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最 高 行 政 法 院 判 決 九十年度判字第一八二號
再 審原 告 甲○○
再 審被 告 財政部臺灣省北區國稅局
代 表 人 林吉昌
右當事人間因綜合所得稅事件，再審原告對本院中華民國八十七年十一月二十六日八
十七年度判字第二三五九號判決提起再審之訴。
本院判決如左︰
主 文
再審之訴駁回。
再審訴訟費用由再審原告負擔。
事 實
緣再審原告民國七十九年度綜合所得稅結算申報，再審被告以其漏報取自國防部中山科學研究院（下簡稱中科院）之薪資所得計新台幣（下同）二一○、五五八元，乃核定補徵稅額一三、一○六元。
再審原告不服，就取自中科院薪資所得二一○、五五八元部分，申請復查，未准變更，提起訴願、再訴願，遞遭決定駁回，遂提起行政訴訟，經本院八十八年度判字第二三五九號判決（以下簡稱原判決）駁回其訴。
再審原告不服，主張原判決有修正前行政訴訟第二十八條第一項第一款之再審事由，提起再審之訴。茲摘敘兩造訴辯意旨如次：
再審原告起訴意旨及補充理由略謂︰一、財政部稅制委員會於七十九年、八十三年、八十七年所編印各版新舊所得稅彙編中，分別以七十九年十月十八日台財稅第七九○七一四三三四號函、八十三年八月三十一日台財稅第八三一六○七六六一號函、八十七年九月二十一日台財稅第八七一九六五三六六號函再三的向人民宣示，凡未編入該年度版之「本部及各權責機關所對外發佈舊函示，非經其重行核定，一律不再援引適用」，經遍查其七十九年、八十三年、八十七年版之所得稅法令彙編中，皆未列入財政部六十八台財稅三八五○一號函、行政院台八十四財三七○○七號函，依上開各年度版所得稅法令彙編首揭各函示之意旨，應為無效之函示，必經各權責機關重新核定後，始重新生效，是以財政部及行政院如欲起課中山科學研究院非軍職員工品位加給或技術津貼之稅賦，必須立刻重新函示，方能起課，否則即違反「禁反言－政府機關言出必行，不能反悔」之原則，而國家社會將在政府朝令夕改之狀況下，抗爭不斷，陷入混亂不安之局面。
二、本案爭議之要點之一為財政部及其所屬各區國稅局身為行政主管機關，雖得本於職權依據所得稅法責成行政釋示聲明應稅之主張，但自民國六十八年稽徵機關函示徵免原則以來至民國八十四年十一月十七日確定應稅期間，中科院依徵免原則認定免稅，並多次向桃園稅捐稽徵處及財政部北區國稅局據實說明，而主管機關除以右述七十九、八十三、八十七年所得稅法令彙編之函示，及不作為之默示同意此部分免稅，導致長期以來中科院員工信賴此等主張，認為財政主管機關以上開函示及不作為之默示，乃基於行政一體原則，授權國防部及中科院或其他公務機關之相互認定並合於行政行為明確性原則下，在實質上已存在信賴之法律效力，因而作成生涯規劃，處置財產（復無扣繳憑單），故應有行政法上「信賴保護」原則之適用，依據本院七十六年判字第四七四號判決文示以「．．．不管行政機關之決定是否合法，除了重大且明顯之瑕疵或其違法係可歸責於納稅義務人外，行政機關之行為一經表露於外，人民通常會對所造成的法律狀態之存續寄以信賴，並以之作為依據，此種依據信賴，應受保護」，及一般法學原理亦皆言「信賴保護原則」，係指人民信賴政府機關之決定，就其生活關係已有適當之安排，政府機關應給予保護或給予合理補償而言。
