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臺北高等行政法院判決
106年度訴字第1743號
107年5月24日辯論終結
原 告 新世紀資通股份有限公司
代 表 人 徐旭東
訴訟代理人 陳惠明會計師
林瑞彬 律師
被 告 財政部臺北國稅局
代 表 人 許慈美
訴訟代理人 廖垂蓁
上列當事人間營利事業所得稅事件，原告不服財政部中華民國106年10月24日發文字號台財法字第10613944510號（案號：第10601265號）訴願決定，提起行政訴訟，本院判決如下：
主 文
原處分關於否准原告列報102年度前10年核定虧損扣除額新臺幣壹億零捌佰捌拾肆萬貳仟柒佰壹拾肆元，及對原告補徵稅額新臺幣壹仟捌佰伍拾萬參仟貳佰陸拾壹元部分，暨該部分訴願決定均撤銷。
訴訟費用由被告負擔。
事實及理由
一、程序事項：按「（第1項）訴狀送達後，原告不得將原訴變更或追加他訴。
但經被告同意或行政法院認為適當者，不在此限。
（第2項）被告於訴之變更或追加無異議，而為本案之言詞辯論者，視為同意變更或追加。
（第3項）有下列情形之一者，訴之變更或追加，應予准許：……二、訴訟標的之請求雖有變更，但其請求之基礎不變。
……」行政訴訟法第111條第1、2項及第3項第2款分別定有明文。
原告提起本件訴訟時，原係聲明求為判決：訴願決定、原處分（即被告民國106年8月1日財北國稅法一字第1060030159號復查決定）有關否准列報102年度前10年核定虧損扣除額新臺幣（下同）108,842,714元暨調整93至99年度發生尚未扣除之核定虧損5,573,333,397元部分均撤銷；
嗣先於107年3月7日，具狀變更聲明為：㈠訴願決定及原處分有關否准列報102年度前10年核定虧損扣除額108,842,714元（應納稅額為18,503,261元）均撤銷。
㈡被告應確認原告截至102年底尚可於各該虧損發生年度（93至99年度）後10年內扣除未來年度純益額為5,573,333,397元；
復於本院言詞辯論期日，撤回前述第㈡項聲明。
經核原告變更前後之聲明，均係主張原處分否准其列報102年度前10年核定虧損扣除額部分為違法，求為判決撤銷，故請求基礎事實不變，被告亦無異議而為本案之言詞辯論，揆諸前揭規定，原告所為訴之變更，應予准許，合先敘明。
二、事實概要：原告102年度營利事業所得稅結算申報，列報前10年核定虧損本年度扣除額（下稱虧損扣除額）1,544,333,836元（包括92年虧損數112,674,111元及93年虧損數1,431,659,725元）。
被告原暫依申報數核認，嗣經通報，以原告分別於98及101年度，以現金為對價，簡易合併數位聯合電信股份有限公司（下稱數位聯合公司）及數位互動行銷股份有限公司（下稱數位互動公司），合併後以原告為存續公司，應適用行為時企業併購法第38條第1項規定，盈虧互抵期限以5年為限，乃重行核定虧損扣除額為1,435,491,122元，併同其餘查核結果，核定全年課稅所得額108,842,714元、應補稅額18,503,261元，並依所得稅法第100條之2規定加計利息124,367元。
原告不服，申請復查，經被告於106年8月1日以原處分駁回，提起訴願復經決定駁回，遂提起本件行政訴訟。
三、原告主張：㈠所得稅法第39條規定之立法理由，係考量以年度為所得或虧損之計算週期，無法詳實反應營利事業跨年度或長期之實際獲利狀況，尤其不同產業受景氣循環影響下，各年度獲利、虧損之波動更為明顯，故藉由該規定，使營利事業租稅負擔更能貼近其真實納稅能力，以符量能課稅原則；
該條於98年1月21日修正，復為提高企業競爭能力及促進稅制公平合理，並考量永續經營及課稅能力之正確衡量，將原本得扣除「前5年」之虧損，放寬為「前10年」虧損。
