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臺北高等行政法院判決
104年度訴更一字第5號
105年4月7日辯論終結
原 告 張煥禎
訴訟代理人 卓忠三律師
陳環叁（會計師）
吳淑媛（會計師）
被 告 財政部北區國稅局
代 表 人 李慶華（局長）
送達代收人 邱瑤琪
訴訟代理人 陳靜忍
上列當事人間綜合所得稅事件，原告不服財政部中華民國95年6月22日台財訴字第09500186800 號訴願決定，提起行政訴訟，本院95年度訴字第2820號判決後，經最高行政法院98年度判字第738 號判決確定，因原告提起再審之訴，經最高行政法院103 年度判字第690 號准予再審並廢棄上開確定判決，發回本院更為裁判，本院判決如下：
主 文
原告之訴駁回。
第一審及發回前上訴審訴訟費用均由原告負擔。
事實及理由
一、程序事項：㈠按「確定終局判決所適用之法律或命令，經司法院大法官依當事人之聲請解釋為牴觸憲法者，其聲請人亦得提起再審之訴。」
為行政訴訟法第273條第2項所明定。
本件原告因綜合所得稅事件，提起行政訴訟，前經本院95年度訴字第2820號判決（下稱前審判決）駁回後，經最高行政法院98年度判字第738 號判決（下稱原確定判決）駁回上訴而告確定，因原告認上開確定終局判決所適用之執行業務所得查核辦法第10條第2項違憲，聲請司法院大法官解釋，經司法院作成釋字第722 號解釋：「執行業務所得查核辦法第十條第二項規定：『聯合執行業務者或執行業務收入經由公會代收轉付者，得按權責發生制計算所得，惟須於年度開始一個月前，申報該管稽徵機關核准，變更者亦同。』
未涵蓋業務收支跨年度、經營規模大且會計事項複雜而與公司經營型態相類之單獨執行業務者在內，其差別待遇之手段與目的之達成間欠缺合理關聯，在此範圍內，與憲法第七條平等原則之意旨不符。」
原告據以向最高行政法院提起再審之訴，經該院103 年度判字第690 號准予再審並廢棄原確定判決及本院前審判決，發回本院更為裁判。
㈡又按「訴狀送達後，原告不得將原訴變更或追加他訴。
但經被告同意或行政法院認為適當者，不在此限。」
行政訴訟法第111條第1項定有明文。
原告於本院前審原聲明：「1.先位聲明：原處分、復查決定有關執行業務所得由權責發生制改按現金收付制、否准認列利息支出及損害賠償費用部分及訴願決定均撤銷。
2.備位聲明：先位聲明關於改按權責發生制部分如被駁回，請求被告給付原告新臺幣（下同）71,327,236元及自起訴狀繕本送達被告之翌日起按年息5%計付利息。」
於本件發回後則變更聲明為「原處分不利原告部分、訴願決定均撤銷。」
本院認其變更並無不適當，爰予准許，合先敘明。
二、事實概要：原告係獨資經營壢新醫院，為執行業務者，於民國88年度綜合所得稅結算申報，以壢新醫院採權責發生制記帳，列報取自該醫院執行業務所得0 元，被告初查依現金收付制調整核定執行業務所得為75,750,870元，另查得漏報其配偶租賃所得88,441元（於復查期間經被告所屬大安分局通報註銷），併課其綜合所得總額為83,717,099元，補徵應納稅額30,992,874元。
就加班費部分，壢新醫院列報43,149,811元，原查以主治醫師加班時間皆為正常門診時間予以剔除；
各項攤提部分列報12,361,553元（含開辦費9,563,485 元及遞延費用2,798,068 元），原查以開辦費本年度已逾攤提年限而全數剔除；
修繕費部分列報8,799,671 元，原查以憑證不符予以剔除228,755 元，另轉資本支出1,304,380 元；
稅捐部分列報2,089,070 元，原查以此屬私人地價稅而予剔除；
就利息支出部分，壢新醫院88年度列報利息支出32,315,871元，被告以其中短期投資之借款61,000,000元與業務無關，按該借款占總借款比率12.16%核算該部分利息支出3,929,610 元，予以剔除；
其他費用損害賠償部分，88年度列報其他費用－損害賠償費用105,075,859 元，被告初查以其中2,560,000 元未檢附相關證明文件及支出憑證，否准認定。
原告不服，申請復查，經被告以95年1 月23日北區國稅法二字第0950005785號復查決定（下稱原處分），追減執行業務所得49,362,623元（變更核定為26,388,247元）及租賃所得88,441元，其餘復查駁回。
原告不服，針對原處分有關會計制度、利息支出、其他費用損害賠償等3 部分提起訴願，遭訴願決定駁回，提起行政訴訟，經本院前審判決駁回後，提起上訴，亦經最高行政法院原確定判決駁回而告確定。
嗣原告向司法院大法官聲請解釋，由司法院作成釋字第722 號解釋，原告乃據以提起再審之訴，經最高行政法院103 年度判字第690 號判決准予再審並廢棄原確定判決及本院前審判決，發回本院更行審理。
三、本件原告主張略以：㈠原處分所據執行業務所得查核辦法第10條第2項，經司法院釋字第722 號解釋宣告違憲，原處分乃屬違法，應予撤銷：1.本件既經最高行政法院103 年度判字第690 號判決廢棄發回，財政部復於104 年3 月26日以台財稅字第10404532920 號令修改系爭規定第10條第2項為：「執行業務者依規定保持足以正確計算其執行業務所得額之帳簿憑證及會計紀錄者，得採用權責發生制計算所得，……。」
足認大法官解釋雖未明白宣示系爭規定違憲失效，系爭規定確已實質違憲失效。
復按司法院釋字第177 號解釋，依前開司法院釋字第722 號解釋意旨，修正前執行業務所得查核辦法第10條第2項規定違反平等原則，顯已實質違憲失效，本件又係據以聲請解釋之案件無疑，故司法院釋字第722 號解釋意旨對本案有直接之規制效力。
再按行政程序法第4條規定，行政處分如有任何與法律規定或法律原則之要求不一致之處，即屬違法，又行政處分所據之法規命令既經宣告違憲失效，則該行政處分即失所附麗，屬有瑕疵之行政處分。
2.被告以91年4 月29日北區國稅中壢審字第0910002491號函（下稱91年4 月29日函）撤銷87年8 月27日北區國稅中壢審字第87083678號函，所據理由無非為原告之申請核與修正前執行業務所得查核辦法第10條第2項規定不符，進而予以原告不利處分，然上開查核辦法第10條第2項規定既經司法院釋字第722 號解釋宣告違憲在案，被告復修改前開規定，益徵該處分並無所據，亦為瑕疵行政處分。
㈡原告88年度經營壢新醫院情形，符合司法院釋字第722 號宣示准予採取權責發生制之要件：1.按司法院釋字第722 號解釋宣示執行業務所得查核辦法第10條第2項規定以聯合執行業務者或執行業務收入經由公會代收轉付者，始得按權責發生制計算所得，然若具備⑴業務收支跨年度、⑵經營規模大、⑶會計事項複雜而與公司經營型態相類似此3 要件之單獨執行業務者，仍否准適用權責發生制，即屬規範目的與手段間欠缺合理關連，違反憲法平等原則。
2.原告係經營全民健康保險（下稱健保）特約醫院，主要收入來源乃藉由提供醫療服務予被保險人（民眾），嗣後向保險人（健保局）申請保險給付，需經過健保給付申請、結算及支付等流程，相關作業往往需2 至3 個月以上，業務收支即有跨年度情形發生。
3.原告經營規模大且會計事項複雜而與公司經營型態類似：⑴原告所提出財團法人醫院病床數小於壢新醫院（498 床）者一覽表及相關醫院病床數資料，輔以88年度經會計師查核簽證申報之查核報告書，壢新醫院該年度收入總額為1,245,772,564 元，益徵其較一般醫療診所及小型醫院，經營規模實為龐大。
⑵原告雖曾於92年7 月30日致函被告所屬中壢稽徵所，然該函所稱「惟本院之收入主要係取得中央健保局健保收入及教學成本約90% ，主要收入為單一對象，而依所得稅法規定費用列支準用營利事業所得稅之規定」係為表彰原告之收入情形，與公會代收轉付之功能及性質相同，得適用權責發生制，此觀原告收入雖大部分取自中央健保局，但實際收入對象為醫院所設近20科之病患，因此收入對象並非單純只為中央健保局，且病患仍有自付掛號費，及醫療費用部分負擔之情形，收費情形各自負擔亦有不同，故收入之對象並非單純。