是以財稅機關在七十九、八十三年版所得稅法令彙編中以首揭各函示之意旨及長期不作為之默示，所造成之財政部六十八台財稅三八五○一號函無效的法律效力，應使中科院非軍職員工在八十四年十一月十七日行政院台八十四財三七○○七號發佈前享有「信賴保護」的利益，此為財稅機關所必須允諾的法律保護結果，實無關事業主（國防部或中山科學研究院）承諾或應由事業主負擔之稅賦，因此往前補課中科院非軍職員工五年稅之處分顯然違法，理應辨明。
三、再按所得稅法第九十四條第一項：「扣繳義務人於扣繳稅款時，應隨時通知納稅義務人，並依本法第九十二條之規定，填具扣繳憑單發給納稅義務人，如原扣稅額與稽徵機關核定稅額不符時，扣繳義務人於繳納稅款後，應將溢扣之款退還納稅義務人；
不足之數由扣繳義務人補繳，但扣繳義務人得向納稅義務人追償之。」
明白規定扣繳義務人即中科院院長及主辦會計，有先行代納稅義務人繳納之義務。
固然同法第八十九條第二項有「扣繳義務人未履行扣繳義務責任，而有行蹤不明或其他情事，致無從追究者，稽徵機關得逕向納稅義務人徵收之」的敘述。
卻完全不適用於中科院非軍職員工五年補課稅案中，其理至明，因為中山科學院究為國家機關，扣繳義務人承命行事，不敢稍有僭越，復有國防部、行政院等上級機關可資追究，非無從也。
更何況稅捐稽徵法第四十八條之三（修正條文）復有「納稅義務人違反本法規定，適用裁處時之法律。
但裁處前之法律有利於納稅義務人者，適用最有利於納稅義務人之法律。」
（從新從輕之原則）及中央法規標準法第十八條「．．．但舊法規有利於當事人而新法規未廢除或禁止所聲請事項，適用舊法規。」
（從優原則）之立法旨意，皆明白律定認事用法之原則，必須優先考慮對人民（納稅義務人）最有利之部分後，仍然無法免除其責時，方得對人民（納稅義務人）處分，此為先進民主國家所普遍遵行的原則（且所得稅法第九十四條第一項為現行有效之法律。
）所以財政部及其所屬各區國稅局，直接向中科院非軍職員工追課五年稅之處分，顯然有違所得稅法第九十四條第一項法定之程序正義。
四、又財政部民國六十八年台財稅三八五○一號徵免原則及行政院台八十四財三七○○七號補充規定，明顯變更人民之權利、義務者，有牴觸中央法規標準法第五條、第六條之意旨，復未遵第七條．．．並即送立法院之規定，亦明顯有違程序上之正義。
五、就稅法而言，稅捐稽徵法為規範所有稅法（關稅、礦稅除外）之稽徵程序，相對於所得稅法單就個人綜合所得稅及營利事業所得稅所為單純規範而言，則稅捐稽徵法為稅法之普通法，所得稅法為所得稅之特別法，無可置疑。
所以就中央法規標準法第十六條「法規對其他法規所規定之同一事項而為特別之規定者，應優先適用之，其他法規修正後，仍應優先適用。」
特別法優於普通法原則，顯然稅捐稽徵法第二十一條第一項第一款、第三款之規定，目標顯然應為中山科學研究院，及其上級機關國防部、行政院。
另補理由略以：（一）就稅捐稽徵法第一條：「稅捐之稽徵，依本法之規定，本法未規定者，依其他有關法律之規定。」
明白規定稅捐稽徵法未規定事項，適用其他有關之法律規定，而其第三十八條：「納稅義務人對稅捐稽徵機關之復查決定，如有不服，得依法提起訴願及行政訴訟。」
復又法定不服稅捐稽徵機關復查決定，得依法提起訴願，則訴願法為有關聯之法律，已昭然明確若前揭法條所述，是以其第二條：「本法所稱行政處分，謂中央或地方機關基於職權，就特定具體事件所為發生公法上效果之【單方行政行為】；
