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臺灣桃園地方法院行政訴訟判決 102年度簡字第67號
103年8月21日辯論終結
原 告 呂慧珠
輔 佐 人 陳天鵬
被 告 財政部北區國稅局
代 表 人 李慶華（局長）
訴訟代理人 林婉婷
上列當事人間綜合所得稅事件，原告不服財政部民國102 年5 月15日台財訴字第00000000000 號（案號為：00000000號）訴願決定（原處分為被告101 年9 月8 日第0000000000號核定通知書，檔案編號為098161Z0000000000 號，復查決定案號為被告102 年2 月6 日北區國稅法二字第0000000000號），提起行政訴訟，本院判決如下：
主 文
訴願決定、原處分（即復查決定）均撤銷。
訴訟費用由被告負擔。
事實及理由
壹、程序部分：本件係關於稅捐課徵事件涉訟，其標的金額在新臺幣（下同）40萬元以下，依行政訴訟法第229條第1項第1款規定，應適用簡易程序，合先敘明。
貳、實體部分：
一、本件處分及爭訟事實概要：ꆼ緣原告於99年5 月28日就其98年度綜合所得稅結算提出申報，申報書上並記載其與配偶陳天鵬該年度綜合所得總額為新臺幣（下同）565,249 元，其中包括陳天鵬取自設於新竹縣北埔鄉○○路00號「北埔仁愛牙醫診所」（下稱系爭診所）之健保所得473,934 元（收入總額為2,154,244 元，扣除必要費用及成本1,680,310 元）及自費所得15,840元（收入總額為72,000元，扣除必要費用及成本56,160元），總計取得之執行業務所得為489,774 元（473,934 元＋15,840元），並據以計算所得淨額為0 元，而無庸再繳納稅。
嗣經被告所屬竹東稽徵所查認原告與其配偶該年度綜合所得總額應為1,832,344 元（包括陳天鵬取自上開診所之執行業務所得1,756,869 元），所得淨額則為1,089,691 元，應納稅額為112,959 元，應補稅額則為112,949 元，被告並於101 年9 月8日製發第0000000000號核定通知書（檔案編號為098161Z0000000000 號，即本案原處分）及繳款通知書。
ꆼ嗣原告因就上開核定通知書不服，乃向被告提出復查申請，主張原告之配偶陳天鵬係響應「醫缺計畫」而至偏鄉開設系爭診所之醫師（下稱醫缺醫師），關於該診所之執行業務所得，應依稅法規定，可將健保收入之78％列為成本及必要費用，惟被告卻未以此計算扣除原告配偶執行業務所得之成本及必要費用，僅以衛生署中央健康保險局（現已改制為衛生福利部中央健康保險署，以下簡稱健保署）核定點數578,825 點計算78％之成本及必要費用，致陳天鵬就該診所所取得之執行業務所得大增而需補繳稅款等語。
被告則認因系爭診所未依法設帳供核，而執行業務所得關於健保收入部分，所可扣除之必要費用及成本，係依據健保署所核定之點數×0.78計算，非以健保收入之78％計算，是原核定並無不合，故於102 年2 月6 日以102 年2 月6 日北區國稅法二字第0000000000號復查決定書駁回原告之復查。
ꆼ原告收受上開復查決定書後，仍有不服，主張被告未詳究復查申請理由，乃於102 年3 月25日向財政部提出訴願。
財政部則認系爭診所既未設帳記載收支情形，則被告依查得資料及98年度執行業務者費用標準，以健保核定點數578,825 ×0.78計算健保收入之必要費用，並無不妥，故於102 年5 月15日台財訴字第00000000000 號（案號為：00000000號）訴願決定書駁回原告之訴願申請。