⑶所謂會計作業，係於每一會計年度均須具備分錄、過帳、試算、調整、結帳及編表等工作項目，則會計事項是否複雜，即應考量具體個案中會計作業之繁複程度，並為不同之處遇，實難僅憑主要收入來源對象單一，即認定會計事項單純。
壢新醫院於88年度醫療副院長下設有20科左右，員工人數多達654 人，其會計事項作業之繁耗可想而知，甚與當年度知名上市公司程度相仿。
縱認壢新醫院收入來源對象單一，惟觀原告於88年度流動負債428,544,718 元、長期負債421,714,884 元及其他負債41,749,392元，負債合計高達892,008,994 元，該等負債項目背後所表徵者，係牽涉人數眾多之負債會計作業，所須記帳列表試算之冗長，並非單純之數字統計所能彰顯，殊難想像如此高額之負債，能單純以現金收付制記帳，而會計作業卻無複雜之情形。
⑷壢新醫院作為健保特約醫療院所，其申請、結算及請領健康保險給付等，當須遵守全民健康保險醫事服務機構特約及管理辦法（下稱健保特約及管理辦法）。
惟該管理辦法未就會計事項另設規範，顯見其與會計事項是否複雜並無關連。
縱該管理辦法及相關規定對會計事項定有明文，仍應衡酌個案情形為不同之會計處遇，例如本件壢新醫院之收入來源尚有病患自付掛號費及醫療費用部分負擔等情形，且個別病患支出費用亦須列帳管理，並參酌前述負債會計複雜情形，其業務收支情況與經營規模顯非一般小規模診所所能比擬，自應許原告為不同會計基礎之擇定。
㈢被告91年4 月29日函應屬準備行為，而非終局行政處分：按如行政機關之文書、通知，另須有後續作為，縱使該文書、通知具有規制性質，然因需待行政機關接續為另一處分，始終局地對人民發生權利義務變動之法律效果者，則該文書、通知僅屬準備行為性質，而非終局性行政處分，當事人對於該文書、通知無法單獨對其進行行政爭訟，須與後續終局行政處分一併聲明不服。
本件之訴訟標的為被告核定原告88年度執行業務所得，共計75,750,870元之課稅處分，並非被告91年4 月29日函，該函僅不准原告按權責發生制申報、計算88年度之綜合所得額，而被告用以核定原告88年度執行業務所得並作成綜合所得稅核課處分，係依當時尚未經宣告違憲之執行業務所得查核辦法規定，須另按收付實現制，並核定成本費用之後，始可確定。
足證被告91年4 月29日函應為被告為後續計算原告綜合所得稅額之進行，所為指示或要求之準備行為，原告無從對之聲明不服，僅得待被告核課後，方得併該核課處分聲明不服。
㈣被告91年4 月29日函未有任何救濟教示條款，原告嗣已於復查申請書及訴願書中多次對該函表示不服，理由如下：1.遍觀前揭被告91年4 月29日函，並未提及任何不服該函之救濟方法、期間及受理機關，而原告身分係醫生，並非熟稔法律之人，不知該函是否為行政處分，亦不清楚應如何提起救濟，除曾於91年6 月25日去函被告聲明不服外，探究原告嗣於復查申請書及訴願書中所稱「請貴局重新考量」、「希望主管機關能重新考慮」等語之真意，顯係對被告91年4 月29日函表示不服，希望被告能重為裁量。
2.91年6 月25日原告確曾去函被告，就相關文件資料，因歷時甚久，曾經手之收發、會計及會計師等相關人員，均已離職，原告苦尋經月，仍尚未尋獲當年函文寄送紀錄。
3.本件係聲請司法院釋字第722 號解釋之原因案件，該號解釋對本件有直接規制效力，而原告已多次對被告91年4 月29日函示表示不服，且該被告91年4 月29日函依前所述，僅為被告為核課處分前之準備行為，原告並無從僅就該函示提起行政救濟，況依稅捐稽徵法第35條規定，當事人對於核定稅捐之處分如有不服，應依循復查、訴願及行政訴訟等途徑救濟，故原告除對被告所作核課處分於復查及訴願階段均聲明不服外，對被告91年4 月29日函亦有聲明不服，前揭函所據法規命令既經司法院釋字第722 號解釋宣告無效，即失所附麗，無從拘束原告。
㈤被告以內部調整數額報告表之項目差異，指摘原告所營壢新醫院89及90年度申報之薪資所得錯誤，並以現金收付制調整原告執行業務所得，殊非可採：壢新醫院89及90年度分別申報薪資支出640,405,758 元及692,027,347 元，係包含薪資及本質上屬薪資之加班費項目，有所得稅法規定有列支限額之項目標準計算表與89年度及90年度會計師查核簽證報告書可稽。
被告未察該執行業務者調整數額報告表項目作業上01項「薪資支出」，並不含26項之「加班費」，且該報表項目亦與原告前揭查核報告書之表達方式大相逕庭，倘分別將兩年度01項「薪資支出」以及26項「加班費」數額相加，其數額分別為640,405,758 元及692,027,347 元，即與壢新醫院89年度及90年度之申報數額完全相同。
被告之指摘，洵不足採。
壢新醫院90年度薪資支出係以權責發生制，列載692,027,347 元。
惟被告卻罔顧既存之權責發生制帳載基礎，逕自以現金收付制調整該薪資費用，有壢新醫院90年度薪資支出依不同會計基礎計算結果對照表可參，被告竟反指原告所營壢新醫院歷年皆非採權責發生制列帳，殊非可採。
㈥退步言之，縱依權責發生制重新核計系爭稅額，而非續採現金收付制核計，要無重覆認列或未認列項目之情形：1.按商業會計法第10條第2項、第3項規定，現金收付制與權責發生制同屬法定會計基礎，然因兩者在經濟活動所生收益與費用入帳時間點之差異，致生該年度所得歸屬、計算以及作為稅基之應稅所得額呈現出不同風貌，惟兩種會計基礎間，並非涇渭分明、互相排斥，反可藉由數學計算之移項原則，將主要差異項目之「應收收益」、「應付費用」、「預收收益」、「預付費用」互相調整，藉此符合納稅義務人實際列帳需求，此有會計基礎轉換說明表可參，倘相同年度採取不同會計基礎，並不會發生費用重覆認列或未認列之情形，僅須於查核報告書內說明當期應計入收益與費用之歸屬年度即可。
2.壢新醫院自88年度採取權責發生制申報所得稅，其查核報告書所載帳目，因權責發生制期末須對帳簿紀錄進行調整始得計算盈虧之特性，查核報告書所載數額均已將收益與費用歸屬做出調整之結果，忠實呈現財務現況與營運綜效。
是壢新醫院88年度既以權責發生制申報所得稅，相關收益與費用均已明確調整認列，依權責發生制重新核計系爭稅額，並無重覆認列或未認列項目之情形。
㈦有關遭被告否准壢新醫院認列利息支出部分：1.原告於系爭年度確已償還借款，致借款餘額較以前年度減少，且以前年度之借款亦已提供相當資金證明，並已由被告認定。
被告稱「醫院如有閒置資金，理應優先償還銀行借款以減少利息支出」，然於商業經營資金週轉而言，應備有安全存量，以應短期非預期之資金需求。
由於銀根鬆緊取決於銀行對客戶授信額度，原告若將手上現金全數用於還款，若遇銀行縮緊銀根，易生周轉不靈現象。
是系爭年度原告於營業上產生餘裕資金，當保留一定部分以備週轉之需，尚有多餘，方用以償還借款。
原告於系爭年度確已有償還借款之事實，並使借款餘額加計業主往來（即股東投入資金）餘額自年初746,347,353 元降至年底之579,947,948 元，共計減少了166,399,405 元，益證當年度營運確產生多餘資金。
此情況下如何能認原告當年度有以借入資金購買短期投資之情事？此外，由於原告系爭年度之借款係因償還而減少，該等借款多係各年度原告為興建醫院舉借，而就系爭年度之前各年度利息支出，業經被告查其資金證明並予認定，系爭年度之借款既未有新增，則應視同其資金用途已經認定，自無再行查核或要求原告再為提供之必要。
原告於復查、訴願階段已提出相關資金用途證明其系爭年底所列各項借款均用於醫院之營運（主要投入於固定資產及遞延費用等），短期投資全係營運所生剩餘資金之調度投資，相關說明符合商業常情及一般經驗法則，惟被告對該等證明仍不予認定，顯對原告不公，而有違反舉證責任分配及行政程序法第36條行政機關應依職權調查證據並對當事人有利不利事項一律注意之違法。