又該條但書規定限定適用對象為會計憑證完備公司，係考量申報之正確性，故排除其他公司，並非給予該等公司租稅獎勵。
伊為固網電信業者，營業初期虧損期限較長，102年度營利事業所得稅申報，適用所得稅法第39條規定，將前10年內各期虧損於本年度純益額中扣除，並無違誤。
伊於98及101年間，雖分別以現金為對價，簡易合併數位聯合公司（合併消滅前為原告持股90.24%之子公司）及數位互動公司（合併消滅前為原告持股90.57%之子公司），惟伊為吸收合併之存續公司，租稅申報主體並未更迭，如不准伊前10年營運初期之虧損於嗣後純益額中扣除，自有違所得稅法第39條規定之立法精神。
㈡行為時企業併購法第38條第1項（現行企業併購法第43條）有關合併前虧損之扣除規定，立法目的係為利企業以併購方式進行組織調整，排除各種法律對於企業併購之障礙，維持租稅中立，就所得稅法第39條虧損扣除金額，為避免專以享受虧損扣除而進行併購之行為，方採按參與合併公司股東占合併後存續公司股權比例計算，限縮得由合併存續公司承受扣除之金額，而扣除年限則與立法時所得稅法第39條虧損扣除之5年期限一致，足證立法意旨仍維持所得稅法虧損扣除年限，僅以股東持股比例計算，限縮存續公司得承受之虧損數額。
所得稅法第39條於98年1月21日將不合時宜之法令修正後，即有26名立法委員提案，修正行為時企業併購法第38條，將公司虧損互抵期限由5年延長為10年，與會之財政部官員亦表贊同。
是企業併購法之修法時程雖落後於所得稅法，財政部卻未本諸納稅者權利保護法第3條規定，發布函釋以補正法律原意，被告復未參酌企業併購法之修正提案內容，逕認伊102年度營利事業所得稅申報之虧損扣除，仍應適用不合時宜之行為時企業併購法第38條規定，使所得稅法第39條為與時俱進而修法之美意無法落實，反造成行為時企業併購法第38條立法意旨擔心之併購所導致租稅障礙，自非立法者之本意。
㈢行為時企業併購法第38條第1項，係規定於公司合併之情形，「得」將各參與合併公司於合併前虧損按各該公司股東之股權比例計算扣除，則當適用該規定，反造成租稅障礙時，伊自有權選擇放棄適用，而回歸所得稅法第39條盈虧互抵10年，方符企業併購法之意旨。
縱被告將「得」字解為「應」，致伊無法捨棄適用行為時企業併購法第38條，該規定既僅規範參與合併公司前5年之虧損如何繼受，對於前6至10年之虧損應如何處理則未規定，參酌行為時企業併購法第37條，合併既不影響公司繼續承受自身之租稅獎勵，故伊回歸適用所得稅法第39條規定之機會應予保留，方屬合理。
㈣伊於98間及101年間以現金為對價，簡易合併數位聯合公司及數位互動公司後，該2公司即消滅，伊為存續公司，並由伊原股東持有合併存續公司100%之股份。
至於系爭虧損，皆係伊92至99年度營業所產生，且各該年度營利事業所得稅結算申報，皆經被告核定虧損，故非來自合併消滅公司之虧損扣除額，自非行為時企業併購法第38條所欲防杜之專以享受虧損扣除而進行之併購，被告所給予租稅待遇不應與伊子公司直接解散清算方式有別，否則有違租稅中立原則。
又伊於合併前淨值約257億元，消滅之數位聯合公司及數位互動行銷公司淨值分別約32億元及44,549,777元，被告單憑伊合併規模僅為伊12%及0.2%之子公司，即剝奪伊本身鉅額盈虧互抵之財產權，有違憲法保障人民財產權之意旨及比例原則。
至最高行政法院104年度判字第700號判決，涉及之企業合併案，合併基準日在所得稅法第39條於98年1月21日修正之前，故為合併後存續公司之該案上訴人，於合併基準日尚未享有所得稅法第39條第1項所定延長為10年之租稅權益；