該訴願決定書並於102 年5月17日合法送達原告。
原告收受上開訴願決定書後，仍有不服，於102 年7 月16日向本院提起本件行政訴訟。
二、原告主張：ꆼ原告之配偶陳天鵬係執業之牙醫師，並與原告合併申報綜合所得稅。
再陳天鵬自92年間起，即響應行政院衛生署（現改制為行政院衛生福利部，以下簡稱衛福部）「醫療資源缺乏地區改善方案」政策，至新竹縣北埔鄉開設系爭診所。
而此等偏遠地區，因人口稀少，生活水準較低，屬經濟上之弱勢，故於偏遠地區執行醫療業務，可據以申報之健保點數甚微，因此大多數醫師均在城市地區人口集中處開業，然偏遠地區因醫師少，民眾繳交健保費卻苦無醫師，故衛福部即提出「醫療資源缺乏地區改善方案」（下稱醫缺方案），規定於醫缺地區執業之醫師，將給予一定基本保障補助，彌補可得申報健保點數不足。
故依「偏遠程度及醫療資料缺乏程度分四類地區執行計畫」，陳天鵬係於第二級偏遠平地鄉（新竹縣北埔鄉）提供醫療服務，保障度為每月18萬元，但如申報數超過保障額度，則以實際點數乘以0.78扣除後為課稅體，可見是認為全民健保執行業務之收入，且每月申報點數至少需達保障額度之30％（即每月至少應有54,000元，藉以避免志工醫師怠惰執行業務），申報健保點數不足部分，則補足至保證數額度（即從54,000元補足至18萬元），使志工醫師不致因病患稀少點數過低而蒙受損失。
由此可見，衛福部因醫缺方案而給付醫師者係特殊補償性質。
故志工醫師仍得依據可得申報健保數請求健保署按點數支付，只不過依上開醫缺方案，志工醫師享有最低保障點數而已。
ꆼ再系爭原處分之課稅核定及財政部之訴願決定，均係以推算之核定方式計算原告成本費用，卻將給予原告之保證額度認為非「西醫師之全民健康保險收入」，而以健保署所核定之點數473,934 點（應為578,825 點，原告就該部分有誤載）×0.78來核算原告健保收入之成本費用，並據以認定原告應再補繳稅款，此顯有不當。
況原告以本年度計算費用、成本之方式加以報稅，已行之有年，被告均未通知有何不妥之處。
ꆼ原告並聲明：原處分、復查決定及訴願決定均撤銷。
訴訟費用由被告負擔。
三、被告主張：ꆼ按「執行業務所得：凡執行業務者之業務或演技收入，減除業務所房租或折舊、業務上使用器材設備之折舊及修理費，或收取代價提供顧客使用之藥品、材料等之成本、業務上雇用人員之薪資、執行業務之旅費及其他直接必要費用後之餘額為所得額」，此為所得稅法第14條第1項第2 類前段所明定。
次按「執行業務者於規定期限內辦理結算申報並能提供證明所得額之帳簿、文據調查者，其執行業務所得，應依帳載核實認定。
其未依規定提供調查者，應依所得稅法第83條條及同法施行細則第13條規定訂定之收費及費用標準核定其所得額。
但執行業務者如在規定送交調查時間以內申請延期提示，稽徵機關應予受理，但延期最長不得超過一個月，並以一次為限」、又「執行業務者未依法辦理結算申報，或未依法設帳記載並保存憑證，或未能提供證明所得額之帳簿文據者，98年度應依核定收入總額按下列標準（金額以新臺幣為單位）計算其必要費用....ꆼ西醫師：ꆼ全民健康保險收入（含保險對象依全民健康保險法第33條及第35條規定應自行負擔之費用）：依中央健康保險局核定之點數，每點0.78元。
ꆼ掛號費收入：78％。
ꆼ非屬全民健康何險收入ꆼ醫療費用收入不含藥費收入：20％。
ꆼ醫療費收入含藥費收入，以下列標準計算....。
ꆼ牙科40％。」
為財政部98年度執行業務者費用標準所規定。
ꆼ原告之配偶係獨資經營系爭診所，原告列報配偶98年度執行業務收入2,154,244 元及72,000元，必要費用及成本1,680,310 元及56,160元。