2.被告率然認定原告之利息支出與短期投資有關，並以法無明文之計算方式及比例將原告部分利息支出予以剔除，其原處分顯然違法。
依財政部83年2 月8 日台財稅字第831582472 號函，原告醫院並非以買賣有價證券為專業之營利事業，是其自無須將利息費用分攤至出售有價證券項下，而非如被告或訴願決定所稱無前述函釋之適用。
況被告並未提出任何調查而得之證據指出該部分借款確與短期投資有關，僅憑推論原告醫院年底之短期投資餘額全係藉由借款之資金所購買，顯非基於任何證據及法令依據。
3.被告並無強對執行業務者限制其餘裕資金必先償還借款，否則即認定其借款利息支出為非營業所需之借款利息之餘地，被告應以資金用途舉證來加以認定，方為正辦。
利息支出係費用之一項，執行業務所得應依行為時所得稅法第14條第1項第2 類準用營利事業所得稅之規定。
「準用…之規定」這種用語用於擬處理之案型與擬引用之法條所規範之案型，其法律事實並不同一，但卻類似的情形，基於平等原則的考慮，對它們做同一之處理。
是既有準用之規定，若對執行業務者強以限制資金必先償還借款，否則借款之利息支出，即認定為非營業所需之借款利息，不得認列為費用，與營利事業相較而言，係對相同的事實做不同的處理，有違平等原則。
是本件被告謬於原告已提示其資金卻未用於與營業無關事項之證據，稱原告系爭年度因未將其餘裕資金先償還其借款，而認其利息支出與營業無關並否准其認列，顯違反平等原則並顯以租稅手段干預正常商業決策並有礙企業正常經營行為，實有不當。
4.原告系爭年度88年1 月1 日至12月31日經會計師查核簽證之現金流量表下，顯示其營業活動係產生淨現金流入136,157,064 元，顯示其整年度以來之營運情況係發生資金增加，而非資金耗用之情形；
而投資活動之現金流量亦為淨現金流入37,767,932元，代表原告除營運活動以外，處分固定資產等投資行為並未發生資金耗用之情況，相反的是產生資金之流入。
由於原告營業活動及投資活動合計產生了現金流入173,924,996 元，因而得用以償還融資性質債務計144,772,903 元，而發生融資活動之淨現金流出。
該等經會計師查核簽證之現金流量表，益證原告系爭年度資金之餘裕程度，除供營運周轉外，尚得償還借款，與原告先前所提各項說法及證據均吻合，此情況如何能認原告當年度之利息支出係與營業無關？5.被告否准原告認列利息支出，係以租稅手段干預商業決策，有礙醫療院所日常經營，洵屬不當。
在稅法上，稽徵機關不應以公權力過度介入企業之經營管理，如果成本費用或損失之發生，係基於企業經營之商業上正當利益者，而並無不合營業常規以規避稅捐者，則稽徵機關應予尊重，不得任意干涉。
因此，除納稅義務人有濫用費用支出，或隱藏其他目的，或涉及稅捐規避等，否則，只要費用支出與獲得所得之經濟活動具有經濟上的關聯性（所謂業務關聯性），則基於尊重當事人之自主決定權，不應過度干涉。
質言之，除非納稅義務人所從事之安排或是規劃，僅有租稅套利並無其他商業考量時，稽徵機關始可介入調整。
壢新醫院88年度列報利息支出32,315,871元，被告以其中短期投資之借款61,000,000元與業務無關為由，將該借款占總借款比率12.16%核算該部分利息支出3,929,610 元，予以剔除。
原告係因應未來營運所需或可能之變動，預留部分資金，以備日後週轉之用，係基於商業考量，並非出於純然之租稅套利，被告逕持己見介入調整，顯係以租稅手段干預正常商業決策，有礙醫療院所日常經營。
㈧有關遭被告否准原告認列其他費用損害賠償支出部分：1.執行業務所得查核辦法第31條第1款規定，應屬提供納稅義務人舉證方式之例示或教示規定，如未有上開文件但可由納稅義務人舉證證明，仍應准予認定。
行為時所得稅法第14條第1項第2 類規定，係以經濟實質上該費用是否為直接必要並實際支出為原則，基於防弊之觀念，須取得相關證明以為憑證，因此為求簡便，上述執行業務所得查核辦法第31條即例示有關機關證明，為適合之證明方法，惟如未有該條所列文件，但納稅義務人已提出確實證明者亦應予認定，方符合實質課稅原則。
若以未提示有關機關之證明予以否准，已逾前開母法規定範圍，係屬增加法律所無之限制。
另財政部89年3 月21日台財稅第890451508 號函對私立醫療院所之損害賠償如何認列略以：「私立醫療院及其僱用人員在業務上因過失致人受傷或死亡而支付之醫藥費、喪葬費、憮卹金或賠償金，其未受有保險賠償部分，經取得當事人雙方同意和解書，並檢附支出憑證，准予核實認列」，故「取得警察機關、公會或調解機關團體之調解、仲裁之證明，或經法院判決或裁定確定之證明」非為損害賠償支出認定之必要條件。
2.行為時所得稅法第14條第1項第2 類既已明文規定執行業務費用之列支，準用有關營利事業所得稅之規定，而該法有關營利事業所得稅之費用列支細節要件又授權制定於營利事業所得稅查核準則，因此執行業務所得費用列支核可要件在法律適用上應優先適用前揭準則，次之方為所得稅法概括授權之執行業務所得查核辦法。
執行業務所得查核辦法31條第1款就損害賠償導致之費用損失規定須取得公家機關之證明並檢附支出憑證始予認定，對照營利事業所得稅查核準則第103條就損害賠償所致之損失認定要件不以取得公家機關之證明為必要，僅須取得確實證明文件即可，執行業務所得查核辦法第31條第1款規定顯為增加法律所無之限制，而屬違法無效。
3.基於量能課稅原則，如人民確因業務上行為負有損害賠償責任並確實導致所得減少，為忠實表達納稅義務人之稅負能力，就此損害賠償部分理應肯認得列支為費用損失。
按民法上和解契約為不要式契約及諾成契約，於當事人意思表示合致時，即為成立，而國家在貫徹租稅債權之同時，亦應尊重民商法之安排，不應以稅捐法立場，恣意凌駕其他法律領域。
惟執行業務所得查核辦法第31條第1款規定，執行業務者及其僱用人執行業務者與他人成立和解契約，除雙方意思表示合致外，尚須取得「警察機關、公會或調解機關團體之調解、仲裁之證明，或經法院判決或裁定確定之證明」始得認列費用。
顯係無視民商法對和解契約為不要式契約，增加法無明文之要件，以稅捐法之立場凌駕民商法，形成對原告財產權之過度侵害，殊難苟同。
㈨聲明求為判決：原處分不利原告部分、訴願決定均撤銷。
四、被告答辯略以：㈠司法院釋字第722 解釋係針對執行業務所得查核辦法第10條第2項，係為放寬經營較具規模且會計事項較為複雜，以及收入常有跨年度延後收款之執行業務者之所得計算方式，使其有選擇權責發生制，惟無法以所規定之經營型態及業務收入之方式作為分類而達成。
該解釋並未否認執行業務所得查核辦法第3條有關綜合所得稅應以收付實現為原則，及收付實現原則之例外須以法令明定之基本原則，即執行業務者若要採權責發生制仍應依執行業務所得查核辦法第10條第2項規定於年度開始1 個月前，申報該管稽徵機關核准。
㈡原告雖於87年8 月21日向被告所屬中壢稽徵所申請由現金收付制改為權責發生制，且中壢稽徵所曾作成87年8 月27日函准許原告改為權責發生制報稅及入帳，惟原告所經營壢新醫院之會計制度並不能適用權責發生制，業經中壢稽徵所另以91年4 月29日函將前開核准函撤銷，另該函未告知救濟期間，依行政程序法第98條第3項規定，如有不服，自得於該函送達後1 年內另提訴願，雖原告指稱曾於91年6 月25日具函聲明不服，惟經被告及中壢稽徵所查無任何收文紀錄，則上開撤銷函使原告之會計制度回復至法定狀態下，自無不合。
㈢本件被告所屬中壢稽徵所否准壢新醫院申請適用權責發生制，茲就該醫院之業務收支及盈餘分配等會計事項複雜程度、跨年度延後收款情形分別予以說明：1.業務收支及盈餘分配等會計事項複雜程度：依據原告92年7 月30日致被告所屬中壢稽徵所函之理由壹、一、㈠略以，該院之收入主要係取得健保收入及教學成本收入約90%，主要收入為單一對象，足認壢新醫院收入對象單純。
依據壢新醫院88年度申報及核定情形分析表，該醫院各項費用科目與一般醫療院所相同，其會計事項並無複雜情形。