且該合併案為股份對價合併，得依行為時企業併購法第38條規定，選擇按股權比例計算存續公司得適用虧損扣抵之租稅權益，與本件原告與其他公司合併基準日已在所得稅法第39條修正之後，且採取以現金為對價之合併，並係以自身於合併前之虧損申報扣抵者，情節不同，於本案中自無從比附援引。
㈤並聲明：原處分關於否准列報102年度前10年核定虧損扣除額108,842,714元（應納稅額為18,503,261元）及該部分訴願決定均撤銷。
四、被告抗辯：㈠依企業併購法第2條第1項及中央法規標準法第16條規定，公司之併購，企業併購法係居於優先適用之特別法地位，該法未規定者，始適用其他法律之規定。
行為時企業併購法第38條第1項規定，合併後存續公司辦理營利事業所得稅結算申報，得將各該參與合併之公司於合併前經該管稽徵機關核定尚未扣除之前5年內各期虧損，按各該公司股東因合併而持有合併後存續或新設公司股權比例計算之金額，自虧損發生年度起5年內從當年度純益額中扣除。
原告分別於98及101年度進行簡易合併，並以其為合併後存續公司，是申報虧損扣除，應優先適用行為時企業併購法第38條第1項規定。
則被告以原告申報102年度營利事業所得稅時，僅得繼受參與合併公司前5年之虧損，即以97年度以後為限，原列報92及93年度虧損數抵減，核已逾盈虧互抵期限，97年度以後之虧損數合計2,169,979,753元，除已供101年度營利事業所得稅扣抵734,488,631元外，僅餘1,435,491,122元可供102年度列報扣除，故將差額108,842,714元剔除，核定本年度虧損扣除額1,435,491,122元，並無不合。
㈡行為時企業併購法第38條第1項明定，對於公司合併之情形，存續公司辦理營利事業所得稅結算申報時，各該參與合併之公司於合併前經稽徵機關核定尚未扣除之虧損，僅限於前5年內之各期虧損，得從當年度純益額中扣除，自應優先適用，尚無得適用所得稅法第39條規定，亦不因其虧損數全來自併購者而有差別，原告主張可選擇捨棄行為時企業併購法第38條規定，適用所得稅法第39條規定，或就舊法未規範之6至10年虧損，亦應得依所得稅法第39條規定予以保留，並非可採。
況參諸最高行政法院就相同案例作成之104年度判字第700號判決，可知公司合併與否，或合併後由何公司存續或消滅，均由合併雙方決定，若不合併，依修正後所得稅法第39條扣除前10年內虧損之效益較大，亦由該等公司選擇決定之，原告既選擇合併，應已就其企業合併後之經營效益有所衡量，是原告再予爭執不適用行為時企業併購法第38條第1項規定，而應適用或類推適用新修正所得稅法第39條10年虧損扣除期間之規定，核非有據。
㈢企業併購法配合所得稅法第39條修正，將上述虧損扣除之適用年限由5年修正為10年（第43條第1項），固經立法院於104年7月8日修正通過，然該法明訂自公布後6個月施行，修正之新法並無溯及效力之規定，基於法律不溯及既往及實體從舊原則，被告對原告102年度營利事業所得稅申報，仍應依行為時企業併購法第38條第1項規定辦理。
又依行為時企業併購法第38條第1項規定，不論公司以何種方式合併，虧損扣除年限皆受5年限制，是被告對原告於該規定修正前，以現金收購方式與其他公司合併後，以存續公司身分申報虧損扣抵，依行為時規定核認得扣除之虧損以5年為限，與租稅法定主義並無不合。
且被告原雖依原告申報數核定，嗣因查得原告分別於98及101年度與數位聯合公司及數位互動公司簡易合併後為存續公司，應優先適用行為時企業併購法第38條第1項規定，為維持課稅公平之原則，基於公益上理由，在核課期限內再行核定開徵，合於稅捐稽徵法第21條規定。
㈣並聲明：駁回原告之訴。