然系爭診所並未依法設帳供核，是被告即依執行業務暨其他所得歸戶清單（參原處分卷第22頁至第23頁）、全民健康保險特約醫事服務機申請醫療費用分列參考表（詳原處分卷第21頁）及醫療院所等執行燴務狀況調查紀錄（詳原處分卷第24頁至第27頁）表等資料，核定該診所健保收入為2,154,244 元、一般門診收入90,000及利息收入109 元，減除健保收入必要費用451,484 元（即以健保署核定點數578,825 ×0.78）及一般門診收入必要費用36,000（90,000×40％），核定原告配偶執行業務所得1,756,869 元，並無違誤。
況財政部所訂定推計上開所得之必要費用標準，乃係考量上開所得之各項成本費用計算因某些因素或行業特性而有其難度，故訂定減除標準，俾利於納稅義人無法提示相關成本及必要費用時得以推計運用，自有其客觀性及公正性，使與納稅人之實際所得相當，以維租稅公平則。
又推計課稅之案件，其成本係屬各行各業整體之推計，並無法針對個別業者之情況予以考量，為正確核課各醫療院所之執行業務所得，執行業務者仍宜依法設帳詳實記載各項收入及費用。
是以，系爭診所於98年度既未依法設帳記載，依前揭規定，原核定原告配偶執行業務所得為1,756,869 元即無不合。
ꆼ答辯聲明：原告之訴駁回。
訴訟費用由原告負擔。
四、本院之判斷：本件處分及爭訟事實概要欄所載之事實，除後列之兩造爭點外，餘為兩造所不爭執，並有被告提出之原處分卷與訴願機關即財政部提出之訴願卷內所附相關資料可資參酌，故足信屬實。
而原告對於其配偶於98年度經營系爭診所，而自健保署所取得之健保收入為2,154,244 元、非健保收入金額為90,000元、利息為109 元，均不爭執，並於本院審理中自承其就非健保收入金額於申報書中填寫72,000元確有所誤，另亦漏載該利息109 元部分，該部分並有全民健康保險特約醫事服務機申請醫療費用分列參考表附原處分卷第21頁可參，堪信為真實，且該分列參考表中並列載健保收入核定點數為578,825 點、非健保收入核定點數為578,503 點，此亦為原告所不爭執。
是自上開說明及兩造之陳述即知本件爭點為：究竟應如何計算原告配偶開設系爭診所之執行業務所得，即係以原告取得之健保收入（或全年之總額點值）核算78％必要費用及成本，或係以健保署所核定之健保收入點數核算78％之必要費用及成本？茲論述如下：ꆼ原告取自健保署之保障給付確屬原告之執行業務所得，計算成本與必要費用時，亦應考量該部分所得額：ꆼ按行為時所得稅法第14條第1項第2 類規定：「個人之綜合所得總額，以其全年下列各類所得合併計算之：…第二類：執行業務所得：凡執行業務者之業務或演技收入，減除業務所房租或折舊、業務上使用器材設備之折舊及修理費，或收取代價提供顧客使用之藥品、材料等之成本、業務上雇用人員之薪資、執行業務之旅費及其他直接必要費用後之餘額為所得額。
執行業務者至少應設置日記帳一種，詳細記載其業務收支項目；
業務支出，應取得確實憑證。
帳簿及憑證最少應保存五年；
帳簿、憑證之設置、取得、保管及其他應遵行事項之辦法，由財政部定之。
執行業務者為執行業務而使用之房屋及器材、設備之折舊，依固定資產耐用年數表之規定。
執行業務費用之列支，準用本法有關營利事業所得稅之規定；
其帳簿、憑證之查核、收入與費用之認列及其他應遵行事項之辦法，由財政部定之。」
，是由此可知，【有關執行業務所得之計算，係以執行業務者之業務或演技「收入」，扣除成本及必要費用後之餘額為其所得額，故其計算之基準乃係執行業務者之「收入」】。