又該醫院自行申報薪資費用586,482,426 元及員工保險費用27,777,467元，合計占總費用申報金額1,313,984,463元之46.74%〔（586,482,426 ＋27,777,467）／1,313,984,463 〕，上開費用為該醫院費用之最大宗，因會計制度轉正為現金收付制，上開費用因而調減61,761,141元及5,300,000 元，合計67,061,141元，亦為原告因本件會計制度轉正為現金收付制，影響其所得額之主要原因。
惟薪資費用及員工保險費用於實際給付予員工時之發生時點計入，既明確且金額確定。
是壢新醫院並無業務收支複雜而涉及複雜會計事項之情形，且該醫院為獨資，亦無盈餘分配複雜情形，實無原告所主張之複雜度可言。
2.跨年度延後收款情形：依據衛生福利部中央健康保險署103 年7 月統計之特約醫事服務機構家數增減統計表為例，一般醫院及門診醫事服務機構之健保特約簽約率已達93.32%，一般醫院之健保特約簽約率更達100%（壢新醫院為一般醫院），是特約醫院存在業務收支有跨年度情形，此為普遍現象，不僅限於壢新醫院。
另壢新醫院為健保特約醫院，其申請、結算及請領健康保險給付之相關規定，係依據健保特約及管理辦法、相關規定，亦屬明確，並非收入跨年度而有會計事項複雜之情形。
3.壢新醫院並非執行業務所得查核辦法第10條第2項規定之聯合執行業務者或收入經由公會代收轉付者，其亦非屬業務收支跨年度、經營規模大且會計事項複雜而與公司經營型態相類之單獨執行業務者，已如前述，且執行業務所得既屬所得稅法第14條第1項第2 類所規定之個人綜合所得，自應同受該法規範而採收付實現制，始符租稅法律主義，亦無違反憲法第7條平等原則情事。
是原核定壢新醫院依現金收付制調減收入總額及薪資支出等費用總額，並無不合。
㈣原告所經營壢新醫院89及90年度依權責基礎計算之薪資支出分別為640,405,758 元及692,027,347 元，雖原告主張該醫院自88至95年度均採權責發生制申報，惟該醫院89及90年度申報之薪資支出分別為592,272,408 元及628,380,578 元，顯與原告所稱係採權責發生制申報之主張不合，有原告所提示89及90年度各類收支調節表及被告所屬中壢稽徵所89及90年度執行業務者調整數額報告表可稽。
就該醫院90年度薪資支出帳載數692,027,347 元（權責基礎）與申報數628,380,578 元分析其差異原因係調增上期應付薪資67,416,951元、上期代扣稅款569,185 元及其他3,475 元另調減本期應付薪資67,733,597元、免稅加班費63,646,769元及其他256,014元，調整後以現金基礎應認列之薪資費用628,380,578 元辦理綜合所得稅申報，被告所屬中壢稽徵所查核後亦按現金基礎核定該醫院薪資費用627,804,443 元。
㈤本件壢新醫院在稅務申報上應適用之會計制度，因91年度撤銷函已回復至現金收付制，被告88、89及90年度亦皆以現金收付制核定原告取自該醫院執行業務所得。
又該醫院88年度自行申報薪資費用586,482,426 元、藥品及材料費392,080,102 元、員工保險費27,777,467元及水電瓦斯費10,576,470元合計1,016,916,465 元占總費用申報金額1,313,984,463元之77.39%〔＝（1,016,916,465 ）／1,313,984,463 〕，上開費用係該醫院所列報費用之主要項目，因會計制度轉正為現金收付制，上開費用因而調減61,761,141元、98,309,608元、5,300,000 元及130,000 元，合計165,500,749 元，亦為原告因本件會計制度轉正為現金收付制致影響其所得額之主要原因，惟該調減之費用，係在88年度發生而在89年度給付，依現金收付基礎業已在89年度稅務申報時列報費用自收入減除，且89年度業已確定，若88年度改採權責基礎，將發生同一筆費用在88及89年度重複核減之不合理情形，有違租稅公平。
㈥聲明求為判決：駁回原告之訴。
五、上開事實概要欄所述之事實，為兩造所不爭執，並有原處分（本院卷一第49至51頁）、88年度綜合所得稅申報核定通知書（原處分卷二第968 至973 頁）、申報核定調整法令及依據說明書（原處分卷二第966 頁）、結算申報書（原處分卷一第451 、452 頁）附卷可稽，堪可認屬真實。
本件兩造爭點厥為：原告主張壢新醫院88年度應改採權責發生制為會計基礎，有無理由？被告所核定剔除之利息支出及損害賠償部分，有無違誤？
六、本院之判斷：㈠按「個人之綜合所得總額，以其全年左列各類所得合併計算之：……第二類︰（第1款）執行業務所得︰凡執行業務者之業務或演技收入，減除業務所房租或折舊、業務上使用器材設備之折舊及修理費，或收取代價提供顧客使用之藥品、材料等之成本、業務上雇用人員之薪資、執行業務之旅費及其他直接必要費用後之餘額為所得額。」
「（第3款）……執行業務費用之列支，準用本法有關營利事業所得稅之規定；
其辦法由財政部定之。」
行為時所得稅法第14條第1項第2 類第1 、3 款定有明文。
財政部依上開法律之授權，訂定發布執行業務所得查核辦法第1條規定：「本辦法依所得稅法第十四條第一項第二類第三款之規定訂定之。」
第3條規定：「執行業務所得之計算，除本辦法另有規定外，以收付實現為原則。」
第10條第1項規定：「執行業務者應於執行業務收入實現時列帳記載。
但委任人交付支票作為報酬者，得以該支票記載之發票日為實現日期，其經由公會代收轉付者，得以公會轉付之日期為實現日期。」
第31條第1款規定：「損害賠償：一、執行業務者及其僱用人員在業務上因過失致人受傷或死亡而支付之醫藥費、喪葬費、撫卹金或賠償金，除受有保險賠償部分外，應取得警察機關、公會或調解機關團體之調解、仲裁之證明，或經法院判決或裁定確定之證明，並檢附支出憑證，予以認定。」
上開行政命令，核其未逾所得稅法授權之範圍，與母法意旨亦無牴觸，自得加以適用。
至於執行業務所得查核辦法第10條第2項，於104 年3 月26日修正前原規定：「聯合執行業務者或執行業務收入經由公會代收轉付者，得按權責發生制計算所得，惟須於年度開始一個月前，申報該管稽徵機關核准，變更者亦同。」
經本件原告聲請司法院大法官解釋，司法院於103 年6 月27日作成釋字第722 號解釋：「執行業務所得查核辦法第十條第二項規定：『聯合執行業務者或執行業務收入經由公會代收轉付者，得按權責發生制計算所得，惟須於年度開始一個月前，申報該管稽徵機關核准，變更者亦同。』
未涵蓋業務收支跨年度、經營規模大且會計事項複雜而與公司經營型態相類之單獨執行業務者在內，其差別待遇之手段與目的之達成間欠缺合理關聯，在此範圍內，與憲法第七條平等原則之意旨不符。」
其解釋理由書第3 段：「系爭規定（即執行業務所得查核辦法第10條第2項）以經營型態是否為聯合執業或執行業務收入是否經由公會代收轉付之不同，作為得選擇權責發生制之基礎，其分類標準係基於聯合執行業務者與公司組織之營利事業較為類似，經營較具規模，業務收支及盈餘分配等會計事項較為複雜；
另執行業務收入經由公會代收轉付者，常有跨年度延後收款情形，其收入不宜全於收取年度計算所得，故設系爭規定，以資兼顧（財政部中華民國一○一年六月二十五日台財稅字第一○一○四○二○三二○號函檢附之說明參照）。
系爭規定使受其涵蓋範圍之執行業務者，有選擇權責發生制之權，以適應其事業之性質及營運，目的尚屬合憲。」
第4 段：「系爭規定賦予執行業務者選擇權責發生制，係以經營型態及業務收入方式為標準。
然單獨執行業務亦常有相當經營規模者，並非必然小於聯合執行業務之情形。
較大規模之單獨執行業務者業務收入及支出，其會計事項可能與聯合執業者有相同甚至更高之複雜程度。
反之聯合執業者，其經營規模未必大於單獨執業者，且其業務收支與盈餘分配未必涉及複雜會計事項。
