證據」。但其同時又要求原審法院
傳訊證人趙紫羚，查明「新證據」之去向（即趙紫羚
有無領回公司帳證，該公司帳證現流落何處），此即
表明「上訴人根本沒有掌握到新證據」，其又如何能
證明「具備行政程序法第128條所定重開程序法定要
件」之待證事實。
②再者上訴人就本案退稅請求待證事實之具體內容，及
其舉證責任之客觀配置，亦有誤會。誤以為其對本案
待證事實（即「請求退稅進項稅額，產生該稅額之進
貨，已全數銷售完畢，且該銷售行為適用零稅率。該
銷、進項間之因果關連性可全然確定）之證明，僅負
協力義務，而不明瞭其對待證事實之真實性負有舉證
責任，而應承擔事證不明之不利益風險。
③又依前述，本案既然無法證明具備行政程序法第128
條之程序重開要件事實，亦無必要進入「請求權是否
成立」之實體構成要件審查階段。故上訴意旨中有關
「原審法院對本案實體請求權構成要件事實未經充分
調查」之指摘，實對終局判決之結論不生任何影響，
亦難據為判斷原判決違法之合法理由。
㈢總結以上所述，原判決之認事用法與其終局判斷結論，大體上尚無明顯違法之處，上訴意旨指摘原判決違背法令，求予廢棄，為無理由，應予駁回。
七、據上論結，本件上訴為無理由。
依行政訴訟法第255條第1項、第98條第1項前段，判決如主文。
中 華 民 國 107 年 3 月 29 日
最高行政法院第四庭
審判長法官 林 茂 權
法官 劉 介 中
法官 林 文 舟
法官 林 樹 埔
法官 帥 嘉 寶

以 上 正 本 證 明 與 原 本 無 異
中 華 民 國 107 年 3 月 30 日
書記官 陳 建 邦