中央或地方機關對於人民依法聲請之案件，於法定期間應作為而【不作為】，致損害人民之權利或利益者，【視同行政處分】。」
所規定所定義的行政處分要件來論，則財政部及被告稅捐稽徵機關再如何文過飾非或遁詞巧辯，亦不能改變已構成核可免稅處分之既存事實，【蓋作為或不作為皆屬於單方行政行為】，就此立法先賢，必已預見行政主管機關會有怠墮、反覆無常，諉過於民之不當行政行為發生，致損及人民應受憲法保障之財產權或依法節稅權等等權利或利益之事實，而立此法條以為導正之本意，是為法之所當然。
況且關係本系爭案件適用「信賴保護原則」之原證已由本院員工依法向監察院聲請於民國八十八年十月二日獲得，茲摘錄桃園縣稅捐稽徵處大溪分處於民國八十年四月八日駁回檢舉訴願人之釋示全案如下：「主旨：台端建議改進本轄中山科學院給付薪資等給與核課綜合所得稅未盡合理乙節，覆如說明二，請查照。
說明：一、依據財政部賦稅署八十年一月四日日台稅一發第000000000號移文單辦理。
二、查國防部中山科學研究院稱其員工薪資分成本俸及研究加給兩部份，本俸依法課稅；
至於研究加給係政府為獎勵科技人員科技研究工作之補助費，此研究補助費台端建議應改成單一薪俸核課綜合所得稅，以健全所得稅制，此案俟所得稅法修正時，將一併建議上級單位參採。
三、承蒙台端提供寶貴意見，使所得稅制俞臻．．．」揆諸上述釋示，足證當時負責中山科學研究院國稅稽徵業務之桃園縣稅捐稽徵處大溪分處，再度明確認定中科院非軍職員工所領之研究補助費為合於所得稅法第四條第八款前段免稅規定為免稅之所得，而以極其委婉之口氣駁回檢舉訴願人的檢舉訴願，而檢舉訴願人亦認為係駁回其檢舉訴願，因桃園稅捐稽徵處並未就其檢舉而對中科院本身或非軍職員工納稅義務人，依稅捐稽徵法第三十條、第三十一條及所得稅法第七十九條、第八十條、第八十一條、第八十三條、第九十五條所賦於的法定職權為調查核定，開立核定稅額通知書、繳款書與非軍職員工，命其為補繳之行政行為，此可由監察院民國八十五年三月十五日所發佈之糾正案第參項甲事實第四段所記述：「．．．八十一年九月又有納稅義務人檢舉略以：『政府財政負擔沈重，中科院給付非軍職人員所得有低報，造成課稅不公，請研究改進，以增裕稅收．．．』之實情而將此檢舉獨立為第二次行政處分證。
因之斯時財政部及核課主管機關以其法定職權，從民國五十五年至民國八十二年長達二十七年之久，所以對中科院非軍職員工所領「品位加給、技術津貼」部份未以核定稅額通知書為應稅之補徵作為，實是認定系爭實體，為合於所得稅法第四條第八款前段為免稅所得，核課主管稽徵機關及其上級督導機關的內在行政思維與外在的行政作為是內外表理相一致，殆無疑義。
就訴願法第二條中央或地方機關基於職權，就特定具體事件所為發生公法上效果之單方行政行為，為行政處分的明確定義而言，已構成核定免稅之既存法秩序，而被告機關故意隱瞞此一事實，意圖使鈞院誤判。
（二）行政程序法及裁判實務均支持信賴保護原則之適用鈞院在對中科院數千份判決書中，對信賴保護原則的定義皆心證如下：「經查，行政法上所謂信賴保護原則，係指人民因想信既存之法秩序，而安排其生活或處置其財產，則不能因嗣後法規之制定或修正，而使其遭受不能預見之損害，用以保護人民既得權益。
本原則之適用，係在禁止新制定或修正的法規有溯及既往之效力。」