五、如事實概要欄所載之事實，有原告102年營利事業所得稅結算申報書、原核定通知書、更正核定通知書、核定稅額繳款書、原處分書及訴願決定書，附原處分卷第152至209、522、521、519、547至551、556至567頁可稽，且為兩造所不爭執，堪信為真實。
六、經核本件爭點為：被告對原告102年度營利事業所得稅結算申報，列報前10年虧損扣除額，以原告曾於98及101年度，與其他公司合併，應適用行為時企業併購法第38條第1項規定為由，將虧損發生年度超過5年之92、93年度虧損數否准認列，並對原告補徵稅額18,503,261元，有無違誤？經查：㈠按「以往年度營業之虧損，不得列入本年度計算。
但公司組織之營利事業，會計帳冊簿據完備，虧損及申報扣除年度均使用第77條所稱藍色申報書或經會計師查核簽證，並如期申報者，得將經該管稽徵機關核定之前10年內各期虧損，自本年純益額中扣除後，再行核課。」
98年1月21日修正之所得稅法第39條第1項定有明文。
次按行為時即91年2月6日制定之企業併購法第38條第1項規定：「公司合併，其虧損及申報扣除年度，會計帳冊簿據完備，均使用所得稅法第77條所稱之藍色申報書或經會計師查核簽證，且如期辦理申報並繳納所得稅額者，合併後存續或新設公司於辦理營利事業所得稅結算申報時，得將各該參與合併之公司於合併前經該管稽徵機關核定尚未扣除之前5年內各期虧損，按各該公司股東因合併而持有合併後存續或新設公司股權之比例計算之金額，自虧損發生年度起5年內從當年度純益額中扣除。」
上述2條文中，後者係針對合併後存續或新設公司於辦理營利事業所得稅結算申報時，如欲列報各參與合併公司於合併前經該管稽徵機關核定尚未扣除之先前年度虧損時，應符合之要件（即各該參與合併之公司，其虧損及申報扣除年度之會計帳冊簿據皆應完備，並均使用所得稅法第77條所稱藍色申報書或經會計師查核簽證，且如期辦理申報並繳納所得稅額），及其所得列報各參與合併公司於合併前虧損扣除額之計算方式（即按各該公司股東因合併而持有合併後存續或新設公司股權之比例計算之金額，自虧損發生年度起5年內從當年度純益額中扣除）等事項，所作規定，故與前者係規定單一公司申報扣除其本身以往年度營業虧損，應具備之條件，不涉及複數公司之營業虧損應如何計算扣除者，所規範事項並非相同。
揆諸中央法規標準法第16條，係規定：「法規對其他法規所規定之『同一事項』而為特別之規定者，應優先適用之。
……」前揭2條文所規範事項既非相同，其間自不生特別法與普通法之關係，並無何者應優先適用之問題，而應視個案之具體情形，符合何一條文之構成要件，決定應適用之規定。
㈡經查：⒈原告與其持股比例達90.24%之子公司即數位聯合公司，於97年12月3日分別經董事會決議，同意依企業併購法第19條規定進行簡易合併，即由原告以每股18.3元之現金作為對價，吸收合併數位聯合公司，原告為存續公司，數位聯合公司為消滅公司，合併基準日為98年3月16日；
原告嗣與其持股比例達90.57%之子公司即數位互動公司，於101年1月16日經各自之董事會決議，同意簡易合併，由原告以每股9.86元之現金作為對價，吸收合併數位互動公司，原告為存續公司，數位互通公司為消滅公司，合併基準日為101年3月31日；
又原告之原股東持有合併後存續公司100%股權，消滅之數位聯合公司與數位互動公司原股東並未持有合併後存續公司之股權等情，有原告與數位聯合公司97年12月3日董事會議事錄、該2公司簽訂之合併契約書、原告與數位互動公司所訂簡易合併契約書、公告於公開資訊觀測站網頁之原告合併數位互動公司訊息，附本院卷第114、115、118至127、185至196頁，及被告審查報告附可閱覽原處分卷第475、476頁可稽。