ꆼ再按所得稅法第83條第1項規定：「稽徵機關進行調查或復查時，納稅義務人應提示有關各種證明所得額之帳簿、文據；
其未提示者，稽徵機關得依查得之資料或同業利潤標準，核定其所得額。」
所得稅法施行細則第13條規定：「（第2項）執行業務者未依法辦理結算申報，或未依法設帳記載及保存憑證，或未能提供證明所得額之帳簿文據者，稽徵機關得照同業一般收費及費用標準核定其所得額。
（第3項）前項收費及費用標準，由財政部各地區國稅局徵詢各該業同業公會意見擬訂，報請財政部核定之。」
次按執行業務所得查核辦法第8條前段規定：「執行業務者於規定期限內辦理結算申報並能提供證明所得額之帳簿、文據調查者，其執行業務所得，應依帳載核實認定。
其未依規定提供調查者，應依所得稅法第83條及同法施行細則第13條規定訂定之收費及費用標準核定其所得額。」
，則可知【在核算執行業務者之成本及必要費用時，若執行業務者有記帳，自得提出相關帳簿、文據，以證明實際成本及必要費用之金額，核實減除以確認執行業務所得；
若無記帳則依財政部所訂標準核定計算所得額。
但此僅為計算成本及必要費用之方式不同，即不論是自行舉證或以標準核定，其所欲反應者，均為執行業務者取得「整體收入」時所需之必要費用及成本，始能算出執行業務者之「實際收入」，故如悖離此等基礎，即有違所得稅法第14條第1項第2 類之規定】。
ꆼ按參酌健保署提供本院有關98年度牙醫門診醫療給付費用總額資源缺乏地區改善方案（參本院卷第202 頁以下），可知該方案實施之目的為「鼓勵牙醫師至醫療資源缺乏地區及山地離島執行醫療服務，均衡牙醫醫療資源，並提供一個有效、積極、安全的醫療體系，促使全體保險對象獲得適當之牙醫醫療服務」。
參與計畫之牙醫之門診「服務時數」，限定每週至少提供5 天門診服務，並包含2 個夜診，且提供醫療服務診療時間總時數不得少於24小時。
當月未達上述規定工作天數及診察時間者，依實際診察時數與應診比例扣款給付。
且該計畫特約院所負責醫師不得支援其他醫療院所。
即參與該醫缺計畫之醫師係有最低醫療門診服務日數及時數，並負有開立2 個夜間門診之責任，且不得任意支援其他醫療院所，意即該等醫師是不得任意調整工作時數，縱有空暇之餘亦不得至其他醫院執業，實已達【限制醫師之執業自由】之程度。
又依上開方案ꆼ醫療費用申報與支付ꆼ更規定：執業地點門診服務及巡迴醫療服務醫療費用支付原則：ꆼ以該區每點支付金額及核定點數計算，但每點支付金額至少1 元，每月依醫療資缺乏地區分制設定保障額度計算，如申報點數超過保障額度者，以實際申報點數計算；
本醫療費用已包含承作基本費用、定額變動費用及風險分擔醫療費用。
意即在核算給付醫療費用予醫師時，如果醫師實際醫療行為所換取之點數超過保障額度，即以實際申報點數為準，如未超過則以保險額度金額支付醫師，而此等醫療費用（不論是保障額度或實際申報點數）均已包括含承作基本費用、定額變動費用及風險分擔醫療費用。
【即不論是實際申報點數或保障額度，於醫療費用之評價上並無二致，均屬於健保署給予醫缺醫師之給付，且保障額度即為醫缺醫師每月所能取得之最低給付金額】。
是以原告為例，其係屬上開計劃之二級「醫療資源缺乏地區」，兩造亦均不否認該等地區之保障額度為每月為18萬元，此亦經健保署以103 年4 月15日健保桃字第0000000000號函覆本院確認無訛。
是配合上開說明，即已反應：【原告之配偶，因參與該計畫而取得每月最低保障給付18萬元，相對即需喪失部分執業之自由，而受限於上開醫缺方案，即原告配偶取得該保障給付係與原告配偶至醫缺地區開設診所之醫療行為相關，而屬個別性補助，非一般性補助，該部分保障給付雖然應納入課稅所得，但同時亦隱含原告配偶執行該醫缺方案之成本及必要費用在內，萬不能因該保障性給付名義上非所謂之「實質醫療給付」，即認其無必要費用及成本】。