又單獨執業者，因其業務特性或經營規模，其收款或付款亦可能常有跨年度延後，且不宜完全由收取或支出年度計算所得之情形。
系爭規定之目的在放寬經營較具規模且會計事項較為複雜，以及收入有跨年度延後收款之執行業務者之所得計算方式，使其有選擇權責發生制之權。
然此目的無法以經營型態及業務收入之方式作為分類而達成。
系爭規定未涵蓋業務收支跨年度、經營規模大且會計事項複雜而與公司經營型態相類之單獨執行業務者在內，其差別待遇之手段與目的之達成間欠缺合理關聯，在此範圍內，與憲法第七條平等原則之意旨不符。」
第5 段：「聲請人另指摘執行業務所得查核辦法第三條、第十條第一項、第三十一條第一款規定及財政部八十六年七月三十一日台財稅第八六一九○七五六二號函，有違憲疑義，聲請解釋憲法部分，僅係爭執法院認事用法之當否，並未具體指摘該等規定於客觀上究有何牴觸憲法之處；
……是上開部分核與司法院大法官審理案件法第五條第一項第二款規定不合，依同條第三項規定，應不受理，併此指明。」
依上開解釋及理由書所載，關於執行業務所得查核辦法第3條、第10條第1項、第31條第1款規定或財政部86年7 月31日台財稅第861907562 號函，司法院大法官並未受理其聲請；
至於執行業務所得查核辦法第10條第2項則因司法院大法官認為未涵蓋「業務收支跨年度、經營規模大且會計事項複雜而與公司經營型態相類之單獨執行業務者」在內，其差別待遇之手段與目的間欠缺合理關聯，與憲法第7條平等原則之意旨不符，但對於該條項其餘有關執行業務者計算所得仍以現金收付制為原則，若採用或變更為權責發生制，須於年度開始1 個月前申報該管稽徵機關核准之規定，則未認有違憲之情形。
是若未於年度開始1 個月前申報該管稽徵機關核准改用權責發生制，執行業務所得查核辦法第10條第2項事前核准制之規定既未違憲，自無從嗣後再主張之前各年度應改用權責發生制。
末按執行業務所得查核辦法第10條第2項嗣於104 年3 月26日修正為：「執行業務者依規定保持足以正確計算其執行業務所得額之帳簿憑證及會計紀錄者，得採用權責發生制計算所得，惟須於年度開始三個月前，申報該管稽徵機關核准，變更者亦同。」
係放寬得採用權責發生制計算所得者之範圍，但仍維持有關執行業務者採用或變更為權責發生制須於年度開始前申報該管稽徵機關核准之前提規定。
㈡經查，壢新醫院88年原按權責發生制為所得之結算基礎，並據以申報其88年度全年所得額為－68,211,899元（原處分卷二第1149頁）。
嗣經被告原查以現金收付制審核及因其他事由，調整其所得額為74,580,870元（原處分卷二第1110頁）。
又因壢新醫院處分資產損失1,170,000 元，屬預估損失，損失無實際發生，該醫院同意剔除損失1,170,000 元（原處分卷二第974 頁），連同前開所得額74,580,870元，被告所屬中壢稽徵所核定原告88年度取自壢新醫院之執行業務所得額為75,750,870元（＝74,580,870＋1,170,000 ），並據以歸課原告之綜合所得總額（原處分卷一第393 、443 頁）。
嗣經復查，被告追認壢新醫院申報之加班費41,961,283元、開辦費攤銷7,039,702 元、修繕費218,755 元、稅捐130,053 元、雜費12,830元，並同額追減原告之執行業務所得合計49,362,623元（＝41,961,283＋7,039,702 ＋218,755 ＋130,053 ＋12,830，原處分卷一第393 至398 頁），變更核定原告88年度執行業務所得為26,388,247元（＝75,750,870－49,362,623，原處分卷一第398 頁）。
至於原告原申報之利息支出3,929,610 元部分、損害賠償2,560,000 元部分及原告主張壢新醫院88年度應按權責發生制為所得之結算等節，申經復查及訴願，均遭駁回，資為爭議。
次查，壢新醫院原按權責發生制結算申報88年度所得額為－68,211,899元（原處分卷二第1149頁），惟按被告就壢新醫院88年度執行業務所得申報項目所為之調整數額報告表（下稱調整數額報告表）及原處分所載，被告核定壢新醫院88年度之所得額為26,388,247元（原處分卷一第398 頁），亦即被告調整增加壢新醫院88年度之所得額94,600,146元〈＝26,388,247－（－68,211,899）〉，調整事項如下：1.「利息支出」之申報，因壢新醫院短期投資6,100 萬元與業務無關，占借款12.16%，利息支出3,929,610 元部分不予認定（原處分卷二第1104、1110、1154頁）。
2.「損害賠償」申報2,560,000 元，未檢附警察機關、公會或調解機關團體之調解、仲裁證明，或法院判決確定證明及支出憑證，不予認定（原處分卷二第1104、1110頁）。
3.依現金收付制調整之收入及費用項目：⑴調減尚未收現之收入96,981,836元（91,974,471＋5,007,365 ＝96,981,836）（原處分卷二第1104、1105、1137、1154、1156頁）。
⑵調減尚未付現之薪資費用合計61,761,141元（48,772,981＋7,588,160 ＋5,400,000 ＝61,761,141）（原處分卷二第1104、1106、1138、1158頁）。
⑶調減尚未付現之材料等進貨98,309,608元（原處分卷二第1104、1106、1158頁）。
⑷調減尚未付現之保險費，分別為未付現健保費2,900,000 元及未付現勞保費2,400,000 元，合計調減5,300,000 元（原處分卷二第1104、1107、1138頁）。
⑸調減尚未付現之水電瓦斯費130,000 元（原處分卷二第1104、1108、1138頁）。
⑹呆帳損失申報940,362 元，現金收付制無憑證可認列，940,362 元不予認定（原處分卷二第1104、1110頁）。
⑺應付費用（其他）計有12,867,093元，因壢新醫院未依91年4 月3 日北區國稅中壢審第0910002492號函（原處分卷二第1116頁）提示現金基礎之損益表，以12,867,093元一次減除（原處分卷二第1104、1110、1158頁）。
⑻綜合上開依現金收付制調整之收入及費用項目，其等對壢新醫院88年度所得之淨影響數為82,326,368元（＝－96,981,836＋61,761,141＋98,309,608＋5,300,000 ＋130,000 ＋940,362 ＋12,867,093）。
4.因其他事由予以調整之項目：⑴「利息收入」短報，故調增收入1,152 元（原處分卷二第1105頁）。
⑵「旅費」未附出差報告單，不予認定48,545元（原處分卷二第1104、1106頁）。
⑶「修繕費」因憑證不符規定，調減費用10,000元，又部分轉資本支出，調減費用1,304,380 元，合計調減1,314,380 元（原處分卷二第1104、1107頁，原處分卷一第396 頁）。
⑷「交際費」因私人休閒支出無證明可供認定與業務有關，故調減費用198,249 元（原處分卷二第1104、1107頁）。
⑸「職工福利費」因憑證不符或未載品名者35,900元、屬私人彌月油飯費用者22,146元，合計調減費用58,046元（原處分卷二第1104、1110頁）。
⑹「折舊」費用因自修繕費轉入之資產，補提折舊76,943元，及以前年度雜項購置轉資本支出應提折舊107,325元，合計調增費用184,268 元（原處分卷二第1104、1109頁）。
⑺「各項攤提（開辦費）」因逾攤提年限者，調減費用2,523,783 元（原處分卷二第1104、1109頁，原處分卷一第395 頁）。
⑻「其他費用或損失」因屬私人購買零食之食品費用362,650 元、雜項購置品名不詳者22,445元、罰款及費用品名不詳者269,186 元，合計調減費用654,281 元（＝362,650 ＋22,445＋269,186 ）。