、「至所稱信賴保護原則，係指人民信賴政府機關之決定，就其生活關係已有適當之安排，應給予保護或給予合理補償而言。」
，是以鈞院亦已明確認定行政爭訟上有信賴保護原則之適用。
復據民國八十八年二月三日新公佈之行政程序法第一一八條：「違法行政處分經撤銷後，溯及既往失其效力。
但為維護公益或避免受益人財產上之損失，為撤銷之機關得另定失其效力之日期。」
等法條已將上述信賴保護原則，具體化規範。
（三）就稅捐稽徵法第一條之一立法旨意，北區國稅大溪審第八三○○一二七二號函、財政部（六十八）台財稅三八五○一號函及行政院八十四財三七○○七號函（又皆未依中央法規標準法第七條之規定送立法院備查）對中科院非軍職人員無拘束力，因此三函所依據之財政部（六十八）三八五○一號函違憲違法如前述，政府機關施政最忌反覆無常，憲法層次「禁反言」原則，具有拘束立法、司法、行政三者之效力。
（四）一般人民及輿論皆為中科院非軍職人員抱屈工商時報於民國八十七年十月十二日刊出記者張國仁以【為國家奉獻心力，卻被指為漏稅之徒】之新聞分析，可證人民充分信賴中科院非軍職人員所領「品位加給、技術津貼」為免稅之研究補助，殆無疑義，行政法院院長鍾曜唐先生亦認為系爭所得，應由國防部與財政部出面協商解決。
（五）監察院在（八十五）院台財字第二四五七號函中，亦調查指出桃園縣稅捐稽徵處大溪分處於八十年四月八日回覆檢舉納稅義務人，亦認為研究加給係政府為獎勵科技人員科技研究工作之補助費（對人民公開承認），而北區國稅局於八十二年四月十五日北區國稅三第八二○○七三○七號函認「品位加給及技術津貼」可否適用所得稅法第四條第八款，亦有疑義．．．應採不溯既往原則，明定自．．．所以本案未納稅，非可歸責於納稅義務人；
又監察院分別於民國八十七年十一月二十日（八十七）院台財字第八七二二○○五八○號、及十二月二十二日（八十七）院台財字第八七二二○○六五八號函亦表明對中科院非軍職員工之處置顯非公平，而係中科院及稅捐機關之行政疏失所致；
就桃園縣稅捐稽徵處大溪分處於八十年四月八日函覆檢舉人之函，中科院非軍職人員主觀上並無違章漏稅之故意，應享有「信賴保護原則」之適用，因其為主管機關對人民之函示，非政府機關內部建議函，對外發佈，則發生法律效果。
（六）查新行政訢訟法第一百三十三條：「行政法院於撤銷訴訟，應依職權調查證據，於其他訴訟，為維護公益者，亦同。」
的立法理由第二條：「撤銷訴訟之當事人，一為公權力主體之政府機關，一為人民，兩造不僅有不對等之權力關係，且因政府機關之行政行為恆具專門性、複雜性及科技性，殊難為人民所瞭解。
又政府機關之行政行為，每涉及公務機密，人民取得有關資料亦屬不易，為人民因無從舉證而負擔不利之效果，爰規定行政法院於撤銷訴訟應依職權調查證據，以資解決。
又行政訴訟以保障人民權益及確保行政權之合法行使為主要目的，故遇與公益有關之事項，行政法院亦應依職權調查證據，期得實質之真實。」
明白闡明人民對政府機關行政決定證據之知悉與獲得之困難跟無奈。