次查，原告與數位聯合公司、數位互動公司合併前，於92、93年度分別經核定虧損1,742,820,327元、1,927,985,959元，其於102年度營利事業所得稅結算申報，列報上述經核定92年度虧損數中之112,674,111元，及93年虧損數中之1,431,659,725元，合計1,544,333,836元，為虧損扣除額，另有被告審查報告附可閱覽原處分卷第465頁，及原告102年營利事業所得稅申報查核說明附本院卷第68頁足憑。
⒉由上可知，原告申報102年度營利事業所得稅時，雖已與數位聯合公司與數位互動公司合併，惟因該2消滅公司之原股東，未持有合併後存續之原告公司股權，是該等消滅公司於合併前之虧損，不符行為時企業併購法第38條第1項規定，得自存續之原告公司當年度純益額中減除之要件，原告於102年度列報之虧損扣除額，悉數為其本身經稽徵機關核定而尚未扣除之前10年內虧損，此一情形，因不涉及合併後存續或新設公司申報之虧損扣除額，倘包括參與合併之多數公司於合併前之虧損額時，各該公司之虧損額應如何計算扣除之問題，故無行為時企業併購法第38條第1項規定之適用，且原告係合併後之存續公司，於合併前後之法人格並無更易，其將本身於合併前經稽徵機關核定而尚未扣除之前10年虧損，於申報營利事業所得稅時列報扣除，與所得稅法第39條第1項之規定並無不符，是原告主張依所得稅法第39條第1項規定，將其經稽徵機關核定之前10年內（即92、93年度）虧損數，於102年度純益額中扣除，自非無據。
㈢被告雖援引企業併購法第2條第1項規定：「公司之併購，依本法之規定；
本法未規定者，依公司法、證券交易法、促進產業升級條例、公平交易法、勞動基準法、外國人投資條例及其他法律之規定。」
認公司之併購，企業併購法係屬特別法，依中央法規標準法第16條規定，行為時企業併購法第38條第1項，應優先於所得稅法第39條第1項而適用，不因虧損數全來自併購者而有差別；
原告因於98及101年度，與數位聯合公司及數位互動公司合併，則其於合併後以存續公司身分，申報102年度營利事業所得稅時，應優先適用行為時企業併購法第38條第1項規定，盈虧互抵期限以5年（即97年度以後）為限，原告原列報92及93年度虧損數抵減，已逾盈虧互抵期限，應予剔除，另因其97年度以後之虧損數合計2,169,979,753元，已供101年度營利事業所得稅扣抵734,488,631元，僅餘1,435,491,122元可供102年度列報抵減，故核定原告102年度虧損扣除額為1,435,491,122元，應補稅額為18,503,261元。
惟查：⒈行為時企業併購法第38條第1項，並非就所得稅法第39條第1項規定之同一事項所作特別規定，故不適用中央法規標準法第16條所定特別法優於普通法之原則，業已論述如前；
又原告辦理102年度營利事業所得稅結算申報，所列報前10年內虧損扣除額，全數為其自身於合併前之營業虧損，並不包括另2家合併後消滅公司之虧損額，故非屬行為時企業併購法第38條第1項所規範事項，依前引同法第2條第1項後段規定，就此該法未規定之事項，自應適用符合本件情形之其他法律，即所得稅法第39條第1項規定。
被告無視原告列報扣除之虧損額，均為其本身於合併前之營業虧損，與行為時企業併購法第38條第1項所規範情形並非相當，僅因原告於申報102年營利事業所得稅前，曾與另2家公司合併，即認應優先適用上開行為時企業併購法條文規定，而否准原告依所得稅法第39條第1項規定，列報超過5年之虧損扣除額，難認適法。
⒉況且，觀諸行為時企業併購法第38條第1項之立法理由：「公司併購前之虧損如一概不准扣除，將造成併購之租稅障礙，如完全許其扣除而不予限制，則又難以防杜專以享受虧損扣除而進行之併購。