⑼綜合上開因短報收入、屬私人支出……等事由而剔除之費用項目，對壢新醫院88年度之所得影響數為4,614,168 元（＝1,152 ＋48,545＋1,314,380 ＋198,249 ＋58,046－184,268 ＋2,523,783 ＋654,281 ）。
5.壢新醫院同意剔除之費用項目：壢新醫院原申報處分資產損失1,170,000 元，惟其屬預估性質，損失並無實際發生，經壢新醫院同意，被告予以剔除（原處分卷二第974 、976 頁）。
6.綜上，壢新醫院88年度結算申報其全年所得額為虧損狀態，即－68,211,899元，因被告剔除利息支出3,929,610 元、損害賠償2,560,000 元、被告依現金收付制調整減少收入96,981,836元及費用179,308,204 元〈亦即依現金收付制調整收入及費用，其對所得之淨影響數為82,326,368元（＝－96,981,836元＋179,308,204 ）〉、其他因短報收入或屬私人支出等事由而剔除費用4,614,168 元、處分資產損失1,170,000 元，合計被告調整增加壢新醫院88年度所得94,600,146元（＝3,929,610 ＋2,560,000 ＋82,326,368＋4,614,168 ＋1,170,000 ），故原處分核定壢新醫院88年度所得額為26,388,247元（＝－68,211,899＋94,600,146），原告針對其中利息支出3,929,610 元、損害賠償2,560,000 元及被告依現金收付制調整所得之淨影響數82,326,368元等3 項（合計增加壢新醫院之所得88,815,978元）提起訴願，遭駁回後提起行政訴訟，此即其訟爭之範圍。
又查，原告之訴經本院前審判決駁回後，再經最高行政法院原確定判決駁回上訴而告確定，嗣原告向司法院大法官聲請解釋，由司法院作成釋字第722 號解釋，係針對執行業務所得查核辦法第10條第2項有關例外得採權責發生制者「未涵蓋業務收支跨年度、經營規模大且會計事項複雜而與公司經營型態相類之單獨執行業務者在內」之範圍內，致其須適用現金收付制之差別待遇，認與憲法第7條平等原則不符，業如前述。
是原告據以提起再審之訴，自應以釋字第722 號解釋有關得否例外自現金收付制改採權責發生制之範圍為限，至於與現金收付制或權責發生制爭議無關之利息支出3,929,610 元及損害賠償2,560,000 元部分，應無適用行政訴訟法第273條第2項再審事由之餘地，併此敘明。
㈢原告所經營壢新醫院88年度執行業務所得結算申報，被告依現金收付制調整所得之淨影響數82,326,368元，原告主張壢新醫院經營規模甚大，會計事項亦屬繁雜，應改用權責發生制為所得結算基礎云云，並無理由：1.經查，原告所獨資經營之壢新醫院前於87年8 月21日申請改採權責發生制（原處分卷二第1113頁），被告（所屬中壢稽徵所）於87年8 月27日以北區國稅中壢審字第87083678號核准函略以：「主旨：貴院申請稅務申報及入帳基礎，由現金收付制改為權責發生制報備乙案，准自八十八年一月一日起適用，請查照。
說明：……二、依執行業務所得查核辦法第十條之規定，記帳基礎由現金收付制改按權責制計算所得時，需於年度開始一個月前，申報該管稽徵機關核准，變更者亦同。」
（原處分卷一第466 頁）准許壢新醫院改為權責發生制報稅及入帳。
嗣因認原告所經營壢新醫院係獨資醫療院所，其會計制度並不能適用權責發生制，故被告（所屬中壢稽徵所）另以91年4 月29日函將上開核准函撤銷（原處分卷二第1112頁），亦即否准其有關改採權責發生制之申請。
按行政程序法第110條第3項規定：「行政處分未經撤銷、廢止，或未因其他事由而失效者，其效力繼續存在。」
原告所經營壢新醫院既未就上開91年4 月29日函提起救濟，於救濟期間經過後即已確定，雖司法院釋字第722 號解釋認執行業務所得查核辦法第10條第2項有部分條文違憲，惟其解釋之原因案件之程序標的實係本件原告88年度綜合所得稅之核課處分，而非被告上開91年4 月29日函，是無論該91年4 月29日函所為之處分有無瑕疵，均無從於本件訴訟程序就該已確定之91年4 月29日函重啟救濟程序而予以撤銷，是上開91年4 月29日函既未失效，仍應認原告所經營壢新醫院並未獲准於88年度改採權責發生制。
再者，司法院釋字第722 號解釋對於執行業務所得查核辦法第10條第2項所採之事前核准制（改用權責發生制應於年度開始前即申報該管稽徵機關核准），並未認屬違憲，已如前述，就本件原告88年度綜合所得稅申報核課事件而言，其既未於88年度開始前即申獲被告核准改用權責發生制，自無從嗣後再主張該88年度會計基礎應改用權責發生制。
是原告主張上開91年4 月29日函因司法院釋字第722 號解釋而失效，其88年度壢新醫院會計基礎應改用權責發生制云云，自非可採。
至於原告主張上開91年4 月29日函應屬準備行為，而非終局行政處分，且壢新醫院業於91年6 月25日具函向被告聲明不服，本件復查申請亦對於會計基礎有所爭執，即有請求以本件行政救濟程序請求併案審理91年4 月29日函之意思云云。
惟查，會計基礎改用權責發生制，應於年度開始前向該管稽徵機關申請並獲准後，始得改用，且其當年度綜合所得稅係至隔年5 月開始申報，豈可能置會計基礎持續不確定至核課處分作成後方予爭執，自應認上開91年4 月29日函係屬獨立之行政處分，而非原告所稱之準備行為。
又原告雖提出所謂其針對91年4 月29日函聲明不服之91年6 月25日函稿（前審卷第132 頁），然被告遍查案卷及收文記錄，均查無收到該函之記錄，僅有收到原告就87年度綜合所得稅申請復查相關函件（本院卷一第97至107 頁），經命原告提出其所謂91年6 月25日聲明不服函之送達證明，原告亦自承已無可考，實無從認為原告確將該函送達被告。
再按原告係至92年8 月18日申請復查（原處分卷一第459 至461 頁），其中雖就被告原查改用現金收付制核課有所爭執，惟此距上開91年4 月29日函已逾30日訴願期間甚久，縱91年4 月29日函未為救濟期間之告知，依行政程序法第98條第3項規定：「處分機關未告知救濟期間或告知錯誤未為更正，致相對人或利害關係人遲誤者，如自處分書送達後一年內聲明不服時，視為於法定期間內所為。」
原告至遲亦應於1 年內聲明不服，然以原告前稱其在91年6 月間接獲91年4 月29日函（前審卷第110 頁），並稱其有91年6 月25日函稿，應認原告至少在91年6 月25日之前已收受被告上開91年4 月29日函送達，計至其92年8 月18日申請復查，已逾1 年救濟期間，亦無從將之視為其於法定期間內聲明不服。
是原告上開主張，亦無可採。
2.又查，壢新醫院88年度執行業務所得之結算申報，經被告以現金收付制調整，收入部分因88年度尚未收現而調減96,981,836元，及費用部分因尚未於88年度付現亦調減179,308,204 元，致該醫院88年度所得增加82,326,368元，已如上述。
而前開因現金收付制所調整之項目，於壢新醫院89及以後年度仍採現金收付制結算所得時，即得因實際收現、實際付現，而於現金收付制之年度（89及以後年度）經認定為所得結算之構成部分，而對各現金收付年度之所得產生影響。
換言之，權責發生制與現金收付制僅為時間性差異，在相續年度一貫採用權責發生制或一貫採用現金收付制下，選用權責發生制或現金收付制，影響僅為納稅時點不同（最高行政法院99年度判字第534 號判決意旨參照）。
然而，若壢新醫院89及以後年度依現金收付制所結算之所得業經核定確定在案，致原告89及以後年度之執行業務所得亦隨壢新醫院該等現金收付制之結算金額經核定確定在案，則88年度反而選用不同結算基礎之權責發生制，將使88年度所認列之尚未付現之成本或費用項目（帳列「成本」或「費用」等損益科目，並對應於「應付帳款」或「應付費用」等負債科目），不僅於88年度因權責發生制（雖未付現但交易已發生）而供作所得之減項，並於89及以後年度因現金收付制（雖交易係以前年度所發生但於本期付現）而於支付現金時，亦供作所得之減項，致使同一筆成本或費用等，在88年度雖未付現但因權責發生制而作為所得之減項，嗣於89及以後年度因現金收付制而於付現年度復供作所得之減項，使原告重複享受少計所得額之利益，致其應納稅負總額因而有所短漏，自非法之所許。