ꆼ原告配偶當年度執行業務所得（健保給付部分）成本與必要費用之計算，應以健保署之全部給付為基礎：ꆼ參以財政部98年度執行業務者費用標準所規定「執行業務者未依法辦理結算申報，或未依法設帳記載並保存憑證，或未能提供證明所得額之帳簿文據者，98年度應依核定收入總額按下列標準（金額以新臺幣為單位）計算其必要費用....ꆼ西醫師：ꆼ全民健康保險收入（含保險對象依全民健康保險法第33條及第35條規定應自行負擔之費用）：依中央健康保險局核定之點數，每點0.78元。
ꆼ掛號費收入：78％。
ꆼ非屬全民健康何險收入ꆼ醫療費用收入不含藥費收入：20％。
ꆼ醫療費收入含藥費收入，以下列標準計算....。
ꆼ牙科40％。」
，係將未設帳牙醫之執行業務所得（健保收入部分）成本與必要費用之計算，以健保署所「核定之點數」為基礎，即以核定之點數78％作為成本與必要費用。
然按行為時之全民健康保險法第50條係規定：「（第1項）保險醫事服務機構應依據醫療費用支付標準及藥價基準，向保險人申報其所提供醫療服務之點數及藥品費用。
（第2項）保險人應依前條分配後之醫療給付費用總額經其審查後之醫療服務總點數，核算每點費用；
並按各保險醫事服務機構經審查後之點數，核付其費用。
（第3項）門診藥品費用經保險人審查後，核付各保險醫事服務機構；
其支付之費用，超出前條預先設定之藥品費用總額時，其超出部分之一定比例應自當季之門診醫療給付費用總額中扣除，並於下年度調整藥價基準。
（第4項）前項扣除比例，由醫療費用協定委員會定之；
醫療費用協定委員會無法於限期內達成協定，應由主管機關逕行裁決。」
，此項規定，即為財政部所定上開標準中所謂之核定點數。
該核定點數確係健保署為核付各醫療院所之醫療給付時所評定之基礎，但並非在評定醫療院所所取得之全部健保給付，是財政部忽略醫缺醫師所取得之全部健保給付，係包括保障給付之個別補助部分，故若僅以健保署所核定之點數作為執行業務所得之成本與必要費用之核定基礎，即會產生不公之情形。
即此等計算方式，於一般牙醫之執行業務所得計算上，因取得之執行業務收入與健保署所核定之點數應為相等或相接近，故雖非以收入為計算，該點數仍屬能實際衡量醫師整體健保收入之其他標準，自無損一般牙醫之權益，亦不會有減核成本及必要費用之虞，故無疑問。
然就醫缺方案之醫缺醫師而言，所謂健保署核定之點數，僅能反應醫缺醫師於醫缺地區實際從事醫療行為之情形，然卻排除健保署所給予醫缺醫師之保障給付部分。
依此等計算方式計算後之結果，等同一方面認為醫缺地區之醫缺醫師，僅就實際從事醫療行為所取得之收入認係執行業務所得，否則何以保障給付部分不能列入核算成本及必要費用之範圍內；
一方面但卻又將該保障給付認為非屬免稅所得，而納入應稅所得內，據以課徵綜合所得稅，此顯有矛盾且不公之情形。
若被告堅持不將保障給付部分納入核算成本與必要費用之基礎，則被告即應將該部分原告配偶之所得認列為免稅所得，惟被告復稱該部分與所得稅法第4條之規定不符。
準此，可認上開財政部98年度執行業務者費用標準所規定西醫核定健保收入之成本與必要費用以「核定點數」之78％計算部分，於適用在醫缺地區之醫缺醫師時，即有違背前揭所得稅法第14條第1項第2 類規定之情形，本案自不應予適用。