為配合公司藉併購提升經營績效之趨勢，與考量公司之盈虧係由各股東依其持有股份比例承受，及基於公司併購適用虧損扣除之計算原則宜採一致性規範，爰參照金融機構合併法第17條第2項、促進產業升級條例部分條文修正草案第15條第4項規定，於本條明定公司合併、公司與外國公司合併及公司分割得適用虧損扣除之規定。」
可知其訂定之目的，在排除公司併購之租稅障礙，提高企業進行併購之誘因，藉以落實企業併購法第1條「為利企業以併購進行組織調整，發揮企業經營效率」之立法意旨，惟為避免公司專為享受虧損扣除而進行併購，造成弊端，故對各參與合併之公司得申報扣除之合併前虧損比例設有限制。
然而，所得稅法第39條第1項早在98年1月21日即已修正，將公司得申報扣除先前年度營業虧損數額之年限，由5年延長為10年，企業併購法卻遲至104年7月8日修正時，始基於「配合所得稅法第39條之修正，將公司組織之營利事業虧損互抵適用年限由5年延長為10年，爰修正第1項，延長各參與合併公司於合併前依法尚未扣除之各期虧損，得由合併後存續或新設公司計算虧損繼受扣除之年限規定。」
之理由，將行為時該法第38條第1項移列同法第43條第1項，且修正為：「公司合併，其虧損及申報扣除年度，會計帳冊簿據完備，均使用所得稅法第77條所稱之藍色申報書或經會計師查核簽證，且如期辦理申報並繳納所得稅額者，合併後存續或新設公司於辦理營利事業所得稅結算申報時，得將各該參與合併之公司於合併前，依所得稅法第39條規定得扣除各期虧損，按各該公司股東因合併而持有合併後存續或新設公司股權之比例計算之金額，自虧損發生年度起10年內從當年度純益額中扣除。」
已落後所得稅法第39條第1項之修正達數年之久。
如以被告所持見解，認為公司合併如發生於企業併購法104年7月8日修正增訂第43條第1項之前，即應一律適用行為時該法第38條第1項申報虧損扣除，所得稅法第39條第1項毫無適用餘地，勢將造成公司一經合併，原本得依上開所得稅法規定，列報之前10年內虧損扣除額中，超過5年部分，因必須適用行為時企業併購法第38條第1項規定之結果，反不得申報扣除，即公司竟因進行合併而產生租稅上之不利益，顯與前述行為時企業併購法第38條第1項之立法意旨有悖。
參諸行為時企業併購法第38條第1項，係規定合併後存續或新設公司於申報營利事業所得稅時，「得」將各該參與合併之公司於合併前經核定尚未扣除之前5年內各期虧損，按各該公司股東因合併而持有存續或新設公司股權比例計算之金額，自當年度純益額中扣除，可知立法者並非強制合併後存續或新設公司，必定應依循該規定申報扣除虧損；
則在企業併購法於104年7月8日修正增訂第43條第1項之前，如有與本件原告情形相同，即屬與他公司合併後存續之公司，且各參與合併之公司中，僅該存續公司有經稽徵機關核定尚未扣除之前10年內虧損，其餘消滅公司並無先前年度虧損可供扣除者，應容許該存續公司於申報營利事業所得稅時，選擇適用對其較為有利之所得稅法第39條第1項規定，以其自身經稽徵機關核定之前10年虧損，自本年純益額中扣除後，再行核課，如此方符合行為時企業併購法第38條第1項，即虧損扣除之相關法律規定，不得對公司合併造成租稅障礙之立法意旨，及該條文依其文義觀之，非屬強行規定之性質；
且因存續公司所列報扣除者為其本身於合併前之扣除額，亦不生公司合併係專為享受虧損扣除而為之疑慮。
再者，存續公司因於合併前後之法人格並無更易，故容許其將本身於合併前經稽徵機關核定而尚未扣除之前10年虧損，於申報營利事業所得稅時予以扣除，與所得稅法第39條第1項規定，亦無不合。
準此而論，原告辦理102年營利事業所得稅結算申報時，列報其自身於合併前經稽徵機關核定而尚未扣除之前10年內虧損額，主張依所得稅法第39條第1項規定予以扣除，應屬有據，被告將超過5年之虧損扣除額予以剔除，與行為時企業併購法第38條第1項避免合併對企業產生租稅障礙之立法意旨，及該條文非屬強制規定之本質，均有違背，自屬違誤。