3.以壢新醫院88年度之保險費為例，壢新醫院以權責發生制申報88年度之保險費為27,777,467元，係僱主壢新醫院負擔之「健保、勞保及團保費及車險等支出……本期……採權責發生制，故本期不擬調減期末應付未付現部份」（原處分卷二第1118、1149、1163頁），而壢新醫院88年間發生之健保費2,900,000 元及勞保費2,400,000 元，即屬壢新醫院88年度按權責發生制申報之保險費27,777,467元其中一部分，惟該等健保費2,900,000 元及勞保費2,400,000 元並未於88年間付現，有壢新醫院88年度之試算表記載88年度期末（88年12月31日）尚有「應付費用－健保費」「2,900,000 元」及「應付費用－勞保費」「2,400,000元」等紀錄在卷可稽（原處分卷二第1138、1158頁）。
被告即依現金收付制調減壢新醫院88年度尚未付現之上開系爭保險費2,900,000 元及2,400,000 元，合計調減保險費5,300,000 元（＝2,900,000 ＋2,400,000 ）（原處分卷二第1104、1107、1138頁）。
嗣壢新醫院按權責發生制申報89年度保險費29,489,271元（原證6 第44、46、48頁），惟所申報之29,489,271元係包含89年間已發生但尚未付現之應付保險費6,199,027 元，亦有壢新醫院89年度營利事業所得稅查核簽證申報查核報告書所載內容在卷可稽（見原證6 第44頁、50頁反面）。
又因被告係以現金收付制為審核基準，即因「88年度尚未付現」但於「89年度已付現」之上開健保費2,900,000 元及勞保費2,400,000 元，而調整增加壢新醫院89年度之保險費5,300,000 元，然因壢新醫院89年度發生之保險費中尚有6,199,027 元未付現，即調整減少壢新醫院89年度之保險費6,199,027 元，從而，被告審核壢新醫院89年度之保險費，合計調整減少該醫院89年度之保險費899,027 元（＝調增89年度付現之5,300,000 元－89年度未付現之6,199,027 ）。
換言之，壢新醫院89年度按權責發生制申報保險費29,489,271元，但被告以現金收付制為準而調減899,027 元，並核定壢新醫院89年度之保險費為28,590,244元（＝29,489,271－899,027 ），此有被告查核核定資料表所載核定費用明細在卷可佐（見本院卷第181 頁）。
4.再以水電瓦斯費為例，壢新醫院88年度按權責發生制申報水電瓦斯費為10,576,470元（原處分卷二第1108頁），其中130,000 元並未於88年間付現，壢新醫院帳載為88年12月31日之「應付費用－水電瓦斯費」「130,000 元」（原處分卷二第1138頁），因被告以現金收付制為審核基礎，即調整減少壢新醫院「88年度未付現」之水電瓦斯費130,000 元，而核定壢新醫院88年度之水電瓦斯費為10,446,470元（＝88年度申報數10,576,470元－88年度尚未付現130,000 元，原處分卷二第1108頁）。
嗣壢新醫院按權責發生制申報89年度之水電瓦斯費為10,718,466元（本院卷第182 頁），被告仍以現金收付制為準而調增「89年度付現」之水電瓦斯費130,000 元（88年度所發生但於89年度始付現），故核定壢新醫院89年度之水電瓦斯費為10,848,466元（＝89年度申報數10,718,466元＋89年度始付現130,000 元，本院卷第181 頁）。
亦即，雖被告按現金收付制審核壢新醫院88年度之所得，而調整減少88年度未付現之水電瓦斯費130,000 元，惟被告亦按現金收付制審核壢新醫院89年度之所得，並調整增加89年度始付現之水電瓦斯費130,000 元。
5.末以材料費為例，壢新醫院88年度按權責發生制申報材料費為392,080,102 元（原處分卷二第1106頁），惟其中98,309,608元並未於88年間付現，經壢新醫院帳載為「應付款項」之一部分（原處分卷二第1158頁），被告以現金收付制為審核基礎，即調整減少壢新醫院「88年度未付現」之材料費98,309,608元，而核定壢新醫院88年度之材料費為293,770,494 元（＝88年度申報數392,080,102 元－88年度尚未付現98,309,608元，原處分卷二第1106頁）。
嗣壢新醫院按權責發生制申報89年度之材料費為348,073,542 元（本院卷第182 頁），被告仍以現金收付制為準而調增「89年度付現」之材料費98,309,608元，然因壢新醫院89年間發生之材料費尚有198,049,810 元未付現，經壢新醫院帳載為89年度之「應付款項」（原證6 第50頁反面），被告即調整減少89年度未付現之材料費198,049,810 元，故而被告核定壢新醫院89年度之材料費為248,333,340元（＝89年度申報數348,073,542 元＋89年度始付現98,309,608元－89年度發生但尚未付現198,049,810 元，本院卷第181 頁）。
6.按一筆支出僅能減除所得一次，無由於交易發生但未有現金支付之時，主張按權責發生制減除計算所得一次，於他年度支付現金之時，又因現金收付基礎而再度享受減除計算所得之利益。
若執行業務者得任擇對其有利之年度，換用現金收付制或權責發生制，即可利用會計基礎之挑選性更換，重複享受少計所得額之利益，而達到短漏稅捐之目的。
就相續年度以觀，被告雖依現金收付制為準，而調整減少壢新醫院88年度發生但未付現之成本或費用，惟壢新醫院於89年度付現時，被告即按現金收付制調整增加89年度之成本或費用數額。
且查，被告不僅就88及89年度係以現金收付制為審核基準，於90及91年度，亦係以現金收付制為壢新醫院所得額之審核基準，有被告91年度對壢新醫院之所得調查報告書就薪資支出、材料費……等均載明「比照上期調整（權責改現金）」等紀錄在卷可稽（補充答辯卷第157 頁、第146 至141 頁）。
亦即，沿續88及89年度，被告就壢新醫院90及91年度所得額之審核，歷年均係以現金收付制為會計基礎。
其中，壢新醫院89年度之所得額經被告核定為「虧損9,400,361 元」（本院卷第181 頁）、90年度之所得額亦經被告核定為「虧損280,560,555元」（補充答辯卷第156 頁）。
而壢新醫院89及90年度虧損之核定，使原告無須因自壢新醫院取有執行業務所得而增加綜合所得之稅賦，原告就壢新醫院89及90年度經被告以現金收付制核定之「虧損9,400,361 元」及「虧損280,560,555 元」，亦未爭執，並完納稅捐，經確定在案（本院卷第178 頁）。
原告僅係就88年度、91年度被告以現金收付制核定之壢新醫院盈餘，有所爭執。
其中，原告爭執壢新醫院91年度現金收付制下之「盈餘55,404,542元」（補充答辯卷第151 頁）並循序提起爭訟，惟壢新醫院91年度盈餘55,404,542元並歸課原告91年度綜合所得稅，業經最高行政法院99年度判字第534 號判決駁回原告上訴而確定在案。
按壢新醫院相續年度既經被告均以現金收付制核定所得額，並均已確定，自無從單就88年度再改用權責發生制予以結算。
從而，被告不以權責發生制結算原告經營壢新醫院88年度之所得，即無不合。
原告主張壢新醫院88年度既以權責發生制申報所得稅，相關收益與費用均已明確調整認列，重新核計系爭稅額並無重覆認列或未認列項目之情形云云，自非可採。