其後原告所以得知，是因被追繳補稅後，方如夢初醒，而開始自行收集各機關有關公文，仔細研析整理得出系爭案件第一次獨立行政處分發生於民國六十八年，如財政部賦稅署八十八年一月十八日台稅一發第八八一八九五八二一號書函所明載：「．．．肇始於六十八年由該院員工具名檢舉該院非軍職員工所領取【品位加給】及【技術加給】未依法納稅：迭遭人檢舉：」之事實證據，證明本系爭案件系由人民依所得稅法第一○三條檢舉，但財政部為配合獲得國防實質嚇阻戰略能力而有台財稅三八五○一號函授權中科院自行認定之作為，並未於法定期間內滿足檢舉訴願人領取檢舉獎金的權利，復又損及中科院非軍職員工依法節稅權、工作選擇權、生涯規劃財產處置權，已符合訴願法第二條、新的行政訴訟法第二百零一條行政處分的要件，已構成核可的免稅行政處分十餘年如前述，殆無疑義；
而第二次獨立行政處分發生於民國八十年四月八日，負責中科院國稅稽徵業務的地方機關桃園縣稅捐稽徵處大溪分處（被告機關北區國稅局尚未成立）於八十年一月二十六日約談中科院，經中科院派員向承辦人羅肇松先生解釋未扣稅引用法條後，羅先生表示理解，並願意摘錄要點向財政部賦稅署回報；
更於同年四月八日以載明：「．．．研究加給係政府獎勵科技人員科技研究之工作補助費．．．」的釋示公函，再度婉轉駁回檢舉訴願人的檢舉訴願，並以其法定職權不開立核定稅額通知書補徵中科院所核發之研究補助（即品位加給或技術津貼），此一具有公法上效果之單方行政行為，則非僅止於默示免稅而已，實系核課主管機關依其法定職權，積極確認系爭研究補助是屬所得稅法第四條第八款前段為獎勵研究而有免稅之適用，故由此可見長久以來該管核課稅捐機關之所以不作為，也是因此見解而為之一確認之「不作為行政處分」，核課主管機關及其上級機關內在的行政思維與外在的行政行為是內外表裏相一致的（蓋作為或不作為俱屬單方行政行為），復就監察院（八十五）院台財字第二四五七、第二七六七號函函復納稅義務人及行政院之調查報告第四段：「．．．：是本案未依法納稅，非可歸責納稅義務人，而係中科院及稅捐稽徵機關之行政疏失。」
而被告上級督導機關財政部於民國八十五年十二月伍日發文之台財梲第八五一九二八○九一號函中說明第三段：「．．．參照大法官會議釋字第二七五號解釋，非可歸責於納稅義務人：：」亦明確證明桃園縣稅捐稽徵處大溪分處民國八十年四月八日代再審原告防禦抵擋來自檢舉訴願人的檢舉攻擊之單方行政行為，非出自受益人（再審原告）以詐欺、脅迫、或賄賂方法，或提供不正確資料或不完全陳述而得，再者受益人為善良以科技報國之國民，信賴同為行政主管機關之國防部及軍事機關中科院之法律主張，理屬自然，故亦無明知行政處分違法或因重大過失而不知者之情事可言，已證如前述主管機關之公函。
如依據鈞院就「信賴保護原則」所為「．．．人民想信既存之法秩序．．．」「．．．人民信賴政府機關之決定．．．」的意旨，則既存之法秩序與政府機關之決定，已因有權解釋機關所為之行政處分而確立，致原告中科院非軍職員工想信此一既存之法秩序，信賴此一政府機關之決定，而安排其生活或處置其財產，則核課機關及其上級督導機關事後因主管人事之更替而認知有所不同，而改為核課之應納所得，也不能因嗣後法規、命令之制定或修正，使原告遭受不能預見之損害，以保護人民即原告之既得權益。
而在此原則之適用下可知，縱然法令有所為的追溯規定，但因已明確的禁止新制定或修正法規、命令有溯及既往之效力，使人民更為不利，舉重所以明善良第三者即原告受益人既無行政程序法第一一九條所訂「信賴不值得保護」之情事，則第一一八條「違法行政處分經撤銷後，溯及既往失其效力：：」之拘束自應生效，是故第三次獨立之行政處分即被告所屬大溪稽徵所以八十三年一月二十二日北區國稅大溪審第八三○○一二七二號函件通知、八十四年八月十四日台財稅第八四一六四一四一八號函釋暨行政院秘書長八十四年十月十七日台八十四財三七○○七號函釋，撤銷民國八十年四月八日桃園縣稅捐稽徵處大溪分處之行政處分，核定系爭所得(品位加給或技術加給)為應納稅之重新認定，應於新處分作成之後方能發生效力，不能驟然推翻前面既有法秩序，方足以維持人民對法秩序的信賴。