ꆼ實者，在計算此等醫師之健保收入之成本與必要費用時，仍應以醫師自健保署所取得之全部應稅所得收入（包括實際醫療收入與補助收入）為依據，並以實際醫療收入與保障給付何者為高為計算之基礎，如實際醫療收入較保障給付為高，自可以該實際醫療收入（即健保署所核定之點數）之78％核算成本及必要費用；
如實際醫療收入還未達保障給付，即應以保障給付之78％核算成本與必要收入。
否則不啻政府以左手假稱提供保障給付予醫缺地區之醫缺醫師，誘使醫師盡量投入醫缺地區服務，並受到某部分之執業自由限制；
嗣以右手排除保障給付不納入核算執行業務所得成本及必要費用之基礎，以使醫缺醫師應納稅額款大幅提高之方式取回部分保障款，而實質降低保障給付之額度，有違健保署針對醫缺醫師補助之目的，更產生變相懲罰醫缺醫師之不良效果。
ꆼ財政部於95年間修正執行業務者費用標準關於西醫師部分之成本與必要費用改以健保署核定之點數為基礎，已悖於被告形成之行政慣例，更有違憲法之平等原則：ꆼ參以財政部94年度執行業務者費用標準所規定：ꆼ西醫師：ꆼ全民健康保險收入（含掛號費收入與保險對象依全民健康保險法第33條及第35條規定應自行負擔之費用）：78％（參本院卷第270 頁背面），係以全民健康保險收入之78％為計算，並非以健保署核定點數之78％為計算。
嗣至財政部95年度執行業務者費用標準始更改為：ꆼ西醫師：ꆼ全民健康保險收入：依中央健康保險局核定之點數，每點0.78元。
再參以財政部97年6 月11日台財稅字第00000000000 號函略謂：「…ꆼ自95年度起，醫療院所全民健康保險收入之費用標準改以核定點數按每點0.78元計算，不再依核定收入之78﹪計算，則當健保局追扣或補付94年度以前醫療款時，基於收入與費用配合原則，是類案件95年度所得額之核算公式為：『扣繳憑單金額－﹝（核定點數×0.78）－（94年度或以前年度追扣醫療款×78﹪）＋（94年度或以前年度補付醫療款×78﹪）﹞』。
四、96年度如有追扣或補付以前年度醫療款時，其所得額之計算，其中屬94年度以前部分，仍應依上述方式處理；
屬95年度部分，目前追扣或補付醫療款與核定點數無涉，純屬結算點值之調整所造成，故該調整收入部分，無再減除必要費用之適用，惟嗣後如因核定點數變動致有應追扣或補付醫療款者，基於收入與費用配合原則，該部分之必要費用仍應於核算所得額時一併考量。」
，由此可見，被告在94年以前，計算未設帳醫師之執行業務健保所得之成本與費用時，確係以醫師自健保署所取得之收入78％為計算，此已然為財政部行之有年之慣行標準，縱該標準需就每年不同之情形加以調整，亦應係就取得收入之多少成數作為成本與必要費用部分，加以調整，而非突擊式地直接變更核算基礎，改依健保署核定之點數為據，且此等改變復無任何過渡期間，亦未考量因此改變而受影響之醫缺醫師。
醫缺醫師於此情況下，直接受到衝擊的部分，就是健保署所給付之保障所得雖被認為是個別補助，而納入應稅所得，卻遭排除在計算成本與必要費用基礎外之不公平情形。
ꆼ再財政部於95年間所更改之計算方式，縱如被告所述係經全國牙醫師公會向財政部所爭取而來，惟中華民國牙醫師公會全國聯合會亦曾於96年5 月21日以牙全政字第1772號函（參本院卷第22頁），要求財政部就醫缺醫師之執行業務所得之成本及必要費用部分，能以專案方式處理，准以維持舊制（即94年之計算制度），此即突顯上開計算基礎之改變，財政部並未徵詢醫缺醫師之竟見，從而亦影響所有醫缺醫師之權利；
惟財政部賦稅署卻就上開函詢，僅於96年5 月28日以台稅一發字第00000000000 號函覆牙醫師公會稱：「上開執行業務者費用標準係就各行各業整體之推計，並無法針對個別業者之情況予以考量，故為正確核課各醫療院所之執行業務所得，仍建請醫療院所依法設帳記載」（參本院卷第164 頁至第65頁）。