7.至於原告指摘被告誤認壢新醫院於89及90年度薪資所得列報非採權責發生制，並稱壢新醫院89及90年度分別申報薪資支出640,405,758 元及692,027,347 元，係包含薪資及本質上屬薪資之加班費項目，只需將執行業務者調整數額報告表項目作業上01項「薪資支出」及26項「加班費」數額相加，即與壢新醫院89年度及90年度之申報數額完全相同云云。
實則，此為壢新醫院89及90年度薪資支出及加班費申報是否採權責發生制之爭議，尚與本件88年度壢新醫院相關薪資所得之認定無涉，附此敘明。
㈣至原告主張不應剔除利息支出3,929,610 元部分，原不涉司法院釋字第722 號解釋內容，尚不得因該解釋而提起再審之訴，已如前述。
縱為實質審查，原告之主張，仍無可採：1.按「凡執行業務者之業務或演技收入，減除業務所房租或折舊、業務上使用器材設備之折舊及修理費，或收取代價提供顧客使用之藥品、材料等之成本、業務上雇用人員之薪資、執行業務之旅費及其他直接必要費用後之餘額為所得額。」
為所得稅法第14條第1項第2 類所明定。
另按「非屬執行業務之直接必要費用，不得列為執行業務費用。
」亦為執行業務所得查核辦法第14條所明定。
2.本件原告雖列報壢新醫院88年度之利息支出32,315,871元（原處分卷二第1152頁），然查系爭年度共有借款501,714,884 元（＝長期借款421,714,884 元＋短期借款80,000,000元，原處分卷二第1159、1158頁），其中有61,000,000元屬短期投資所用，為原告所不爭執，復有壢新醫院88年度營利事業所得稅查核簽證申報查核報告書（原處分卷二第1154頁）附卷足憑。
按獨資經營之商號，與民事訴訟法第40條第3項所稱之非法人團體並非相當，本身並無法律上人格，不具權利能力，故不得單獨享受權利、負擔義務；
因與其事業主既屬一體，以獨資行號名義對外所為之法律行為，其法律效果實際上仍歸屬於獨資事業主本人（最高法院42年臺抗字第12號、43年臺上字第601 號判例參照）。
本件壢新醫院係原告獨資所經營，本身並無法律上人格及權利能力，不得享受權利、負擔義務，醫院之資產及負債，自應歸屬於醫院負責人即本件原告。
又醫院本係從事醫療業務，短期投資並非醫療行為之一部分，故原告上開短期投資絕非經營壢新醫院所必要，應屬原告個人投資行為，而與醫院業務無關。
再者，系爭銀行借款如確供壢新醫院使用，則當醫院有餘裕能夠自由運用時，理應優先償還銀行借款以減少利息支出，始符一般經營之道，然原告未優先償還銀行借款，卻運用於與業務無關之短期投資，亦足認該短期投資確非經營壢新醫院所直接必要。
此外，原告復未能提示金融機構所出具借款用途證明或明確帳載及資金流程資料供核對，揆諸前揭說明，被告以該部分之利息支出並非直接必要費用而予剔除，尚非無據。
3.從而，被告參酌該投資借款占總借款比率12.16%（＝61,000,000÷501,714,884 ），核算該部分利息支出3,929,610 元（＝32,315,871×12.16%，元以下四捨五入）予以剔除，自無不合。
㈤至原告主張不應剔除其他費用損害賠償2,560,000 元部分，原不涉司法院釋字第722 號解釋內容，尚不得因該解釋而提起再審之訴，亦如前述。
縱為實質審查，原告之主張，仍無可採：1.按「執行業務者及其僱用人員在業務上因過失致人受傷或死亡而支付之醫藥費、喪葬費、撫卹金或賠償金，除受有保險賠償部分外，應取得警察機關、公會或調解機關團體之調解、仲裁之證明，或經法院判決確定之證明，並檢附支出憑證，予以認定。」
執行業務所得查核辦法第31條第1款定有明文。
上開查核辦法係財政部，依所得稅法第14條第1項第2 類第3款之授權，就關於認定執行業務者及其僱用人員因執行業務致人受傷或死亡支付賠償金所為細節性、技術性之行政命令。
又依所得稅法第14條第1項第2 類第2款規定：「……業務支出，應取得確實憑證……」可見業務支出之認列與否，首重其真實性，故執行業務所得查核辦法第31條第1款乃規定，關於各項醫藥費、喪葬費、撫卹金或賠償金之支出，應取得警察機關、公會或調解機關團體之調解、仲裁之證明，或經法院判決確定之證明，並檢附支出憑證予以認定，其目的即在於藉由以上具有公信力之機構所為之認證，以確保其有關支出之真實性。
又上開規定復為統一相關業務支出之採認標準，以避免課稅不公平，並未逾越所得稅法之授權範圍，且未牴觸母法規範意旨，亦不在司法院釋字第722 號解釋認定違憲之範圍內，已如前述，稅捐稽徵機關辦理相關案件，自可適用。
2.本件原告原列報其他費用105,075,859 元（原處分卷二第1118頁），其中損害賠償2,560,000 元部分，因未提示符合上開規定之「警察機關、公會或調解機關團體之調解、仲裁之證明或經法院判決確定之證明」供核（原處分卷二第1110頁），依上開說明，自難採認。
至原告主張該2,560,000 元之損害賠償有協議書及支出憑證等證明文件，得為認定云云。
惟查，私人間之協議，與具有公信力之機構介入之和解有別，前者之憑信性終究不若後者，不符上開真實性原則之要求，原告上開主張，自無可採。
3.從而，原告列報壢新醫院損害賠償2,560,000 元部分，因未提示符合上開規定之「警察機關、公會或調解機關團體之調解、仲裁之證明或經法院判決確定之證明」供核對，被告不予認定，尚無不合。
七、綜上，原告所訴，核無足採，原處分並無不法，訴願決定予以維持，亦無不合。
原告徒執前詞，訴請撤銷，為無理由，應予駁回。
兩造其餘攻擊防禦方法均與本件判決結果不生影響，故不逐一論述，併此敘明。
據上論結，本件原告之訴為無理由，爰依行政訴訟法第98條第1項前段，判決如主文。
中 華 民 國 105 年 5 月 5 日
臺北高等行政法院第四庭
審判長法 官 王碧芳
法 官 程怡怡
法 官 高愈杰
一、上為正本係照原本作成。
二、如不服本判決，應於送達後20日內，向本院提出上訴狀並表明上訴理由，如於本判決宣示後送達前提起上訴者，應於判決送達後20日內補提上訴理由書（須按他造人數附繕本）。
三、上訴時應委任律師為訴訟代理人，並提出委任書。
（行政訴訟法第241條之1第1項前段）
四、但符合下列情形者，得例外不委任律師為訴訟代理人。
（同條第1項但書、第2項）
┌─────────┬────────────────┐
│得不委任律師為訴訟│ 所 需 要 件 │
│代理人之情形 │ │
├─────────┼────────────────┤
│㈠符合右列情形之一│1.上訴人或其法定代理人具備律師資│
│ 者，得不委任律師│ 格或為教育部審定合格之大學或獨│
│ 為訴訟代理人 │ 立學院公法學教授、副教授者。 │
│ │2.稅務行政事件，上訴人或其法定代│
│ │ 理人具備會計師資格者。 │
│ │3.專利行政事件，上訴人或其法定代│
│ │ 理人具備專利師資格或依法得為專│
│ │ 利代理人者。 │
├─────────┼────────────────┤
│㈡非律師具有右列情│1.上訴人之配偶、三親等內之血親、│
│ 形之一，經最高行│ 二親等內之姻親具備律師資格者。│
│ 政法院認為適當者│2.稅務行政事件，具備會計師資格者│
│ ，亦得為上訴審訴│ 。 │
│ 訟代理人 │3.專利行政事件，具備專利師資格或│
│ │ 依法得為專利代理人者。 │
│ │4.上訴人為公法人、中央或地方機關│
│ │ 、公法上之非法人團體時，其所屬│
│ │ 專任人員辦理法制、法務、訴願業│
│ │ 務或與訴訟事件相關業務者。 │
├─────────┴────────────────┤
│是否符合㈠、㈡之情形，而得為強制律師代理之例外，上訴│
│人應於提起上訴或委任時釋明之，並提出㈡所示關係之釋明│
│文書影本及委任書。 │
└──────────────────────────┘
中 華 民 國 105 年 5 月 5 日
書記官 何閣梅
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