而原告爭執的是七十九年之所得稅，應有此信賴保護之適用，自不待言。
被告機關刻意隱瞞此一對再審原告有利之事實，尚祈鈞院依新的行政訴訟法第一三三條：「行政法院於撤銷訴訟，應依職權調查證據．．．」等規定，調查就舊訴願法第二條、新的訴願法第三條、行政程序法第九十二條行政處分的定義所形成的既存之法秩序及政府機關的決定之事實，並依新行政訴訟法第二五三條但書第三款：「．．．涉及公益或影響當事人權利義務重大，有行言辭辯論之必要者。」
舉行言詞辯論後，據行政程序法第一一八條：「違法行政處分撤銷後，溯及既往失其效力。
但為維護公益或為避免受益人財產上之損失，為撤銷機關得另定失其效力之日期。」
，請求廢棄原判決等語。
再審被告答辯意旨略以：一、按「左列各種所得，免納所得稅：．．．八、中華民國政府或外國政府，國際機構，教育、文化、科學研究機關、團體、或其他公私組織，為獎勵進修、研究或參加科學或職業訓練而給與之獎勵金及研究、考察補助費等。
但受領之獎學金或補助費，如係為授與人提供勞務所取得之報酬，不適用之。」
，「一、凡依職級按月定額發給者，應屬各該研究人員之薪資所得，應於給付時應依法辦理扣繳，所得人並應於年度結算申報時合併申報課稅。
二、如係按研究計劃個案給付、並非通案按職級按月給付者，則為研究補助費，依法可免納所得稅。
三、如屬第一種情形，中科院以往未依法扣繳，所得人以往年度亦未申報納稅者，應即請中科院轉知各所得人自行向稽徵機關補報並補繳應納稅款，可免予處罰，六十九年一月起，中科院應於給付時依法扣繳，所得人應於每年終後合併申報綜合所得稅。
四、本案經報奉行政院六十八年十一月八日台六十八財第一一二○四號函准予備查在案。」
，「中科院給付非軍職人員「科技品位加給」暨「技術津貼」之所得稅徵免原則，仍請依本部六十八年十一月三十日台財稅第三八五○一號函辦理。」
分別為所得稅法第四條第八款所規定及財政部六十八年十一月三十日台財稅第三八五○一號函、八十四年八月十四日台財稅第八四一六四一四一八號函釋在案。
次按「中科院給付非軍職人員之科技品位加給暨技術津貼，免扣繳所得稅一案，與現行法令規定不合，奉示：本案應依法課徵所得稅：至追課以往年度所得部分，請洽商財政部妥為處理．．．。」
亦為行政院秘書長八十四年十月十七日台八十四財三七○○七號函釋在案。
經查中科院之預算雖分別依計畫編列人事費支應其員工之各項給與，但實際上領受「科技品位加給」或「技術津貼」之非軍職人員，無論配屬之單位或參與不同計畫，悉依該院所訂「科技人員品位加給支給標準表」、「技術員薪給標準表」之等級，每月按級定額領取「科技品位加給」或「技術津貼」。
該院與其聘僱人員之約定事項亦載明所指薪給，除實物代金及眷補費外，包括全部給與，是以該院非軍職人員所領受之「科技品位加給」或「技術津貼」，核屬其因提供勞務所取得之報酬，另被告機關於八十二年間曾派員前往該院現場瞭解結果，該院支付非軍職人員之「科技品位加給」及「技術津貼」係採按月給付方式，是依前揭法條及函釋規定，原核定以系爭薪資所得（研究補助費或品位加給）二一○、五五八元，併課當年度綜合所得額，核定應補稅額一三、一○六元，要無不合，請予維持。