是依賦稅署之上開說明，僅將對於醫缺醫師造成之不利益結果，歸咎於醫缺醫師未設帳所致，其所提出之解決方式，亦僅要求醫缺醫師設帳以資證明。
準此，可認上開計算方式之改變及賦稅署之上開函覆，已使醫缺醫師在計算健保給付之成本與必要費用時，僅存設帳一途，而無法如一般醫師，享有未設帳時，得以上開標準核算成本與必要費用之權利，此即有違憲法平等原則。
況財政部或其所屬賦稅署，在處理稅賦案件、解釋法規時，本即有平等解釋法規之責任，且其較法律更有彈性，自應針對特殊之個案具體解釋，避免造成不公。
即於本案而言，財政部或賦稅署即應考量醫缺醫師之實際情況，而在不悖於所得稅法第14條第1項第2 類規定之情況下，於上開執行業務者費用標準中另外明定以「健保署核定之點數或健保署所為之給付（以較高者為準）」78％為成本及必要費用，或另以函釋之方式說明該部分醫缺醫師執行業務所得，得以健保全部收入計算成本及必要費用即可，怎會稱無法針對個別業者處理，並請受影響者以設帳舉證之方式處理，此顯有卸責之情。
況賦稅署所稱之個別業者，自上開牙醫師公會之函詢可知並非只有原告1 人，實係包括全部醫缺醫師，可認賦稅署該等函覆，亦與現實狀況不符。
ꆼ綜上所述，本院認原告配偶之執行業務所得，關於健保給付之成本與必要費用之計算，確應以健保署所核發之扣繳暨免繳憑單（參本院卷第7 頁）上所載之所得2,154,244 元之78％為計算，即包括健保署所為保障給付在內，故結果應為1,680,310 元，是該部分實際健保所得應僅為473,934 元，該部分原告所主張並無所誤，而非如被告以健保署所核定之點數之78％計算成本與必要費用，而認該部分實際健保所得為1,756,869 元。
再者，被告訴訟代理人於本院審理中亦依本院要求，以原告配偶全部健保部收入78％方式試算原告配偶之實質健保所得，及參酌原告所不爭執、被告所查得原告配偶98年度正確之非健保收入及利息金額等資料，據以核算出本件綜合所得總額為603,517 元、綜合所得淨額為0 元，應退稅額為56,484元（參本院卷第246 頁），附此敘明。
五、綜上，原處分未考量原告配偶屬醫缺地區之醫缺醫師，健保署所核定之點數並無法真實反應醫缺醫師所領得保障給付部分，卻仍以該核定點數核定原告配偶執行業務所得健保給付部分之成本與必要費用，確有未洽，訴願決定未予以糾正，亦有未洽。
然因本案原告亦確有非健保收入金額為90,000元部分，誤載為72,000元，並漏載利息109 元部分，為原告所不爭執，已如前述，故原告訴請撤銷訴願決定、原處分（即復查決定），即為有理由，應予准許，並應由被告另為適法之處分，重新依被告於本院審理中所試算之結果認定原告98年度之綜合所得稅應繳之稅額總額及應退稅之稅額。
六、末以，本件事證已臻明確，兩造其餘攻擊、防禦方法及提出未經援用之證據，核與判決結果不生影響，爰不另一一論述。
據上論結，本件原告之訴為有理由，依行政訴訟法第98條第1項前段，判決如主文。
中 華 民 國 103 年 10 月 14 日
行政訴訟庭 法 官 林靜梅
上為正本係照原本作成。
如不服本判決，應於送達後20日內，向本院提出上訴狀，其未表明上訴理由者，應於提出上訴後20日內向本院補提理由書（均須按他造人數附繕本）。
上訴理由應表明關於原判決所違背之法令及其具體內容，或依訴訟資料可認為原判決有違背法令之具體事實。
中 華 民 國 103 年 10 月 15 日
書記官 羅婉榕
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