㈣被告固另抗辯：依最高行政法院104年度判字第700號判決見解，公司合併與否，若不合併，依所得稅法第39條扣除前10年內虧損之效益較大，悉由該等公司選擇決定之，原告既選擇合併，應已就企業合併後之經營效益有所衡量，不得主張不適用行為時企業併購法第38條第1項，而應依所得稅法第39條第1項規定扣除前10年虧損；
另104年7月8日修正之企業併購法第43條第1項，依同法第54條規定，自公布後6個月施行，且無溯及適用之規定，基於法律不溯及既往及實體從舊原則，被告對原告102年度營利事業所得稅申報，仍應依行為時企業併購法第38條第1項規定辦理云云。
惟查，被告引用之最高行政法院104年度判字第700號判決，及同法院104年度判字第562號、103年度判字第703號、104年度判字第582號、106年度判字第707至709號等判決，均為該法院針對合併後存續或新設公司，於辦理年度營利事業所得稅結算申報時，列報按參與合併之數家公司股東於合併後持有存續或新設公司股權比例計算之前10年虧損，遭稅捐稽徵機關以不符行為時企業併購法第38條第1項規定為由，否准列報超過5年部分之虧損扣除額，循序提起行政訴訟，經高等行政法院判決駁回後，提起上訴，所為駁回上訴之判決，故皆涉及多數參與合併之公司於合併前之虧損應如何計算扣除之問題，而明顯不符所得稅法第39條第1項所定要件，與本件原告係以合併後存續公司身分，申報其自身於合併前經核定而尚未扣除之前10年內虧損，故無關複數公司之虧損額得予扣抵之比例，且與所得稅法第39條第1項規定尚無不合者，情節有別，無從比附援引，被告執以抗辯：原告既選擇合併，應已就企業合併後之經營效益有所衡量，不得主張不適用行為時企業併購法第38條第1項，而應依所得稅法第39條第1項規定扣除前10年虧損云云，尚非可採。
再者，原告辦理102年度營利事業所得稅結算申報，列報其本身經稽徵機關核定而尚未扣除之前10年內虧損，為當時有效施行之所得稅法第39條第1項規定所許，且未違反行為時企業併購法第38條第1項規定，業如前述。
故被告對原告列報之前10年虧損扣除額，依其申報時業已生效之所得稅法第39條第1項規定，即應予以准許，並不涉及適用嗣於104年7月8日始修正之企業併購法第43條第1項規定之問題，是被告另抗辯：如准許原告於102年度營利事業所得稅申報，以前10年之虧損扣除額與盈餘互抵，將違反法律不溯及既往及實體從舊原則云云，亦無足取。
七、綜上所述，被告對原告102年度營利事業所得稅結算申報，認應適用行為時企業併購法第38條第1項規定，將原告列報發生年度超過5年之92、93年度虧損數否准認列，核定原告102年度虧損扣除額為1,435,491,122元，全年課稅所得額108,842,714元、應補稅額18,503,261元，尚有違誤，訴願決定未予糾正，亦有未合。
又按納稅者權利保護法第21條第1、3項規定：「（第1項）納稅者不服課稅處分，經復查決定後提起行政爭訟，於訴願審議委員會決議前或行政訴訟事實審言詞辯論終結前，得追加或變更主張課稅處分違法事由，受理訴願機關或行政法院應予審酌。
其由受理訴願機關或行政法院依職權發現課稅處分違法者，亦同。
……（第3項）行政法院對於納稅者之應納稅額，應查明事證以核實確認，在納稅者聲明不服之範圍內定其數額。
但因案情複雜而難以查明者，不在此限。」
是以，納稅者權利保護法於106年12月28日施行後，有關稅務訴訟之審理範圍，改採「總額主義」，行政法院對於稅務事件，在原告訴之聲明範圍內，原則上應自行判決確認正確合法之稅捐債務金額，以符合訴訟經濟原則，避免反覆爭訟，並有效提供權利保護。