又本件核定發單補徵稅款，並未逾前揭捐稽徵法第二十一條所定核課期間，再審原告所稱基於信賴利益不宜追溯補徵等節，殊無足採。
另再審原告訴稱依所得稅法九十四條第一項規定，扣繳義務人即中科院主辦會計，有先行代納之義務，國稅局直接向中科院非軍職員工追課，有違該條法定之程序正義乙節，惟按「凡有中華民國來源所得之個人，應就其中華民國來源之所得，依本法規定，課徵綜合所得稅。」
、「納稅義務人應於每年二月二十日起至三月底止，填具結算申報書，向該管稽徵機關，申報其上一年度內構成綜合所得總額．．．，以及有關減免、扣除之事實，並應依其全年應納稅額減除暫繳稅額及尚未抵繳之扣繳稅額，計算其應納之結算稅額，於申報前自行繳納。
．．．。」
分別為所得稅法第二條及第七十一條第一項所明定。
是本件再審原告既有前揭規定之應稅所得，即應依法合併申報綜合所得稅，其未依規定合併申報，被告機關據以併課補徵，要無不合。
再審原告所訴原判決「適用法規錯誤」之理由，僅為其法律上見解之歧異，要難謂符合修正前行政訴訟法第二十八條第一款規定之要件，請求駁回再審原告之訴等語。
理 由
按行政訴訟法第二百七十三條第一項第一款即修正前行政訴訟法第二十八條第一款所謂適用法規顯有錯誤，係指原判決所適用之法規與該案應適用之法規相違背，或與解釋、判例有所牴觸者而言，至於事實之認定或法律上見解之歧異，難謂為適用法規顯有錯誤。
本件再審原告七十九年度綜合所得稅結算申報，再審被告以其漏報取自中科院之薪資所得二一○、五五八元，乃核定補徵稅額一三、一○六元，再審原告不服，循序提起行政訴訟，為原判決駁回後，復以原判決有修正前行政訴訟法第二十八條第一款之再審事由，提起再審之訴，略謂：財政部六十八年台財稅三八五○一號函及行政院台八十四財三七○○七號函，未編入財政部稅制委員會編印之所得稅彙編，應屬無效之函示，不得適用。
自六十八年稽徵機關函示徵免原則以來，中科院依徵免原則認定免稅，主管機關之默示此部分免稅，應有信賴保護原則之適用。
且扣繳義務人未履行扣繳義務，依所得稅法第九十四條第一項之規定，應由扣繳義務人補繳，被告直接向原告追繳，有違上開規定。
又所得稅法係所得稅之特別法，應優先於稅捐稽徵法而適用等語。
惟查憲法第一百六十五條係規定教育科學藝術工作者生活之保障，與憲法第十九條規定人民有依法律納稅之義務，兩者併行不悖。
前者要求政府依國民經濟進展之情形，隨時提高教育科學藝術工作者之待遇；
但並不因此免除該類人員依法納稅之義務。
因此，除非法律明定得免納稅義務者外，稅捐單位對之課徵各類稅款，無違憲法第十九條、第一百七十一條及中央法規標準法第十一條之規定。
從而，中科院不論依何法源設立，其所屬人員是否具有等同軍人之身分，除非法律明定免徵綜合所得稅外，自不得解免其納稅之義務。
又行政法上所謂信賴保護原則，係指人民因相信既存之法秩序，而安排其生活或處置其財產，則不能因嗣後法規之制定或修正，而使其遭受不能預見之損害，用以保護人民之既得權益。
本原則之適用，係在禁止新制定或修正法規有溯及既往之效力。
本件中科院之預算雖分別依計畫編列人事費支應其員工之各項給與，但實際上領受「品位加給」或「技術津貼」之非軍職人員，無論配屬之單位參與不同計畫，均依該院所訂「科技人員品位加給支給標準表」、「技術員薪給標準表」之等級，每月按級定額領取科技品位加給或技術津貼。
且該院與其聘僱人員之約定事項亦載明所指薪給，除實物代金及眷補費外，包括全部給與，其非軍職人員所領受之科技品位加給或技術津貼，核屬因提供勞務所取得之報酬，應無行為時所得稅法第四條第八款免納所得稅規定之適用。
況財政部臺灣省北區國稅局於八十二年間派員前往該中科院瞭解結果，其支付非軍職人員之科技品位加給及技術津貼確係按月給付方式，復經中科院八十一年十一月三日（八十一）訓誠字第一六八七三號函致再審被告，說明該院各類薪資扣繳所得稅狀況：「以該院於年度開始即訂有各項研究計畫，並按照研究計畫逐月實施。
各項研究計畫除一般經費外，為獎勵科技人員竭盡心智參與研發工作，另編列研發人員研究補助費及技術津貼。
為便利作業，研發人員研究補助費係採按月發放方式，再經由成本歸戶手續，回歸計畫預算內（研究補助費採個案給付，必將增加人力及作業之負擔，不符經濟效益）」等語。
足見中科院給付非軍職員工之品位加給及技術津貼之所得，屬經常性研究補助費給與，且依職級按月定額支給，為提供勞務所取得之報酬，依首揭規定，核非免稅之薪資所得，再審被告依法發單補徵稅款，並未逾稅捐稽徵法第二十一條所定核課期間，於法並無不合，且尚不違背法律不溯既往原則。
而所得稅法之有關規定一直未變更，僅補充解釋該稅法之行政院及財政部之函釋變更，未及於法規之制定或修正，則上開函釋之變更應追溯至所得稅法頒布時生效適用，自無行政法信賴保護原則之適用。
另納稅義務人如有所得稅法第十四條第一項各類之所得，即應依同法第七十一條規定申報納稅，而所得稅法第九十五條之規定，僅係為加強課稅資料之正確性，授予稽徵機關調查及督促扣繳義務人對於扣繳報告之確實，是尚不因稽徵機關未為調查或督促扣繳義務人，即認納稅義務人就其取得之所得不負申報納稅之義務，從而，原判決駁回再審原告於前訴訟程序之訴，其所適用之法規與應適用之法規並無違背，亦與解釋判例未有牴觸，自無適用法規顯有錯誤之情形。
至於再審原告於再審之訴主張再審被告未依所得稅法第九十四條第一項之規定，由扣繳義務人補繳，係屬違法等理由，為原判決所不及審酌，亦難據此認原判決為違法。
綜上所述，再審原告所訴，衡屬其個人法律見解之歧異，尚難認原判決有再審原告所指適用法規顯有錯誤之再審事由，再審之訴為無理由，應予駁回。
又本件事證已臻明晰，無行言詞辯論之必要，中科院亦非本件訴訟標的必須合一確定者或因本件撤銷訴訟之結果，其權利或法律上之利益，將受損害者，自無庸命其參加，併予敘明。
據上論結，本件再審之訴為無理由，爰依行政訴訟法施行法第二條，行政訴訟法第二七十八條第二項、第二百八十一條、第九十八條第三項前段，判決如主文。
中 華 民 國 九十 年 二 月 八 日
最 高 行 政 法 院 第 三 庭
審 判 長 法 官 曾 隆 興
法 官 劉 鑫 楨
法 官 徐 樹 海
法 官 鄭 淑 貞
法 官 林 家 惠
右 正 本 證 明 與 原 本 無 異
法院書記官 陳 盛 信
中 華 民 國 九十 年 二 月 八 日
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