經查，原告原申報其102年度營利事業所得稅之課稅所得額為0元，因被告將其列報之前10年核定虧損扣除額1,544,333,836元中，超過5年部分否准認列，僅核准扣除1,435,491,122元，並核定其間之差額108,842,714元為全年課稅所得額，據以對原告補徵稅額18,503,261元（計算式：1,544,333,836元-1,435,491,122元=108,842,714元；
108,842,714元X稅率17%=18,503,261），有被告對原告102年度營利事業所得稅所作更正核定通知書，與調整法令及依據說明書，附本院卷第26、27頁可稽。
是被告核定原告應補之102年度營利事業所得稅額18,503,261元，均係因其違法否准原告列報超過5年之虧損扣除額108,842,714元所產生，故原告於該年度並無應補稅額，則其訴請撤銷原處分關於否准其列報上述超過5年之虧損扣除額108,842,714元，及對其補徵稅額18,503,261元部分，與該部分訴願決定，為有理由，應予准許。
本件事證已臻明確，兩造其餘攻擊防禦方法，經核均與判決結果無影響，爰不分別斟酌論述，附此敘明。
八、據上論結，本件原告之訴為有理由，依行政訴訟法第98條第1項前段，判決如主文。
中 華 民 國 107 年 6 月 14 日
臺北高等行政法院第四庭
審判長法 官 李 玉 卿
法 官 李 君 豪
法 官 鍾 啟 煒
一、上為正本係照原本作成。
二、如不服本判決，應於送達後20日內，向本院提出上訴狀並表明上訴理由，如於本判決宣示後送達前提起上訴者，應於判決送達後20日內補提上訴理由書（須按他造人數附繕本）。
三、上訴時應委任律師為訴訟代理人，並提出委任書。
（行政訴訟法第241條之1第1項前段）
四、但符合下列情形者，得例外不委任律師為訴訟代理人。
（同條第1項但書、第2項）
┌─────────┬────────────────┐
│得不委任律師為訴訟│ 所 需 要 件 │
│代理人之情形 │ │
├─────────┼────────────────┤
│㈠符合右列情形之一│1.上訴人或其法定代理人具備律師資│
│ 者，得不委任律師│ 格或為教育部審定合格之大學或獨│
│ 為訴訟代理人 │ 立學院公法學教授、副教授者。 │
│ │2.稅務行政事件，上訴人或其法定代│
│ │ 理人具備會計師資格者。 │
│ │3.專利行政事件，上訴人或其法定代│
│ │ 理人具備專利師資格或依法得為專│
│ │ 利代理人者。 │
├─────────┼────────────────┤
│㈡非律師具有右列情│1.上訴人之配偶、三親等內之血親、│
│ 形之一，經最高行│ 二親等內之姻親具備律師資格者。│
│ 政法院認為適當者│2.稅務行政事件，具備會計師資格者│
│ ，亦得為上訴審訴│ 。 │
│ 訟代理人 │3.專利行政事件，具備專利師資格或│
│ │ 依法得為專利代理人者。 │
│ │4.上訴人為公法人、中央或地方機關│
│ │ 、公法上之非法人團體時，其所屬│
│ │ 專任人員辦理法制、法務、訴願業│
│ │ 務或與訴訟事件相關業務者。 │
├─────────┴────────────────┤
│是否符合㈠、㈡之情形，而得為強制律師代理之例外，上訴│
│人應於提起上訴或委任時釋明之，並提出㈡所示關係之釋明│
│文書影本及委任書。 │
└──────────────────────────┘
中 華 民 國 107 年 6 月 14 日
書記官 李 建 德
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